ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

Tri-nucleotide Imperfect Repeats of Capsicum annuum chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_018552	TAT	4	189	199	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
2	NC_018552	TTA	4	2064	2075	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
3	NC_018552	AGA	4	3028	3039	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	40447450
4	NC_018552	GAA	4	4449	4460	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
5	NC_018552	TGT	4	9094	9105	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
6	NC_018552	ACA	4	11861	11872	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	40447451
7	NC_018552	ATT	4	24229	24241	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	40447451
8	NC_018552	CAG	4	28920	28931	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
9	NC_018552	TTA	4	29118	29128	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
10	NC_018552	TAG	4	32457	32468	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
11	NC_018552	TTC	4	36555	36566	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	40447452
12	NC_018552	TAG	4	45709	45719	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	40447452
13	NC_018552	GTA	4	46302	46312	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
14	NC_018552	GTA	4	46317	46327	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
15	NC_018552	AAT	4	47196	47207	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
16	NC_018552	TTA	4	53220	53230	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
17	NC_018552	TAT	4	53229	53239	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
18	NC_018552	AGA	4	53294	53305	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
19	NC_018552	TTA	4	53866	53877	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_018552	ATA	5	56870	56883	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	40447453
21	NC_018552	TTG	4	57648	57658	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
22	NC_018552	TTA	5	59544	59557	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
23	NC_018552	TAA	6	59735	59751	17	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
24	NC_018552	GTT	4	68110	68120	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
25	NC_018552	TCT	4	68379	68390	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
26	NC_018552	TCT	4	77051	77062	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	40447450
27	NC_018552	AGA	4	80099	80109	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	40447450
28	NC_018552	TTA	4	87139	87150	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	40447450
29	NC_018552	CTT	4	87561	87572	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	40447450
30	NC_018552	GAT	4	88028	88038	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	40447450
31	NC_018552	TTC	4	102088	102099	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	40447454
32	NC_018552	ATT	4	113897	113909	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	40447454
33	NC_018552	TAA	4	114311	114322	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	40447454
34	NC_018552	AAG	4	114536	114547	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	40447454
35	NC_018552	TTA	4	116583	116594	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	40447454
36	NC_018552	TTC	5	122572	122586	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	40447454
37	NC_018552	TTA	6	130985	131002	18	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	5 %	40447454
38	NC_018552	GAA	4	142049	142060	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	40447454
39	NC_018552	ATC	4	156110	156120	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	40447458
40	NC_018552	GAA	5	156575	156589	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	40447458

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

Tri-nucleotide Imperfect Repeats of Capsicum annuum chloroplast