ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Gossypium incanum chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_018109	ATTC	3	152	162	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
2	NC_018109	A	12	286	297	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
3	NC_018109	AAGT	3	1121	1131	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	39483060
4	NC_018109	AT	7	1692	1704	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
5	NC_018109	TTAAA	4	1844	1862	19	60 %	40 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
6	NC_018109	AAAT	3	2030	2041	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
7	NC_018109	GATG	3	3163	3175	13	25 %	25 %	50 %	0 %	7 %	39483060
8	NC_018109	ATCT	3	4671	4682	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
9	NC_018109	T	19	4809	4827	19	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
10	NC_018109	TTTTA	3	4871	4885	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
11	NC_018109	TGT	4	4886	4896	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
12	NC_018109	TTCA	3	4917	4928	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
13	NC_018109	A	16	5597	5612	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	39483061
14	NC_018109	AAAT	4	6439	6454	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
15	NC_018109	TTTA	3	6524	6535	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
16	NC_018109	AAT	4	6623	6634	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
17	NC_018109	ATAG	3	8315	8326	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
18	NC_018109	ATTT	3	8579	8590	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
19	NC_018109	AATC	3	8661	8671	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
20	NC_018109	AGA	4	8672	8683	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
21	NC_018109	ATTCT	3	9876	9889	14	20 %	60 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
22	NC_018109	A	13	11739	11751	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
23	NC_018109	T	14	12228	12241	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	39483068
24	NC_018109	AAAT	3	12506	12516	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	39483068
25	NC_018109	TTTC	3	12590	12601	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	39483068
26	NC_018109	TAT	4	13326	13338	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
27	NC_018109	TCTA	3	13381	13392	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
28	NC_018109	AAAT	3	13998	14009	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
29	NC_018109	T	12	14556	14567	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
30	NC_018109	TTTA	4	14601	14615	15	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
31	NC_018109	CT	7	16851	16864	14	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	Non-Coding
32	NC_018109	TTA	4	16995	17006	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
33	NC_018109	ATG	7	18042	18062	21	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	39483061
34	NC_018109	T	15	19076	19090	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	39483061
35	NC_018109	TTTA	3	23198	23209	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	39483061
36	NC_018109	TAA	4	23732	23742	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	39483061
37	NC_018109	GTT	4	24164	24175	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	39483061
38	NC_018109	T	12	26785	26796	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	39483061
39	NC_018109	GATA	3	27028	27038	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	39483061
40	NC_018109	GAA	4	27615	27626	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
41	NC_018109	AT	6	27852	27863	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
42	NC_018109	TAT	4	28277	28287	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
43	NC_018109	CTAA	3	28840	28851	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
44	NC_018109	T	14	30014	30027	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
45	NC_018109	A	12	30987	30998	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
46	NC_018109	GAAA	3	31169	31180	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
47	NC_018109	ATCA	3	31369	31379	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
48	NC_018109	TTCA	4	32208	32223	16	25 %	50 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
49	NC_018109	TG	6	32334	32345	12	0 %	50 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
50	NC_018109	TA	7	32624	32637	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
51	NC_018109	AATA	3	33226	33237	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
52	NC_018109	TCTT	3	33304	33316	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
53	NC_018109	GTTT	3	33642	33653	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
54	NC_018109	GAAA	3	35632	35643	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	39483062
55	NC_018109	TTGC	3	36033	36043	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	39483062
56	NC_018109	AG	6	36837	36847	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
57	NC_018109	ATCT	3	37036	37047	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
58	NC_018109	TA	6	37049	37060	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
59	NC_018109	AAAT	3	37100	37111	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
60	NC_018109	TGAA	4	37651	37665	15	50 %	25 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
61	NC_018109	AATT	3	37712	37722	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
62	NC_018109	ATA	4	37744	37754	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
63	NC_018109	CTAA	3	37757	37769	13	50 %	25 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
64	NC_018109	ATA	5	37820	37835	16	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
65	NC_018109	TAA	4	37904	37914	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
66	NC_018109	AAAT	3	37960	37972	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
67	NC_018109	GATC	3	38551	38561	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
68	NC_018109	AATG	3	41898	41909	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	39483062
69	NC_018109	TG	6	42340	42350	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	39483062
70	NC_018109	ATCT	4	43622	43637	16	25 %	50 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
71	NC_018109	AT	6	44005	44016	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
72	NC_018109	TAATT	3	44261	44274	14	40 %	60 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
73	NC_018109	AGAAT	4	44314	44333	20	60 %	20 %	20 %	0 %	10 %	Non-Coding
74	NC_018109	ATA	4	44374	44386	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
75	NC_018109	TAG	4	46026	46036	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	39483062
76	NC_018109	ATA	4	46293	46304	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	39483062
77	NC_018109	GTAA	3	46321	46331	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	39483062
78	NC_018109	AAAAAT	3	47865	47882	18	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
79	NC_018109	ATA	4	47887	47899	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
80	NC_018109	TA	6	47958	47968	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
81	NC_018109	TAAA	4	48006	48021	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
82	NC_018109	A	13	48192	48204	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
83	NC_018109	AAT	4	48574	48584	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
84	NC_018109	ATTTTT	3	49063	49080	18	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
85	NC_018109	AAAG	3	49144	49155	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
86	NC_018109	ATT	5	49750	49763	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
87	NC_018109	TATTT	3	49981	49995	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
88	NC_018109	AGAAT	3	50055	50069	15	60 %	20 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
89	NC_018109	AT	8	50418	50432	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
90	NC_018109	CATA	3	50475	50485	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
91	NC_018109	GTTTT	3	50571	50584	14	0 %	80 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
92	NC_018109	ACAT	3	50769	50779	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
93	NC_018109	TTATT	3	50812	50825	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
94	NC_018109	CAAA	3	51891	51902	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	39483063
95	NC_018109	A	12	52025	52036	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_018109	GTCT	3	52502	52513	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	39483063
97	NC_018109	TTA	4	52729	52740	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
98	NC_018109	CAA	4	53234	53244	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
99	NC_018109	GTTT	3	53267	53279	13	0 %	75 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
100	NC_018109	GATT	3	53305	53316	12	25 %	50 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_018109	ATTTCG	3	53349	53365	17	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
102	NC_018109	TA	6	53395	53407	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
103	NC_018109	ATTT	3	53516	53527	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
104	NC_018109	TTAAT	4	53870	53888	19	40 %	60 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
105	NC_018109	AGAA	3	54102	54113	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
106	NC_018109	TA	8	57607	57623	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
107	NC_018109	TTTCA	3	57652	57665	14	20 %	60 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
108	NC_018109	AAAG	3	59871	59881	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
109	NC_018109	ATTT	3	61593	61604	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
110	NC_018109	TAGT	3	61617	61628	12	25 %	50 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_018109	ATT	4	61715	61726	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
112	NC_018109	AATAGA	3	61867	61883	17	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
113	NC_018109	TCTA	3	62641	62652	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
114	NC_018109	AT	6	64148	64158	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
115	NC_018109	CTT	4	64764	64775	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	39483063
116	NC_018109	CTTT	3	65091	65102	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
117	NC_018109	TTTC	3	66448	66458	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
118	NC_018109	AAT	4	66702	66713	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
119	NC_018109	ATA	4	66819	66829	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
120	NC_018109	A	14	67034	67047	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
121	NC_018109	TCT	4	68351	68363	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
122	NC_018109	A	12	68657	68668	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
123	NC_018109	ATTT	5	69444	69464	21	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
124	NC_018109	T	12	69504	69515	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_018109	TTTTTA	5	70456	70484	29	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
126	NC_018109	ATT	6	70689	70707	19	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
127	NC_018109	TAAA	3	71061	71072	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	39483064
128	NC_018109	TAT	5	71190	71203	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
129	NC_018109	TAT	5	71246	71261	16	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
130	NC_018109	ATA	5	71273	71286	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
131	NC_018109	AAT	4	71290	71300	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
132	NC_018109	TCAT	3	72594	72605	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
133	NC_018109	GAAC	3	72937	72948	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
134	NC_018109	T	23	73809	73831	23	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	39483067
135	NC_018109	TTTA	3	73868	73879	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	39483067
136	NC_018109	TGAA	3	75684	75694	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	39483067
137	NC_018109	CTT	4	77313	77323	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	39483067
138	NC_018109	TTATA	3	78602	78615	14	40 %	60 %	0 %	0 %	7 %	39483067
139	NC_018109	T	12	80306	80317	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	39483067
140	NC_018109	TTGA	3	80730	80742	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	39483067
141	NC_018109	A	12	81312	81323	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	39483067
142	NC_018109	TTTC	3	81665	81675	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	39483067
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224	NC_018109	ACTAAT	4	143566	143588	23	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	4 %	39483069
225	NC_018109	CTAATA	3	143595	143611	17	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	5 %	39483069
226	NC_018109	AATAG	4	143613	143631	19	60 %	20 %	20 %	0 %	10 %	39483069
227	NC_018109	A	15	144139	144153	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	39483069
228	NC_018109	AATA	4	144186	144201	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	39483069
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231	NC_018109	TTTC	3	148814	148825	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
232	NC_018109	AT	6	148877	148888	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
233	NC_018109	CTTTC	3	149493	149508	16	0 %	60 %	0 %	40 %	6 %	Non-Coding
234	NC_018109	CATAC	3	149903	149916	14	40 %	20 %	0 %	40 %	7 %	Non-Coding
235	NC_018109	CTCCTT	3	150773	150790	18	0 %	50 %	0 %	50 %	5 %	39483068
236	NC_018109	ATCA	3	152490	152502	13	50 %	25 %	0 %	25 %	7 %	39483068
237	NC_018109	TGAT	3	152585	152597	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	39483068
238	NC_018109	ACC	4	152694	152704	11	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	9 %	39483068
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240	NC_018109	AAAG	3	154332	154342	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	39483068
241	NC_018109	CGAT	3	154759	154771	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	39483068
242	NC_018109	TATT	3	155391	155402	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	39483068
243	NC_018109	ATC	4	157219	157229	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
244	NC_018109	ATC	4	158609	158619	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	39483068
245	NC_018109	GAA	5	159079	159093	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	39483068
246	NC_018109	ACAAAA	3	159170	159187	18	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Gossypium incanum chloroplast