ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Huperzia squarrosa mitochondrion

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_017755	GGTT	3	141	153	13	0 %	50 %	50 %	0 %	7 %	38509973
2	NC_017755	TTA	4	802	813	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	38509973
3	NC_017755	TATT	3	865	880	16	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	38509973
4	NC_017755	TGTT	3	2062	2073	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	38509973
5	NC_017755	ATGG	3	3813	3825	13	25 %	25 %	50 %	0 %	7 %	Non-Coding
6	NC_017755	CCCA	3	3918	3929	12	25 %	0 %	0 %	75 %	8 %	Non-Coding
7	NC_017755	CTTCT	3	4058	4071	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	Non-Coding
8	NC_017755	TTC	4	4321	4332	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017755	T	14	6993	7006	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
10	NC_017755	GAA	4	8608	8619	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
11	NC_017755	T	13	9768	9780	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017755	TAT	4	10668	10678	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
13	NC_017755	GCTGTA	4	10780	10803	24	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	8 %	Non-Coding
14	NC_017755	G	13	11713	11725	13	0 %	0 %	100 %	0 %	7 %	Non-Coding
15	NC_017755	CTA	4	12147	12159	13	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
16	NC_017755	GGGA	3	12841	12851	11	25 %	0 %	75 %	0 %	9 %	38509977
17	NC_017755	CAGTA	3	14225	14238	14	40 %	20 %	20 %	20 %	7 %	Non-Coding
18	NC_017755	AATT	3	15116	15127	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
19	NC_017755	GAAA	3	16821	16832	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
20	NC_017755	CCCT	3	17331	17341	11	0 %	25 %	0 %	75 %	9 %	Non-Coding
21	NC_017755	T	12	18686	18697	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017755	CGG	4	19545	19555	11	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
23	NC_017755	TCTTT	3	19631	19644	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
24	NC_017755	ATTT	3	20486	20497	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017755	TCA	4	20611	20622	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
26	NC_017755	CTG	4	21331	21341	11	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	9 %	38509973
27	NC_017755	ATCT	3	21627	21637	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	38509973
28	NC_017755	AGCAAA	3	22887	22905	19	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	10 %	38509973
29	NC_017755	TACC	3	23771	23782	12	25 %	25 %	0 %	50 %	0 %	38509973
30	NC_017755	TA	6	23901	23911	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	38509973
31	NC_017755	TAC	4	28848	28859	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	38509973
32	NC_017755	ATT	4	29543	29554	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
33	NC_017755	ATT	4	30200	30211	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
34	NC_017755	GGT	4	32058	32069	12	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	8 %	Non-Coding
35	NC_017755	TAGG	3	32392	32403	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
36	NC_017755	CCT	4	32423	32434	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	Non-Coding
37	NC_017755	CGG	4	32797	32808	12	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
38	NC_017755	TGAA	3	32911	32922	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
39	NC_017755	GCG	4	33357	33368	12	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
40	NC_017755	GCA	4	34045	34055	11	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
41	NC_017755	TAA	4	34265	34275	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
42	NC_017755	TCGC	3	34315	34325	11	0 %	25 %	25 %	50 %	9 %	Non-Coding
43	NC_017755	GAA	5	34495	34509	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	Non-Coding
44	NC_017755	A	12	34520	34531	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
45	NC_017755	AGAA	3	35093	35104	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
46	NC_017755	ATTT	3	35605	35617	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
47	NC_017755	CGC	4	36253	36264	12	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	8 %	Non-Coding
48	NC_017755	ATTA	3	37546	37557	12	50 %	50 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017755	T	14	37812	37825	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
50	NC_017755	C	14	37891	37904	14	0 %	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017755	ATT	5	38131	38146	16	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
52	NC_017755	GAAA	3	38606	38616	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	38509977
53	NC_017755	GA	6	38887	38898	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
54	NC_017755	CCT	4	39715	39727	13	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	7 %	Non-Coding
55	NC_017755	ATCT	3	40216	40227	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	38509977
56	NC_017755	ACG	4	41124	41134	11	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
57	NC_017755	GCG	4	41940	41950	11	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
58	NC_017755	TTAT	3	42440	42452	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
59	NC_017755	TA	6	42465	42475	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
60	NC_017755	GA	6	42480	42491	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
61	NC_017755	TTCC	3	42813	42823	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
62	NC_017755	CTTG	3	43141	43151	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
63	NC_017755	GCCA	4	43283	43299	17	25 %	0 %	25 %	50 %	5 %	Non-Coding
64	NC_017755	AGG	4	43599	43611	13	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	7 %	38509978
65	NC_017755	ATTG	3	43889	43899	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
66	NC_017755	ATCT	3	44630	44641	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
67	NC_017755	G	14	45583	45596	14	0 %	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017755	A	13	47046	47058	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
69	NC_017755	CTT	4	47243	47254	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
70	NC_017755	TA	7	47438	47450	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
71	NC_017755	C	12	48036	48047	12	0 %	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017755	TACC	3	48310	48321	12	25 %	25 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017755	CCT	4	48500	48511	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	Non-Coding
74	NC_017755	AAT	6	48550	48567	18	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	5 %	38509978
75	NC_017755	CATA	3	48887	48897	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	38509978
76	NC_017755	ATTT	3	49030	49041	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
77	NC_017755	TCC	4	50727	50739	13	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	7 %	38509973
78	NC_017755	TCGG	3	52370	52380	11	0 %	25 %	50 %	25 %	9 %	38509973
79	NC_017755	TC	6	52906	52918	13	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	38509973
80	NC_017755	T	12	53780	53791	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	38509973
81	NC_017755	AGCC	3	56110	56120	11	25 %	0 %	25 %	50 %	9 %	38509973
82	NC_017755	AAGA	3	56155	56166	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	38509973
83	NC_017755	CTAA	3	56214	56225	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	38509973
84	NC_017755	CCCG	3	56521	56531	11	0 %	0 %	25 %	75 %	9 %	Non-Coding
85	NC_017755	TTGG	3	56858	56870	13	0 %	50 %	50 %	0 %	7 %	Non-Coding
86	NC_017755	CTT	5	57814	57828	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	Non-Coding
87	NC_017755	CGGC	3	58897	58908	12	0 %	0 %	50 %	50 %	8 %	Non-Coding
88	NC_017755	ATG	4	59644	59655	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
89	NC_017755	T	13	60336	60348	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
90	NC_017755	AG	6	60523	60533	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
91	NC_017755	AT	6	60868	60880	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
92	NC_017755	T	13	61362	61374	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
93	NC_017755	TA	6	61450	61460	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
94	NC_017755	GAAA	3	62192	62204	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
95	NC_017755	TTA	4	63739	63750	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
96	NC_017755	AGCC	3	63939	63950	12	25 %	0 %	25 %	50 %	8 %	Non-Coding
97	NC_017755	CTAC	3	64920	64931	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	38509978
98	NC_017755	C	16	65347	65362	16	0 %	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017755	CGGG	3	65524	65534	11	0 %	0 %	75 %	25 %	9 %	Non-Coding
100	NC_017755	TTC	4	66158	66170	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
101	NC_017755	CCAG	4	66248	66262	15	25 %	0 %	25 %	50 %	6 %	Non-Coding
102	NC_017755	T	13	67072	67084	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017755	ATAA	3	70153	70168	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
104	NC_017755	GTAA	3	71068	71079	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
105	NC_017755	ATA	4	71734	71744	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
106	NC_017755	TTAT	3	71839	71849	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
107	NC_017755	AGG	4	72098	72109	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	Non-Coding
108	NC_017755	AGGC	3	72462	72472	11	25 %	0 %	50 %	25 %	9 %	Non-Coding
109	NC_017755	AAAT	3	72981	72991	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	38509978
110	NC_017755	TGC	4	74299	74309	11	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
111	NC_017755	TTCA	3	74821	74831	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
112	NC_017755	AGG	4	75117	75128	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	Non-Coding
113	NC_017755	TTA	4	75311	75321	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	38509978
114	NC_017755	GCC	4	75613	75625	13	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	7 %	38509978
115	NC_017755	G	13	75825	75837	13	0 %	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017755	GCC	4	76648	76659	12	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	8 %	Non-Coding
117	NC_017755	G	14	76922	76935	14	0 %	0 %	100 %	0 %	7 %	Non-Coding
118	NC_017755	AGT	4	77291	77301	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	38509978
119	NC_017755	GTG	4	77702	77713	12	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	8 %	Non-Coding
120	NC_017755	GCCT	3	77958	77968	11	0 %	25 %	25 %	50 %	9 %	Non-Coding
121	NC_017755	TAAA	3	78604	78614	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
122	NC_017755	TGG	4	81584	81594	11	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	9 %	Non-Coding
123	NC_017755	CTG	4	82334	82345	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
124	NC_017755	AG	6	85035	85045	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
125	NC_017755	TTGA	3	88354	88364	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
126	NC_017755	TCC	4	90782	90793	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	Non-Coding
127	NC_017755	CAGG	3	91916	91928	13	25 %	0 %	50 %	25 %	7 %	Non-Coding
128	NC_017755	CCT	4	92017	92027	11	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	9 %	Non-Coding
129	NC_017755	CTTT	3	93561	93572	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
130	NC_017755	ATATCT	3	93656	93673	18	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017755	CTTT	3	93999	94010	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
132	NC_017755	ATATCT	3	94095	94112	18	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
133	NC_017755	GAG	4	94795	94806	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	Non-Coding
134	NC_017755	CAC	4	95181	95191	11	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	9 %	Non-Coding
135	NC_017755	ATAG	3	96631	96641	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	38509974
136	NC_017755	TA	6	97330	97340	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	38509974
137	NC_017755	ATC	4	99050	99060	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	38509974
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141	NC_017755	CCGT	3	101685	101696	12	0 %	25 %	25 %	50 %	8 %	38509974
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145	NC_017755	TTAT	3	106489	106500	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	38509974
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151	NC_017755	AAGA	3	112712	112723	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
152	NC_017755	TCTTT	3	113654	113667	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
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179	NC_017755	AAAG	3	146951	146961	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
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253	NC_017755	C	17	195756	195772	17	0 %	0 %	0 %	100 %	5 %	Non-Coding
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263	NC_017755	TAT	4	205059	205070	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
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266	NC_017755	AT	6	208306	208316	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
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270	NC_017755	TTTTC	3	211362	211375	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
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396	NC_017755	CCCA	3	302970	302980	11	25 %	0 %	0 %	75 %	9 %	Non-Coding
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532	NC_017755	ATTT	3	413168	413179	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	38509976

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Huperzia squarrosa mitochondrion