ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Spirodela polyrhiza mitochondrion

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_017840	GGAA	3	1677	1687	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
2	NC_017840	TAT	4	2175	2186	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
3	NC_017840	AATG	3	3082	3092	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	38716469
4	NC_017840	ATTC	4	3608	3623	16	25 %	50 %	0 %	25 %	6 %	38716469
5	NC_017840	CTT	4	3629	3641	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	38716469
6	NC_017840	GTAGTC	3	4136	4153	18	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
7	NC_017840	TCCT	3	4356	4366	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
8	NC_017840	GCAA	3	4806	4818	13	50 %	0 %	25 %	25 %	7 %	Non-Coding
9	NC_017840	ACTG	3	5308	5319	12	25 %	25 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017840	TC	6	5736	5747	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
11	NC_017840	T	13	6854	6866	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
12	NC_017840	TATAT	3	7975	7988	14	40 %	60 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
13	NC_017840	CTT	5	8726	8739	14	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
14	NC_017840	GGT	4	9279	9290	12	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	8 %	Non-Coding
15	NC_017840	GTA	4	10409	10419	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	38716470
16	NC_017840	GGAT	4	10581	10596	16	25 %	25 %	50 %	0 %	6 %	38716470
17	NC_017840	CTAT	3	10597	10608	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	38716470
18	NC_017840	AT	8	10611	10626	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	38716470
19	NC_017840	CGC	4	12335	12345	11	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	9 %	38716470
20	NC_017840	TCT	4	12406	12416	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	38716470
21	NC_017840	AGAT	3	12557	12568	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	38716470
22	NC_017840	ATTT	3	12655	12666	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	38716470
23	NC_017840	CT	7	12674	12686	13	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	38716470
24	NC_017840	CTTT	3	13494	13506	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	38716470
25	NC_017840	CGAG	5	14952	14970	19	25 %	0 %	50 %	25 %	10 %	38716470
26	NC_017840	AAGAAA	3	16378	16396	19	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	10 %	38716470
27	NC_017840	GGAA	3	18147	18158	12	50 %	0 %	50 %	0 %	0 %	38716470
28	NC_017840	TC	6	19663	19673	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	38716470
29	NC_017840	T	12	20003	20014	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	38716470
30	NC_017840	GAA	4	20259	20270	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	0 %	38716470
31	NC_017840	TTCCGC	3	20745	20761	17	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	5 %	38716470
32	NC_017840	TCT	4	20909	20920	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	38716470
33	NC_017840	ATTC	3	20928	20940	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	38716470
34	NC_017840	TGAT	3	22666	22677	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	38716470
35	NC_017840	GCTT	4	23318	23333	16	0 %	50 %	25 %	25 %	6 %	38716470
36	NC_017840	GCAA	3	23982	23993	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	38716470
37	NC_017840	ATTC	3	24711	24722	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	38716470
38	NC_017840	GAAGA	3	27933	27947	15	60 %	0 %	40 %	0 %	6 %	38716470
39	NC_017840	GCC	4	30186	30196	11	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	9 %	38716470
40	NC_017840	ATCT	3	30567	30578	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	38716470
41	NC_017840	ATAG	4	30598	30613	16	50 %	25 %	25 %	0 %	6 %	38716470
42	NC_017840	TA	6	31462	31472	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	38716470
43	NC_017840	GCA	5	31791	31806	16	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	6 %	38716470
44	NC_017840	TGT	4	32227	32240	14	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	7 %	38716470
45	NC_017840	ATATT	3	33462	33475	14	40 %	60 %	0 %	0 %	7 %	38716470
46	NC_017840	CGT	4	33522	33532	11	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	9 %	38716470
47	NC_017840	TTCC	3	34015	34027	13	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	38716470
48	NC_017840	ATG	4	34658	34668	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	38716470
49	NC_017840	CGTAA	3	34717	34732	16	40 %	20 %	20 %	20 %	6 %	38716470
50	NC_017840	GGAC	3	34783	34793	11	25 %	0 %	50 %	25 %	9 %	38716470
51	NC_017840	CATT	3	35447	35459	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	38716470
52	NC_017840	TTTG	3	35891	35901	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	38716470
53	NC_017840	CA	6	36125	36136	12	50 %	0 %	0 %	50 %	8 %	38716470
54	NC_017840	TTTG	3	36294	36305	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	38716470
55	NC_017840	GCTT	3	37476	37486	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	38716470
56	NC_017840	AGA	4	40225	40236	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	38716470
57	NC_017840	TAA	7	40421	40441	21	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	38716470
58	NC_017840	AGAA	3	40656	40667	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	38716470
59	NC_017840	TTA	4	41631	41641	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	38716470
60	NC_017840	AAAG	3	41714	41725	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	38716470
61	NC_017840	T	12	41951	41962	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	38716470
62	NC_017840	TATTG	3	42152	42166	15	20 %	60 %	20 %	0 %	6 %	38716470
63	NC_017840	GTCGA	3	42541	42554	14	20 %	20 %	40 %	20 %	7 %	38716470
64	NC_017840	TTG	4	42882	42893	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	38716470
65	NC_017840	CGAA	3	43250	43262	13	50 %	0 %	25 %	25 %	7 %	38716470
66	NC_017840	AAGC	3	43876	43886	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	38716470
67	NC_017840	AAAT	3	44578	44589	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	38716470
68	NC_017840	AAG	4	45101	45112	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	38716470
69	NC_017840	CCAT	3	45318	45330	13	25 %	25 %	0 %	50 %	7 %	38716470
70	NC_017840	AATG	3	45924	45935	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	38716470
71	NC_017840	GCA	4	47717	47728	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	38716470
72	NC_017840	CGG	4	47843	47854	12	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	8 %	38716470
73	NC_017840	GGGA	3	49953	49964	12	25 %	0 %	75 %	0 %	8 %	Non-Coding
74	NC_017840	ACT	4	50114	50125	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
75	NC_017840	AAT	4	50229	50240	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
76	NC_017840	TTCTTT	3	50341	50359	19	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	10 %	Non-Coding
77	NC_017840	TC	6	51428	51439	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
78	NC_017840	TA	7	52048	52062	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
79	NC_017840	TA	6	52081	52093	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
80	NC_017840	GACT	3	54686	54697	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	38716470
81	NC_017840	CCATAC	3	54843	54860	18	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	5 %	38716470
82	NC_017840	CAGG	3	54866	54877	12	25 %	0 %	50 %	25 %	0 %	38716470
83	NC_017840	GCCG	3	57025	57036	12	0 %	0 %	50 %	50 %	0 %	38716470
84	NC_017840	GATCA	3	58099	58113	15	40 %	20 %	20 %	20 %	0 %	38716470
85	NC_017840	GAAC	3	58465	58476	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	38716470
86	NC_017840	CCTT	3	58728	58740	13	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	38716470
87	NC_017840	AGAA	3	59297	59307	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	38716470
88	NC_017840	GCTT	3	59364	59376	13	0 %	50 %	25 %	25 %	7 %	38716470
89	NC_017840	TCCT	3	59819	59830	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	38716470
90	NC_017840	TAA	4	59925	59935	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	38716470
91	NC_017840	TA	7	61149	61162	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	38716470
92	NC_017840	GAA	5	61354	61367	14	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	38716470
93	NC_017840	GCCA	3	61731	61741	11	25 %	0 %	25 %	50 %	9 %	38716470
94	NC_017840	GAA	4	61835	61847	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	38716470
95	NC_017840	GTGGC	3	66987	67000	14	0 %	20 %	60 %	20 %	7 %	38716470
96	NC_017840	CCCA	3	67748	67759	12	25 %	0 %	0 %	75 %	8 %	38716470
97	NC_017840	TAA	5	67858	67871	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	38716470
98	NC_017840	G	12	67880	67891	12	0 %	0 %	100 %	0 %	8 %	38716470
99	NC_017840	ACTGTA	3	68813	68829	17	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	5 %	38716470
100	NC_017840	AAAT	3	71098	71108	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	38716470
101	NC_017840	T	12	71434	71445	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	38716470
102	NC_017840	GAC	4	71766	71776	11	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	9 %	38716470
103	NC_017840	GAT	5	72916	72929	14	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	7 %	38716470
104	NC_017840	TATG	3	73397	73407	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	38716470
105	NC_017840	AGC	4	73452	73463	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	38716470
106	NC_017840	GGAA	3	73678	73688	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	38716470
107	NC_017840	AG	6	73756	73766	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	38716470
108	NC_017840	AG	7	74114	74126	13	50 %	0 %	50 %	0 %	7 %	38716470
109	NC_017840	TCTTT	3	74515	74528	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	38716470
110	NC_017840	TGTC	3	74811	74822	12	0 %	50 %	25 %	25 %	0 %	38716470
111	NC_017840	TTCA	3	75478	75489	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	38716470
112	NC_017840	AGA	4	76634	76645	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	38716470
113	NC_017840	ATT	4	77148	77159	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	38716470
114	NC_017840	CTTT	3	77179	77191	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	38716470
115	NC_017840	ATG	4	77357	77367	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	38716470
116	NC_017840	TAAA	4	77612	77626	15	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	38716470
117	NC_017840	AGAT	3	80120	80131	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	38716470
118	NC_017840	TCAT	3	80788	80798	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	38716470
119	NC_017840	CCTT	3	81766	81777	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	38716470
120	NC_017840	TAGGG	3	83608	83622	15	20 %	20 %	60 %	0 %	6 %	38716470
121	NC_017840	TGAA	3	84814	84825	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	38716470
122	NC_017840	GAAA	3	85755	85765	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	38716470
123	NC_017840	AAC	4	86721	86732	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	38716470
124	NC_017840	TCAT	3	87360	87370	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	38716470
125	NC_017840	GAAG	5	87518	87537	20	50 %	0 %	50 %	0 %	10 %	38716470
126	NC_017840	ATGT	3	88499	88511	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	38716470
127	NC_017840	CTA	4	88796	88806	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	38716470
128	NC_017840	AT	6	89653	89664	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	38716470
129	NC_017840	CCT	4	89765	89775	11	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	9 %	38716470
130	NC_017840	TC	6	91200	91211	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	38716470
131	NC_017840	TACC	3	91752	91764	13	25 %	25 %	0 %	50 %	7 %	38716470
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238	NC_017840	GGAG	3	176940	176951	12	25 %	0 %	75 %	0 %	8 %	38716472
239	NC_017840	GAAAG	3	177375	177389	15	60 %	0 %	40 %	0 %	6 %	38716472
240	NC_017840	TTTC	3	179066	179077	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	38716472
241	NC_017840	AATG	3	179395	179405	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	38716472
242	NC_017840	ACAAAC	3	180991	181008	18	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	5 %	38716472
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244	NC_017840	CTAT	3	184037	184048	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	38716472
245	NC_017840	CTTT	3	185599	185610	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	38716472
246	NC_017840	TAGGC	3	186003	186017	15	20 %	20 %	40 %	20 %	6 %	38716472
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248	NC_017840	AAG	4	188748	188759	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
249	NC_017840	TACA	3	189959	189971	13	50 %	25 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
250	NC_017840	GTGA	3	190103	190114	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
251	NC_017840	TA	11	191016	191036	21	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
252	NC_017840	AT	6	191048	191059	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
253	NC_017840	CAAG	3	191454	191464	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
254	NC_017840	CCAG	3	193926	193936	11	25 %	0 %	25 %	50 %	9 %	38716472
255	NC_017840	CCCA	3	194546	194556	11	25 %	0 %	0 %	75 %	9 %	38716472
256	NC_017840	ATTCC	4	194584	194603	20	20 %	40 %	0 %	40 %	5 %	38716472
257	NC_017840	GTC	4	194638	194649	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	38716472
258	NC_017840	CGAG	3	195091	195101	11	25 %	0 %	50 %	25 %	9 %	38716472
259	NC_017840	GAA	4	196038	196049	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	38716472
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261	NC_017840	TGGT	3	197583	197593	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	38716472
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263	NC_017840	CTAT	4	200737	200752	16	25 %	50 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
264	NC_017840	TCCAT	5	201062	201086	25	20 %	40 %	0 %	40 %	8 %	Non-Coding
265	NC_017840	GATA	3	204574	204585	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
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275	NC_017840	AATC	4	212494	212509	16	50 %	25 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
276	NC_017840	TA	6	212854	212864	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
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279	NC_017840	CGCC	3	215321	215331	11	0 %	0 %	25 %	75 %	9 %	Non-Coding
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284	NC_017840	TTAT	3	219810	219821	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
285	NC_017840	AGA	4	221075	221087	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
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291	NC_017840	TAGA	3	223358	223370	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
292	NC_017840	AGAC	3	223750	223760	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
293	NC_017840	CTT	4	223804	223816	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
294	NC_017840	CCTC	3	224004	224014	11	0 %	25 %	0 %	75 %	9 %	Non-Coding
295	NC_017840	TCGC	3	224671	224682	12	0 %	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
296	NC_017840	TTTA	3	224983	224993	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
297	NC_017840	G	14	226344	226357	14	0 %	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
298	NC_017840	GAA	4	227164	227175	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
299	NC_017840	ACT	4	227878	227889	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
300	NC_017840	GAT	4	227926	227937	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
301	NC_017840	AT	7	228065	228079	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Spirodela polyrhiza mitochondrion