ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Fragaria mandshurica plastid

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_018767	CAG	4	963	974	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	40883030
2	NC_018767	AAGT	3	1069	1079	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	40883030
3	NC_018767	TA	7	1663	1676	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
4	NC_018767	CATA	3	1916	1926	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
5	NC_018767	AAG	4	2068	2079	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
6	NC_018767	ATTCAT	3	2845	2862	18	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
7	NC_018767	ATTGA	3	3105	3118	14	40 %	40 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
8	NC_018767	CTCTT	4	4482	4500	19	0 %	60 %	0 %	40 %	10 %	Non-Coding
9	NC_018767	AAT	4	4774	4785	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
10	NC_018767	TA	7	4894	4906	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
11	NC_018767	T	13	4996	5008	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
12	NC_018767	ATTTT	3	5394	5408	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
13	NC_018767	ATTC	3	5564	5574	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
14	NC_018767	AATA	4	6440	6456	17	75 %	25 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
15	NC_018767	TA	7	6988	7001	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
16	NC_018767	TA	7	7011	7024	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
17	NC_018767	N	53	7024	7076	53	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_018767	TAT	5	7097	7110	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
19	NC_018767	ATA	4	7569	7579	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
20	NC_018767	TTCT	3	7787	7797	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
21	NC_018767	GATAA	3	7899	7913	15	60 %	20 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
22	NC_018767	A	15	8001	8015	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
23	NC_018767	TTAT	3	8257	8268	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
24	NC_018767	A	12	8284	8295	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
25	NC_018767	A	18	8636	8653	18	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
26	NC_018767	TATT	3	8882	8893	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
27	NC_018767	AAAT	3	8895	8907	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
28	NC_018767	TTTG	3	8984	8994	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
29	NC_018767	TAAAAA	3	9871	9889	19	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
30	NC_018767	TAT	4	10368	10378	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
31	NC_018767	TAA	4	10405	10416	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
32	NC_018767	TAT	6	10426	10443	18	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
33	NC_018767	TAT	5	10450	10463	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
34	NC_018767	CAAT	3	11762	11772	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	40883030
35	NC_018767	T	12	12279	12290	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_018767	T	15	15773	15787	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
37	NC_018767	A	12	15795	15806	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
38	NC_018767	GAATA	3	17393	17406	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	40883031
39	NC_018767	TGT	4	17592	17603	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	40883031
40	NC_018767	T	13	17976	17988	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	40883031
41	NC_018767	TGAG	3	20161	20172	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
42	NC_018767	TTCA	3	22098	22109	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	40883031
43	NC_018767	GAAT	3	22203	22213	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	40883031
44	NC_018767	CA	6	22659	22669	11	50 %	0 %	0 %	50 %	9 %	40883031
45	NC_018767	GTT	4	23068	23079	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	40883031
46	NC_018767	ATTC	3	23111	23123	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
47	NC_018767	T	12	25694	25705	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	40883031
48	NC_018767	AGAAA	3	25717	25731	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	40883031
49	NC_018767	TCAT	3	26381	26391	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
50	NC_018767	TA	6	26903	26914	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
51	NC_018767	ATTCA	3	27853	27866	14	40 %	40 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
52	NC_018767	CTTT	3	27932	27942	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
53	NC_018767	N	18	28613	28630	18	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_018767	TAC	4	29012	29022	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
55	NC_018767	CTTT	3	29256	29266	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
56	NC_018767	TA	6	29454	29464	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
57	NC_018767	AT	6	29479	29490	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
58	NC_018767	ATA	4	30948	30958	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
59	NC_018767	GTAT	3	30961	30971	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
60	NC_018767	AT	6	31053	31063	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
61	NC_018767	GGGA	3	31337	31348	12	25 %	0 %	75 %	0 %	8 %	Non-Coding
62	NC_018767	TCTT	3	31757	31768	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
63	NC_018767	TAA	4	32338	32349	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
64	NC_018767	TTATAG	3	32441	32458	18	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
65	NC_018767	TAT	4	32699	32710	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
66	NC_018767	AAT	4	33110	33121	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
67	NC_018767	GAAA	3	35087	35098	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	40883031
68	NC_018767	TTGC	3	35488	35498	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	40883031
69	NC_018767	TGC	4	35981	35992	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	40883031
70	NC_018767	TTCC	3	36143	36153	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
71	NC_018767	AG	6	36298	36308	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
72	NC_018767	N	18	36486	36503	18	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_018767	TA	8	36556	36570	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
74	NC_018767	A	18	36613	36630	18	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_018767	TC	6	36980	36990	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	40883031
76	NC_018767	AT	6	37283	37295	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
77	NC_018767	TA	6	37293	37303	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
78	NC_018767	TCT	4	38075	38085	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	40883031
79	NC_018767	ATTG	3	39467	39477	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	40883031
80	NC_018767	AATG	3	41113	41124	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	40883032
81	NC_018767	CAC	4	41198	41209	12	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	8 %	40883032
82	NC_018767	GCA	4	41518	41529	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	40883032
83	NC_018767	TATTTA	3	43193	43209	17	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
84	NC_018767	TTTA	3	43385	43396	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
85	NC_018767	N	21	44331	44351	21	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	40883032
86	NC_018767	TAAAAA	3	45347	45365	19	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	10 %	40883032
87	NC_018767	AAAT	3	45680	45690	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
88	NC_018767	AT	6	46196	46207	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
89	NC_018767	TGAT	3	48194	48205	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
90	NC_018767	T	13	48293	48305	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
91	NC_018767	TA	6	48482	48494	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
92	NC_018767	TA	6	48542	48553	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
93	NC_018767	TATT	3	50201	50212	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
94	NC_018767	AAAT	3	52230	52242	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
95	NC_018767	TA	11	52590	52612	23	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
96	NC_018767	TTA	4	52807	52818	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
97	NC_018767	ATTCA	3	52968	52982	15	40 %	40 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
98	NC_018767	ATA	4	55745	55755	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	40883032
99	NC_018767	AAAT	5	55783	55801	19	75 %	25 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
100	NC_018767	TTTACA	3	56169	56187	19	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	10 %	Non-Coding
101	NC_018767	TAT	4	56220	56230	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
102	NC_018767	TTG	4	58127	58137	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
103	NC_018767	ATTA	3	58220	58232	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
104	NC_018767	TAAA	3	60131	60142	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
105	NC_018767	TA	13	60443	60466	24	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
106	NC_018767	AT	6	60914	60925	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
107	NC_018767	AT	6	63118	63128	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	40883033
108	NC_018767	TTTC	3	64107	64117	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
109	NC_018767	T	14	64459	64472	14	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_018767	TA	7	65229	65243	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
111	NC_018767	CTTT	3	66479	66490	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
112	NC_018767	CCTC	3	67239	67249	11	0 %	25 %	0 %	75 %	9 %	Non-Coding
113	NC_018767	AT	6	67624	67634	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
114	NC_018767	ATT	4	67944	67956	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
115	NC_018767	N	34	67959	67992	34	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_018767	AAATTA	3	68528	68544	17	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
117	NC_018767	TGTT	3	68743	68754	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
118	NC_018767	GAA	4	69621	69632	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
119	NC_018767	TTTAT	4	69775	69794	20	20 %	80 %	0 %	0 %	5 %	40883034
120	NC_018767	TGAA	3	70140	70151	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
121	NC_018767	TTTC	3	70174	70186	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
122	NC_018767	TAAA	4	70359	70373	15	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
123	NC_018767	T	13	71079	71091	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	40883034
124	NC_018767	TTAC	3	71597	71609	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	40883034
125	NC_018767	TTTA	3	71733	71744	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	40883034
126	NC_018767	TATT	4	72791	72806	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	40883034
127	NC_018767	TCC	4	73226	73236	11	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	9 %	40883034
128	NC_018767	TGAA	3	73448	73458	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	40883034
129	NC_018767	TAT	4	73513	73525	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	40883034
130	NC_018767	TCT	4	75111	75122	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	40883034
131	NC_018767	AATT	3	76865	76876	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	40883034
132	NC_018767	AT	8	77782	77796	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	40883034
133	NC_018767	ATTG	3	79041	79053	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	40883034
134	NC_018767	ATGT	3	79345	79356	12	25 %	50 %	25 %	0 %	0 %	40883034
135	NC_018767	TCT	4	79521	79532	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	40883034
136	NC_018767	N	16	81118	81133	16	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	40883034
137	NC_018767	TTTC	3	81927	81938	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	40883034
138	NC_018767	TA	6	83143	83153	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	40883034
139	NC_018767	TTTAT	4	83229	83249	21	20 %	80 %	0 %	0 %	9 %	40883034
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ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Fragaria mandshurica plastid