ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Capsicum annuum chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_018552	TTCT	3	165	177	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
2	NC_018552	TAT	4	189	199	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
3	NC_018552	AAAG	4	466	481	16	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
4	NC_018552	AAGT	3	1264	1274	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	40447450
5	NC_018552	TTA	4	2064	2075	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
6	NC_018552	AGA	4	3028	3039	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	40447450
7	NC_018552	CATT	3	4152	4163	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
8	NC_018552	GAA	4	4449	4460	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
9	NC_018552	GAAA	3	4495	4505	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
10	NC_018552	TAAA	3	4508	4519	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
11	NC_018552	A	15	4636	4650	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
12	NC_018552	ATTT	3	4912	4922	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
13	NC_018552	TTTC	3	5515	5525	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	40447450
14	NC_018552	AATA	3	6020	6031	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	40447450
15	NC_018552	AT	8	6522	6536	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
16	NC_018552	GAAT	3	6556	6567	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
17	NC_018552	AATA	3	6828	6839	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
18	NC_018552	GTTT	3	7617	7629	13	0 %	75 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
19	NC_018552	TTAC	3	7846	7858	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
20	NC_018552	TTCT	3	8059	8069	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	40447450
21	NC_018552	TCTT	6	8846	8869	24	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
22	NC_018552	TGT	4	9094	9105	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
23	NC_018552	CAAG	3	9137	9147	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
24	NC_018552	CCTAT	3	9341	9355	15	20 %	40 %	0 %	40 %	6 %	Non-Coding
25	NC_018552	AAAG	3	9699	9710	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
26	NC_018552	AAAG	3	9752	9762	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
27	NC_018552	T	12	10298	10309	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_018552	A	15	10331	10345	15	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_018552	AT	6	10440	10451	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
30	NC_018552	ACA	4	11861	11872	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	40447451
31	NC_018552	TTTCC	3	12565	12579	15	0 %	60 %	0 %	40 %	6 %	40447451
32	NC_018552	ATGA	3	12675	12687	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	40447451
33	NC_018552	AAAT	3	12771	12781	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	40447451
34	NC_018552	T	12	12807	12818	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	40447451
35	NC_018552	TAAA	3	13487	13498	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
36	NC_018552	ATTCA	3	14296	14309	14	40 %	40 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
37	NC_018552	AAAT	3	14730	14741	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
38	NC_018552	TATT	3	16151	16163	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
39	NC_018552	A	13	16922	16934	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
40	NC_018552	AAAC	3	18955	18965	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	40447451
41	NC_018552	ATT	4	24229	24241	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	40447451
42	NC_018552	TCAT	3	27497	27507	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
43	NC_018552	ATTAG	3	27511	27524	14	40 %	40 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
44	NC_018552	AG	7	27988	28000	13	50 %	0 %	50 %	0 %	7 %	Non-Coding
45	NC_018552	AT	6	28265	28275	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
46	NC_018552	CAG	4	28920	28931	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
47	NC_018552	TTGCA	4	29007	29026	20	20 %	40 %	20 %	20 %	10 %	Non-Coding
48	NC_018552	TTA	4	29118	29128	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
49	NC_018552	AAAT	3	30330	30340	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
50	NC_018552	CTAT	3	30595	30606	12	25 %	50 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
51	NC_018552	TTAA	3	30724	30734	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	40447451
52	NC_018552	CCAA	3	31064	31076	13	50 %	0 %	0 %	50 %	7 %	Non-Coding
53	NC_018552	TTCT	3	31108	31119	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
54	NC_018552	TGTTT	3	31580	31594	15	0 %	80 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
55	NC_018552	TATT	3	32403	32413	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
56	NC_018552	TAG	4	32457	32468	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
57	NC_018552	AAAG	3	32795	32806	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
58	NC_018552	ATGA	3	33212	33222	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
59	NC_018552	T	14	33399	33412	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
60	NC_018552	TTATT	4	33778	33796	19	20 %	80 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
61	NC_018552	TTC	4	36555	36566	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	40447452
62	NC_018552	CTTT	3	36757	36768	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
63	NC_018552	AG	6	36925	36935	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
64	NC_018552	TA	6	37131	37142	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
65	NC_018552	AAAT	3	37165	37175	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
66	NC_018552	TC	7	37187	37199	13	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	Non-Coding
67	NC_018552	TC	6	37557	37567	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	40447452
68	NC_018552	TA	7	37792	37804	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
69	NC_018552	ATTG	3	39998	40008	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	40447452
70	NC_018552	AATG	3	41644	41655	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	40447452
71	NC_018552	TG	6	42086	42096	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	40447452
72	NC_018552	TTTA	3	43399	43410	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
73	NC_018552	TA	6	43676	43689	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
74	NC_018552	TAATTT	4	43769	43792	24	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
75	NC_018552	ATAA	3	43807	43818	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_018552	ATAA	8	43834	43865	32	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
77	NC_018552	CT	6	44784	44795	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	40447452
78	NC_018552	TTTTC	3	44959	44972	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	40447452
79	NC_018552	A	12	45336	45347	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	40447452
80	NC_018552	TAG	4	45709	45719	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	40447452
81	NC_018552	A	13	45945	45957	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	40447452
82	NC_018552	GTA	4	46302	46312	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
83	NC_018552	GTA	4	46317	46327	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
84	NC_018552	CTTTGA	3	46832	46848	17	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
85	NC_018552	AAT	4	47196	47207	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
86	NC_018552	CTTATT	3	48006	48024	19	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
87	NC_018552	TATT	4	48051	48065	15	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
88	NC_018552	TA	6	48225	48235	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
89	NC_018552	AAGG	3	48288	48298	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
90	NC_018552	AT	7	48747	48759	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
91	NC_018552	AAAGAA	3	49092	49109	18	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
92	NC_018552	AT	6	49815	49825	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
93	NC_018552	AATT	3	52992	53003	12	50 %	50 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_018552	TTA	4	53220	53230	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
95	NC_018552	TAT	4	53229	53239	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
96	NC_018552	AGA	4	53294	53305	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
97	NC_018552	AGGTA	3	53338	53351	14	40 %	20 %	40 %	0 %	7 %	Non-Coding
98	NC_018552	TTA	4	53866	53877	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_018552	ATA	5	56870	56883	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	40447453
100	NC_018552	AAAT	3	56885	56896	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_018552	TAAA	3	57460	57470	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
102	NC_018552	TGAT	3	57557	57568	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
103	NC_018552	TTG	4	57648	57658	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
104	NC_018552	TTA	5	59544	59557	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
105	NC_018552	TAA	6	59735	59751	17	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
106	NC_018552	TAAA	3	61651	61663	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
107	NC_018552	AT	6	64215	64225	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	40447453
108	NC_018552	AT	6	65160	65170	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	40447453
109	NC_018552	AAAAAT	3	66126	66142	17	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
110	NC_018552	ACAAA	3	66652	66665	14	80 %	0 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
111	NC_018552	TTTC	3	67967	67977	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
112	NC_018552	GTT	4	68110	68120	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
113	NC_018552	ATGA	3	68186	68197	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
114	NC_018552	TCT	4	68379	68390	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
115	NC_018552	TTAAA	3	68440	68455	16	60 %	40 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
116	NC_018552	AAAT	4	69949	69964	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
117	NC_018552	CTTTA	3	70632	70647	16	20 %	60 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
118	NC_018552	AAAC	3	71149	71160	12	75 %	0 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
119	NC_018552	TGAA	3	72106	72117	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
120	NC_018552	T	14	72268	72281	14	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_018552	TTTAA	4	72449	72469	21	40 %	60 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
122	NC_018552	TTTC	3	73690	73700	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	40447450
123	NC_018552	GGTT	3	76680	76691	12	0 %	50 %	50 %	0 %	8 %	40447450
124	NC_018552	TCT	4	77051	77062	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	40447450
125	NC_018552	AT	6	79632	79642	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	40447450
126	NC_018552	AGA	4	80099	80109	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	40447450
127	NC_018552	T	17	81393	81409	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	40447450
128	NC_018552	TTTA	3	83789	83800	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	40447450
129	NC_018552	AT	6	84948	84959	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	40447450
130	NC_018552	TATAAA	3	85060	85077	18	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	5 %	40447450
131	NC_018552	TC	6	85575	85586	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	40447450
132	NC_018552	TCTT	3	85606	85616	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	40447450
133	NC_018552	GTTT	3	85648	85658	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	40447450
134	NC_018552	TA	6	85694	85704	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	40447450
135	NC_018552	CAAT	3	86057	86067	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	40447450
136	NC_018552	TTA	4	87139	87150	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	40447450
137	NC_018552	T	15	87452	87466	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	40447450
138	NC_018552	CTT	4	87561	87572	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	40447450
139	NC_018552	GAT	4	88028	88038	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	40447450
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181	NC_018552	GATC	3	149963	149973	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	40447458
182	NC_018552	ATTT	3	152737	152748	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	40447458
183	NC_018552	ATC	4	156110	156120	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	40447458
184	NC_018552	GAA	5	156575	156589	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	40447458
185	NC_018552	A	16	156684	156699	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Capsicum annuum chloroplast