ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

Back To Genome Repeat Summary

All Imperfect Repeats of Gossypium areysianum chloroplast

Click on Table Heading To Sort Results Accordingly
S.No.Genome IDMotifIterationsStartEndTract LengthA%T%G%C% Imperfection %Protein ID
1NC_018112ATTC31521621125 %50 %0 %25 %9 %Non-Coding
2NC_018112AAGT3112511351150 %25 %25 %0 %9 %39483087
3NC_018112AT7169617081350 %50 %0 %0 %7 %Non-Coding
4NC_018112TTAAA4184318611960 %40 %0 %0 %10 %Non-Coding
5NC_018112AAAT3202920401275 %25 %0 %0 %8 %Non-Coding
6NC_018112GATG3316231741325 %25 %50 %0 %7 %39483087
7NC_018112CAATA3458145961660 %20 %0 %20 %6 %Non-Coding
8NC_018112ATCT3467946901225 %50 %0 %25 %8 %Non-Coding
9NC_018112T2348244846230 %100 %0 %0 %8 %Non-Coding
10NC_018112ATT5484848621533.33 %66.67 %0 %0 %6 %Non-Coding
11NC_018112TTTTA3489349071520 %80 %0 %0 %6 %Non-Coding
12NC_018112TGT449084918110 %66.67 %33.33 %0 %9 %Non-Coding
13NC_018112TTCA3493949501225 %50 %0 %25 %8 %Non-Coding
14NC_018112T1356125624130 %100 %0 %0 %0 %39483087
15NC_018112A145627564014100 %0 %0 %0 %7 %39483087
16NC_018112AAAT4646664811675 %25 %0 %0 %6 %Non-Coding
17NC_018112TTTA3655165621225 %75 %0 %0 %8 %Non-Coding
18NC_018112TAA4663866491266.67 %33.33 %0 %0 %8 %Non-Coding
19NC_018112AAT4665666671266.67 %33.33 %0 %0 %8 %Non-Coding
20NC_018112ATAG3836083711250 %25 %25 %0 %8 %Non-Coding
21NC_018112TAT5838383961433.33 %66.67 %0 %0 %7 %Non-Coding
22NC_018112AT6840684171250 %50 %0 %0 %8 %Non-Coding
23NC_018112ATTT3863086411225 %75 %0 %0 %8 %Non-Coding
24NC_018112AATC3871287221150 %25 %0 %25 %9 %Non-Coding
25NC_018112AGA4872387341266.67 %0 %33.33 %0 %8 %Non-Coding
26NC_018112ATTCT3992699391420 %60 %0 %20 %7 %Non-Coding
27NC_018112A14117891180214100 %0 %0 %0 %7 %Non-Coding
28NC_018112T141227912292140 %100 %0 %0 %7 %39483094
29NC_018112AAAT312557125671175 %25 %0 %0 %9 %39483094
30NC_018112TTTC31264112652120 %75 %0 %25 %8 %39483094
31NC_018112TAT413377133891333.33 %66.67 %0 %0 %7 %Non-Coding
32NC_018112TCTA313432134431225 %50 %0 %25 %8 %Non-Coding
33NC_018112AAT413484134951266.67 %33.33 %0 %0 %0 %Non-Coding
34NC_018112AAAT314053140641275 %25 %0 %0 %8 %Non-Coding
35NC_018112T121461314624120 %100 %0 %0 %8 %Non-Coding
36NC_018112TTTA414658146721525 %75 %0 %0 %6 %Non-Coding
37NC_018112A12147981480912100 %0 %0 %0 %0 %Non-Coding
38NC_018112CT71692616939140 %50 %0 %50 %7 %Non-Coding
39NC_018112TTA417069170801233.33 %66.67 %0 %0 %8 %Non-Coding
40NC_018112ATG718116181362133.33 %33.33 %33.33 %0 %9 %39483087
41NC_018112T151915619170150 %100 %0 %0 %6 %39483087
42NC_018112TTTA323279232901225 %75 %0 %0 %8 %39483087
43NC_018112TAA423813238231166.67 %33.33 %0 %0 %9 %39483087
44NC_018112GTT42424524256120 %66.67 %33.33 %0 %8 %39483087
45NC_018112T122686626877120 %100 %0 %0 %0 %39483088
46NC_018112GATA327109271191150 %25 %25 %0 %9 %39483088
47NC_018112GAA427696277071266.67 %0 %33.33 %0 %8 %Non-Coding
48NC_018112AT627934279451250 %50 %0 %0 %8 %Non-Coding
49NC_018112TAT428377283871133.33 %66.67 %0 %0 %9 %Non-Coding
50NC_018112CTAA328939289501250 %25 %0 %25 %8 %Non-Coding
51NC_018112T153011330127150 %100 %0 %0 %6 %Non-Coding
52NC_018112A13310933110513100 %0 %0 %0 %7 %Non-Coding
53NC_018112GAAA331276312871275 %0 %25 %0 %8 %Non-Coding
54NC_018112ATCA331476314861150 %25 %0 %25 %9 %Non-Coding
55NC_018112TTCA432315323301625 %50 %0 %25 %6 %Non-Coding
56NC_018112TG63244132452120 %50 %50 %0 %8 %Non-Coding
57NC_018112TA732728327411450 %50 %0 %0 %7 %Non-Coding
58NC_018112AATA333336333471275 %25 %0 %0 %8 %Non-Coding
59NC_018112TCTT33341433426130 %75 %0 %25 %7 %Non-Coding
60NC_018112GTTT33375233763120 %75 %25 %0 %8 %Non-Coding
61NC_018112GAAA335747357581275 %0 %25 %0 %8 %39483088
62NC_018112TTGC33614836158110 %50 %25 %25 %9 %39483088
63NC_018112C163686336878160 %0 %0 %100 %0 %Non-Coding
64NC_018112TTA436896369071233.33 %66.67 %0 %0 %8 %Non-Coding
65NC_018112AG636969369791150 %0 %50 %0 %9 %Non-Coding
66NC_018112ATCT337168371791225 %50 %0 %25 %8 %Non-Coding
67NC_018112TA637181371921250 %50 %0 %0 %8 %Non-Coding
68NC_018112AAAT337232372431275 %25 %0 %0 %8 %Non-Coding
69NC_018112TGAA437783377971550 %25 %25 %0 %6 %Non-Coding
70NC_018112AATT337844378541150 %50 %0 %0 %9 %Non-Coding
71NC_018112ATA437876378861166.67 %33.33 %0 %0 %9 %Non-Coding
72NC_018112CTAA337889379011350 %25 %0 %25 %7 %Non-Coding
73NC_018112AT837942379561550 %50 %0 %0 %6 %Non-Coding
74NC_018112ATA437981379931366.67 %33.33 %0 %0 %7 %Non-Coding
75NC_018112AAAT338095381071375 %25 %0 %0 %7 %Non-Coding
76NC_018112GATC338693387031125 %25 %25 %25 %9 %Non-Coding
77NC_018112AATG342040420511250 %25 %25 %0 %8 %39483088
78NC_018112TG64248242492110 %50 %50 %0 %9 %39483088
79NC_018112ATCT443764437791625 %50 %0 %25 %6 %Non-Coding
80NC_018112AT644153441631150 %50 %0 %0 %9 %Non-Coding
81NC_018112AGAAT444472444912060 %20 %20 %0 %10 %Non-Coding
82NC_018112ATA444532445441366.67 %33.33 %0 %0 %7 %Non-Coding
83NC_018112T124539345404120 %100 %0 %0 %8 %39483088
84NC_018112TAG446190462001133.33 %33.33 %33.33 %0 %9 %39483088
85NC_018112AAATA346439464531580 %20 %0 %0 %6 %39483088
86NC_018112GTAA346482464921150 %25 %25 %0 %9 %39483088
87NC_018112AAAAAT348021480381883.33 %16.67 %0 %0 %5 %Non-Coding
88NC_018112ATA448043480551366.67 %33.33 %0 %0 %7 %Non-Coding
89NC_018112TA648095481051150 %50 %0 %0 %9 %Non-Coding
90NC_018112TAAA448143481581675 %25 %0 %0 %6 %Non-Coding
91NC_018112A12483294834012100 %0 %0 %0 %8 %Non-Coding
92NC_018112AAT448710487201166.67 %33.33 %0 %0 %9 %Non-Coding
93NC_018112TA648738487511450 %50 %0 %0 %7 %Non-Coding
94NC_018112A13491684918013100 %0 %0 %0 %7 %Non-Coding
95NC_018112ATTTTT349218492351816.67 %83.33 %0 %0 %5 %Non-Coding
96NC_018112AAAG349305493161275 %0 %25 %0 %8 %Non-Coding
97NC_018112ATT549917499301433.33 %66.67 %0 %0 %7 %Non-Coding
98NC_018112T145015150164140 %100 %0 %0 %7 %Non-Coding
99NC_018112AGAAT350224502381560 %20 %20 %0 %6 %Non-Coding
100NC_018112AT750593506051350 %50 %0 %0 %7 %Non-Coding
101NC_018112CATA350648506581150 %25 %0 %25 %9 %Non-Coding
102NC_018112GTTT35074450755120 %75 %25 %0 %8 %Non-Coding
103NC_018112ACAT350941509511150 %25 %0 %25 %9 %Non-Coding
104NC_018112TTATT350984509971420 %80 %0 %0 %7 %Non-Coding
105NC_018112CAAA352063520741275 %0 %0 %25 %8 %39483089
106NC_018112A12521975220812100 %0 %0 %0 %0 %Non-Coding
107NC_018112GTCT35267452685120 %50 %25 %25 %8 %39483089
108NC_018112TTA452901529121233.33 %66.67 %0 %0 %8 %Non-Coding
109NC_018112CAA453406534161166.67 %0 %0 %33.33 %9 %Non-Coding
110NC_018112GATT353477534881225 %50 %25 %0 %0 %Non-Coding
111NC_018112ATTTCG353521535371716.67 %50 %16.67 %16.67 %5 %Non-Coding
112NC_018112GTATA353553535681640 %40 %20 %0 %6 %Non-Coding
113NC_018112TA653584535961350 %50 %0 %0 %7 %Non-Coding
114NC_018112ATTT353705537161225 %75 %0 %0 %8 %Non-Coding
115NC_018112TTAAT454071540891940 %60 %0 %0 %10 %Non-Coding
116NC_018112AGAA354303543141275 %0 %25 %0 %8 %Non-Coding
117NC_018112TTTCA357859578721420 %60 %0 %20 %7 %Non-Coding
118NC_018112AAAG360083600931175 %0 %25 %0 %9 %Non-Coding
119NC_018112ATTT361811618221225 %75 %0 %0 %8 %Non-Coding
120NC_018112TAGT361835618461225 %50 %25 %0 %0 %Non-Coding
121NC_018112ATT461933619441233.33 %66.67 %0 %0 %8 %Non-Coding
122NC_018112AATAGA362085621011766.67 %16.67 %16.67 %0 %5 %Non-Coding
123NC_018112TCTA362858628691225 %50 %0 %25 %8 %Non-Coding
124NC_018112AT664367643771150 %50 %0 %0 %9 %Non-Coding
125NC_018112CTT46498364994120 %66.67 %0 %33.33 %8 %39483090
126NC_018112CTTT36531065321120 %75 %0 %25 %8 %Non-Coding
127NC_018112TTTC36666666676110 %75 %0 %25 %9 %Non-Coding
128NC_018112AAT466920669311266.67 %33.33 %0 %0 %8 %Non-Coding
129NC_018112ATA467037670471166.67 %33.33 %0 %0 %9 %Non-Coding
130NC_018112TCT46857468586130 %66.67 %0 %33.33 %7 %Non-Coding
131NC_018112T166881568830160 %100 %0 %0 %6 %Non-Coding
132NC_018112A12688846889512100 %0 %0 %0 %8 %Non-Coding
133NC_018112TTTTTA570703707323016.67 %83.33 %0 %0 %10 %Non-Coding
134NC_018112ATT670926709441933.33 %66.67 %0 %0 %10 %Non-Coding
135NC_018112TAAA371304713151275 %25 %0 %0 %8 %39483091
136NC_018112TAT571433714461433.33 %66.67 %0 %0 %7 %Non-Coding
137NC_018112TAT571495715101633.33 %66.67 %0 %0 %6 %Non-Coding
138NC_018112ATA571522715351466.67 %33.33 %0 %0 %7 %Non-Coding
139NC_018112AAT471539715491166.67 %33.33 %0 %0 %9 %Non-Coding
140NC_018112TCAT372855728661225 %50 %0 %25 %8 %Non-Coding
141NC_018112GAAC373198732091250 %0 %25 %25 %8 %Non-Coding
142NC_018112TTTTC37408474098150 %80 %0 %20 %6 %39483093
143NC_018112TTTA374134741451225 %75 %0 %0 %8 %39483093
144NC_018112A15743907440415100 %0 %0 %0 %6 %39483093
145NC_018112TGAA375957759671150 %25 %25 %0 %9 %39483093
146NC_018112CTT47758677596110 %66.67 %0 %33.33 %9 %39483093
147NC_018112TTATA378875788881440 %60 %0 %0 %7 %39483093
148NC_018112T138057980591130 %100 %0 %0 %0 %39483093
149NC_018112TTGA381010810221325 %50 %25 %0 %7 %39483093
150NC_018112A12815928160312100 %0 %0 %0 %8 %39483093
151NC_018112TTTC38194581955110 %75 %0 %25 %9 %39483093
152NC_018112CACTT383663836761420 %40 %0 %40 %7 %39483093
153NC_018112CTTT38387983889110 %75 %0 %25 %9 %39483093
154NC_018112AT885617856321650 %50 %0 %0 %6 %39483093
155NC_018112TATCA385718857331640 %40 %0 %20 %6 %39483093
156NC_018112TTTC38623186242120 %75 %0 %25 %8 %39483093
157NC_018112AT686368863781150 %50 %0 %0 %9 %39483093
158NC_018112ATTT386578865891225 %75 %0 %0 %8 %39483093
159NC_018112AATT387078870881150 %50 %0 %0 %9 %39483093
160NC_018112TTAT387215872261225 %75 %0 %0 %8 %39483093
161NC_018112AATT387857878681250 %50 %0 %0 %8 %39483093
162NC_018112ATA587895879091566.67 %33.33 %0 %0 %6 %39483093
163NC_018112T178820688222170 %100 %0 %0 %5 %39483093
164NC_018112CTT48830388314120 %66.67 %0 %33.33 %8 %39483093
165NC_018112GAT488775887851133.33 %33.33 %33.33 %0 %9 %39483093
166NC_018112ATATG390128901421540 %40 %20 %0 %6 %39483093
167NC_018112GAT490171901811133.33 %33.33 %33.33 %0 %9 %39483093
168NC_018112AACGG391712917251440 %0 %40 %20 %7 %39483093
169NC_018112TTCT39187191881110 %75 %0 %25 %9 %39483093
170NC_018112ATCG392629926411325 %25 %25 %25 %7 %39483093
171NC_018112CTTT39305893068110 %75 %0 %25 %9 %39483093
172NC_018112AGA493896939061166.67 %0 %33.33 %0 %9 %39483093
173NC_018112TGAT394940949521325 %50 %25 %0 %7 %39483093
174NC_018112AATA395823958351375 %25 %0 %0 %7 %39483093
175NC_018112GAAGGA396609966261850 %0 %50 %0 %5 %39483093
176NC_018112CTAATT397782977981733.33 %50 %0 %16.67 %5 %39483093
177NC_018112GAAAG397892979071660 %0 %40 %0 %6 %39483093
178NC_018112AT698506985171250 %50 %0 %0 %8 %39483093
179NC_018112TCCGG39875298766150 %20 %40 %40 %6 %39483093
180NC_018112TTTGTT3101782101800190 %83.33 %16.67 %0 %10 %39483093
181NC_018112TTC4103176103187120 %66.67 %0 %33.33 %8 %39483095
182NC_018112T16103245103260160 %100 %0 %0 %6 %39483095
183NC_018112TTCTA51037611037842420 %60 %0 %20 %8 %39483095
184NC_018112TATTAG31037831037991733.33 %50 %16.67 %0 %5 %39483095
185NC_018112TATTAG41038051038272333.33 %50 %16.67 %0 %4 %39483095
186NC_018112ATTAGT31038321038481733.33 %50 %16.67 %0 %5 %39483095
187NC_018112TCTA31075111075221225 %50 %0 %25 %8 %39483095
188NC_018112AAGG31076601076701150 %0 %50 %0 %9 %39483095
189NC_018112GAGG31103841103951225 %0 %75 %0 %8 %39483095
190NC_018112AGGT31105961106071225 %25 %50 %0 %8 %39483095
191NC_018112TAAG31117161117261150 %25 %25 %0 %9 %39483095
192NC_018112AGAAA31136421136571680 %0 %20 %0 %6 %39483095
193NC_018112GAA51138231138371566.67 %0 %33.33 %0 %6 %39483095
194NC_018112A1711461511463117100 %0 %0 %0 %5 %39483095
195NC_018112A1311473711474913100 %0 %0 %0 %7 %39483095
196NC_018112A1311526011527213100 %0 %0 %0 %7 %39483095
197NC_018112AACA31154821154931275 %0 %0 %25 %8 %39483095
198NC_018112TCTT3115879115890120 %75 %0 %25 %8 %39483095
199NC_018112AT61161231161331150 %50 %0 %0 %9 %39483095
200NC_018112A1911650411652219100 %0 %0 %0 %5 %39483095
201NC_018112AGTT31173291173391125 %50 %25 %0 %9 %39483095
202NC_018112GAAT31174871174981250 %25 %25 %0 %0 %39483095
203NC_018112ATTA31176501176611250 %50 %0 %0 %8 %39483095
204NC_018112AAG41184291184401266.67 %0 %33.33 %0 %8 %39483095
205NC_018112AAT41186671186791366.67 %33.33 %0 %0 %7 %39483095
206NC_018112TAA41192791192901266.67 %33.33 %0 %0 %8 %39483095
207NC_018112T13122487122499130 %100 %0 %0 %7 %39483095
208NC_018112AAATA31232451232581480 %20 %0 %0 %7 %39483095
209NC_018112A1312345812347013100 %0 %0 %0 %7 %39483095
210NC_018112CAAA31242771242871175 %0 %0 %25 %9 %39483095
211NC_018112ATCA31255221255331250 %25 %0 %25 %0 %39483095
212NC_018112TTCTT3126222126236150 %80 %0 %20 %6 %39483095
213NC_018112TCTT3127756127766110 %75 %0 %25 %9 %39483095
214NC_018112TTAAGT31277701277861733.33 %50 %16.67 %0 %5 %39483095
215NC_018112TA81279121279261550 %50 %0 %0 %6 %39483095
216NC_018112ATTT31293071293191325 %75 %0 %0 %7 %39483095
217NC_018112CAA41294411294511166.67 %0 %0 %33.33 %9 %39483095
218NC_018112TAT41300791300911333.33 %66.67 %0 %0 %7 %39483095
219NC_018112A1213018813019912100 %0 %0 %0 %8 %39483095
220NC_018112TA71305421305541350 %50 %0 %0 %7 %39483095
221NC_018112AACA31306181306291275 %0 %0 %25 %8 %39483095
222NC_018112TA61307681307781150 %50 %0 %0 %9 %39483095
223NC_018112TTTTC3130946130959140 %80 %0 %20 %7 %39483095
224NC_018112A1413106813108114100 %0 %0 %0 %7 %39483095
225NC_018112TAT41310821310921133.33 %66.67 %0 %0 %9 %39483095
226NC_018112AAT51313731313881666.67 %33.33 %0 %0 %6 %39483095
227NC_018112ATTT31323181323281125 %75 %0 %0 %9 %39483095
228NC_018112ATTT31332911333031325 %75 %0 %0 %7 %39483095
229NC_018112TAT41338951339071333.33 %66.67 %0 %0 %7 %39483095
230NC_018112AATT31339251339351150 %50 %0 %0 %9 %39483095
231NC_018112TA61349281349381150 %50 %0 %0 %9 %39483095
232NC_018112CTTA31360291360391125 %50 %0 %25 %9 %39483095
233NC_018112CCTT3140085140095110 %50 %0 %50 %9 %39483095
234NC_018112GGAT31406281406391225 %25 %50 %0 %8 %39483095
235NC_018112ACTAAT31439071439231750 %33.33 %0 %16.67 %5 %39483095
236NC_018112ACTAAT41439271439492350 %33.33 %0 %16.67 %4 %39483095
237NC_018112CTAATA31439561439721750 %33.33 %0 %16.67 %5 %39483095
238NC_018112AATAG41439741439921960 %20 %20 %0 %10 %39483095
239NC_018112A1514450014451415100 %0 %0 %0 %6 %39483095
240NC_018112AATA41445471445621675 %25 %0 %0 %6 %39483095
241NC_018112GAA41445681445791266.67 %0 %33.33 %0 %8 %39483095
242NC_018112ACCGG31489881490021520 %0 %40 %40 %6 %Non-Coding
243NC_018112TTTC3149175149186120 %75 %0 %25 %8 %Non-Coding
244NC_018112AT61492381492491250 %50 %0 %0 %8 %Non-Coding
245NC_018112CTTTC3149848149863160 %60 %0 %40 %6 %Non-Coding
246NC_018112CATAC31502581502711440 %20 %0 %40 %7 %Non-Coding
247NC_018112CTCCTT3151128151145180 %50 %0 %50 %5 %39483094
248NC_018112ATCA31528451528571350 %25 %0 %25 %7 %39483094
249NC_018112TGAT31529401529521325 %50 %25 %0 %7 %39483094
250NC_018112ACC41530491530591133.33 %0 %0 %66.67 %9 %39483094
251NC_018112TTC4153848153858110 %66.67 %0 %33.33 %9 %39483094
252NC_018112AAAG31546871546971175 %0 %25 %0 %9 %39483094
253NC_018112CGAT31551141551261325 %25 %25 %25 %7 %39483094
254NC_018112TATT31557461557571225 %75 %0 %0 %8 %39483094
255NC_018112ATC41575741575841133.33 %33.33 %0 %33.33 %9 %Non-Coding
256NC_018112ATC41589701589801133.33 %33.33 %0 %33.33 %9 %39483094
257NC_018112GAA51594401594541566.67 %0 %33.33 %0 %6 %39483094
258NC_018112ACAAAA31595311595481883.33 %0 %0 %16.67 %5 %Non-Coding