ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

Tetra-nucleotide Imperfect Repeats of Raphanus sativus mitochondrion

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_018551	AGTC	3	1574	1585	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
2	NC_018551	GCAT	3	3918	3929	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
3	NC_018551	AGCT	3	5250	5260	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
4	NC_018551	GTAG	3	8867	8878	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	40448166
5	NC_018551	ATTT	3	12317	12328	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	40448166
6	NC_018551	CATT	3	12758	12769	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	40448166
7	NC_018551	GCAA	3	16901	16911	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	40448166
8	NC_018551	TCAT	3	18276	18287	12	25 %	50 %	0 %	25 %	0 %	40448166
9	NC_018551	AAAG	3	20200	20211	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	40448166
10	NC_018551	GATT	3	21736	21747	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	40448166
11	NC_018551	ATTC	3	22198	22210	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	40448166
12	NC_018551	GCTA	3	26113	26124	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	40448166
13	NC_018551	AAGA	3	28070	28080	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	40448166
14	NC_018551	GAAA	3	30944	30955	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	40448166
15	NC_018551	AGAA	3	31465	31477	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	40448166
16	NC_018551	TCAT	4	31797	31812	16	25 %	50 %	0 %	25 %	6 %	40448166
17	NC_018551	AAGG	3	32138	32148	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	40448166
18	NC_018551	GATC	3	34108	34118	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	40448166
19	NC_018551	ATGA	3	35215	35227	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	40448166
20	NC_018551	AGCT	3	37631	37642	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	40448166
21	NC_018551	TTAC	3	37808	37819	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	40448166
22	NC_018551	ACTA	3	37849	37859	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	40448166
23	NC_018551	ACAA	3	41570	41581	12	75 %	0 %	0 %	25 %	0 %	40448166
24	NC_018551	GTCA	3	47518	47529	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	40448166
25	NC_018551	GAGT	3	48384	48395	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	40448166
26	NC_018551	AGAA	3	49487	49498	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	40448166
27	NC_018551	GAAA	3	49669	49680	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	40448166
28	NC_018551	CTAG	3	50374	50386	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	40448166
29	NC_018551	CAAA	3	55491	55502	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	40448166
30	NC_018551	ACTT	3	56572	56584	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	40448166
31	NC_018551	GCTA	3	56594	56605	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	40448166
32	NC_018551	TGAG	3	56833	56844	12	25 %	25 %	50 %	0 %	0 %	40448166
33	NC_018551	AAGA	3	58834	58846	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	40448166
34	NC_018551	AAGA	3	58873	58885	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	40448166
35	NC_018551	AAGA	3	58912	58924	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	40448166
36	NC_018551	CTTT	3	58968	58978	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	40448166
37	NC_018551	GTTC	5	59762	59782	21	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	40448166
38	NC_018551	AGAA	3	60698	60709	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	40448166
39	NC_018551	CTAG	3	63959	63970	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	40448166
40	NC_018551	AAAG	3	67977	67989	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	40448166
41	NC_018551	AGCT	3	68119	68129	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	40448166
42	NC_018551	CTTT	3	72270	72280	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	40448166
43	NC_018551	CGCC	3	72816	72827	12	0 %	0 %	25 %	75 %	8 %	40448166
44	NC_018551	CATT	3	73489	73500	12	25 %	50 %	0 %	25 %	0 %	40448166
45	NC_018551	AAAG	3	79168	79178	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	40448166
46	NC_018551	TTCT	3	79512	79523	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	40448166
47	NC_018551	GATT	3	80696	80707	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	40448166
48	NC_018551	GAAA	3	81238	81249	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	40448166
49	NC_018551	TTCT	3	85458	85469	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	40448166
50	NC_018551	CTTT	3	87535	87547	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	40448166
51	NC_018551	CCAA	3	88063	88074	12	50 %	0 %	0 %	50 %	8 %	40448166
52	NC_018551	TTTA	3	88391	88402	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	40448166
53	NC_018551	TTCT	3	94103	94115	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	40448166
54	NC_018551	AGAA	4	95505	95520	16	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	40448166
55	NC_018551	ATAG	3	96678	96688	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	40448166
56	NC_018551	AAGA	3	97322	97334	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	40448166
57	NC_018551	TTTG	3	97653	97663	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	40448166
58	NC_018551	TCAT	3	100614	100624	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	40448166
59	NC_018551	CTTC	3	101524	101535	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	40448166
60	NC_018551	TCTT	3	104016	104027	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	40448166
61	NC_018551	CATT	3	104787	104797	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	40448166
62	NC_018551	TTTG	3	108446	108457	12	0 %	75 %	25 %	0 %	0 %	40448166
63	NC_018551	GCCG	3	113791	113802	12	0 %	0 %	50 %	50 %	0 %	40448167
64	NC_018551	GAAT	3	115583	115594	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	40448167
65	NC_018551	GAAA	3	117202	117213	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	40448167
66	NC_018551	AAGC	3	126532	126542	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	40448167
67	NC_018551	CACT	3	129597	129608	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	40448167
68	NC_018551	AATG	3	129811	129822	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	40448167
69	NC_018551	TTGG	3	132703	132713	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	40448167
70	NC_018551	CCAA	3	133963	133975	13	50 %	0 %	0 %	50 %	7 %	40448167
71	NC_018551	CAAG	3	137640	137650	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	40448167
72	NC_018551	TCCA	3	141687	141697	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	40448167
73	NC_018551	AAAG	3	142342	142352	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	40448167
74	NC_018551	AGTA	3	143569	143580	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	40448167
75	NC_018551	CCAG	3	146253	146264	12	25 %	0 %	25 %	50 %	8 %	40448167
76	NC_018551	AGTC	3	154039	154050	12	25 %	25 %	25 %	25 %	0 %	40448167
77	NC_018551	GCTA	3	157499	157509	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	40448167
78	NC_018551	CTTG	3	159105	159115	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	40448167
79	NC_018551	TCAA	3	159736	159746	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	40448167
80	NC_018551	AATC	3	166108	166119	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	40448167
81	NC_018551	ATTC	3	166601	166612	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	40448167
82	NC_018551	TCCT	3	167002	167014	13	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	40448167
83	NC_018551	AAAG	3	167670	167681	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	40448167
84	NC_018551	GGAA	3	168903	168913	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	40448167
85	NC_018551	TGGC	3	172487	172497	11	0 %	25 %	50 %	25 %	9 %	40448167
86	NC_018551	CTTT	3	173915	173925	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	40448167
87	NC_018551	CTAG	3	174959	174970	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	40448167
88	NC_018551	TCTT	4	176545	176560	16	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	40448167
89	NC_018551	AATC	3	176723	176734	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	40448167
90	NC_018551	TGCT	3	176805	176816	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	40448167
91	NC_018551	GAAG	3	179372	179384	13	50 %	0 %	50 %	0 %	7 %	40448167
92	NC_018551	TAAA	3	182079	182090	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	40448167
93	NC_018551	TGAC	3	184884	184895	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	40448167
94	NC_018551	AAAG	3	187733	187745	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	40448167
95	NC_018551	AAGA	3	189594	189606	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	40448167
96	NC_018551	AAGA	3	189633	189645	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	40448167
97	NC_018551	AAGA	3	189672	189684	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	40448167
98	NC_018551	CTTT	3	189728	189738	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	40448167
99	NC_018551	GTTC	5	190522	190542	21	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	40448167
100	NC_018551	AGAA	3	191458	191469	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	40448167
101	NC_018551	CTAG	3	194719	194730	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	40448167
102	NC_018551	AAAG	3	198737	198749	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	40448167
103	NC_018551	AGCT	3	198879	198889	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	40448167
104	NC_018551	TGAA	3	205856	205867	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	40448167
105	NC_018551	TTCA	3	207701	207712	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	40448167
106	NC_018551	TTTC	3	212516	212527	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
107	NC_018551	AAAC	3	213950	213961	12	75 %	0 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
108	NC_018551	GCGA	3	214475	214486	12	25 %	0 %	50 %	25 %	8 %	Non-Coding
109	NC_018551	TTCC	3	215001	215011	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
110	NC_018551	GGAA	3	216357	216369	13	50 %	0 %	50 %	0 %	7 %	Non-Coding
111	NC_018551	GAAT	3	221215	221226	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
112	NC_018551	TGAC	3	221524	221535	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
113	NC_018551	TTTC	3	225073	225084	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
114	NC_018551	AAAC	3	228803	228814	12	75 %	0 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
115	NC_018551	AGTC	3	233292	233303	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
116	NC_018551	TCAG	3	235077	235087	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	40448167
117	NC_018551	GTCC	3	235149	235159	11	0 %	25 %	25 %	50 %	9 %	40448167
118	NC_018551	TCCC	3	236703	236713	11	0 %	25 %	0 %	75 %	9 %	40448167
119	NC_018551	TTGC	3	237637	237647	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	40448167
120	NC_018551	AGAT	3	237937	237949	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	40448167
121	NC_018551	GTGG	3	241806	241817	12	0 %	25 %	75 %	0 %	8 %	Non-Coding
122	NC_018551	CAGT	3	252029	252039	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
123	NC_018551	TTGA	3	253209	253220	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
124	NC_018551	CAGA	3	254554	254564	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
125	NC_018551	AAAG	3	254581	254592	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
126	NC_018551	GAAA	3	256348	256359	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

Tetra-nucleotide Imperfect Repeats of Raphanus sativus mitochondrion