ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Gossypium capitis-viridis chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_018111	AAGT	3	1168	1178	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	39483078
2	NC_018111	T	13	1696	1708	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
3	NC_018111	AT	7	1741	1753	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
4	NC_018111	TTAAA	4	1893	1911	19	60 %	40 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
5	NC_018111	ATCT	3	4732	4743	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
6	NC_018111	T	19	4877	4895	19	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
7	NC_018111	TGT	4	4942	4952	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
8	NC_018111	GTT	4	5039	5049	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
9	NC_018111	GAAAAA	3	5657	5675	19	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	10 %	39483078
10	NC_018111	AAAT	4	6501	6516	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
11	NC_018111	TTTA	3	6586	6597	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
12	NC_018111	A	16	6650	6665	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
13	NC_018111	TAA	4	6679	6690	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
14	NC_018111	AAT	4	6697	6708	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
15	NC_018111	ATAG	3	8400	8411	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
16	NC_018111	TAT	4	8420	8434	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
17	NC_018111	AT	6	8446	8457	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
18	NC_018111	ATTT	3	8670	8680	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
19	NC_018111	AATC	3	8757	8767	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
20	NC_018111	AGA	4	8768	8779	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
21	NC_018111	T	14	9827	9840	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
22	NC_018111	ATTCT	3	9994	10007	14	20 %	60 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
23	NC_018111	TTTCT	3	12694	12707	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	39483085
24	NC_018111	AAT	4	13532	13543	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_018111	AAAT	3	14101	14112	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
26	NC_018111	TTTA	4	14703	14717	15	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
27	NC_018111	CT	7	16969	16982	14	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	Non-Coding
28	NC_018111	TGT	4	17312	17322	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	39483078
29	NC_018111	ATG	7	18159	18179	21	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	39483078
30	NC_018111	T	15	19199	19213	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	39483078
31	NC_018111	TTTA	3	23322	23333	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	39483079
32	NC_018111	TAA	4	23851	23861	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	39483079
33	NC_018111	GTT	4	24283	24294	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	39483079
34	NC_018111	CCTA	3	25204	25214	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	39483079
35	NC_018111	T	12	26904	26915	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	39483079
36	NC_018111	GATA	3	27147	27157	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	39483079
37	NC_018111	GAA	4	27734	27745	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
38	NC_018111	A	14	27837	27850	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
39	NC_018111	AT	6	27966	27977	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
40	NC_018111	TAT	4	28403	28413	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
41	NC_018111	T	17	28436	28452	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
42	NC_018111	CTAA	3	28986	28997	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
43	NC_018111	T	15	30158	30172	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
44	NC_018111	GAAA	3	31315	31326	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
45	NC_018111	ATCA	3	31509	31519	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
46	NC_018111	TTCA	4	32129	32144	16	25 %	50 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
47	NC_018111	TG	6	32255	32266	12	0 %	50 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
48	NC_018111	TA	7	32544	32557	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
49	NC_018111	AATA	3	33145	33156	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
50	NC_018111	TCTT	3	33223	33235	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
51	NC_018111	GTTT	3	33561	33572	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
52	NC_018111	GAAA	3	35556	35567	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	39483079
53	NC_018111	TTGC	3	35957	35967	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	39483079
54	NC_018111	TTA	4	36703	36714	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
55	NC_018111	AG	6	36776	36786	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
56	NC_018111	ATCT	3	36969	36980	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
57	NC_018111	TA	6	36982	36993	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
58	NC_018111	AAAT	3	37033	37044	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
59	NC_018111	AAAAT	3	37505	37519	15	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
60	NC_018111	TGAA	4	37584	37598	15	50 %	25 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
61	NC_018111	ATA	5	37796	37811	16	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
62	NC_018111	AAAT	3	37917	37929	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
63	NC_018111	GATC	3	38514	38524	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
64	NC_018111	AATG	3	41861	41872	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	39483079
65	NC_018111	CTA	4	41931	41942	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	39483079
66	NC_018111	TG	6	42303	42313	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	39483079
67	NC_018111	TAATT	3	44223	44236	14	40 %	60 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
68	NC_018111	AGAAT	4	44283	44302	20	60 %	20 %	20 %	0 %	10 %	Non-Coding
69	NC_018111	ATA	4	44343	44355	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
70	NC_018111	T	14	45204	45217	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	39483080
71	NC_018111	TAG	4	46019	46029	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	39483080
72	NC_018111	AT	6	46281	46293	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	39483080
73	NC_018111	GTAA	3	46317	46327	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	39483080
74	NC_018111	AAT	4	48558	48568	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
75	NC_018111	TA	6	48586	48599	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
76	NC_018111	TAA	4	49091	49103	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
77	NC_018111	ATTTTT	3	49109	49126	18	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
78	NC_018111	AAAG	3	49190	49201	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
79	NC_018111	CAAA	3	49555	49566	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
80	NC_018111	ATT	5	49784	49797	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
81	NC_018111	AGAAT	3	50114	50128	15	60 %	20 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
82	NC_018111	AT	9	50488	50504	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
83	NC_018111	CATA	3	50547	50557	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
84	NC_018111	GTTTT	3	50643	50656	14	0 %	80 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
85	NC_018111	ACAT	3	50842	50852	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
86	NC_018111	TTATT	3	50890	50903	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
87	NC_018111	CAAA	3	51894	51905	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	39483080
88	NC_018111	GTCT	3	52502	52513	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	39483080
89	NC_018111	TTA	4	52729	52740	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
90	NC_018111	CAA	4	53234	53244	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
91	NC_018111	GATT	3	53305	53316	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
92	NC_018111	ATTTCG	3	53349	53365	17	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
93	NC_018111	GTATA	3	53381	53396	16	40 %	40 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
94	NC_018111	TA	6	53412	53424	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
95	NC_018111	ATTCT	3	53564	53577	14	20 %	60 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
96	NC_018111	TAGAA	3	53610	53623	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
97	NC_018111	A	12	53727	53738	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
98	NC_018111	TTAAT	4	53974	53992	19	40 %	60 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
99	NC_018111	AGAA	3	54205	54216	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
100	NC_018111	ATTT	4	57733	57748	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
101	NC_018111	AAAG	3	60062	60073	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
102	NC_018111	ATTT	3	61783	61794	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
103	NC_018111	TAGT	3	61807	61818	12	25 %	50 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_018111	ATT	5	61904	61918	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
105	NC_018111	TCTA	3	62840	62851	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
106	NC_018111	CTT	4	64958	64969	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	39483081
107	NC_018111	CTTT	3	65285	65296	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
108	NC_018111	TTTC	3	66645	66655	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
109	NC_018111	AAT	4	66900	66911	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
110	NC_018111	ATA	4	67017	67027	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
111	NC_018111	TCT	4	68556	68568	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
112	NC_018111	TATTTT	3	68799	68816	18	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
113	NC_018111	A	12	68876	68887	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
114	NC_018111	T	13	69708	69720	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_018111	AT	6	69915	69925	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
116	NC_018111	TTTA	3	70656	70667	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
117	NC_018111	T	14	70669	70682	14	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_018111	TACA	3	71239	71250	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	39483082
119	NC_018111	TAAA	3	71264	71275	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	39483082
120	NC_018111	TA	6	71367	71377	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
121	NC_018111	ATA	5	71446	71459	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
122	NC_018111	AAT	4	71463	71473	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
123	NC_018111	GAAC	3	73098	73109	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
124	NC_018111	TTTA	3	74019	74030	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	39483084
125	NC_018111	A	14	74072	74085	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	39483084
126	NC_018111	A	21	74276	74296	21	100 %	0 %	0 %	0 %	4 %	39483084
127	NC_018111	TGAA	3	75840	75850	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	39483084
128	NC_018111	CTT	4	77469	77479	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	39483084
129	NC_018111	TTATA	3	78759	78772	14	40 %	60 %	0 %	0 %	7 %	39483084
130	NC_018111	TTGA	3	80891	80903	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	39483084
131	NC_018111	A	12	81473	81484	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	39483084
132	NC_018111	TTTC	3	81826	81836	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	39483084
133	NC_018111	CACTT	3	83538	83551	14	20 %	40 %	0 %	40 %	7 %	39483084
134	NC_018111	CTTT	3	83754	83764	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	39483084
135	NC_018111	TATCA	3	85595	85610	16	40 %	40 %	0 %	20 %	6 %	39483084
136	NC_018111	TTCT	3	86115	86126	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	39483084
137	NC_018111	AT	6	86245	86255	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	39483084
138	NC_018111	ATTT	3	86468	86479	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	39483084
139	NC_018111	AATT	3	86962	86972	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	39483084
140	NC_018111	TTAT	3	87099	87110	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	39483084
141	NC_018111	AATT	3	87741	87752	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	39483084
142	NC_018111	ATA	4	87782	87793	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	39483084
143	NC_018111	CTT	4	88185	88196	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	39483084
144	NC_018111	GAT	4	88657	88667	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	39483084
145	NC_018111	ATATG	3	90010	90024	15	40 %	40 %	20 %	0 %	6 %	39483084
146	NC_018111	GAT	4	90053	90063	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	39483084
147	NC_018111	AACGG	3	91594	91607	14	40 %	0 %	40 %	20 %	7 %	39483084
148	NC_018111	TTCT	3	91753	91763	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	39483084
149	NC_018111	ATCG	3	92511	92523	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	39483084
150	NC_018111	CTTT	3	92940	92950	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	39483084
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153	NC_018111	AATA	3	95723	95735	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	39483084
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158	NC_018111	TCCGG	3	98653	98667	15	0 %	20 %	40 %	40 %	6 %	39483084
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162	NC_018111	TTCTA	5	103668	103691	24	20 %	60 %	0 %	20 %	8 %	39483086
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165	NC_018111	ATTAGT	3	103744	103760	17	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	5 %	39483086
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168	NC_018111	GAGG	3	110301	110312	12	25 %	0 %	75 %	0 %	8 %	39483086
169	NC_018111	AGGT	3	110513	110524	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	39483086
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175	NC_018111	TCTT	3	115796	115807	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	39483086
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178	NC_018111	AGTT	3	117246	117256	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	39483086
179	NC_018111	GAAT	3	117404	117415	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	39483086
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211	NC_018111	ACTAAT	4	143793	143815	23	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	4 %	39483086
212	NC_018111	CTAATA	3	143827	143843	17	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	5 %	39483086
213	NC_018111	AATAG	4	143845	143863	19	60 %	20 %	20 %	0 %	10 %	39483086
214	NC_018111	A	15	144377	144391	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	39483086
215	NC_018111	AATA	4	144424	144439	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	39483086
216	NC_018111	GAA	4	144445	144456	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	39483086
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218	NC_018111	TTTC	3	149052	149063	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
219	NC_018111	AT	6	149115	149126	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
220	NC_018111	CTTTC	3	149732	149747	16	0 %	60 %	0 %	40 %	6 %	Non-Coding
221	NC_018111	CATAC	3	150142	150155	14	40 %	20 %	0 %	40 %	7 %	Non-Coding
222	NC_018111	CTCCTT	3	151006	151023	18	0 %	50 %	0 %	50 %	5 %	39483085
223	NC_018111	ATCA	3	152741	152753	13	50 %	25 %	0 %	25 %	7 %	39483085
224	NC_018111	TGAT	3	152836	152848	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	39483085
225	NC_018111	ACC	4	152945	152955	11	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	9 %	39483085
226	NC_018111	TTC	4	153744	153754	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	39483085
227	NC_018111	AAAG	3	154583	154593	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	39483085
228	NC_018111	CGAT	3	155010	155022	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	39483085
229	NC_018111	TATT	3	155642	155653	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	39483085
230	NC_018111	ATC	4	157470	157480	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
231	NC_018111	ATC	4	158866	158876	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	39483086
232	NC_018111	GAA	5	159336	159350	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	39483086

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Gossypium capitis-viridis chloroplast