ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Lolium multiflorum plastid

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_019651	CAG	4	680	691	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	42743719
2	NC_019651	AAGT	3	786	796	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	42743719
3	NC_019651	ATAG	3	1212	1222	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
4	NC_019651	T	17	1558	1574	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
5	NC_019651	TCTTT	3	2623	2637	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	42743719
6	NC_019651	AGA	4	3274	3284	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
7	NC_019651	ATTT	3	3452	3462	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
8	NC_019651	TAA	4	3565	3576	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
9	NC_019651	TCT	4	4522	4533	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
10	NC_019651	TCTCT	3	4721	4734	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	42743720
11	NC_019651	ATAA	3	5429	5439	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	42743720
12	NC_019651	CATAT	3	5833	5847	15	40 %	40 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
13	NC_019651	TTTAA	3	6005	6018	14	40 %	60 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
14	NC_019651	A	13	6063	6075	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
15	NC_019651	TTAA	3	6385	6396	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
16	NC_019651	TTCT	3	6985	6995	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	42743720
17	NC_019651	T	17	7569	7585	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
18	NC_019651	GAA	4	8314	8325	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
19	NC_019651	AAAT	3	8603	8613	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
20	NC_019651	GAAA	3	10209	10220	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	42743720
21	NC_019651	TTG	4	10614	10624	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	42743720
22	NC_019651	AG	6	11334	11344	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
23	NC_019651	AGCGT	3	12241	12254	14	20 %	20 %	40 %	20 %	7 %	Non-Coding
24	NC_019651	ATTT	3	12996	13006	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
25	NC_019651	AAGA	3	14143	14154	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
26	NC_019651	CT	6	14257	14267	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
27	NC_019651	TAGG	3	14545	14556	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
28	NC_019651	TAT	4	14593	14603	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
29	NC_019651	AAAATA	3	14625	14642	18	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
30	NC_019651	GATA	3	14745	14756	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
31	NC_019651	CTTT	3	15014	15024	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
32	NC_019651	A	14	15110	15123	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
33	NC_019651	ATAC	4	16222	16236	15	50 %	25 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
34	NC_019651	AAAT	3	16559	16569	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
35	NC_019651	TAT	4	16830	16840	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
36	NC_019651	ATCA	3	17097	17107	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
37	NC_019651	ATGA	3	17480	17491	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
38	NC_019651	A	15	18125	18139	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
39	NC_019651	A	13	20599	20611	13	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	42743720
40	NC_019651	AAC	4	22483	22494	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	42743720
41	NC_019651	AGAA	3	24381	24392	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	42743720
42	NC_019651	TTCA	3	26963	26973	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	42743721
43	NC_019651	ATT	4	29268	29280	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
44	NC_019651	A	17	29350	29366	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
45	NC_019651	AGAA	3	30173	30183	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
46	NC_019651	AT	6	30215	30225	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
47	NC_019651	GTT	6	30950	30967	18	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	5 %	42743721
48	NC_019651	TA	6	31437	31447	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
49	NC_019651	TGC	4	31680	31691	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	42743721
50	NC_019651	CTTT	3	31947	31957	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
51	NC_019651	GAAA	3	33069	33080	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	42743721
52	NC_019651	CAAA	3	36368	36379	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
53	NC_019651	AAGA	3	38861	38872	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	42743721
54	NC_019651	GACT	3	38900	38911	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	42743721
55	NC_019651	AATG	3	39260	39271	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	42743721
56	NC_019651	TG	6	39702	39712	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	42743721
57	NC_019651	AAG	4	41829	41840	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	42743721
58	NC_019651	ATCA	3	41872	41882	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	42743721
59	NC_019651	AGT	4	42233	42243	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	42743721
60	NC_019651	CTTT	3	42252	42263	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	42743721
61	NC_019651	A	15	43368	43382	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	42743721
62	NC_019651	TTCA	3	43549	43560	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
63	NC_019651	AAAC	3	43574	43585	12	75 %	0 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
64	NC_019651	TA	6	45258	45268	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
65	NC_019651	A	12	45346	45357	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
66	NC_019651	AAAG	3	45380	45390	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
67	NC_019651	AT	6	45826	45838	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
68	NC_019651	TATT	3	45911	45922	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
69	NC_019651	TTGA	3	46319	46331	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
70	NC_019651	ATT	4	46711	46721	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
71	NC_019651	TAA	4	47406	47416	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
72	NC_019651	CAGA	3	48092	48102	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	42743722
73	NC_019651	T	14	49204	49217	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	42743722
74	NC_019651	A	14	50468	50481	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
75	NC_019651	TTTC	3	53483	53494	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
76	NC_019651	AATT	3	53558	53569	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
77	NC_019651	TGCA	3	55123	55135	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	42743722
78	NC_019651	AATA	3	55912	55923	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
79	NC_019651	TA	6	56526	56536	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
80	NC_019651	TTGAA	3	57846	57860	15	40 %	40 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
81	NC_019651	GAA	4	57874	57884	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
82	NC_019651	TTTTA	3	57994	58008	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
83	NC_019651	AAG	4	58147	58157	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
84	NC_019651	T	12	58656	58667	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	42743722
85	NC_019651	ATTC	3	59092	59102	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
86	NC_019651	TTC	4	60073	60084	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	42743723
87	NC_019651	TTCA	3	63599	63610	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
88	NC_019651	GAAA	3	64432	64442	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
89	NC_019651	TTTA	3	64587	64597	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
90	NC_019651	TTC	5	64640	64654	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	Non-Coding
91	NC_019651	GAAA	3	64902	64913	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	42743723
92	NC_019651	TAAA	3	65158	65169	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
93	NC_019651	TA	7	65715	65727	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
94	NC_019651	ATGT	3	67017	67027	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	42743724
95	NC_019651	ATTTTT	3	67906	67923	18	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	5 %	42743724
96	NC_019651	AAGA	3	68022	68033	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	42743724
97	NC_019651	ACTT	3	70194	70204	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	42743724
98	NC_019651	A	14	71239	71252	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	42743724
99	NC_019651	GAAA	3	71304	71315	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	42743724
100	NC_019651	TA	6	72223	72233	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	42743724
101	NC_019651	CCAT	3	72552	72564	13	25 %	25 %	0 %	50 %	7 %	42743724
102	NC_019651	TTTC	3	73688	73699	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	42743724
103	NC_019651	AGA	4	73721	73732	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	42743724
104	NC_019651	TAT	4	74785	74795	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	42743724
105	NC_019651	AAAG	3	75309	75319	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	42743724
106	NC_019651	ATT	4	75374	75384	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	42743724
107	NC_019651	T	12	75967	75978	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	42743724
108	NC_019651	T	12	75985	75996	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	42743724
109	NC_019651	T	15	76546	76560	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	42743724
110	NC_019651	AAAG	3	77050	77061	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	42743724
111	NC_019651	A	13	78374	78386	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	42743724
112	NC_019651	TTTTC	3	78483	78497	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	42743724
113	NC_019651	TTAT	3	78525	78535	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	42743724
114	NC_019651	TTAT	3	79172	79183	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	42743724
115	NC_019651	ATTT	4	79356	79371	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	42743724
116	NC_019651	CTT	5	79753	79766	14	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	42743724
117	NC_019651	T	16	80179	80194	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	42743724
118	NC_019651	TTC	4	80871	80881	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	42743724
119	NC_019651	A	12	83158	83169	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	42743724
120	NC_019651	TA	7	84110	84123	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	42743724
121	NC_019651	TCAAAA	4	85162	85185	24	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	8 %	42743724
122	NC_019651	ATTCTT	3	87891	87909	19	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	10 %	42743724
123	NC_019651	TTTGTT	3	88375	88393	19	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	10 %	42743724
124	NC_019651	TTCT	3	88514	88524	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	42743724
125	NC_019651	TAC	4	89267	89278	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	42743724
126	NC_019651	TAGTAT	3	90188	90206	19	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	10 %	42743727
127	NC_019651	ATCC	3	93438	93449	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	42743727
128	NC_019651	ACGG	3	96552	96563	12	25 %	0 %	50 %	25 %	8 %	42743727
129	NC_019651	AGGT	3	96836	96847	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	42743727
130	NC_019651	AACG	3	98161	98172	12	50 %	0 %	25 %	25 %	0 %	42743727
131	NC_019651	AAAG	4	99464	99479	16	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	42743727
132	NC_019651	GAAT	3	101079	101089	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	42743727
133	NC_019651	CATT	3	101889	101899	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	42743727
134	NC_019651	AATG	3	103710	103720	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	42743727
135	NC_019651	TTAA	3	103724	103735	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	42743727
136	NC_019651	TA	6	104109	104120	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	42743727
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163	NC_019651	AAAAAG	3	134830	134846	17	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Lolium multiflorum plastid