ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Pachycladon enysii chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_018565	AATA	3	171	181	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
2	NC_018565	TACC	3	598	608	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	40447459
3	NC_018565	TCT	4	712	722	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	40447459
4	NC_018565	TAA	4	1945	1955	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
5	NC_018565	TTTA	3	3793	3804	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
6	NC_018565	AT	6	3831	3842	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
7	NC_018565	T	12	4040	4051	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_018565	T	15	4117	4131	15	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_018565	CAAA	3	4356	4366	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
10	NC_018565	GAAAA	3	4523	4537	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
11	NC_018565	ATA	4	4667	4679	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
12	NC_018565	TAA	4	4855	4866	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
13	NC_018565	TTCA	3	4984	4995	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	40447459
14	NC_018565	TCTCT	3	5160	5173	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	40447459
15	NC_018565	TA	8	6324	6339	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
16	NC_018565	CA	6	6393	6403	11	50 %	0 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
17	NC_018565	TTC	4	6462	6472	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
18	NC_018565	TTCT	3	6820	6831	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
19	NC_018565	T	12	7519	7530	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_018565	TTCT	3	7593	7604	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	40447459
21	NC_018565	TTA	4	7861	7873	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
22	NC_018565	TA	7	7960	7972	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
23	NC_018565	TA	8	7996	8010	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
24	NC_018565	TA	12	8044	8068	25	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
25	NC_018565	T	13	9412	9424	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_018565	TA	7	9579	9591	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
27	NC_018565	TA	8	9700	9716	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
28	NC_018565	CTTTTT	3	12722	12740	19	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	10 %	Non-Coding
29	NC_018565	AAT	4	12857	12868	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_018565	AAAT	3	13418	13429	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
31	NC_018565	TAAT	3	13470	13481	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
32	NC_018565	ATA	4	13526	13536	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
33	NC_018565	AT	7	13603	13618	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
34	NC_018565	TTTA	3	14717	14728	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
35	NC_018565	GAT	4	15103	15115	13	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	7 %	40447460
36	NC_018565	A	16	15780	15795	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
37	NC_018565	T	13	17823	17835	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	40447460
38	NC_018565	TTCA	3	21960	21971	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	40447460
39	NC_018565	T	12	22356	22367	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	40447460
40	NC_018565	GTT	4	22955	22966	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	40447460
41	NC_018565	TCA	4	25309	25319	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	40447460
42	NC_018565	GAATA	4	26716	26734	19	60 %	20 %	20 %	0 %	10 %	Non-Coding
43	NC_018565	TTAA	3	27095	27106	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
44	NC_018565	TA	6	27281	27292	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
45	NC_018565	A	20	27307	27326	20	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
46	NC_018565	ATTAGA	3	27742	27758	17	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
47	NC_018565	TC	6	28131	28142	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	40447460
48	NC_018565	TATTTA	3	28471	28487	17	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
49	NC_018565	TAT	5	28845	28859	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
50	NC_018565	ATTTT	3	29455	29470	16	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
51	NC_018565	CAAAA	3	29743	29757	15	80 %	0 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
52	NC_018565	ATTT	3	30682	30693	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
53	NC_018565	A	12	30728	30739	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_018565	AAAG	3	30851	30862	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
55	NC_018565	TAA	6	31536	31554	19	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
56	NC_018565	TAT	4	32144	32154	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
57	NC_018565	A	16	32271	32286	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
58	NC_018565	GAAA	3	34067	34078	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	40447460
59	NC_018565	GGGA	3	34187	34198	12	25 %	0 %	75 %	0 %	8 %	40447460
60	NC_018565	AG	6	35217	35227	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
61	NC_018565	AAAT	3	36028	36039	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
62	NC_018565	AT	11	36174	36194	21	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
63	NC_018565	AAAC	3	36614	36625	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
64	NC_018565	ATG	4	38581	38591	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	40447461
65	NC_018565	GCA	4	40479	40490	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	40447461
66	NC_018565	TG	6	40516	40526	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	40447461
67	NC_018565	ATG	4	40805	40815	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	40447461
68	NC_018565	GAAAA	4	42148	42166	19	80 %	0 %	20 %	0 %	10 %	Non-Coding
69	NC_018565	TAGA	3	42170	42181	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
70	NC_018565	TTAA	5	42789	42808	20	50 %	50 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
71	NC_018565	AGA	7	43952	43972	21	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
72	NC_018565	TAG	4	44060	44070	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
73	NC_018565	AAATA	3	44274	44288	15	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
74	NC_018565	GTAA	3	44314	44324	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
75	NC_018565	TTAT	3	46207	46218	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
76	NC_018565	TAAA	3	46285	46296	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_018565	TTGT	3	46438	46449	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
78	NC_018565	TAT	6	46463	46479	17	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
79	NC_018565	A	13	46612	46624	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
80	NC_018565	ATAC	3	48022	48032	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
81	NC_018565	CAAA	3	48926	48937	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	40447461
82	NC_018565	TAT	5	49760	49774	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
83	NC_018565	GATT	3	50323	50334	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
84	NC_018565	TAATA	4	50393	50411	19	60 %	40 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
85	NC_018565	TTA	4	50855	50866	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
86	NC_018565	CTTTT	3	51791	51804	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
87	NC_018565	T	14	51847	51860	14	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_018565	ATA	5	53772	53785	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	40447461
89	NC_018565	TTG	4	54522	54532	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
90	NC_018565	ATTAG	3	56019	56033	15	40 %	40 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_018565	T	15	56457	56471	15	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_018565	AATT	3	56523	56534	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
93	NC_018565	TTACTT	3	56539	56555	17	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
94	NC_018565	TA	6	56827	56837	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	40447461
95	NC_018565	T	12	57038	57049	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	40447461
96	NC_018565	AAGA	3	58468	58479	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
97	NC_018565	AT	6	58697	58707	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
98	NC_018565	T	12	59939	59950	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
99	NC_018565	AT	6	61281	61291	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	40447462
100	NC_018565	TCT	4	62633	62644	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
101	NC_018565	TA	6	62699	62709	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
102	NC_018565	AT	6	62724	62736	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
103	NC_018565	TA	6	62743	62753	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
104	NC_018565	T	14	62798	62811	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
105	NC_018565	TAAA	4	62829	62844	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
106	NC_018565	CAGC	3	63633	63644	12	25 %	0 %	25 %	50 %	8 %	40447462
107	NC_018565	TTTCT	3	64142	64156	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
108	NC_018565	ATA	6	64513	64530	18	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
109	NC_018565	TAAA	3	64750	64762	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
110	NC_018565	A	15	64935	64949	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
111	NC_018565	ATTA	3	65057	65068	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
112	NC_018565	GAAAA	3	65591	65605	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
113	NC_018565	CTT	4	66242	66253	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
114	NC_018565	TA	6	66511	66521	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
115	NC_018565	AAAG	3	66534	66544	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
116	NC_018565	A	16	67967	67982	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
117	NC_018565	TTAT	3	68146	68157	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	40447463
118	NC_018565	TTGA	3	70901	70912	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	40447463
119	NC_018565	TGTC	3	71130	71140	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	40447463
120	NC_018565	AT	6	71269	71279	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	40447463
121	NC_018565	GCTG	3	72962	72974	13	0 %	25 %	50 %	25 %	7 %	40447463
122	NC_018565	AGAA	3	73133	73144	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	40447463
123	NC_018565	TCTT	4	73723	73738	16	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	40447463
124	NC_018565	T	16	77787	77802	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	40447463
125	NC_018565	TCT	4	77876	77886	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	40447463
126	NC_018565	TTCA	3	79622	79633	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	40447463
127	NC_018565	T	13	80754	80766	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	40447463
128	NC_018565	ATC	4	81537	81547	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	40447463
129	NC_018565	A	14	81645	81658	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	40447463
130	NC_018565	T	15	81968	81982	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	40447463
131	NC_018565	TTTC	4	82104	82119	16	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	40447463
132	NC_018565	ATCT	3	82229	82241	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	40447463
133	NC_018565	TTCT	3	82333	82343	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	40447463
134	NC_018565	CAAT	3	82644	82654	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	40447463
135	NC_018565	AATT	3	82976	82986	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	40447463
136	NC_018565	TTTC	3	83674	83684	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	40447463
137	NC_018565	GAT	4	84606	84616	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	40447463
138	NC_018565	ATATG	3	85952	85966	15	40 %	40 %	20 %	0 %	6 %	40447463
139	NC_018565	TTCT	3	87703	87713	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	40447463
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214	NC_018565	AATA	3	139896	139907	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	40447463
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217	NC_018565	ACCGG	3	144304	144318	15	20 %	0 %	40 %	40 %	6 %	Non-Coding
218	NC_018565	AT	9	144554	144571	18	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
219	NC_018565	CATAC	3	145522	145535	14	40 %	20 %	0 %	40 %	7 %	Non-Coding
220	NC_018565	CTCCTT	3	146387	146404	18	0 %	50 %	0 %	50 %	5 %	40447467
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222	NC_018565	TGAT	3	148163	148175	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	40447467
223	NC_018565	AGA	4	149517	149528	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	40447467
224	NC_018565	AAAG	3	149895	149905	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	40447467
225	NC_018565	TATT	3	150978	150989	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	40447467
226	NC_018565	ATC	4	154204	154214	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	40447467

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Pachycladon enysii chloroplast