ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Helicosporidium sp. ex Simulium jonesi mitochondrion

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_017841	AAGT	3	1416	1426	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
2	NC_017841	TTAT	4	1485	1500	16	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017841	TAA	5	2488	2502	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	38680044
4	NC_017841	ATT	5	3456	3469	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
5	NC_017841	TA	6	3867	3877	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
6	NC_017841	TTAA	3	4293	4304	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
7	NC_017841	AT	6	4628	4639	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
8	NC_017841	TTA	4	5087	5098	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	38680043
9	NC_017841	AT	6	5170	5181	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
10	NC_017841	AATT	5	5562	5581	20	50 %	50 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
11	NC_017841	TA	6	6239	6251	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
12	NC_017841	TAAA	4	6354	6369	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
13	NC_017841	AT	8	6434	6449	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
14	NC_017841	AATT	3	7191	7202	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
15	NC_017841	TAAA	3	7317	7327	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
16	NC_017841	AT	6	7686	7696	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
17	NC_017841	TAA	5	8349	8364	16	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
18	NC_017841	AT	6	8463	8475	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
19	NC_017841	A	14	8528	8541	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
20	NC_017841	TCAGCT	3	8931	8948	18	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	5 %	38680043
21	NC_017841	ATA	4	9817	9827	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
22	NC_017841	GAA	4	9836	9847	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
23	NC_017841	AAAT	3	12135	12146	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
24	NC_017841	ATA	4	12391	12402	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	38680043
25	NC_017841	TATT	4	12494	12509	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	38680043
26	NC_017841	TA	6	12665	12675	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	38680043
27	NC_017841	ATA	4	13085	13095	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	38680043
28	NC_017841	ATAA	3	13694	13704	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	38680043
29	NC_017841	TAAA	3	13820	13831	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	38680043
30	NC_017841	ATA	4	13841	13851	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	38680043
31	NC_017841	AAAAG	3	14303	14316	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	38680043
32	NC_017841	AAAC	3	14383	14394	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	38680043
33	NC_017841	AAT	4	14814	14825	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	38680043
34	NC_017841	TAA	4	14996	15006	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	38680043
35	NC_017841	TAA	4	15031	15043	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	38680043
36	NC_017841	AT	11	15312	15336	25	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
37	NC_017841	AT	9	15329	15345	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
38	NC_017841	CAAT	3	15363	15374	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	38680043
39	NC_017841	A	13	16069	16081	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	38680044
40	NC_017841	TAA	4	16673	16685	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
41	NC_017841	TAA	4	16693	16705	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
42	NC_017841	TAA	4	16727	16738	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
43	NC_017841	TTTATT	3	16928	16945	18	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	5 %	38680044
44	NC_017841	ATC	4	17250	17260	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	38680044
45	NC_017841	ATT	4	17396	17407	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	38680044
46	NC_017841	GCA	4	17586	17597	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	38680044
47	NC_017841	TAG	4	17831	17841	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	38680044
48	NC_017841	TTA	4	18381	18392	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	38680044
49	NC_017841	AAT	4	18393	18404	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	38680044
50	NC_017841	ATA	4	19058	19069	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	38680044
51	NC_017841	AT	7	19092	19104	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	38680044
52	NC_017841	TAT	4	19343	19353	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	38680044
53	NC_017841	AAT	5	19354	19367	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	38680044
54	NC_017841	TAAA	3	19479	19489	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	38680044
55	NC_017841	ATTT	3	19544	19555	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
56	NC_017841	TAA	4	19569	19579	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
57	NC_017841	TATCAA	3	19787	19803	17	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	5 %	38680044
58	NC_017841	AT	6	20804	20814	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
59	NC_017841	ATT	4	20922	20934	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
60	NC_017841	A	14	20942	20955	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
61	NC_017841	TAAA	3	21774	21786	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
62	NC_017841	TCT	4	22552	22563	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
63	NC_017841	ATA	4	23121	23132	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
64	NC_017841	TAA	4	23819	23829	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	38680044
65	NC_017841	TAT	4	23857	23868	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	38680044
66	NC_017841	TA	6	23904	23915	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	38680044
67	NC_017841	GTCT	3	23917	23929	13	0 %	50 %	25 %	25 %	7 %	38680044
68	NC_017841	TTA	4	24214	24225	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	38680044
69	NC_017841	ATTT	3	24267	24278	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	38680044
70	NC_017841	AATTA	3	24567	24581	15	60 %	40 %	0 %	0 %	6 %	38680044
71	NC_017841	TAT	4	24754	24766	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	38680044
72	NC_017841	TTA	4	24889	24901	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	38680044
73	NC_017841	ATT	4	25726	25738	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	38680044
74	NC_017841	TTA	4	26222	26233	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	38680044
75	NC_017841	TAAA	3	26887	26897	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	38680044
76	NC_017841	ATT	4	28371	28381	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	38680044
77	NC_017841	GTTG	3	28745	28756	12	0 %	50 %	50 %	0 %	8 %	38680044
78	NC_017841	TTTA	3	29029	29039	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	38680044
79	NC_017841	AAAT	3	30978	30988	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	38680045
80	NC_017841	AAAG	3	31262	31273	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	38680045
81	NC_017841	ATA	4	31308	31320	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	38680045
82	NC_017841	ATA	4	31358	31369	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	38680045
83	NC_017841	AAAT	3	31480	31491	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	38680045
84	NC_017841	TA	6	32186	32196	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
85	NC_017841	AT	7	32387	32399	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
86	NC_017841	AT	6	32489	32500	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
87	NC_017841	TA	6	32516	32526	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
88	NC_017841	TCCTGC	4	32694	32717	24	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	8 %	38680045
89	NC_017841	TAA	4	33108	33118	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
90	NC_017841	TTA	4	34896	34907	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
91	NC_017841	AAT	4	34940	34951	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
92	NC_017841	TATT	6	36020	36043	24	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	38680045
93	NC_017841	ATATTA	3	36902	36919	18	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
94	NC_017841	TA	6	37610	37620	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
95	NC_017841	TAAA	4	37934	37949	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	38680045
96	NC_017841	TA	6	38402	38412	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	38680045
97	NC_017841	TAA	4	38709	38720	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	38680045
98	NC_017841	AAT	4	39487	39497	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	38680045
99	NC_017841	TAT	4	39510	39521	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	38680045
100	NC_017841	AAAT	3	39830	39840	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	38680045
101	NC_017841	AGA	4	39934	39945	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	0 %	38680045
102	NC_017841	AT	9	40902	40919	18	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
103	NC_017841	TTAA	3	40986	40998	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	38680046
104	NC_017841	TAA	6	41224	41241	18	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	5 %	38680046
105	NC_017841	ATA	4	41297	41309	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	38680046
106	NC_017841	AT	6	41391	41401	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
107	NC_017841	ATAA	3	41446	41457	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017841	TAT	4	42846	42856	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	38680046
109	NC_017841	TTA	5	43450	43464	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	38680046
110	NC_017841	TAT	8	43631	43653	23	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	38680046
111	NC_017841	ATT	4	44901	44912	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	38680046
112	NC_017841	TAA	4	44958	44968	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	38680046
113	NC_017841	TAT	4	45835	45845	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	38680046
114	NC_017841	TATG	3	46087	46097	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	38680046
115	NC_017841	TATT	6	46619	46641	23	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
116	NC_017841	TAAA	4	47265	47279	15	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
117	NC_017841	TATT	3	47339	47349	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
118	NC_017841	AT	6	47597	47607	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
119	NC_017841	TAAA	4	48218	48232	15	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	38680046
120	NC_017841	A	13	48631	48643	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
121	NC_017841	TA	6	48686	48697	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
122	NC_017841	TAA	4	48853	48863	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
123	NC_017841	ATA	4	48867	48877	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
124	NC_017841	ATA	4	48880	48892	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
125	NC_017841	TA	6	48968	48979	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
126	NC_017841	ATA	4	49234	49246	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding

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