ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Fragaria virginiana chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_019602	CAG	4	997	1008	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	42869726
2	NC_019602	AAGT	3	1103	1113	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	42869726
3	NC_019602	TA	7	1697	1710	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
4	NC_019602	CATA	3	1950	1960	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
5	NC_019602	AAG	4	2102	2113	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	42869726
6	NC_019602	ATTCAT	3	2879	2896	18	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	5 %	42869726
7	NC_019602	ATTGA	3	3139	3152	14	40 %	40 %	20 %	0 %	7 %	42869726
8	NC_019602	CTCTT	4	4513	4531	19	0 %	60 %	0 %	40 %	10 %	Non-Coding
9	NC_019602	AAT	4	4805	4816	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
10	NC_019602	TA	7	4925	4937	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
11	NC_019602	ATTTT	3	5423	5437	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	42869726
12	NC_019602	ATTC	3	5593	5603	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	42869726
13	NC_019602	AT	7	6071	6083	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	42869726
14	NC_019602	AATA	4	6457	6473	17	75 %	25 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
15	NC_019602	TA	6	7005	7016	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
16	NC_019602	TA	7	7027	7040	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
17	NC_019602	A	13	7053	7065	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
18	NC_019602	TAT	4	7081	7093	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
19	NC_019602	AT	6	7099	7111	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
20	NC_019602	ATA	4	7578	7588	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
21	NC_019602	TTCT	3	7796	7806	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	42869726
22	NC_019602	A	12	7887	7898	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_019602	GATAA	3	7910	7924	15	60 %	20 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
24	NC_019602	A	19	8003	8021	19	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
25	NC_019602	TTAT	3	8263	8274	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
26	NC_019602	A	12	8290	8301	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
27	NC_019602	A	18	8642	8659	18	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
28	NC_019602	TATT	3	8887	8898	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
29	NC_019602	AAAT	3	8900	8912	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
30	NC_019602	TTTG	3	8989	8999	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
31	NC_019602	A	13	9864	9876	13	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_019602	TAT	4	10353	10363	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
33	NC_019602	TAA	4	10390	10401	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
34	NC_019602	TAT	8	10411	10434	24	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
35	NC_019602	CAAT	3	11737	11747	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	42869727
36	NC_019602	T	14	15747	15760	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
37	NC_019602	A	13	15767	15779	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
38	NC_019602	GAATA	3	17366	17379	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	42869727
39	NC_019602	TGT	4	17565	17576	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	42869727
40	NC_019602	T	13	17949	17961	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	42869727
41	NC_019602	TGAG	3	20134	20145	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
42	NC_019602	TTCA	3	22071	22082	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	42869727
43	NC_019602	GAAT	3	22176	22186	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	42869727
44	NC_019602	CA	6	22631	22641	11	50 %	0 %	0 %	50 %	9 %	42869727
45	NC_019602	GTT	4	23040	23051	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	42869727
46	NC_019602	ATTC	3	23083	23095	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
47	NC_019602	T	12	25666	25677	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	42869727
48	NC_019602	AGAAA	3	25689	25703	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	42869727
49	NC_019602	TCAT	3	26353	26363	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
50	NC_019602	ATTCA	3	27825	27838	14	40 %	40 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
51	NC_019602	TA	8	27879	27893	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
52	NC_019602	T	12	27903	27914	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_019602	TAC	4	28959	28969	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
54	NC_019602	CTTT	3	29203	29213	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
55	NC_019602	TA	6	29401	29411	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
56	NC_019602	AT	6	29426	29437	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
57	NC_019602	ATA	4	30907	30917	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
58	NC_019602	GTAT	3	30920	30930	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
59	NC_019602	AT	6	31012	31022	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
60	NC_019602	GGGA	3	31296	31307	12	25 %	0 %	75 %	0 %	8 %	Non-Coding
61	NC_019602	TCTT	3	31716	31727	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
62	NC_019602	TAA	4	32297	32308	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
63	NC_019602	TTATAG	3	32394	32411	18	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
64	NC_019602	TAT	4	32652	32663	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
65	NC_019602	AAT	4	33063	33074	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
66	NC_019602	GAAA	3	35040	35051	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	42869728
67	NC_019602	TTGC	3	35441	35451	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	42869728
68	NC_019602	TGC	4	35934	35945	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	42869728
69	NC_019602	TTCC	3	36096	36106	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
70	NC_019602	AG	6	36251	36261	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
71	NC_019602	TA	8	36509	36523	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
72	NC_019602	A	16	36566	36581	16	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_019602	TC	6	36931	36941	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	42869728
74	NC_019602	AT	6	37233	37245	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
75	NC_019602	TA	6	37243	37253	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
76	NC_019602	TCT	4	38057	38067	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	42869728
77	NC_019602	ATTG	3	39449	39459	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	42869728
78	NC_019602	AATG	3	41095	41106	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	42869728
79	NC_019602	CAC	4	41180	41191	12	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	8 %	42869728
80	NC_019602	GCA	4	41500	41511	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	42869728
81	NC_019602	TATTTA	3	43175	43191	17	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
82	NC_019602	TTTA	3	43367	43378	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
83	NC_019602	TAAAAA	3	45329	45347	19	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	10 %	42869728
84	NC_019602	AAAT	3	45662	45672	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
85	NC_019602	AT	6	46178	46189	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
86	NC_019602	TGAT	3	48177	48188	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
87	NC_019602	TA	6	48464	48476	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
88	NC_019602	TA	6	48524	48535	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
89	NC_019602	TATT	3	50176	50187	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
90	NC_019602	AAAT	3	52205	52217	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
91	NC_019602	TA	11	52560	52582	23	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
92	NC_019602	TTA	4	52777	52788	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
93	NC_019602	ATTCA	3	52938	52952	15	40 %	40 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
94	NC_019602	ATA	4	55715	55725	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	42869729
95	NC_019602	AAAT	5	55753	55771	19	75 %	25 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
96	NC_019602	TTTACA	3	56139	56157	19	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	10 %	Non-Coding
97	NC_019602	TAT	4	56190	56200	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
98	NC_019602	TTG	4	58097	58107	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
99	NC_019602	ATTA	3	58190	58202	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
100	NC_019602	AATAA	4	60086	60105	20	80 %	20 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
101	NC_019602	TA	13	60391	60414	24	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
102	NC_019602	A	13	60494	60506	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
103	NC_019602	AT	6	60862	60873	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
104	NC_019602	AT	6	63066	63076	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	42869729
105	NC_019602	TTTC	3	64055	64065	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
106	NC_019602	G	12	64279	64290	12	0 %	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_019602	T	16	64406	64421	16	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_019602	TA	7	65178	65192	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
109	NC_019602	CTTT	3	66446	66457	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
110	NC_019602	CCTC	3	67204	67214	11	0 %	25 %	0 %	75 %	9 %	Non-Coding
111	NC_019602	AT	6	67589	67599	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
112	NC_019602	ATT	4	67909	67921	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
113	NC_019602	TATAT	4	67922	67940	19	40 %	60 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
114	NC_019602	AATA	3	68484	68494	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
115	NC_019602	TGTT	3	68683	68694	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
116	NC_019602	GAA	4	69561	69572	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
117	NC_019602	TTTAT	4	69715	69734	20	20 %	80 %	0 %	0 %	5 %	42869730
118	NC_019602	TGAA	3	70080	70091	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
119	NC_019602	TTTC	3	70114	70126	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
120	NC_019602	TAAA	4	70299	70313	15	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
121	NC_019602	T	16	71017	71032	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	42869731
122	NC_019602	TTAC	3	71538	71550	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	42869731
123	NC_019602	TTTA	3	71674	71685	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	42869731
124	NC_019602	T	15	71718	71732	15	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	42869731
125	NC_019602	TATT	4	72732	72747	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	42869731
126	NC_019602	TCC	4	73167	73177	11	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	9 %	42869731
127	NC_019602	TGAA	3	73389	73399	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	42869731
128	NC_019602	TAT	4	73454	73466	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	42869731
129	NC_019602	TCT	4	75052	75063	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	42869731
130	NC_019602	AATT	3	76806	76817	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	42869731
131	NC_019602	AT	8	77723	77737	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	42869731
132	NC_019602	ATTG	3	78982	78994	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	42869731
133	NC_019602	ATGT	3	79286	79297	12	25 %	50 %	25 %	0 %	0 %	42869731
134	NC_019602	TCT	4	79462	79473	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	42869731
135	NC_019602	TTTC	3	81852	81863	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	42869731
136	NC_019602	TA	6	83068	83078	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	42869731
137	NC_019602	TTTAT	4	83154	83174	21	20 %	80 %	0 %	0 %	9 %	42869731
138	NC_019602	GTTTTT	3	83675	83693	19	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	10 %	42869731
139	NC_019602	TA	6	84661	84671	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	42869731
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141	NC_019602	TAAT	3	85260	85271	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	42869731
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147	NC_019602	TAT	4	86380	86391	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	0 %	42869731
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170	NC_019602	ATTT	3	111831	111841	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	42869730
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202	NC_019602	A	13	139881	139893	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	42869730
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208	NC_019602	CTGA	3	145471	145483	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	Non-Coding
209	NC_019602	CATAC	3	146398	146411	14	40 %	20 %	0 %	40 %	7 %	Non-Coding
210	NC_019602	ATCA	3	148929	148941	13	50 %	25 %	0 %	25 %	7 %	42869734
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213	NC_019602	TATT	3	151827	151838	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	42869734
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215	NC_019602	ATC	4	153649	153659	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
216	NC_019602	ATA	4	154817	154828	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	42869734
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218	NC_019602	GAA	5	155503	155517	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	42869734

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Fragaria virginiana chloroplast