ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Fragaria chiloensis chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_019601	CAG	4	997	1008	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	42869717
2	NC_019601	AAGT	3	1103	1113	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	42869717
3	NC_019601	TA	7	1697	1710	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
4	NC_019601	CATA	3	1950	1960	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
5	NC_019601	AAG	4	2102	2113	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	42869718
6	NC_019601	ATTCAT	3	2879	2896	18	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	5 %	42869718
7	NC_019601	ATTGA	3	3139	3152	14	40 %	40 %	20 %	0 %	7 %	42869718
8	NC_019601	CTCTT	4	4513	4531	19	0 %	60 %	0 %	40 %	10 %	Non-Coding
9	NC_019601	TA	6	4571	4581	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
10	NC_019601	AAT	4	4805	4816	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
11	NC_019601	TA	7	4925	4937	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
12	NC_019601	ATTTT	3	5423	5437	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	42869718
13	NC_019601	ATTC	3	5593	5603	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	42869718
14	NC_019601	AT	7	6071	6083	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	42869718
15	NC_019601	AATA	4	6457	6473	17	75 %	25 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
16	NC_019601	TA	7	7005	7018	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
17	NC_019601	TA	7	7027	7040	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
18	NC_019601	A	13	7053	7065	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
19	NC_019601	TAT	4	7081	7093	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
20	NC_019601	AT	6	7099	7111	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
21	NC_019601	ATA	4	7578	7588	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
22	NC_019601	TTCT	3	7796	7806	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	42869718
23	NC_019601	A	12	7887	7898	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_019601	GATAA	3	7910	7924	15	60 %	20 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
25	NC_019601	A	19	8003	8021	19	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
26	NC_019601	TTAT	3	8263	8274	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
27	NC_019601	A	12	8290	8301	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
28	NC_019601	A	18	8642	8659	18	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
29	NC_019601	TATT	3	8887	8898	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
30	NC_019601	AAAT	3	8900	8912	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
31	NC_019601	TTTG	3	8989	8999	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
32	NC_019601	TAAAAA	3	9856	9874	19	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
33	NC_019601	TAT	4	10353	10363	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
34	NC_019601	TAA	4	10390	10401	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
35	NC_019601	TAT	8	10411	10434	24	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
36	NC_019601	CAAT	3	11737	11747	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	42869718
37	NC_019601	T	14	15747	15760	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
38	NC_019601	A	14	15767	15780	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
39	NC_019601	GAATA	3	17367	17380	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	42869718
40	NC_019601	TGT	4	17566	17577	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	42869718
41	NC_019601	T	13	17950	17962	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	42869718
42	NC_019601	TGAG	3	20135	20146	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
43	NC_019601	TTCA	3	22072	22083	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	42869719
44	NC_019601	GAAT	3	22177	22187	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	42869719
45	NC_019601	CA	6	22632	22642	11	50 %	0 %	0 %	50 %	9 %	42869719
46	NC_019601	GTT	4	23041	23052	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	42869719
47	NC_019601	ATTC	3	23084	23096	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
48	NC_019601	T	12	25667	25678	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	42869719
49	NC_019601	AGAAA	3	25690	25704	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	42869719
50	NC_019601	TCAT	3	26354	26364	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
51	NC_019601	TA	6	26876	26887	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
52	NC_019601	ATTCA	3	27826	27839	14	40 %	40 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
53	NC_019601	TA	8	27880	27894	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
54	NC_019601	T	12	27904	27915	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_019601	TAC	4	28960	28970	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
56	NC_019601	CTTT	3	29204	29214	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
57	NC_019601	TA	6	29402	29412	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
58	NC_019601	AT	6	29427	29438	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
59	NC_019601	ATA	4	30908	30918	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
60	NC_019601	GTAT	3	30921	30931	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
61	NC_019601	AT	6	31013	31023	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
62	NC_019601	GGGA	3	31297	31308	12	25 %	0 %	75 %	0 %	8 %	Non-Coding
63	NC_019601	TCTT	3	31717	31728	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
64	NC_019601	TAA	4	32298	32309	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
65	NC_019601	TTATAG	3	32395	32412	18	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
66	NC_019601	TAT	4	32653	32664	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
67	NC_019601	AAT	4	33064	33075	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
68	NC_019601	GAAA	3	35041	35052	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	42869719
69	NC_019601	TTGC	3	35442	35452	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	42869719
70	NC_019601	TGC	4	35935	35946	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	42869719
71	NC_019601	TTCC	3	36097	36107	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
72	NC_019601	AG	6	36252	36262	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
73	NC_019601	TA	8	36510	36524	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
74	NC_019601	A	16	36567	36582	16	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_019601	TC	6	36932	36942	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	42869719
76	NC_019601	AT	6	37234	37246	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
77	NC_019601	TA	6	37244	37254	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
78	NC_019601	TCT	4	38026	38036	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	42869719
79	NC_019601	ATTG	3	39418	39428	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	42869719
80	NC_019601	AATG	3	41064	41075	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	42869719
81	NC_019601	CAC	4	41149	41160	12	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	8 %	42869719
82	NC_019601	GCA	4	41469	41480	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	42869719
83	NC_019601	TATTTA	3	43144	43160	17	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
84	NC_019601	TTTA	3	43336	43347	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
85	NC_019601	TAAAAA	3	45298	45316	19	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	10 %	42869720
86	NC_019601	AAAT	3	45630	45640	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
87	NC_019601	AT	6	46146	46157	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
88	NC_019601	TGAT	3	48144	48155	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
89	NC_019601	TA	6	48431	48443	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
90	NC_019601	TA	6	48491	48502	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
91	NC_019601	TATT	3	50143	50154	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
92	NC_019601	AAAT	3	52172	52184	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
93	NC_019601	TA	11	52527	52549	23	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
94	NC_019601	TTA	4	52744	52755	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
95	NC_019601	ATTCA	3	52905	52919	15	40 %	40 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
96	NC_019601	ATA	4	55682	55692	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	42869720
97	NC_019601	AAAT	5	55720	55738	19	75 %	25 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
98	NC_019601	TTTACA	3	56106	56124	19	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	10 %	Non-Coding
99	NC_019601	TAT	4	56157	56167	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
100	NC_019601	TTG	4	58064	58074	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
101	NC_019601	ATTA	3	58157	58169	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
102	NC_019601	TAA	4	60040	60050	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
103	NC_019601	TA	13	60346	60369	24	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
104	NC_019601	A	13	60449	60461	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
105	NC_019601	AT	6	60817	60828	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
106	NC_019601	AT	6	63021	63031	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	42869721
107	NC_019601	TTTC	3	64010	64020	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
108	NC_019601	T	17	64360	64376	17	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_019601	TA	7	65133	65147	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
110	NC_019601	CTTT	3	66401	66412	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
111	NC_019601	CCTC	3	67159	67169	11	0 %	25 %	0 %	75 %	9 %	Non-Coding
112	NC_019601	AT	6	67544	67554	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
113	NC_019601	TAGTAA	3	67842	67860	19	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
114	NC_019601	ATT	4	67870	67882	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
115	NC_019601	TATAT	4	67883	67901	19	40 %	60 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
116	NC_019601	AAATTA	3	68429	68445	17	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
117	NC_019601	TGTT	3	68644	68655	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
118	NC_019601	GAA	4	69521	69532	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
119	NC_019601	TTTAT	4	69675	69694	20	20 %	80 %	0 %	0 %	5 %	42869722
120	NC_019601	TGAA	3	70040	70051	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
121	NC_019601	TTTC	3	70074	70086	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
122	NC_019601	TAAA	4	70259	70273	15	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
123	NC_019601	T	17	70977	70993	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	42869722
124	NC_019601	TTAC	3	71499	71511	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	42869722
125	NC_019601	TTTA	3	71635	71646	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	42869722
126	NC_019601	T	16	71679	71694	16	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	42869722
127	NC_019601	A	12	71700	71711	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	42869722
128	NC_019601	TATT	4	72694	72709	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	42869722
129	NC_019601	TCC	4	73129	73139	11	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	9 %	42869722
130	NC_019601	TGAA	3	73351	73361	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	42869722
131	NC_019601	TAT	4	73416	73428	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	42869722
132	NC_019601	TCT	4	75014	75025	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	42869722
133	NC_019601	AATT	3	76787	76798	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	42869722
134	NC_019601	AT	8	77704	77718	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	42869722
135	NC_019601	ATTG	3	78963	78975	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	42869722
136	NC_019601	ATGT	3	79267	79278	12	25 %	50 %	25 %	0 %	0 %	42869722
137	NC_019601	TCT	4	79443	79454	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	42869722
138	NC_019601	TTTC	3	81833	81844	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	42869722
139	NC_019601	TA	6	83049	83059	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	42869722
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214	NC_019601	CATAC	3	146380	146393	14	40 %	20 %	0 %	40 %	7 %	Non-Coding
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222	NC_019601	ATC	4	155019	155029	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	42869726
223	NC_019601	GAA	5	155485	155499	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	42869726

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Fragaria chiloensis chloroplast