ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

Tri-nucleotide Imperfect Repeats of Saccharina japonica chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_018523	TAT	4	1860	1871	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
2	NC_018523	AAT	4	5686	5698	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
3	NC_018523	ATA	4	7987	7997	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
4	NC_018523	ACC	4	9160	9171	12	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	8 %	40306652
5	NC_018523	TAA	4	10306	10316	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	40306652
6	NC_018523	ATT	4	17425	17436	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	0 %	40306653
7	NC_018523	AAT	4	18139	18149	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	40306653
8	NC_018523	TTC	4	21577	21588	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	40306653
9	NC_018523	TAA	7	24370	24389	20	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
10	NC_018523	ATT	4	26236	26247	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	40306653
11	NC_018523	CAT	4	28506	28517	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	40306654
12	NC_018523	CAC	4	28776	28787	12	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	8 %	40306654
13	NC_018523	ATA	4	29185	29196	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	40306654
14	NC_018523	ATA	4	31023	31033	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	40306654
15	NC_018523	ATA	4	31701	31711	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	40306654
16	NC_018523	TAG	4	31797	31808	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	40306654
17	NC_018523	TAA	4	34515	34525	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
18	NC_018523	TAT	4	35593	35604	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
19	NC_018523	TAA	4	36866	36876	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	40306654
20	NC_018523	TAT	4	38605	38616	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	40306654
21	NC_018523	CAC	4	38941	38952	12	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	8 %	40306654
22	NC_018523	TGT	4	40187	40197	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
23	NC_018523	ATA	5	40265	40279	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
24	NC_018523	TAA	4	40749	40761	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	40306655
25	NC_018523	GTG	4	40970	40981	12	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	8 %	40306655
26	NC_018523	TTG	4	41138	41149	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	40306655
27	NC_018523	ATT	4	41647	41659	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
28	NC_018523	TAA	4	42219	42231	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
29	NC_018523	ATA	4	43688	43699	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_018523	ATT	5	44279	44294	16	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
31	NC_018523	TAT	5	44661	44674	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
32	NC_018523	TAA	4	44893	44903	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
33	NC_018523	TAA	4	44956	44967	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	40306655
34	NC_018523	AAT	4	46164	46175	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	40306655
35	NC_018523	ACA	4	48932	48942	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
36	NC_018523	TTA	4	49185	49196	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
37	NC_018523	CTG	4	49519	49530	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	40306656
38	NC_018523	TGC	4	50042	50053	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	40306656
39	NC_018523	ATT	4	50894	50904	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
40	NC_018523	TTA	4	55025	55036	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	40306656
41	NC_018523	GGT	4	56270	56281	12	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	8 %	40306656
42	NC_018523	ATA	4	57214	57225	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
43	NC_018523	ATA	4	59187	59197	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
44	NC_018523	ATA	4	59200	59213	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
45	NC_018523	ATA	4	59325	59336	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
46	NC_018523	AGA	4	61059	61070	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	40306657
47	NC_018523	ATT	4	62410	62422	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
48	NC_018523	AGA	4	63070	63081	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	40306657
49	NC_018523	TAT	4	64763	64774	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	40306657
50	NC_018523	TTA	4	69194	69205	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	40306658
51	NC_018523	TGT	4	69311	69322	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	40306658
52	NC_018523	ATG	4	72254	72265	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	40306658
53	NC_018523	AGA	5	72336	72349	14	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	40306658
54	NC_018523	TTA	4	72605	72616	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
55	NC_018523	AGC	4	73896	73907	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	40306658
56	NC_018523	AAG	4	74168	74179	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	40306658
57	NC_018523	TAT	5	74559	74572	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
58	NC_018523	TTA	4	76598	76609	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	40306658
59	NC_018523	ATA	4	77504	77514	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	40306659
60	NC_018523	TTC	4	80257	80268	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	40306659
61	NC_018523	TAG	4	80994	81005	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
62	NC_018523	TAT	4	81010	81024	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
63	NC_018523	TAA	4	81065	81075	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
64	NC_018523	AGC	4	81182	81193	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	40306659
65	NC_018523	AAT	4	81458	81468	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
66	NC_018523	TTA	5	81505	81518	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
67	NC_018523	ATT	4	81874	81885	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
68	NC_018523	ATA	4	85542	85554	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
69	NC_018523	TGT	5	92509	92523	15	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	6 %	40306661
70	NC_018523	AAT	4	96602	96613	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	40306661
71	NC_018523	TAT	4	99478	99489	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	40306662
72	NC_018523	TAA	4	101042	101052	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
73	NC_018523	ATG	4	104919	104930	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	40306663
74	NC_018523	AAT	4	106356	106367	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	40306663
75	NC_018523	ATA	4	107434	107444	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	40306663
76	NC_018523	AGA	4	108120	108131	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	40306663
77	NC_018523	AGA	4	108201	108211	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	40306663
78	NC_018523	TCA	4	108612	108623	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	40306663
79	NC_018523	TAT	4	112558	112568	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
80	NC_018523	AAT	4	112579	112590	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
81	NC_018523	TAT	4	112609	112620	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
82	NC_018523	AAT	5	112746	112760	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
83	NC_018523	TAA	4	114006	114016	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	40306664
84	NC_018523	AAG	4	114875	114886	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	40306664
85	NC_018523	TAA	4	116738	116748	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
86	NC_018523	ATA	6	117553	117570	18	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	5 %	40306664
87	NC_018523	TGG	4	122538	122549	12	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	8 %	40306665
88	NC_018523	GCT	4	123232	123243	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	40306665
89	NC_018523	ATA	4	123324	123335	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
90	NC_018523	TAT	4	125282	125292	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
91	NC_018523	TGA	4	126584	126595	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	40306665
92	NC_018523	ATT	4	126793	126805	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	40306665
93	NC_018523	ATT	5	127116	127130	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	40306665
94	NC_018523	AAG	4	127450	127461	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	40306665
95	NC_018523	TAT	4	130177	130188	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
96	NC_018523	TAA	5	130336	130350	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	40306665

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

Tri-nucleotide Imperfect Repeats of Saccharina japonica chloroplast