ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Gossypium gossypioides chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_017894	TAAAG	3	318	333	16	60 %	20 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
2	NC_017894	AAGT	3	1147	1157	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	38680081
3	NC_017894	AT	7	1719	1731	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
4	NC_017894	ATAGAA	3	4474	4491	18	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017894	CAATA	3	4556	4571	16	60 %	20 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
6	NC_017894	ATCT	3	4663	4674	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
7	NC_017894	T	16	4808	4823	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
8	NC_017894	ATT	5	4828	4842	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
9	NC_017894	TTTTA	3	4880	4894	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
10	NC_017894	TTCA	3	4926	4937	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
11	NC_017894	GTT	4	4992	5002	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
12	NC_017894	T	12	5906	5917	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	38680082
13	NC_017894	AAAT	4	6449	6464	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
14	NC_017894	TATTTT	3	6528	6545	18	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
15	NC_017894	A	15	6593	6607	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
16	NC_017894	TAA	4	6617	6628	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
17	NC_017894	AAT	4	6635	6646	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
18	NC_017894	TAT	4	8332	8344	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
19	NC_017894	ATAG	3	8363	8374	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
20	NC_017894	TAT	5	8386	8399	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
21	NC_017894	AT	6	8409	8420	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
22	NC_017894	ATTT	3	8628	8638	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
23	NC_017894	AATC	3	8715	8725	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
24	NC_017894	AGA	4	8726	8737	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
25	NC_017894	CTTAT	3	9751	9766	16	20 %	60 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
26	NC_017894	T	14	9790	9803	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
27	NC_017894	ATTCT	3	9957	9970	14	20 %	60 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
28	NC_017894	TTTCT	3	12667	12680	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	38680089
29	NC_017894	TCTA	3	13466	13477	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
30	NC_017894	T	13	13494	13506	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017894	AAT	4	13522	13533	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017894	AAAT	3	14114	14125	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
33	NC_017894	T	12	14677	14688	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
34	NC_017894	TTTA	4	14722	14736	15	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
35	NC_017894	TAAA	3	16082	16092	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
36	NC_017894	CT	9	17000	17017	18	0 %	50 %	0 %	50 %	5 %	Non-Coding
37	NC_017894	A	12	17028	17039	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
38	NC_017894	TTA	4	17144	17155	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
39	NC_017894	ATG	7	18194	18214	21	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	38680082
40	NC_017894	T	15	19234	19248	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	38680082
41	NC_017894	TTTA	5	23356	23375	20	25 %	75 %	0 %	0 %	10 %	38680082
42	NC_017894	TAA	4	23903	23913	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	38680082
43	NC_017894	GTT	4	24335	24346	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	38680082
44	NC_017894	T	12	26956	26967	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	38680082
45	NC_017894	GATA	3	27199	27209	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	38680082
46	NC_017894	GAA	4	27786	27797	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
47	NC_017894	AT	6	28024	28035	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
48	NC_017894	TAT	4	28467	28477	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
49	NC_017894	T	15	28500	28514	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
50	NC_017894	CTAA	3	29050	29061	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
51	NC_017894	A	13	29799	29811	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
52	NC_017894	T	13	30227	30239	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
53	NC_017894	GAAA	3	31394	31405	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
54	NC_017894	ATCA	3	31594	31604	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
55	NC_017894	TTCA	4	32444	32459	16	25 %	50 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
56	NC_017894	TG	6	32570	32581	12	0 %	50 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
57	NC_017894	TA	7	32865	32878	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
58	NC_017894	AATA	3	33472	33483	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
59	NC_017894	TCTT	3	33550	33562	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
60	NC_017894	GTTT	3	33888	33899	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
61	NC_017894	CAATA	3	34268	34282	15	60 %	20 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
62	NC_017894	GAAA	3	35883	35894	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	38680083
63	NC_017894	TTGC	3	36284	36294	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	38680083
64	NC_017894	T	12	37001	37012	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
65	NC_017894	TTA	4	37048	37059	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
66	NC_017894	AG	6	37121	37131	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
67	NC_017894	ATCT	3	37320	37331	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
68	NC_017894	TA	6	37333	37344	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
69	NC_017894	AAAT	3	37384	37395	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
70	NC_017894	AAAAT	3	37857	37871	15	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
71	NC_017894	TGAA	4	37936	37950	15	50 %	25 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
72	NC_017894	ATA	4	38151	38163	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
73	NC_017894	ATA	5	38186	38201	16	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
74	NC_017894	AAAT	3	38315	38327	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
75	NC_017894	GATC	3	38912	38922	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
76	NC_017894	AATG	3	42259	42270	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	38680083
77	NC_017894	TG	6	42701	42711	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	38680083
78	NC_017894	ATCT	4	43983	43998	16	25 %	50 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
79	NC_017894	TAATT	3	44645	44658	14	40 %	60 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
80	NC_017894	AGAAT	4	44705	44724	20	60 %	20 %	20 %	0 %	10 %	Non-Coding
81	NC_017894	ATA	4	44765	44777	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
82	NC_017894	AT	6	46699	46711	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	38680083
83	NC_017894	GTAA	3	46735	46745	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	38680083
84	NC_017894	AAAAAT	3	48288	48305	18	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
85	NC_017894	ATA	4	48310	48322	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
86	NC_017894	AAT	4	48975	48985	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
87	NC_017894	TA	6	48999	49012	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
88	NC_017894	AAT	4	49428	49439	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
89	NC_017894	TAA	4	49491	49503	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
90	NC_017894	ATTTTT	3	49509	49526	18	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
91	NC_017894	AAAG	3	49601	49612	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
92	NC_017894	ATT	5	50234	50247	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
93	NC_017894	TATTT	3	50470	50483	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
94	NC_017894	AGAAT	3	50568	50582	15	60 %	20 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
95	NC_017894	AT	7	50942	50954	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
96	NC_017894	CATA	3	51002	51012	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
97	NC_017894	T	15	51099	51113	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
98	NC_017894	ACAT	3	51298	51308	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
99	NC_017894	CAAA	3	52425	52436	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	38680084
100	NC_017894	GTCT	3	53034	53045	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	38680084
101	NC_017894	TAT	4	53262	53273	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
102	NC_017894	CAA	4	53766	53776	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
103	NC_017894	GATT	3	53837	53848	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
104	NC_017894	ATTTCG	3	53881	53897	17	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
105	NC_017894	GTATA	3	53913	53928	16	40 %	40 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
106	NC_017894	TA	6	53944	53956	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
107	NC_017894	ATTCT	3	54096	54109	14	20 %	60 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
108	NC_017894	ATTT	3	54149	54159	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
109	NC_017894	AGAA	3	54734	54745	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
110	NC_017894	ATTT	3	58159	58169	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
111	NC_017894	ATTT	9	58316	58352	37	25 %	75 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
112	NC_017894	ATATTA	3	58371	58387	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
113	NC_017894	AAAG	3	60637	60647	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
114	NC_017894	GAT	4	61278	61289	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	38680084
115	NC_017894	TAGT	3	62383	62394	12	25 %	50 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017894	ATT	5	62481	62495	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
117	NC_017894	TCTA	3	63424	63435	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
118	NC_017894	TTTTC	4	64531	64550	20	0 %	80 %	0 %	20 %	10 %	Non-Coding
119	NC_017894	ACAATA	3	64922	64939	18	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
120	NC_017894	A	12	65044	65055	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
121	NC_017894	CTT	4	65564	65575	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	38680085
122	NC_017894	CTTT	3	65891	65902	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
123	NC_017894	TTTC	3	67250	67260	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
124	NC_017894	AAT	4	67503	67514	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
125	NC_017894	ATA	4	67620	67630	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
126	NC_017894	TCT	4	69156	69168	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
127	NC_017894	T	15	69397	69411	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
128	NC_017894	A	12	69471	69482	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
129	NC_017894	T	15	70328	70342	15	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017894	ATT	6	71512	71530	19	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
131	NC_017894	T	12	71619	71630	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_017894	TACA	3	71866	71877	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	38680085
133	NC_017894	TAAA	3	71891	71902	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	38680085
134	NC_017894	ATA	5	72115	72128	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
135	NC_017894	AAT	4	72132	72142	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
136	NC_017894	TCAT	3	73452	73463	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
137	NC_017894	GAAC	3	73795	73806	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
138	NC_017894	TTTTC	3	74681	74695	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	38680088
139	NC_017894	TTTA	3	74731	74742	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	38680088
140	NC_017894	A	15	74989	75003	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	38680088
141	NC_017894	CTT	4	78188	78198	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	38680088
142	NC_017894	TTATA	3	79478	79491	14	40 %	60 %	0 %	0 %	7 %	38680088
143	NC_017894	GTT	4	80010	80021	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	38680088
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145	NC_017894	TTTC	3	82547	82557	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	38680088
146	NC_017894	TTTA	3	83913	83924	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	38680088
147	NC_017894	CACTT	3	84266	84279	14	20 %	40 %	0 %	40 %	7 %	38680088
148	NC_017894	T	12	84490	84501	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	38680088
149	NC_017894	T	13	85001	85013	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	38680088
150	NC_017894	TATCA	3	86329	86344	16	40 %	40 %	0 %	20 %	6 %	38680088
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152	NC_017894	AT	6	86978	86988	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	38680088
153	NC_017894	ATTT	3	87187	87198	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	38680088
154	NC_017894	AATT	3	87687	87697	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	38680088
155	NC_017894	TTAT	3	87824	87835	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	38680088
156	NC_017894	AATT	3	88466	88477	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	38680088
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162	NC_017894	AACGG	3	92318	92331	14	40 %	0 %	40 %	20 %	7 %	38680088
163	NC_017894	TTCT	3	92477	92487	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	38680088
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168	NC_017894	AATA	3	96429	96441	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	38680088
169	NC_017894	GAAGGA	3	97215	97232	18	50 %	0 %	50 %	0 %	5 %	38680088
170	NC_017894	CTAATT	3	98383	98399	17	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	5 %	38680088
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172	NC_017894	TCCGG	3	99355	99369	15	0 %	20 %	40 %	40 %	6 %	38680088
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182	NC_017894	TCTA	3	108135	108146	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	38680090
183	NC_017894	AAGG	3	108284	108294	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	38680090
184	NC_017894	GAGG	3	111013	111024	12	25 %	0 %	75 %	0 %	8 %	38680090
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210	NC_017894	TCTT	3	128375	128385	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	38680090
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225	NC_017894	T	13	134301	134313	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	38680090
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228	NC_017894	AATA	3	135313	135323	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	38680090
229	NC_017894	CTTA	3	136408	136418	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	38680090
230	NC_017894	CCTT	3	140469	140479	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	38680090
231	NC_017894	GGAT	3	141012	141023	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	38680090
232	NC_017894	TTTCT	3	143893	143907	15	0 %	80 %	0 %	20 %	0 %	38680090
233	NC_017894	ACTAAT	3	144296	144312	17	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	5 %	38680090
234	NC_017894	ACTAAT	4	144316	144338	23	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	4 %	38680090
235	NC_017894	CTAATA	3	144350	144366	17	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	5 %	38680090
236	NC_017894	AATAG	4	144368	144386	19	60 %	20 %	20 %	0 %	10 %	38680090
237	NC_017894	A	14	144900	144913	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	38680090
238	NC_017894	GAA	4	144967	144978	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	38680090
239	NC_017894	ACCGG	3	149393	149407	15	20 %	0 %	40 %	40 %	6 %	Non-Coding
240	NC_017894	TTTC	3	149580	149591	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
241	NC_017894	CTTTC	3	150255	150270	16	0 %	60 %	0 %	40 %	6 %	Non-Coding
242	NC_017894	CATAC	3	150665	150678	14	40 %	20 %	0 %	40 %	7 %	Non-Coding
243	NC_017894	CTCCTT	3	151530	151547	18	0 %	50 %	0 %	50 %	5 %	38680089
244	NC_017894	ATCA	3	153247	153259	13	50 %	25 %	0 %	25 %	7 %	38680089
245	NC_017894	TGAT	3	153342	153354	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	38680089
246	NC_017894	ACC	4	153451	153461	11	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	9 %	38680089
247	NC_017894	TTC	4	154250	154260	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	38680089
248	NC_017894	AAAG	3	155089	155099	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	38680089
249	NC_017894	CGAT	3	155516	155528	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	38680089
250	NC_017894	TATT	3	156148	156159	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	38680089
251	NC_017894	ATC	4	157976	157986	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
252	NC_017894	ATC	4	159372	159382	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	38680089
253	NC_017894	GAA	5	159842	159856	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	38680089

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Gossypium gossypioides chloroplast