ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Saccharina japonica chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_018523	AACT	3	1198	1209	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
2	NC_018523	TAT	4	1860	1871	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
3	NC_018523	CAGG	3	2476	2487	12	25 %	0 %	50 %	25 %	8 %	Non-Coding
4	NC_018523	TTTC	3	4706	4716	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
5	NC_018523	AAT	4	5686	5698	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
6	NC_018523	AT	6	5718	5728	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
7	NC_018523	AT	8	5907	5922	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
8	NC_018523	TA	19	5929	5967	39	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
9	NC_018523	ATA	4	7987	7997	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
10	NC_018523	ACC	4	9160	9171	12	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	8 %	40306652
11	NC_018523	TAA	4	10306	10316	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	40306652
12	NC_018523	ATTA	3	11371	11382	12	50 %	50 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_018523	TTGT	3	14443	14454	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	40306653
14	NC_018523	TTAT	3	14835	14846	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	40306653
15	NC_018523	CGTTT	3	14878	14891	14	0 %	60 %	20 %	20 %	7 %	40306653
16	NC_018523	ATAA	3	15409	15420	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	40306653
17	NC_018523	TTTC	3	16141	16152	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	40306653
18	NC_018523	AATA	3	16453	16464	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	40306653
19	NC_018523	TAACTT	3	16496	16514	19	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	10 %	40306653
20	NC_018523	ATT	4	17425	17436	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	0 %	40306653
21	NC_018523	AATT	3	17834	17846	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	40306653
22	NC_018523	AAT	4	18139	18149	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	40306653
23	NC_018523	GTTA	3	18821	18831	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	40306653
24	NC_018523	AATG	3	19397	19407	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	40306653
25	NC_018523	TTC	4	21577	21588	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	40306653
26	NC_018523	TAAA	3	22003	22013	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	40306653
27	NC_018523	CTTT	3	23745	23755	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	40306653
28	NC_018523	TA	12	23990	24012	23	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
29	NC_018523	TAA	7	24370	24389	20	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
30	NC_018523	TTAG	3	24452	24462	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
31	NC_018523	AATA	4	24578	24593	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
32	NC_018523	ATT	4	26236	26247	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	40306653
33	NC_018523	TAAA	3	27372	27382	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
34	NC_018523	AAAAAT	3	28005	28021	17	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	5 %	40306654
35	NC_018523	CAT	4	28506	28517	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	40306654
36	NC_018523	CAC	4	28776	28787	12	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	8 %	40306654
37	NC_018523	ATTG	3	28815	28826	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	40306654
38	NC_018523	ATA	4	29185	29196	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	40306654
39	NC_018523	AAGA	3	29852	29862	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	40306654
40	NC_018523	ATA	4	31023	31033	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	40306654
41	NC_018523	TTTTC	3	31089	31102	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	40306654
42	NC_018523	TA	6	31644	31654	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	40306654
43	NC_018523	ATA	4	31701	31711	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	40306654
44	NC_018523	TAG	4	31797	31808	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	40306654
45	NC_018523	GTAA	3	32304	32315	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	40306654
46	NC_018523	ATTT	3	32700	32711	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	40306654
47	NC_018523	TAA	4	34515	34525	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
48	NC_018523	TTGAT	3	35575	35589	15	20 %	60 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
49	NC_018523	TAT	4	35593	35604	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
50	NC_018523	TTCT	3	36353	36363	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	40306654
51	NC_018523	TAA	4	36866	36876	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	40306654
52	NC_018523	TAT	4	38605	38616	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	40306654
53	NC_018523	CAC	4	38941	38952	12	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	8 %	40306654
54	NC_018523	CATT	3	39871	39881	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	40306654
55	NC_018523	TGT	4	40187	40197	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
56	NC_018523	TTTA	3	40234	40244	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
57	NC_018523	ATA	5	40265	40279	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
58	NC_018523	TAA	4	40749	40761	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	40306655
59	NC_018523	GTG	4	40970	40981	12	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	8 %	40306655
60	NC_018523	TTG	4	41138	41149	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	40306655
61	NC_018523	AAAC	3	41272	41283	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
62	NC_018523	ATT	4	41647	41659	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
63	NC_018523	TTTTC	3	41899	41912	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
64	NC_018523	TA	6	42014	42024	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
65	NC_018523	TAA	4	42219	42231	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
66	NC_018523	TA	6	42715	42725	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
67	NC_018523	ATAA	3	42814	42825	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_018523	ATA	4	43688	43699	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_018523	TA	6	44240	44250	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
70	NC_018523	ATT	5	44279	44294	16	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
71	NC_018523	TAT	5	44661	44674	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
72	NC_018523	TAA	4	44893	44903	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
73	NC_018523	TAA	4	44956	44967	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	40306655
74	NC_018523	CAAA	3	45763	45774	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	40306655
75	NC_018523	AAT	4	46164	46175	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	40306655
76	NC_018523	AT	6	46801	46812	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
77	NC_018523	TGTT	3	47004	47015	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	40306656
78	NC_018523	AATT	3	47437	47448	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
79	NC_018523	AAAT	3	47666	47677	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	40306656
80	NC_018523	TAAA	3	48070	48081	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	40306656
81	NC_018523	TAAA	3	48277	48288	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	40306656
82	NC_018523	ACA	4	48932	48942	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
83	NC_018523	TTA	4	49185	49196	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
84	NC_018523	TAAA	3	49197	49208	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
85	NC_018523	CTG	4	49519	49530	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	40306656
86	NC_018523	TGC	4	50042	50053	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	40306656
87	NC_018523	ATT	4	50894	50904	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
88	NC_018523	AT	13	51782	51806	25	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
89	NC_018523	TTA	4	55025	55036	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	40306656
90	NC_018523	GGT	4	56270	56281	12	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	8 %	40306656
91	NC_018523	ATA	4	57214	57225	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
92	NC_018523	AAAT	3	57831	57842	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
93	NC_018523	ATAA	3	58663	58674	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	40306657
94	NC_018523	AAGT	3	59072	59083	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
95	NC_018523	ATA	4	59187	59197	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
96	NC_018523	ATA	4	59200	59213	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
97	NC_018523	ACTAT	3	59246	59260	15	40 %	40 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
98	NC_018523	ATA	4	59325	59336	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
99	NC_018523	AGA	4	61059	61070	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	40306657
100	NC_018523	ATACT	3	61710	61729	20	40 %	40 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
101	NC_018523	TA	7	61749	61761	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
102	NC_018523	ATT	4	62410	62422	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
103	NC_018523	TTTAT	3	62587	62601	15	20 %	80 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_018523	AGA	4	63070	63081	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	40306657
105	NC_018523	AATT	3	63100	63110	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	40306657
106	NC_018523	AAAGA	3	63611	63624	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	40306657
107	NC_018523	TAT	4	64763	64774	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	40306657
108	NC_018523	TAAA	3	65717	65727	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	40306657
109	NC_018523	ATAA	3	65787	65797	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	40306657
110	NC_018523	TA	8	68324	68339	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
111	NC_018523	TTA	4	69194	69205	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	40306658
112	NC_018523	TGT	4	69311	69322	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	40306658
113	NC_018523	ATTT	3	69664	69675	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
114	NC_018523	ATG	4	72254	72265	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	40306658
115	NC_018523	AGA	5	72336	72349	14	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	40306658
116	NC_018523	TTA	4	72605	72616	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
117	NC_018523	TTGGT	3	73535	73548	14	0 %	60 %	40 %	0 %	7 %	40306658
118	NC_018523	AGC	4	73896	73907	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	40306658
119	NC_018523	AAG	4	74168	74179	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	40306658
120	NC_018523	TTAA	3	74526	74538	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	40306658
121	NC_018523	TAT	5	74559	74572	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
122	NC_018523	TAAAAT	4	74944	74967	24	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_018523	AATA	3	74968	74979	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
124	NC_018523	TTTAT	4	75269	75287	19	20 %	80 %	0 %	0 %	5 %	40306658
125	NC_018523	TTA	4	76598	76609	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	40306658
126	NC_018523	ATA	4	77504	77514	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	40306659
127	NC_018523	GCGA	3	78151	78161	11	25 %	0 %	50 %	25 %	9 %	Non-Coding
128	NC_018523	ATAA	4	78280	78295	16	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_018523	TTAA	3	78329	78340	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	40306659
130	NC_018523	ATAA	3	78459	78470	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	40306659
131	NC_018523	AAAT	3	78742	78752	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	40306659
132	NC_018523	TTCT	4	78900	78916	17	0 %	75 %	0 %	25 %	5 %	Non-Coding
133	NC_018523	TTC	4	80257	80268	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	40306659
134	NC_018523	TA	6	80907	80917	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
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204	NC_018523	TTAA	3	130395	130406	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	40306665
205	NC_018523	TTTA	3	130548	130559	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Saccharina japonica chloroplast