ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Elodea canadensis chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_018541	CAG	4	937	948	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	40447439
2	NC_018541	GTAAA	3	1574	1587	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
3	NC_018541	AAAT	3	1820	1831	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
4	NC_018541	CTT	4	2005	2016	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	40447439
5	NC_018541	TTAC	3	2373	2383	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	40447439
6	NC_018541	TCT	4	3553	3563	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
7	NC_018541	AT	6	4166	4178	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
8	NC_018541	TCTCT	3	4911	4924	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	40447439
9	NC_018541	AT	6	5174	5184	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	40447439
10	NC_018541	AAGA	3	5387	5397	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	40447439
11	NC_018541	TA	7	6381	6393	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
12	NC_018541	AT	6	6434	6445	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
13	NC_018541	TA	6	6507	6519	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
14	NC_018541	AT	6	6570	6580	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
15	NC_018541	T	12	6770	6781	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_018541	AT	6	7114	7124	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
17	NC_018541	AATT	3	7131	7141	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
18	NC_018541	AT	6	7168	7178	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
19	NC_018541	A	12	7797	7808	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
20	NC_018541	T	14	8044	8057	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
21	NC_018541	GA	6	8383	8394	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
22	NC_018541	ATGAT	3	8814	8827	14	40 %	40 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
23	NC_018541	AAT	4	9524	9535	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
24	NC_018541	TA	6	10092	10102	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
25	NC_018541	TTTA	3	10274	10284	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
26	NC_018541	CTGT	3	11404	11415	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	40447439
27	NC_018541	ATTT	3	13034	13045	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	40447439
28	NC_018541	TA	6	13088	13098	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	40447439
29	NC_018541	TAAA	3	13145	13155	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	40447439
30	NC_018541	ATTT	4	13429	13443	15	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
31	NC_018541	CAA	4	13701	13711	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
32	NC_018541	TAA	4	13720	13730	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
33	NC_018541	ATT	4	14079	14091	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
34	NC_018541	ATTT	3	14857	14869	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
35	NC_018541	TTA	4	14881	14892	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
36	NC_018541	AATG	3	14943	14954	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
37	NC_018541	ACT	4	15088	15099	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	40447439
38	NC_018541	TTTG	3	16657	16667	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	40447440
39	NC_018541	AAAT	3	16715	16726	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_018541	TCAA	3	17133	17144	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	40447440
41	NC_018541	T	13	18918	18930	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	40447440
42	NC_018541	TGAA	3	19438	19448	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	40447440
43	NC_018541	ATG	4	20794	20805	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	40447440
44	NC_018541	GAAT	3	23124	23134	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	40447440
45	NC_018541	CTAT	3	23381	23392	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	40447440
46	NC_018541	GTT	4	23983	23994	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	40447440
47	NC_018541	TTTG	3	24512	24522	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	40447440
48	NC_018541	GAAAA	3	26623	26637	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	40447440
49	NC_018541	AT	6	27338	27348	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
50	NC_018541	AAT	4	27647	27657	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
51	NC_018541	AT	7	28006	28018	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
52	NC_018541	T	12	28195	28206	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_018541	CTTT	3	29456	29467	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
54	NC_018541	AATTCT	3	29806	29822	17	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
55	NC_018541	CTTT	3	29836	29847	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
56	NC_018541	AT	6	30148	30158	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
57	NC_018541	ATT	4	30274	30284	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
58	NC_018541	ATT	4	30297	30307	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
59	NC_018541	TGA	4	31641	31652	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
60	NC_018541	GCCC	3	32410	32421	12	0 %	0 %	25 %	75 %	8 %	Non-Coding
61	NC_018541	TATT	3	32607	32618	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
62	NC_018541	AT	6	32851	32862	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
63	NC_018541	ATTT	3	33571	33582	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
64	NC_018541	GAAA	3	35399	35410	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	40447440
65	NC_018541	GGA	4	35520	35530	11	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	9 %	40447440
66	NC_018541	TTG	4	35804	35814	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	40447440
67	NC_018541	TTGT	3	36383	36394	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	40447440
68	NC_018541	CAAA	4	36457	36472	16	75 %	0 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
69	NC_018541	AG	6	36492	36502	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
70	NC_018541	ATTTA	3	37193	37208	16	40 %	60 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
71	NC_018541	AAT	4	37213	37228	16	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
72	NC_018541	AT	11	37585	37604	20	50 %	50 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
73	NC_018541	ATG	4	39918	39928	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	40447441
74	NC_018541	CTA	4	41481	41492	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	40447441
75	NC_018541	TGC	4	41524	41534	11	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	9 %	40447441
76	NC_018541	GCA	4	41816	41827	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	40447441
77	NC_018541	TATC	3	43132	43142	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
78	NC_018541	TAA	4	43403	43415	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
79	NC_018541	TA	9	47114	47131	18	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
80	NC_018541	ATATC	3	47644	47658	15	40 %	40 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
81	NC_018541	TTA	4	47670	47680	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
82	NC_018541	T	17	47805	47821	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
83	NC_018541	AATA	3	48127	48137	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
84	NC_018541	TTCA	3	48173	48184	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
85	NC_018541	TTGA	3	48291	48303	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
86	NC_018541	TA	6	49496	49507	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
87	NC_018541	TCCC	3	49704	49715	12	0 %	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
88	NC_018541	TCTTT	3	51254	51268	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	40447441
89	NC_018541	AAAT	3	51913	51924	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
90	NC_018541	TA	6	51960	51971	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
91	NC_018541	AATAT	4	51977	51997	21	60 %	40 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
92	NC_018541	AT	6	52088	52098	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
93	NC_018541	TA	6	52108	52119	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
94	NC_018541	TTATTC	3	52324	52341	18	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
95	NC_018541	AATT	3	52415	52426	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
96	NC_018541	ATT	5	52993	53007	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
97	NC_018541	CTTT	3	53644	53654	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
98	NC_018541	TGCA	3	57436	57447	12	25 %	25 %	25 %	25 %	0 %	40447441
99	NC_018541	GATT	3	58328	58339	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
100	NC_018541	TAAAA	3	58549	58563	15	80 %	20 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_018541	ATTA	3	60303	60315	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
102	NC_018541	TATAGA	3	60397	60414	18	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
103	NC_018541	GAA	4	60522	60534	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
104	NC_018541	TAATA	3	60618	60632	15	60 %	40 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
105	NC_018541	TCAG	3	61538	61549	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	40447442
106	NC_018541	TTA	5	62439	62453	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
107	NC_018541	GAAA	3	62638	62649	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
108	NC_018541	TACAT	3	63369	63382	14	40 %	40 %	0 %	20 %	7 %	40447442
109	NC_018541	AT	6	63619	63629	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	40447442
110	NC_018541	TTC	4	64417	64428	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	40447442
111	NC_018541	TATT	3	67237	67247	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
112	NC_018541	TTGAA	3	67428	67442	15	40 %	40 %	20 %	0 %	6 %	40447442
113	NC_018541	AATA	3	68463	68474	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
114	NC_018541	GAAA	3	69178	69189	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	40447443
115	NC_018541	ATA	4	69239	69251	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	40447443
116	NC_018541	TA	6	69254	69264	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	40447443
117	NC_018541	AATA	3	69269	69280	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
118	NC_018541	AT	6	69926	69936	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
119	NC_018541	ATTT	3	70466	70476	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
120	NC_018541	AT	6	71199	71209	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	40447443
121	NC_018541	AAG	4	71670	71680	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	40447443
122	NC_018541	TTTA	3	71878	71889	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	40447443
123	NC_018541	A	13	71940	71952	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	40447443
124	NC_018541	A	14	72147	72160	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	40447443
125	NC_018541	TCTT	3	72233	72243	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	40447443
126	NC_018541	AAAC	3	72249	72259	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	40447443
127	NC_018541	ACA	4	75895	75906	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	40447443
128	NC_018541	AATA	3	76784	76795	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	40447443
129	NC_018541	ATAA	3	77755	77766	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	40447443
130	NC_018541	TATT	3	77905	77915	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	40447443
131	NC_018541	TTTTC	3	79306	79319	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	40447443
132	NC_018541	TTCT	3	81479	81490	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	40447443
133	NC_018541	AT	6	81608	81621	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	40447443
134	NC_018541	GGTTAT	3	83058	83076	19	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	10 %	40447443
135	NC_018541	TA	7	83174	83186	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	40447443
136	NC_018541	TA	10	83309	83330	22	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	40447443
137	NC_018541	CAAT	3	84340	84350	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	40447443
138	NC_018541	AT	6	85505	85515	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	40447443
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217	NC_018541	TAGA	3	147321	147332	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
218	NC_018541	TCCTCT	3	148396	148413	18	0 %	50 %	0 %	50 %	0 %	40447447
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221	NC_018541	TTCT	3	150137	150147	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	40447447
222	NC_018541	TGAT	3	150329	150341	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	40447447
223	NC_018541	TC	6	151457	151467	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	40447447
224	NC_018541	ATC	4	151881	151892	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	40447447
225	NC_018541	AAAG	3	152037	152047	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	40447447
226	NC_018541	ATTT	3	153082	153093	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	40447447

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Elodea canadensis chloroplast