ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

Tetra-nucleotide Imperfect Repeats of Malus x domestica mitochondrion

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_018554	ATGA	3	3660	3670	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
2	NC_018554	GACA	3	4472	4483	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
3	NC_018554	GCCC	3	5841	5852	12	0 %	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
4	NC_018554	CCAG	3	5930	5941	12	25 %	0 %	25 %	50 %	8 %	Non-Coding
5	NC_018554	TTTC	3	11880	11891	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
6	NC_018554	GATT	3	13897	13908	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
7	NC_018554	AAGG	3	16857	16867	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
8	NC_018554	AGTA	3	17854	17865	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
9	NC_018554	TAAT	3	18247	18258	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
10	NC_018554	GTCC	3	26154	26164	11	0 %	25 %	25 %	50 %	9 %	40448168
11	NC_018554	CTTT	3	26733	26743	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	40448168
12	NC_018554	GGAA	3	27014	27026	13	50 %	0 %	50 %	0 %	7 %	40448168
13	NC_018554	TTGC	3	28771	28781	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	40448168
14	NC_018554	AGAT	3	29097	29109	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	40448168
15	NC_018554	GCCC	3	29201	29211	11	0 %	0 %	25 %	75 %	9 %	40448168
16	NC_018554	GCTA	3	40065	40075	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
17	NC_018554	AAAG	3	42503	42514	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	40448167
18	NC_018554	TTCT	3	44727	44738	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	40448167
19	NC_018554	TAGA	3	45033	45044	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	40448167
20	NC_018554	ATCA	3	45327	45338	12	50 %	25 %	0 %	25 %	0 %	40448167
21	NC_018554	GGAA	3	45831	45842	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	40448167
22	NC_018554	CCTT	3	47072	47083	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	40448167
23	NC_018554	CAAA	3	48228	48238	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	40448167
24	NC_018554	AGAA	3	49688	49700	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	40448167
25	NC_018554	GCCA	3	52137	52147	11	25 %	0 %	25 %	50 %	9 %	40448167
26	NC_018554	CAGA	3	54547	54559	13	50 %	0 %	25 %	25 %	7 %	40448167
27	NC_018554	GAAA	3	58013	58023	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	40448167
28	NC_018554	GTCC	3	58671	58682	12	0 %	25 %	25 %	50 %	8 %	40448167
29	NC_018554	ATTC	3	60114	60125	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	40448167
30	NC_018554	GTGA	3	62691	62702	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	40448167
31	NC_018554	AAAG	3	63833	63844	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	40448167
32	NC_018554	GTGA	4	67246	67261	16	25 %	25 %	50 %	0 %	6 %	40448167
33	NC_018554	CGGC	3	70879	70890	12	0 %	0 %	50 %	50 %	0 %	40448167
34	NC_018554	TAAG	3	75285	75296	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	40448167
35	NC_018554	ATGG	3	75794	75804	11	25 %	25 %	50 %	0 %	9 %	40448167
36	NC_018554	TAAA	3	80129	80140	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	40448167
37	NC_018554	GCTT	3	81762	81773	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	40448167
38	NC_018554	AAGA	3	83140	83150	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	40448167
39	NC_018554	ATAA	3	85477	85488	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	40448167
40	NC_018554	AATG	3	91587	91597	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	40448167
41	NC_018554	TTAA	3	94264	94275	12	50 %	50 %	0 %	0 %	0 %	40448167
42	NC_018554	AGGA	3	94747	94758	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	40448167
43	NC_018554	GATA	3	95408	95419	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	40448167
44	NC_018554	AAGC	3	95556	95566	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	40448167
45	NC_018554	AAGT	3	95701	95712	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	40448167
46	NC_018554	CTTT	3	96828	96840	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	40448167
47	NC_018554	CTTT	3	100745	100757	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	40448167
48	NC_018554	CAAG	3	102588	102599	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	40448167
49	NC_018554	AAGG	3	103364	103375	12	50 %	0 %	50 %	0 %	0 %	40448167
50	NC_018554	TTTC	3	105412	105423	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	40448167
51	NC_018554	ATTT	3	106729	106739	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	40448167
52	NC_018554	TCAT	3	107051	107062	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	40448167
53	NC_018554	AAAT	3	107926	107938	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	40448167
54	NC_018554	CTTG	3	109179	109189	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	40448167
55	NC_018554	AGCT	3	112114	112124	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	40448167
56	NC_018554	TTTA	3	113720	113731	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	40448167
57	NC_018554	TTAC	3	114215	114226	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	40448167
58	NC_018554	CAAG	3	116997	117008	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	40448167
59	NC_018554	ATGA	3	120002	120013	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	40448167
60	NC_018554	CTCC	3	122132	122143	12	0 %	25 %	0 %	75 %	8 %	40448167
61	NC_018554	TTGT	3	123025	123036	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	40448167
62	NC_018554	AGAA	3	129417	129428	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	40448167
63	NC_018554	TTCT	3	129830	129841	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	40448167
64	NC_018554	AGTG	4	130159	130175	17	25 %	25 %	50 %	0 %	5 %	40448167
65	NC_018554	GAAA	3	132521	132532	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	40448167
66	NC_018554	TCAA	3	134617	134628	12	50 %	25 %	0 %	25 %	0 %	40448167
67	NC_018554	CTTT	3	137257	137268	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	40448167
68	NC_018554	TCTA	3	137948	137958	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	40448167
69	NC_018554	GTTC	3	140396	140407	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	40448167
70	NC_018554	AGAA	3	142586	142597	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	40448167
71	NC_018554	CCTT	3	143467	143477	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	40448167
72	NC_018554	CCTG	3	143498	143509	12	0 %	25 %	25 %	50 %	8 %	40448167
73	NC_018554	GTTT	3	145231	145241	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	40448167
74	NC_018554	ACAG	3	147150	147161	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	40448167
75	NC_018554	GGGC	3	148396	148406	11	0 %	0 %	75 %	25 %	9 %	40448167
76	NC_018554	CAAA	3	150645	150656	12	75 %	0 %	0 %	25 %	0 %	40448167
77	NC_018554	AGAA	4	155211	155226	16	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	40448167
78	NC_018554	GGGA	3	157044	157055	12	25 %	0 %	75 %	0 %	8 %	40448167
79	NC_018554	AGAA	3	159971	159982	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	40448167
80	NC_018554	TGGG	3	161961	161971	11	0 %	25 %	75 %	0 %	9 %	40448167
81	NC_018554	GCAA	3	164043	164054	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	40448167
82	NC_018554	TCGC	3	164477	164489	13	0 %	25 %	25 %	50 %	7 %	40448167
83	NC_018554	CATT	3	165285	165296	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	40448167
84	NC_018554	CTTG	3	171006	171017	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	40448167
85	NC_018554	CTTG	3	176637	176648	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	40448167
86	NC_018554	GCCA	3	176996	177006	11	25 %	0 %	25 %	50 %	9 %	40448167
87	NC_018554	GGTC	3	181147	181158	12	0 %	25 %	50 %	25 %	0 %	40448167
88	NC_018554	ATTT	3	181495	181505	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	40448167
89	NC_018554	CTGC	3	181999	182009	11	0 %	25 %	25 %	50 %	9 %	40448167
90	NC_018554	AAGC	3	182780	182791	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	40448167
91	NC_018554	TTTC	3	190750	190761	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	40448167
92	NC_018554	AAAC	3	191687	191697	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	40448167
93	NC_018554	AAGT	3	193384	193395	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	40448167
94	NC_018554	TTGG	3	197891	197902	12	0 %	50 %	50 %	0 %	8 %	40448167
95	NC_018554	TTTG	3	201192	201203	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	40448167
96	NC_018554	TACT	5	201967	201987	21	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	40448167
97	NC_018554	AAGG	3	202105	202116	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	40448167
98	NC_018554	CAAG	3	203986	203996	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	40448167
99	NC_018554	AGAA	4	205449	205464	16	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	40448167
100	NC_018554	TTTC	3	205802	205813	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	40448167
101	NC_018554	TCTT	3	206389	206401	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	40448167
102	NC_018554	CAAG	3	207496	207507	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	40448167
103	NC_018554	TCCA	3	210622	210632	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	40448167
104	NC_018554	AGGA	3	211628	211639	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	40448167
105	NC_018554	AGTT	3	212805	212816	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	40448167
106	NC_018554	TTGC	3	222125	222135	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	40448167
107	NC_018554	GCAG	3	223756	223768	13	25 %	0 %	50 %	25 %	7 %	40448167
108	NC_018554	GTCT	3	223963	223974	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	40448167
109	NC_018554	AAGT	3	226834	226845	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	40448167
110	NC_018554	CCGG	3	230229	230239	11	0 %	0 %	50 %	50 %	9 %	40448167
111	NC_018554	TCAT	3	230511	230522	12	25 %	50 %	0 %	25 %	0 %	40448167
112	NC_018554	TCTT	3	230701	230712	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	40448167
113	NC_018554	CCAA	3	231330	231341	12	50 %	0 %	0 %	50 %	8 %	40448167
114	NC_018554	TTAG	3	232832	232843	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	40448167
115	NC_018554	TCAT	4	233630	233645	16	25 %	50 %	0 %	25 %	6 %	40448167
116	NC_018554	AAGC	3	233768	233778	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	40448167
117	NC_018554	AAGG	3	234008	234018	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	40448167
118	NC_018554	TTTC	3	236261	236272	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	40448167
119	NC_018554	TCAC	3	237751	237762	12	25 %	25 %	0 %	50 %	0 %	40448167
120	NC_018554	TCTA	3	242154	242165	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	40448167
121	NC_018554	GATC	3	247186	247197	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	40448167
122	NC_018554	CTTT	3	248172	248183	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	40448167
123	NC_018554	GTCA	3	248554	248565	12	25 %	25 %	25 %	25 %	0 %	40448167
124	NC_018554	CTTT	4	251093	251107	15	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	40448167
125	NC_018554	CAAG	3	251348	251359	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	40448167
126	NC_018554	CTTT	3	252621	252633	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	40448167
127	NC_018554	TGAG	3	253377	253387	11	25 %	25 %	50 %	0 %	9 %	40448167
128	NC_018554	GAAC	3	254029	254039	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	40448167
129	NC_018554	TTTC	3	255474	255485	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	40448167
130	NC_018554	GCTA	6	259080	259104	25	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	40448167
131	NC_018554	AATG	3	259933	259943	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	40448167
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167	NC_018554	TCCA	3	353756	353766	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
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176	NC_018554	GTAC	3	377438	377449	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
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ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

Tetra-nucleotide Imperfect Repeats of Malus x domestica mitochondrion