ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Ciona intestinalis B CG-2006 mitochondrion

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_017929	TTTTAA	3	21	37	17	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
2	NC_017929	AAAAG	3	282	296	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
3	NC_017929	ATA	4	542	553	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
4	NC_017929	T	12	855	866	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	38793548
5	NC_017929	TTTA	3	902	914	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	38793548
6	NC_017929	T	16	1121	1136	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	38793548
7	NC_017929	TAT	4	1692	1702	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	38793548
8	NC_017929	ATTTAT	3	1699	1716	18	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	5 %	38793548
9	NC_017929	T	14	1790	1803	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	38793548
10	NC_017929	TAT	4	3044	3055	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	38793548
11	NC_017929	A	13	3542	3554	13	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	38793548
12	NC_017929	T	14	4963	4976	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	38793548
13	NC_017929	AAAT	3	5175	5185	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
14	NC_017929	TAT	4	5244	5254	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	38793548
15	NC_017929	TAG	4	5638	5649	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
16	NC_017929	TATT	4	6343	6358	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	38793548
17	NC_017929	ATT	4	6650	6660	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	38793548
18	NC_017929	T	14	6821	6834	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	38793548
19	NC_017929	TAT	4	7074	7085	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	38793548
20	NC_017929	AATA	3	7296	7307	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	38793548
21	NC_017929	A	12	7564	7575	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
22	NC_017929	AAAG	3	7691	7701	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
23	NC_017929	ATTA	3	8190	8201	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
24	NC_017929	TATT	6	8417	8439	23	25 %	75 %	0 %	0 %	4 %	Non-Coding
25	NC_017929	GATA	3	8749	8761	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
26	NC_017929	TTA	4	8800	8811	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	38793549
27	NC_017929	ATA	4	9145	9155	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
28	NC_017929	TAT	4	9493	9504	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	38793549
29	NC_017929	ATT	4	9681	9692	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	38793549
30	NC_017929	TTA	4	9966	9976	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	38793549
31	NC_017929	GACT	3	10065	10076	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	38793549
32	NC_017929	ATTT	3	10307	10318	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	38793549
33	NC_017929	A	12	11096	11107	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
34	NC_017929	AGA	4	11312	11322	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	38793549
35	NC_017929	T	14	11381	11394	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	38793549
36	NC_017929	AATT	3	11422	11433	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	38793549
37	NC_017929	TAT	4	11810	11820	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	38793549
38	NC_017929	AAG	4	12947	12958	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	38793549
39	NC_017929	ATTT	3	12970	12981	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	38793549
40	NC_017929	TAAA	3	13075	13085	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	38793549
41	NC_017929	GA	7	13171	13184	14	50 %	0 %	50 %	0 %	7 %	38793549
42	NC_017929	ATA	4	13809	13820	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	38793549
43	NC_017929	TTTA	3	14156	14166	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	38793549
44	NC_017929	ATT	4	14291	14301	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	38793549
45	NC_017929	TTTA	3	14506	14516	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	38793549

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Ciona intestinalis B CG-2006 mitochondrion