ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Vigna unguiculata chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_018051	AT	6	223	233	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	39339608
2	NC_018051	GAAA	3	645	656	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	39339608
3	NC_018051	ATTT	3	750	761	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
4	NC_018051	TAAA	3	779	790	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
5	NC_018051	AAAG	3	952	962	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	39339608
6	NC_018051	AATA	3	967	978	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	39339608
7	NC_018051	AAAAG	3	1007	1020	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	39339608
8	NC_018051	TA	6	1174	1184	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	39339608
9	NC_018051	GAAA	3	1248	1258	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	39339608
10	NC_018051	TTG	4	2473	2484	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	39339608
11	NC_018051	ATG	4	2596	2607	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	39339608
12	NC_018051	AAAT	3	2766	2777	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
13	NC_018051	ATT	4	2815	2825	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
14	NC_018051	AAGT	3	3946	3956	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	39339608
15	NC_018051	ATAA	3	5577	5588	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	39339608
16	NC_018051	AGA	4	5685	5695	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	39339608
17	NC_018051	TTTA	3	6683	6694	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
18	NC_018051	AAAT	4	6903	6917	15	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
19	NC_018051	AATAA	3	7279	7293	15	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
20	NC_018051	TA	6	7376	7386	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
21	NC_018051	GAAA	3	8018	8029	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
22	NC_018051	TAA	5	8036	8050	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
23	NC_018051	ATA	5	9894	9908	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
24	NC_018051	AAAG	3	12333	12343	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
25	NC_018051	A	13	12516	12528	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
26	NC_018051	ATA	4	13467	13477	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
27	NC_018051	AAATAC	3	14678	14696	19	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	10 %	Non-Coding
28	NC_018051	TA	17	15567	15601	35	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
29	NC_018051	TAAA	3	15674	15685	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
30	NC_018051	ATCTAT	3	16000	16017	18	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
31	NC_018051	TAA	4	16455	16465	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
32	NC_018051	TAT	4	16878	16888	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
33	NC_018051	T	15	17105	17119	15	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_018051	AT	7	17270	17283	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
35	NC_018051	AT	6	17354	17364	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
36	NC_018051	AAAT	3	17751	17761	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
37	NC_018051	AAT	4	18512	18524	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	39339609
38	NC_018051	AT	6	20286	20297	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	39339609
39	NC_018051	AAAG	3	20573	20584	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	39339609
40	NC_018051	TA	7	20675	20687	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	39339609
41	NC_018051	TTTC	3	20848	20859	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	39339609
42	NC_018051	TTTC	3	21136	21147	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
43	NC_018051	TCTT	3	23860	23871	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	39339609
44	NC_018051	TA	6	26353	26364	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
45	NC_018051	TCTA	3	27345	27356	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
46	NC_018051	TATAAG	3	27643	27661	19	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
47	NC_018051	AT	6	28348	28358	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
48	NC_018051	CT	6	28448	28458	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
49	NC_018051	TAAA	3	28613	28624	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_018051	AAGC	3	29210	29220	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	39339610
51	NC_018051	TA	6	31187	31200	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
52	NC_018051	TTTC	3	31571	31581	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
53	NC_018051	TTCTT	3	32918	32931	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
54	NC_018051	TTTCT	3	33406	33419	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
55	NC_018051	TTCA	3	33527	33538	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
56	NC_018051	TAA	4	33557	33568	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
57	NC_018051	AAAGG	3	33935	33948	14	60 %	0 %	40 %	0 %	7 %	Non-Coding
58	NC_018051	T	12	33977	33988	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_018051	AT	14	34531	34558	28	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
60	NC_018051	TCT	4	34639	34650	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
61	NC_018051	TAGAA	3	34759	34773	15	60 %	20 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
62	NC_018051	T	19	35207	35225	19	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
63	NC_018051	AT	6	37338	37348	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	39339610
64	NC_018051	AAC	4	40357	40368	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	39339610
65	NC_018051	AATT	3	41260	41271	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	39339610
66	NC_018051	GAA	4	41887	41899	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	39339610
67	NC_018051	ACAA	3	43107	43118	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	39339610
68	NC_018051	ATTC	3	45153	45163	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	39339610
69	NC_018051	A	13	45568	45580	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	39339610
70	NC_018051	GAAA	3	47792	47804	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
71	NC_018051	AAT	4	48729	48740	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
72	NC_018051	TACT	3	48895	48905	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	39339610
73	NC_018051	GTT	5	49380	49394	15	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	6 %	39339610
74	NC_018051	ATAGAT	4	49610	49633	24	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	8 %	Non-Coding
75	NC_018051	CTTT	3	50947	50959	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
76	NC_018051	AATT	3	52229	52241	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	39339611
77	NC_018051	AAAT	3	52442	52453	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	39339611
78	NC_018051	TGT	4	52744	52755	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	39339611
79	NC_018051	A	12	54183	54194	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
80	NC_018051	AAATA	3	54560	54574	15	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
81	NC_018051	TTGATT	3	54638	54656	19	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	10 %	Non-Coding
82	NC_018051	TAAA	3	55224	55234	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
83	NC_018051	AAAT	3	55373	55384	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
84	NC_018051	TA	7	55493	55505	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
85	NC_018051	T	16	55635	55650	16	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_018051	AT	6	55773	55785	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
87	NC_018051	ATT	4	56387	56397	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
88	NC_018051	CTTAT	3	56591	56605	15	20 %	60 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
89	NC_018051	AAAG	3	56720	56730	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	39339611
90	NC_018051	TAA	4	56886	56896	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
91	NC_018051	CTAT	3	57165	57176	12	25 %	50 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
92	NC_018051	A	12	57461	57472	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_018051	AGAA	3	58003	58013	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
94	NC_018051	TTAT	3	58715	58727	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
95	NC_018051	ATTT	3	58814	58825	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
96	NC_018051	TAT	4	60016	60026	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	39339611
97	NC_018051	TAA	4	60374	60384	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	39339611
98	NC_018051	CAAA	3	60678	60689	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	39339611
99	NC_018051	ATT	4	60851	60862	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
100	NC_018051	AAAG	3	61192	61202	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
101	NC_018051	AT	8	63898	63913	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
102	NC_018051	AG	6	64341	64351	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	39339611
103	NC_018051	AT	8	64576	64590	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
104	NC_018051	TGAAA	3	65683	65697	15	60 %	20 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
105	NC_018051	TGAT	3	65931	65942	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
106	NC_018051	GAAAGA	3	67243	67261	19	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	5 %	Non-Coding
107	NC_018051	A	13	67830	67842	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
108	NC_018051	TTA	4	67851	67862	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
109	NC_018051	AAAAAT	3	68203	68221	19	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	10 %	39339612
110	NC_018051	TCAA	3	69113	69124	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
111	NC_018051	ATT	4	69414	69425	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
112	NC_018051	TA	6	69490	69500	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
113	NC_018051	TA	6	69750	69760	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	39339608
114	NC_018051	CTG	4	70004	70015	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	39339608
115	NC_018051	T	13	70639	70651	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	39339608
116	NC_018051	A	17	70703	70719	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	39339608
117	NC_018051	TA	7	70883	70895	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	39339608
118	NC_018051	ATA	4	71156	71167	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	39339608
119	NC_018051	ATTT	3	72202	72213	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	39339608
120	NC_018051	TCTTT	3	74039	74052	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	39339608
121	NC_018051	TAAA	3	74509	74520	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	39339608
122	NC_018051	AAT	4	75367	75378	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	39339608
123	NC_018051	AAAT	3	75417	75428	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	39339608
124	NC_018051	ATTT	3	76402	76412	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	39339608
125	NC_018051	ATAAA	3	76450	76464	15	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	39339608
126	NC_018051	T	12	76513	76524	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	39339608
127	NC_018051	CCAA	3	76668	76678	11	50 %	0 %	0 %	50 %	9 %	39339608
128	NC_018051	TTTA	3	77130	77140	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	39339608
129	NC_018051	TGGA	3	77261	77271	11	25 %	25 %	50 %	0 %	9 %	39339608
130	NC_018051	TATTTT	3	79055	79073	19	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	10 %	39339608
131	NC_018051	TTAA	3	79950	79961	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	39339608
132	NC_018051	TTCTT	3	80610	80625	16	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	39339608
133	NC_018051	TAT	5	81330	81344	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	39339608
134	NC_018051	ACG	4	81808	81819	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	39339608
135	NC_018051	CTT	4	81851	81862	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	39339608
136	NC_018051	GAT	4	82319	82329	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	39339608
137	NC_018051	GACT	3	82478	82489	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	39339608
138	NC_018051	GAT	4	83686	83696	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	39339608
139	NC_018051	TTCT	3	83719	83729	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	39339608
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141	NC_018051	TTCT	3	85667	85677	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	39339608
142	NC_018051	GAAA	3	85791	85803	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	39339608
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203	NC_018051	TCT	4	135723	135733	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	39339615
204	NC_018051	TCAA	3	141665	141677	13	50 %	25 %	0 %	25 %	7 %	39339608
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207	NC_018051	ATC	4	149793	149803	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	39339616
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209	NC_018051	AATTC	3	150752	150765	14	40 %	40 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
210	NC_018051	AAT	8	150770	150793	24	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
211	NC_018051	TCAAT	3	150812	150825	14	40 %	40 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
212	NC_018051	AAAC	4	151525	151539	15	75 %	0 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
213	NC_018051	ATA	5	151982	151996	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
214	NC_018051	TCAAT	3	152016	152029	14	40 %	40 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Vigna unguiculata chloroplast