ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Oryza rufipogon chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_017835	CAG	4	675	686	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	38679915
2	NC_017835	AAGT	3	781	791	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	38679915
3	NC_017835	TCTTT	3	2574	2588	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	38679915
4	NC_017835	AG	6	3223	3234	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	38679915
5	NC_017835	A	18	3536	3553	18	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
6	NC_017835	CATT	3	3700	3711	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
7	NC_017835	TAAA	4	4153	4168	16	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017835	TTTA	3	4467	4478	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
9	NC_017835	TCTCT	3	4651	4664	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	Non-Coding
10	NC_017835	ATAA	3	5330	5340	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
11	NC_017835	CTTA	3	5376	5388	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
12	NC_017835	TTTAA	3	5921	5934	14	40 %	60 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
13	NC_017835	TTGAC	3	6455	6469	15	20 %	40 %	20 %	20 %	6 %	Non-Coding
14	NC_017835	TTCT	3	8040	8050	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
15	NC_017835	TTTA	3	8211	8221	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
16	NC_017835	GAA	4	8460	8471	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
17	NC_017835	GAAA	3	10364	10375	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	38679915
18	NC_017835	TA	6	10463	10473	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	38679915
19	NC_017835	TTG	4	10769	10779	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	38679915
20	NC_017835	ACAAA	3	11441	11454	14	80 %	0 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
21	NC_017835	AG	6	11506	11516	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
22	NC_017835	CGTAG	3	12330	12343	14	20 %	20 %	40 %	20 %	7 %	Non-Coding
23	NC_017835	CCCA	3	12774	12785	12	25 %	0 %	0 %	75 %	8 %	Non-Coding
24	NC_017835	AATCT	3	13241	13254	14	40 %	40 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
25	NC_017835	TTTG	3	13536	13546	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
26	NC_017835	CTTT	3	15218	15229	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017835	ATT	4	16056	16068	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
28	NC_017835	GTAT	3	16135	16145	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
29	NC_017835	TAT	4	16939	16949	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
30	NC_017835	TTTC	3	17001	17011	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
31	NC_017835	AAAG	3	17095	17106	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
32	NC_017835	TAAGAA	3	17182	17200	19	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
33	NC_017835	TTTCTA	3	17336	17354	19	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
34	NC_017835	TTTCTA	3	17358	17374	17	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
35	NC_017835	AATAG	3	17384	17397	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
36	NC_017835	CTA	4	18746	18757	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
37	NC_017835	ATT	4	18848	18858	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
38	NC_017835	TTTC	3	19811	19823	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	38679916
39	NC_017835	AGA	4	19837	19848	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	38679916
40	NC_017835	AAC	4	22490	22501	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	38679916
41	NC_017835	AAT	4	24178	24189	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	38679916
42	NC_017835	GAG	4	26754	26764	11	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	9 %	38679916
43	NC_017835	GAA	4	27635	27646	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	38679916
44	NC_017835	GCGA	3	28852	28864	13	25 %	0 %	50 %	25 %	7 %	38679916
45	NC_017835	TTAA	3	29370	29381	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
46	NC_017835	ATT	4	29420	29432	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
47	NC_017835	GAAA	3	29463	29475	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
48	NC_017835	GAAAA	3	29498	29511	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
49	NC_017835	AGA	4	29903	29913	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	38679916
50	NC_017835	AT	6	30362	30372	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
51	NC_017835	GTT	5	31096	31110	15	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	6 %	38679916
52	NC_017835	AT	6	31573	31583	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
53	NC_017835	TGC	4	32048	32059	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	38679916
54	NC_017835	CTTT	3	32315	32325	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
55	NC_017835	CATTTT	3	33359	33377	19	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	5 %	38679916
56	NC_017835	AAAG	3	33602	33612	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	38679916
57	NC_017835	A	12	34180	34191	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
58	NC_017835	TAG	5	35751	35765	15	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	6 %	Non-Coding
59	NC_017835	TTTC	3	35945	35955	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
60	NC_017835	CT	6	36584	36594	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	38679916
61	NC_017835	TCC	4	36702	36713	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	Non-Coding
62	NC_017835	ATG	4	38138	38148	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	38679917
63	NC_017835	AAGA	3	39232	39243	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	38679917
64	NC_017835	GCA	4	40036	40047	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	38679917
65	NC_017835	TG	6	40073	40083	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	38679917
66	NC_017835	CTAG	3	40175	40187	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	38679917
67	NC_017835	ATCA	3	42187	42197	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
68	NC_017835	AAGA	3	42340	42350	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
69	NC_017835	AACA	3	44650	44660	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
70	NC_017835	GGGGAA	3	44740	44758	19	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
71	NC_017835	TA	6	45565	45575	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
72	NC_017835	ATCTTA	3	45836	45854	19	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	10 %	Non-Coding
73	NC_017835	AT	6	46072	46082	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
74	NC_017835	TTTTG	3	46156	46169	14	0 %	80 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
75	NC_017835	TTGA	3	46567	46579	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
76	NC_017835	CAGA	3	48143	48153	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	38679917
77	NC_017835	T	14	49253	49266	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	38679917
78	NC_017835	TAGG	4	51267	51282	16	25 %	25 %	50 %	0 %	6 %	Non-Coding
79	NC_017835	AATT	3	53410	53421	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
80	NC_017835	AATA	4	55759	55775	17	75 %	25 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
81	NC_017835	AAAG	3	56369	56379	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
82	NC_017835	GAA	4	58287	58299	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
83	NC_017835	GAA	4	58303	58313	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
84	NC_017835	TTCT	3	59451	59462	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
85	NC_017835	ATTC	3	59482	59492	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
86	NC_017835	TTC	4	60467	60478	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	38679918
87	NC_017835	TCTT	3	60873	60883	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
88	NC_017835	ATA	4	62828	62838	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
89	NC_017835	TTGAA	3	63621	63635	15	40 %	40 %	20 %	0 %	6 %	38679918
90	NC_017835	TTCT	3	63701	63712	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
91	NC_017835	AAG	4	64207	64219	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
92	NC_017835	GAAA	3	64908	64918	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
93	NC_017835	TATT	3	65061	65071	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
94	NC_017835	TTC	5	65114	65128	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	Non-Coding
95	NC_017835	GAAA	3	65388	65399	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	38679919
96	NC_017835	AGAA	3	68357	68368	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017835	AAAG	3	68496	68506	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
98	NC_017835	TAA	4	71447	71458	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
99	NC_017835	TTTA	4	71705	71720	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
100	NC_017835	AT	6	72726	72736	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
101	NC_017835	TTTC	3	74271	74281	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
102	NC_017835	AGA	4	74302	74313	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
103	NC_017835	TAT	4	75359	75369	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
104	NC_017835	ATTT	3	75938	75949	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
105	NC_017835	AGAAA	3	76224	76238	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
106	NC_017835	T	12	76531	76542	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	38679920
107	NC_017835	ATTT	3	77217	77227	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
108	NC_017835	T	17	78415	78431	17	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017835	TCT	4	80519	80532	14	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	38679920
110	NC_017835	T	15	80601	80615	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
111	NC_017835	AGAAT	3	80995	81008	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
112	NC_017835	AATG	3	81009	81019	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
113	NC_017835	TTC	4	81623	81633	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
114	NC_017835	TTA	4	84526	84536	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
115	NC_017835	ATA	4	87323	87333	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	38679920
116	NC_017835	TTTGTT	3	88242	88260	19	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	10 %	38679921
117	NC_017835	TTCT	3	88381	88391	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	38679921
118	NC_017835	TAC	4	89139	89150	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
119	NC_017835	AAAC	3	93272	93284	13	75 %	0 %	0 %	25 %	7 %	38679921
120	NC_017835	ATCC	3	93404	93415	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	38679921
121	NC_017835	CTAT	3	93791	93802	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
122	NC_017835	ACGG	3	96659	96670	12	25 %	0 %	50 %	25 %	8 %	Non-Coding
123	NC_017835	AGGT	3	96943	96954	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
124	NC_017835	AACG	3	98268	98279	12	50 %	0 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017835	AAAG	4	99599	99614	16	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
126	NC_017835	GAAT	3	101208	101218	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
127	NC_017835	AAGG	3	101220	101231	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
128	NC_017835	AAG	4	102794	102805	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	38679921
129	NC_017835	TTG	4	103543	103554	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	38679921
130	NC_017835	AATA	3	103748	103759	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
131	NC_017835	CAAA	3	104523	104534	12	75 %	0 %	0 %	25 %	0 %	38679921
132	NC_017835	CAA	4	107872	107882	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	38679921
133	NC_017835	AAAT	3	108648	108658	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
134	NC_017835	TAT	5	108680	108693	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
135	NC_017835	TAAC	3	112084	112095	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	38679922
136	NC_017835	TC	6	113491	113502	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	38679922
137	NC_017835	ATTC	3	113922	113932	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
138	NC_017835	TAA	4	114011	114021	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
139	NC_017835	AAAT	3	114337	114347	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
140	NC_017835	CTTT	4	115526	115541	16	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
141	NC_017835	TCGT	3	116860	116871	12	0 %	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
142	NC_017835	CTTA	3	117067	117077	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
143	NC_017835	CCGT	3	118470	118481	12	0 %	25 %	25 %	50 %	8 %	Non-Coding
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147	NC_017835	A	13	125476	125488	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
148	NC_017835	GTA	4	125989	126000	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
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150	NC_017835	GAAAA	3	127307	127322	16	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
151	NC_017835	ATA	4	130602	130612	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
152	NC_017835	TGAA	3	131319	131330	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
153	NC_017835	CTTT	3	131337	131348	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
154	NC_017835	CATT	3	134120	134130	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
155	NC_017835	ATTCT	3	134131	134144	14	20 %	60 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
156	NC_017835	A	14	134529	134542	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Oryza rufipogon chloroplast