ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Trebouxiophyceae sp. MX-AZ01 chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_018569	AGCG	3	252	262	11	25 %	0 %	50 %	25 %	9 %	Non-Coding
2	NC_018569	GTAG	3	329	339	11	25 %	25 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
3	NC_018569	GGGT	3	830	841	12	0 %	25 %	75 %	0 %	8 %	Non-Coding
4	NC_018569	GGGA	3	3441	3451	11	25 %	0 %	75 %	0 %	9 %	40905246
5	NC_018569	TCCC	3	3610	3620	11	0 %	25 %	0 %	75 %	9 %	40905246
6	NC_018569	ATGG	3	4498	4508	11	25 %	25 %	50 %	0 %	9 %	40905246
7	NC_018569	CAA	4	5917	5928	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
8	NC_018569	CCA	4	7656	7666	11	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	9 %	Non-Coding
9	NC_018569	TAC	4	9216	9226	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
10	NC_018569	AACAGG	3	12664	12681	18	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
11	NC_018569	AGAT	3	12835	12846	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
12	NC_018569	GCCT	3	13043	13053	11	0 %	25 %	25 %	50 %	9 %	Non-Coding
13	NC_018569	TCTT	3	14465	14476	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
14	NC_018569	AG	6	16953	16964	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
15	NC_018569	GACC	3	17791	17801	11	25 %	0 %	25 %	50 %	9 %	Non-Coding
16	NC_018569	AGCC	3	18134	18145	12	25 %	0 %	25 %	50 %	8 %	40905246
17	NC_018569	TGC	4	18746	18757	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	40905246
18	NC_018569	GTT	5	21389	21403	15	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	6 %	40905246
19	NC_018569	GAAA	4	25918	25933	16	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
20	NC_018569	TCT	4	27342	27352	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	40905247
21	NC_018569	AAACA	3	28763	28777	15	80 %	0 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
22	NC_018569	GTG	4	29117	29129	13	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	7 %	Non-Coding
23	NC_018569	GGAT	3	31932	31942	11	25 %	25 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
24	NC_018569	GGCC	3	32179	32190	12	0 %	0 %	50 %	50 %	8 %	Non-Coding
25	NC_018569	ATG	4	35280	35290	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	40905247
26	NC_018569	GCT	4	37322	37333	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	40905247
27	NC_018569	GCCC	3	37414	37424	11	0 %	0 %	25 %	75 %	9 %	40905247
28	NC_018569	TGCAA	3	39345	39359	15	40 %	20 %	20 %	20 %	6 %	40905247
29	NC_018569	CCCT	3	40376	40386	11	0 %	25 %	0 %	75 %	9 %	Non-Coding
30	NC_018569	ACA	4	40463	40474	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
31	NC_018569	GA	6	40570	40581	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	40905247
32	NC_018569	CTC	4	42228	42239	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	40905247
33	NC_018569	AGGC	4	42298	42313	16	25 %	0 %	50 %	25 %	6 %	40905247
34	NC_018569	CCGG	3	42907	42918	12	0 %	0 %	50 %	50 %	8 %	40905247
35	NC_018569	ATGG	3	43643	43654	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	40905247
36	NC_018569	CCTCT	3	48220	48234	15	0 %	40 %	0 %	60 %	6 %	Non-Coding
37	NC_018569	GATG	3	48607	48618	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	40905248
38	NC_018569	TCCA	3	50407	50418	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	40905248
39	NC_018569	TGC	5	52191	52205	15	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	6 %	40905248
40	NC_018569	G	17	55410	55426	17	0 %	0 %	100 %	0 %	5 %	Non-Coding
41	NC_018569	AGC	4	56658	56669	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
42	NC_018569	AGC	4	56681	56691	11	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
43	NC_018569	ACC	4	56975	56987	13	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	7 %	Non-Coding
44	NC_018569	GGCG	3	58138	58149	12	0 %	0 %	75 %	25 %	8 %	Non-Coding
45	NC_018569	GTG	4	59562	59572	11	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	9 %	40905248
46	NC_018569	TGCAA	3	61118	61132	15	40 %	20 %	20 %	20 %	6 %	Non-Coding
47	NC_018569	TTGG	3	61298	61309	12	0 %	50 %	50 %	0 %	8 %	40905248
48	NC_018569	CCAATG	4	61767	61790	24	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	4 %	40905248
49	NC_018569	TGC	4	63832	63843	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
50	NC_018569	TCA	4	66195	66206	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
51	NC_018569	CAT	4	67815	67826	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	40905248
52	NC_018569	AGG	4	69612	69623	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	40905248
53	NC_018569	CCAT	3	69918	69929	12	25 %	25 %	0 %	50 %	0 %	40905248
54	NC_018569	GGA	5	69970	69984	15	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	6 %	40905248
55	NC_018569	GTG	4	71730	71741	12	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	8 %	40905248
56	NC_018569	ACC	4	73734	73745	12	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	8 %	40905248
57	NC_018569	AGCA	3	73809	73820	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	40905248
58	NC_018569	ACCC	3	73951	73962	12	25 %	0 %	0 %	75 %	8 %	40905248
59	NC_018569	GGCG	3	74050	74061	12	0 %	0 %	75 %	25 %	8 %	40905248
60	NC_018569	GAAG	3	76672	76683	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
61	NC_018569	CGT	4	77118	77129	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
62	NC_018569	TTCG	3	81807	81817	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	40905249
63	NC_018569	GGA	4	84958	84968	11	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	9 %	40905249
64	NC_018569	CCTC	3	85380	85391	12	0 %	25 %	0 %	75 %	8 %	Non-Coding
65	NC_018569	GATG	3	86532	86543	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
66	NC_018569	GGA	4	87664	87674	11	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	9 %	40905249
67	NC_018569	G	12	89207	89218	12	0 %	0 %	100 %	0 %	8 %	Non-Coding
68	NC_018569	AG	6	89424	89434	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
69	NC_018569	GCC	4	89813	89824	12	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	8 %	Non-Coding
70	NC_018569	GCA	4	90388	90398	11	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	9 %	40905249
71	NC_018569	CGC	4	90704	90715	12	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	8 %	Non-Coding
72	NC_018569	GT	6	91366	91376	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	40905250
73	NC_018569	TTGC	3	92323	92334	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
74	NC_018569	GCCCC	3	92417	92430	14	0 %	0 %	20 %	80 %	7 %	Non-Coding
75	NC_018569	CCA	4	92530	92541	12	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	8 %	Non-Coding
76	NC_018569	AGG	4	96574	96585	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	Non-Coding
77	NC_018569	GC	6	98503	98513	11	0 %	0 %	50 %	50 %	9 %	40905250
78	NC_018569	CTT	4	99027	99038	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	40905250
79	NC_018569	TGC	4	99072	99083	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	40905250
80	NC_018569	GAAT	3	99449	99460	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
81	NC_018569	AT	6	99469	99479	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
82	NC_018569	GCC	4	100223	100233	11	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	9 %	Non-Coding
83	NC_018569	AGCC	3	102600	102615	16	25 %	0 %	25 %	50 %	6 %	Non-Coding
84	NC_018569	GGCC	3	107095	107106	12	0 %	0 %	50 %	50 %	8 %	40905251
85	NC_018569	TGGC	3	108700	108711	12	0 %	25 %	50 %	25 %	8 %	40905251
86	NC_018569	ATCC	3	109677	109687	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
87	NC_018569	CT	6	109983	109993	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
88	NC_018569	C	13	112552	112564	13	0 %	0 %	0 %	100 %	7 %	Non-Coding
89	NC_018569	GAT	4	117170	117180	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	40905251
90	NC_018569	AAG	4	117346	117357	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	40905251
91	NC_018569	ACCC	3	120088	120099	12	25 %	0 %	0 %	75 %	8 %	40905252
92	NC_018569	GGC	4	120879	120890	12	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
93	NC_018569	TCA	4	121220	121231	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	40905252
94	NC_018569	GAG	4	126746	126757	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	Non-Coding
95	NC_018569	GGT	4	128862	128873	12	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	8 %	40905253
96	NC_018569	CAT	4	130646	130656	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
97	NC_018569	AGC	4	132067	132077	11	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
98	NC_018569	GATT	3	132298	132308	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	40905253
99	NC_018569	GCCC	3	132544	132554	11	0 %	0 %	25 %	75 %	9 %	Non-Coding
100	NC_018569	GGT	4	133805	133816	12	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	8 %	40905253
101	NC_018569	CGG	4	134616	134627	12	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
102	NC_018569	AGG	4	135704	135715	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	40905253
103	NC_018569	CG	6	136755	136765	11	0 %	0 %	50 %	50 %	9 %	Non-Coding
104	NC_018569	CGGG	3	136791	136802	12	0 %	0 %	75 %	25 %	8 %	Non-Coding
105	NC_018569	CT	6	137237	137247	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
106	NC_018569	TGT	4	137298	137308	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
107	NC_018569	TGC	4	137927	137937	11	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
108	NC_018569	GA	7	139247	139259	13	50 %	0 %	50 %	0 %	7 %	40905253
109	NC_018569	CCAG	3	140456	140468	13	25 %	0 %	25 %	50 %	7 %	Non-Coding
110	NC_018569	CCCT	3	145803	145814	12	0 %	25 %	0 %	75 %	8 %	Non-Coding
111	NC_018569	CTCC	3	146121	146131	11	0 %	25 %	0 %	75 %	9 %	Non-Coding
112	NC_018569	CTT	4	148277	148288	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	40905254
113	NC_018569	GAA	4	148319	148330	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	40905254
114	NC_018569	GGC	4	148659	148670	12	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
115	NC_018569	TGG	4	148672	148683	12	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	8 %	Non-Coding

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