ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Phalaenopsis equestris chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_017609	AT	7	86	98	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
2	NC_017609	TTC	4	1834	1845	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	38515345
3	NC_017609	TTCT	3	2883	2893	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	38515345
4	NC_017609	TATG	3	3349	3360	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
5	NC_017609	ATA	4	3446	3457	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
6	NC_017609	ATT	4	3460	3471	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
7	NC_017609	TAT	4	3519	3529	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
8	NC_017609	ATACAA	3	4727	4743	17	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
9	NC_017609	TTCTT	4	4900	4918	19	0 %	80 %	0 %	20 %	10 %	38515350
10	NC_017609	TCTCT	3	5084	5097	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	38515350
11	NC_017609	ATAGAA	3	5275	5292	18	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	5 %	38515350
12	NC_017609	GATG	3	6016	6026	11	25 %	25 %	50 %	0 %	9 %	38515350
13	NC_017609	TTAT	3	6586	6597	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
14	NC_017609	ATTT	3	6655	6666	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
15	NC_017609	GTTT	3	6780	6791	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
16	NC_017609	TTCAAT	3	6906	6924	19	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
17	NC_017609	ATCTTT	3	7779	7795	17	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
18	NC_017609	ATCTT	3	8037	8051	15	20 %	60 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017609	GA	6	8358	8369	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
20	NC_017609	GAATA	3	8540	8553	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
21	NC_017609	TATCTA	3	8769	8787	19	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
22	NC_017609	AATT	3	8798	8808	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
23	NC_017609	TTATAA	3	8867	8885	19	50 %	50 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
24	NC_017609	ATT	5	8905	8918	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
25	NC_017609	TAT	7	8933	8953	21	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
26	NC_017609	AT	12	8943	8965	23	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
27	NC_017609	TTTATA	3	8968	8985	18	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
28	NC_017609	TATTTA	4	8986	9010	25	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	4 %	Non-Coding
29	NC_017609	ATTCT	3	9053	9068	16	20 %	60 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
30	NC_017609	CTAGTA	4	9157	9180	24	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	8 %	Non-Coding
31	NC_017609	TA	6	9189	9199	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
32	NC_017609	TTA	4	9275	9286	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
33	NC_017609	A	14	9435	9448	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
34	NC_017609	CTAT	3	10787	10798	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
35	NC_017609	TAGA	3	11082	11092	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	38515345
36	NC_017609	GTCT	3	11996	12007	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	38515345
37	NC_017609	AATA	3	13910	13921	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	38515345
38	NC_017609	TTA	4	14181	14192	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017609	ATT	4	14978	14988	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
40	NC_017609	AT	7	15098	15110	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
41	NC_017609	CATA	3	15116	15127	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
42	NC_017609	ATT	4	16018	16029	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
43	NC_017609	CTT	6	16241	16259	19	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	5 %	Non-Coding
44	NC_017609	GAATC	3	16338	16351	14	40 %	20 %	20 %	20 %	7 %	38515351
45	NC_017609	TGC	4	16726	16737	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	38515351
46	NC_017609	TTTC	3	17113	17124	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
47	NC_017609	TCAA	3	17428	17439	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	38515350
48	NC_017609	ATTT	3	21512	21522	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
49	NC_017609	AAAT	3	23243	23254	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	38515350
50	NC_017609	GTT	4	24311	24322	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	38515350
51	NC_017609	GAAA	3	26957	26969	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	38515349
52	NC_017609	A	12	27959	27970	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017609	AGCT	3	28184	28195	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
54	NC_017609	GAA	4	28759	28769	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
55	NC_017609	AAGT	3	29484	29494	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
56	NC_017609	TCT	4	29796	29807	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
57	NC_017609	AGA	4	29849	29859	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
58	NC_017609	TCAT	3	29982	29993	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
59	NC_017609	TATTAG	4	30307	30329	23	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	8 %	Non-Coding
60	NC_017609	AT	7	30690	30702	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
61	NC_017609	TTTC	3	31102	31112	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
62	NC_017609	TCCT	3	31422	31432	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
63	NC_017609	ACAA	3	31748	31759	12	75 %	0 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017609	AAAG	3	32076	32087	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
65	NC_017609	ATGAAT	6	33033	33069	37	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	8 %	Non-Coding
66	NC_017609	AGTAAA	3	33183	33200	18	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
67	NC_017609	TAAA	3	33228	33239	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
68	NC_017609	TA	6	33282	33294	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
69	NC_017609	GTCAA	3	33295	33308	14	40 %	20 %	20 %	20 %	7 %	Non-Coding
70	NC_017609	T	17	33375	33391	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
71	NC_017609	AT	6	33446	33456	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
72	NC_017609	ATTT	3	33965	33976	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
73	NC_017609	TATT	3	34229	34240	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
74	NC_017609	GAAA	3	36020	36031	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	38515347
75	NC_017609	TTG	4	36425	36435	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	38515347
76	NC_017609	TC	6	37686	37696	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	38515348
77	NC_017609	AT	11	37903	37922	20	50 %	50 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
78	NC_017609	AGT	4	38122	38134	13	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
79	NC_017609	ACC	4	39398	39409	12	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	8 %	38515346
80	NC_017609	ATG	4	40265	40275	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	38515346
81	NC_017609	AAGA	3	41359	41370	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	38515346
82	NC_017609	AATG	3	41758	41769	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	38515346
83	NC_017609	TG	6	42200	42210	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	38515346
84	NC_017609	TATT	3	43706	43717	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
85	NC_017609	AAGA	3	44476	44486	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	38515352
86	NC_017609	GTAA	3	44580	44590	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	38515352
87	NC_017609	CTTT	3	44825	44836	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	38515352
88	NC_017609	TTG	4	45500	45510	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	38515352
89	NC_017609	TAAAAA	3	45782	45800	19	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	10 %	38515352
90	NC_017609	AATC	3	46230	46241	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
91	NC_017609	AAAATA	3	46719	46736	18	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
92	NC_017609	AGT	4	47236	47247	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	38515351
93	NC_017609	A	12	47528	47539	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
94	NC_017609	CTTT	3	47745	47755	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
95	NC_017609	T	13	48020	48032	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
96	NC_017609	AT	6	48303	48314	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
97	NC_017609	TTGA	3	48607	48619	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
98	NC_017609	ATTTT	3	49928	49942	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
99	NC_017609	TCT	4	50536	50547	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
100	NC_017609	ATTTGA	3	51453	51470	18	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
101	NC_017609	TTTTC	5	51560	51582	23	0 %	80 %	0 %	20 %	8 %	Non-Coding
102	NC_017609	T	16	51583	51598	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
103	NC_017609	TTAT	3	51731	51742	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
104	NC_017609	AGTAAT	3	51943	51961	19	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
105	NC_017609	CTA	4	52130	52141	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
106	NC_017609	ATT	4	53460	53472	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	38515345
107	NC_017609	TCATAA	3	55165	55183	19	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	5 %	38515345
108	NC_017609	AATCC	3	55325	55339	15	40 %	20 %	0 %	40 %	6 %	Non-Coding
109	NC_017609	TA	6	55417	55427	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
110	NC_017609	TTAT	5	55782	55802	21	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
111	NC_017609	TTCA	3	55978	55988	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
112	NC_017609	TTG	4	56089	56099	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
113	NC_017609	AAAGA	3	58311	58324	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
114	NC_017609	TCAT	3	60149	60159	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
115	NC_017609	AAAG	3	60427	60438	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
116	NC_017609	GTT	4	60931	60941	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
117	NC_017609	TTAA	3	60995	61006	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
118	NC_017609	TAA	4	61909	61921	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
119	NC_017609	TTA	4	63363	63373	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	38515346
120	NC_017609	GAAA	3	63416	63428	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	38515346
121	NC_017609	ACTT	3	64147	64157	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
122	NC_017609	ATACAA	3	64212	64230	19	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
123	NC_017609	ATTTAT	3	64287	64304	18	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
124	NC_017609	TAT	4	64311	64322	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
125	NC_017609	TTTTC	3	64417	64431	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
126	NC_017609	TAT	4	64990	65001	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
127	NC_017609	TA	6	65995	66006	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
128	NC_017609	TGAAA	3	67013	67026	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	38515346
129	NC_017609	ATTA	4	68518	68532	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
130	NC_017609	GAAA	3	68897	68908	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	38515349
131	NC_017609	TCTT	3	69518	69529	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
132	NC_017609	TTTC	3	70083	70095	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
133	NC_017609	AAAT	3	70228	70238	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
134	NC_017609	AAAG	3	70251	70261	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
135	NC_017609	TAGA	3	70671	70681	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
136	NC_017609	TGA	6	70987	71005	19	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	10 %	38515350
137	NC_017609	AT	6	71051	71062	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	38515350
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233	NC_017609	TAGA	3	138470	138481	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
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241	NC_017609	ATC	4	146279	146289	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
242	NC_017609	CATT	3	148333	148343	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
243	NC_017609	TCATT	3	148894	148907	14	20 %	60 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Phalaenopsis equestris chloroplast