ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

Tri-nucleotide Imperfect Repeats of Oryza rufipogon chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_017835	CAG	4	675	686	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	38679915
2	NC_017835	GAA	4	8460	8471	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
3	NC_017835	TTG	4	10769	10779	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	38679915
4	NC_017835	ATT	4	16056	16068	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
5	NC_017835	TAT	4	16939	16949	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
6	NC_017835	CTA	4	18746	18757	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
7	NC_017835	ATT	4	18848	18858	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
8	NC_017835	AGA	4	19837	19848	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	38679916
9	NC_017835	AAC	4	22490	22501	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	38679916
10	NC_017835	AAT	4	24178	24189	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	38679916
11	NC_017835	GAG	4	26754	26764	11	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	9 %	38679916
12	NC_017835	GAA	4	27635	27646	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	38679916
13	NC_017835	ATT	4	29420	29432	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
14	NC_017835	AGA	4	29903	29913	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	38679916
15	NC_017835	GTT	5	31096	31110	15	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	6 %	38679916
16	NC_017835	TGC	4	32048	32059	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	38679916
17	NC_017835	TAG	5	35751	35765	15	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	6 %	Non-Coding
18	NC_017835	TCC	4	36702	36713	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	Non-Coding
19	NC_017835	ATG	4	38138	38148	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	38679917
20	NC_017835	GCA	4	40036	40047	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	38679917
21	NC_017835	GAA	4	58287	58299	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
22	NC_017835	GAA	4	58303	58313	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
23	NC_017835	TTC	4	60467	60478	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	38679918
24	NC_017835	ATA	4	62828	62838	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
25	NC_017835	AAG	4	64207	64219	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
26	NC_017835	TTC	5	65114	65128	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	Non-Coding
27	NC_017835	TAA	4	71447	71458	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
28	NC_017835	AGA	4	74302	74313	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
29	NC_017835	TAT	4	75359	75369	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
30	NC_017835	TCT	4	80519	80532	14	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	38679920
31	NC_017835	TTC	4	81623	81633	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
32	NC_017835	TTA	4	84526	84536	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
33	NC_017835	ATA	4	87323	87333	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	38679920
34	NC_017835	TAC	4	89139	89150	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
35	NC_017835	AAG	4	102794	102805	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	38679921
36	NC_017835	TTG	4	103543	103554	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	38679921
37	NC_017835	CAA	4	107872	107882	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	38679921
38	NC_017835	TAT	5	108680	108693	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
39	NC_017835	TAA	4	114011	114021	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
40	NC_017835	GTA	4	125989	126000	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
41	NC_017835	ATA	4	130602	130612	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

Tri-nucleotide Imperfect Repeats of Oryza rufipogon chloroplast