ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Magnolia denudata chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_018357	A	17	210	226	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
2	NC_018357	GAAA	3	326	337	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
3	NC_018357	CAG	4	1064	1075	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	40025656
4	NC_018357	AAGT	3	1170	1180	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	40025656
5	NC_018357	A	12	1727	1738	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
6	NC_018357	T	12	1765	1776	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_018357	AGA	4	2178	2189	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	40025656
8	NC_018357	ATAA	6	4395	4418	24	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
9	NC_018357	T	12	4589	4600	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_018357	TAGA	3	4680	4691	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
11	NC_018357	TCTCT	3	5173	5186	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	40025657
12	NC_018357	T	13	5380	5392	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	40025657
13	NC_018357	CAT	4	6605	6616	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
14	NC_018357	AAATC	3	6664	6677	14	60 %	20 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
15	NC_018357	GATAA	3	8672	8686	15	60 %	20 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
16	NC_018357	GA	6	9255	9266	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
17	NC_018357	TCTTT	3	9404	9417	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
18	NC_018357	TA	6	9420	9431	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
19	NC_018357	T	13	10346	10358	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
20	NC_018357	ATCT	3	10704	10715	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
21	NC_018357	GTTT	3	11297	11308	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	40025657
22	NC_018357	A	15	12741	12755	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
23	NC_018357	A	15	13830	13844	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	40025657
24	NC_018357	TAT	5	14205	14218	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
25	NC_018357	AAAT	3	14772	14783	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
26	NC_018357	ATT	5	14809	14824	16	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
27	NC_018357	CTTTT	3	15310	15324	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
28	NC_018357	TGAAA	3	15453	15467	15	60 %	20 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
29	NC_018357	T	12	17520	17531	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_018357	TGT	4	17864	17874	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	40025657
31	NC_018357	TCAA	3	17957	17968	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	40025657
32	NC_018357	T	14	19720	19733	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	40025657
33	NC_018357	TTCA	3	23812	23823	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	40025657
34	NC_018357	GAAT	3	23911	23921	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	40025657
35	NC_018357	GTT	4	24768	24779	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	40025657
36	NC_018357	GAAA	3	27414	27426	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	40025658
37	NC_018357	TCAT	3	28074	28084	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
38	NC_018357	AGCT	3	28604	28615	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
39	NC_018357	GT	6	29055	29065	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
40	NC_018357	CAG	4	29396	29407	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
41	NC_018357	A	12	30562	30573	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
42	NC_018357	GAAC	3	32843	32854	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
43	NC_018357	AT	6	33321	33333	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
44	NC_018357	TTCT	3	33557	33568	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
45	NC_018357	TGTA	3	33823	33834	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
46	NC_018357	TA	6	34609	34620	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
47	NC_018357	TAAAG	3	34817	34832	16	60 %	20 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
48	NC_018357	TTCGA	3	34894	34907	14	20 %	40 %	20 %	20 %	7 %	Non-Coding
49	NC_018357	TA	7	34974	34989	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
50	NC_018357	GTA	4	34995	35005	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
51	NC_018357	GAAA	3	36888	36899	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	40025658
52	NC_018357	TTG	4	37293	37303	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	40025658
53	NC_018357	AG	6	38093	38103	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
54	NC_018357	TC	6	38697	38707	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	40025658
55	NC_018357	GAAT	3	40933	40943	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	40025658
56	NC_018357	ATG	4	41288	41298	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	40025658
57	NC_018357	AATG	3	42781	42792	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	40025658
58	NC_018357	GCA	4	43186	43197	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	40025658
59	NC_018357	TG	6	43223	43233	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	40025658
60	NC_018357	TTCCT	3	44495	44508	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	Non-Coding
61	NC_018357	TTTA	3	44530	44541	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
62	NC_018357	TAA	4	44791	44803	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
63	NC_018357	ATATCT	3	44815	44832	18	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
64	NC_018357	TTAA	3	45052	45063	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
65	NC_018357	ATCA	3	45433	45443	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	40025658
66	NC_018357	TCTT	4	45922	45937	16	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	40025658
67	NC_018357	TCTT	3	46839	46849	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	40025658
68	NC_018357	TAAA	4	46892	46907	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	40025658
69	NC_018357	A	15	46901	46915	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	40025658
70	NC_018357	ATT	4	47269	47280	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
71	NC_018357	AGT	4	48193	48204	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	40025659
72	NC_018357	AAAG	3	48731	48741	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
73	NC_018357	TATAAC	3	49031	49047	17	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
74	NC_018357	TAT	4	49116	49127	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
75	NC_018357	A	13	49374	49386	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
76	NC_018357	TTGA	3	49696	49708	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
77	NC_018357	TTAT	3	49993	50004	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
78	NC_018357	GGAA	3	50998	51010	13	50 %	0 %	50 %	0 %	7 %	Non-Coding
79	NC_018357	GTTT	3	53178	53190	13	0 %	75 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
80	NC_018357	GAAT	3	53335	53346	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
81	NC_018357	T	12	53502	53513	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
82	NC_018357	AGTC	3	53532	53542	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
83	NC_018357	AATT	3	53839	53850	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
84	NC_018357	TTTGT	3	55877	55890	14	0 %	80 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
85	NC_018357	ATA	5	57880	57893	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	40025659
86	NC_018357	TA	6	60206	60217	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
87	NC_018357	TTA	4	63211	63221	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
88	NC_018357	TGAA	3	63938	63948	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
89	NC_018357	T	12	64358	64369	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
90	NC_018357	A	14	64746	64759	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
91	NC_018357	AATG	3	65559	65570	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	40025660
92	NC_018357	TTTTCT	3	67462	67480	19	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
93	NC_018357	CTT	4	67565	67577	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
94	NC_018357	AGT	4	69161	69173	13	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
95	NC_018357	TTA	4	69603	69614	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
96	NC_018357	A	13	69833	69845	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
97	NC_018357	TTGCA	3	70509	70522	14	20 %	40 %	20 %	20 %	7 %	Non-Coding
98	NC_018357	GAAT	3	71178	71189	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
99	NC_018357	GAAT	3	71414	71424	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
100	NC_018357	TCT	4	71537	71548	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
101	NC_018357	TA	7	71841	71854	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
102	NC_018357	AGA	4	72356	72366	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
103	NC_018357	ATTT	3	73006	73016	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
104	NC_018357	ATAA	4	73109	73124	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
105	NC_018357	CTG	4	73960	73971	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	40025661
106	NC_018357	TTTA	3	74413	74424	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	40025661
107	NC_018357	TAT	5	74696	74711	16	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	40025661
108	NC_018357	TCT	4	74738	74749	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	40025661
109	NC_018357	TGAA	3	76088	76098	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
110	NC_018357	CATTC	3	79092	79105	14	20 %	40 %	0 %	40 %	7 %	40025661
111	NC_018357	TTCTA	3	80672	80685	14	20 %	60 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
112	NC_018357	ATA	4	82821	82832	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	40025661
113	NC_018357	TACG	3	82942	82954	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	40025662
114	NC_018357	GGA	4	83926	83938	13	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	7 %	Non-Coding
115	NC_018357	GAAA	4	84999	85013	15	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
116	NC_018357	AGAA	3	85026	85037	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
117	NC_018357	GTTA	3	86388	86398	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
118	NC_018357	TC	6	87265	87275	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
119	NC_018357	ACAT	3	87680	87691	12	50 %	25 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
120	NC_018357	CTT	4	88212	88223	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	40025662
121	NC_018357	TTCT	3	89669	89680	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	40025662
122	NC_018357	GAT	4	90043	90053	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
123	NC_018357	TTCT	3	91738	91748	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	40025663
124	NC_018357	CTTT	3	92916	92926	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	40025663
125	NC_018357	GAT	4	93071	93082	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	40025663
126	NC_018357	TGAT	3	94753	94765	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	40025663
127	NC_018357	TGA	4	94804	94815	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	40025663
128	NC_018357	AATA	3	95642	95654	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	40025663
129	NC_018357	TTTC	3	95704	95715	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	40025663
130	NC_018357	ATTAGA	3	96241	96258	18	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	5 %	40025663
131	NC_018357	GAAGGA	3	96434	96451	18	50 %	0 %	50 %	0 %	5 %	40025663
132	NC_018357	TCTA	3	97739	97749	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
133	NC_018357	TCCGG	3	98641	98655	15	0 %	20 %	40 %	40 %	6 %	Non-Coding
134	NC_018357	TTTCG	3	101248	101261	14	0 %	60 %	20 %	20 %	7 %	Non-Coding
135	NC_018357	TTTGTT	3	101666	101684	19	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	10 %	40025663
136	NC_018357	ATCC	3	106902	106913	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
137	NC_018357	TCTA	3	107291	107302	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
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ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Magnolia denudata chloroplast