ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Ginkgo biloba chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_016986	A	28	229	256	28	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
2	NC_016986	CAG	4	938	949	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	38044868
3	NC_016986	AT	6	1587	1597	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
4	NC_016986	T	22	1844	1865	22	0 %	100 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
5	NC_016986	AAG	4	2095	2105	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
6	NC_016986	ATC	4	2495	2505	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	38044868
7	NC_016986	CTCTT	3	5365	5378	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	38044868
8	NC_016986	A	14	6134	6147	14	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	38044868
9	NC_016986	GAAA	3	8114	8125	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
10	NC_016986	AGT	4	8177	8189	13	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
11	NC_016986	TCAT	3	8484	8494	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
12	NC_016986	GGAGTG	8	9157	9204	48	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	8 %	Non-Coding
13	NC_016986	A	12	9432	9443	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_016986	ACAA	4	9761	9776	16	75 %	0 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
15	NC_016986	GA	6	9884	9895	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
16	NC_016986	TTTTTC	3	11206	11224	19	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	10 %	Non-Coding
17	NC_016986	GAAA	3	11250	11260	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
18	NC_016986	A	14	11482	11495	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
19	NC_016986	AATA	3	11862	11873	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
20	NC_016986	T	33	11932	11964	33	0 %	100 %	0 %	0 %	3 %	Non-Coding
21	NC_016986	AAG	4	12029	12040	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
22	NC_016986	TTA	4	12339	12351	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	38044868
23	NC_016986	TCT	6	14449	14465	17	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	5 %	38044868
24	NC_016986	CTTTCT	4	14497	14520	24	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	38044868
25	NC_016986	AAG	4	15067	15079	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	38044868
26	NC_016986	G	13	15383	15395	13	0 %	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_016986	TAT	4	15894	15905	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
28	NC_016986	TTTC	3	15950	15962	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
29	NC_016986	AT	6	16227	16238	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
30	NC_016986	AGGG	3	16942	16952	11	25 %	0 %	75 %	0 %	9 %	38044869
31	NC_016986	TAG	4	17493	17504	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
32	NC_016986	ATTT	3	17963	17973	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	38044869
33	NC_016986	TCATA	3	18357	18371	15	40 %	40 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
34	NC_016986	TCAA	3	18680	18691	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	38044869
35	NC_016986	CTTGAT	3	21056	21073	18	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	5 %	38044869
36	NC_016986	ATG	4	22284	22295	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	38044869
37	NC_016986	GA	6	24167	24177	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	38044869
38	NC_016986	GAA	4	24758	24768	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	38044869
39	NC_016986	TTC	4	26271	26281	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	38044869
40	NC_016986	TTC	4	26411	26422	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	38044869
41	NC_016986	TTTA	3	27722	27732	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	38044869
42	NC_016986	AAAGG	3	28813	28828	16	60 %	0 %	40 %	0 %	6 %	Non-Coding
43	NC_016986	AATGA	3	28932	28946	15	60 %	20 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_016986	ATCC	3	29537	29547	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
45	NC_016986	ATCC	3	29964	29974	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
46	NC_016986	ATCT	3	31010	31020	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
47	NC_016986	ATC	4	33089	33100	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
48	NC_016986	GGAT	3	33506	33517	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
49	NC_016986	TCT	6	34064	34081	18	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	5 %	Non-Coding
50	NC_016986	TCAT	3	34400	34410	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
51	NC_016986	T	15	35301	35315	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
52	NC_016986	TA	8	35900	35914	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
53	NC_016986	TA	9	36650	36667	18	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
54	NC_016986	CTT	4	36851	36861	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
55	NC_016986	CTT	5	36930	36944	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	Non-Coding
56	NC_016986	ATTG	3	37023	37033	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
57	NC_016986	CCCG	3	37136	37147	12	0 %	0 %	25 %	75 %	8 %	Non-Coding
58	NC_016986	AG	6	40046	40056	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
59	NC_016986	AT	6	40200	40211	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
60	NC_016986	AT	6	40304	40315	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
61	NC_016986	ATCTAT	3	40932	40949	18	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
62	NC_016986	TC	6	41569	41579	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	38044870
63	NC_016986	ATG	4	43165	43175	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	38044870
64	NC_016986	TCCC	3	44533	44545	13	0 %	25 %	0 %	75 %	7 %	38044870
65	NC_016986	AATG	3	44658	44669	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	38044870
66	NC_016986	TG	6	45100	45110	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	38044870
67	NC_016986	GATA	3	46554	46565	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
68	NC_016986	AT	7	46567	46580	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
69	NC_016986	AT	16	49182	49212	31	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
70	NC_016986	TGA	4	49886	49896	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
71	NC_016986	TCTA	3	52503	52514	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
72	NC_016986	TTC	4	52738	52749	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
73	NC_016986	ATTC	3	52808	52819	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
74	NC_016986	CTA	4	54829	54839	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
75	NC_016986	ATCG	3	59198	59210	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	Non-Coding
76	NC_016986	ATC	4	62678	62688	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	38044871
77	NC_016986	GGAA	3	63314	63324	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
78	NC_016986	TA	11	63749	63770	22	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
79	NC_016986	TA	8	63823	63838	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
80	NC_016986	AG	6	64727	64737	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
81	NC_016986	ATGA	4	66283	66298	16	50 %	25 %	25 %	0 %	6 %	38044871
82	NC_016986	CT	11	66395	66415	21	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
83	NC_016986	T	12	67792	67803	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_016986	TTGAA	4	71448	71466	19	40 %	40 %	20 %	0 %	10 %	38044872
85	NC_016986	TCCA	3	71656	71667	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
86	NC_016986	TTC	4	72065	72077	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
87	NC_016986	CTT	7	72490	72508	19	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	10 %	Non-Coding
88	NC_016986	GATCA	3	73190	73203	14	40 %	20 %	20 %	20 %	7 %	38044872
89	NC_016986	TCAT	3	73963	73974	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
90	NC_016986	AAGT	3	74277	74287	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
91	NC_016986	TAGA	3	74534	74544	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
92	NC_016986	GGAAAA	3	75169	75187	19	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	10 %	38044868
93	NC_016986	GAAA	3	75579	75591	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	38044868
94	NC_016986	T	26	76540	76565	26	0 %	100 %	0 %	0 %	3 %	38044868
95	NC_016986	TCTT	3	76623	76634	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	38044868
96	NC_016986	TGT	5	77009	77023	15	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	6 %	38044868
97	NC_016986	TTTC	3	77028	77038	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	38044868
98	NC_016986	GATCC	3	77452	77465	14	20 %	20 %	20 %	40 %	7 %	38044868
99	NC_016986	ATTC	3	77737	77748	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	38044868
100	NC_016986	GATGGA	3	78303	78321	19	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	10 %	38044868
101	NC_016986	T	27	81298	81324	27	0 %	100 %	0 %	0 %	3 %	38044868
102	NC_016986	AT	8	84316	84332	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	38044868
103	NC_016986	CCCA	3	85067	85079	13	25 %	0 %	0 %	75 %	7 %	38044868
104	NC_016986	TTCC	3	85161	85173	13	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	38044868
105	NC_016986	A	13	88826	88838	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	38044868
106	NC_016986	TC	6	89607	89618	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	38044868
107	NC_016986	TCT	4	89624	89635	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	38044868
108	NC_016986	AATT	3	89983	89993	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	38044868
109	NC_016986	CCT	4	90231	90241	11	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	9 %	38044868
110	NC_016986	TGTT	3	91269	91280	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	38044868
111	NC_016986	A	12	91437	91448	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	38044868
112	NC_016986	TA	7	91493	91506	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	38044868
113	NC_016986	ATAG	3	91671	91682	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	38044868
114	NC_016986	TAAA	3	91804	91814	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	38044868
115	NC_016986	ATTAC	3	92044	92057	14	40 %	40 %	0 %	20 %	7 %	38044868
116	NC_016986	AAAG	3	92237	92248	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	38044868
117	NC_016986	ATT	4	96260	96271	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	38044868
118	NC_016986	TTCG	3	96287	96297	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	38044868
119	NC_016986	ACTT	3	96688	96699	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	38044868
120	NC_016986	TTCA	3	98911	98921	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	38044868
121	NC_016986	ATTT	3	98926	98936	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	38044868
122	NC_016986	AATT	3	99235	99245	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	38044868
123	NC_016986	AAC	4	99866	99878	13	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	7 %	38044868
124	NC_016986	TCTA	3	100431	100442	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	38044868
125	NC_016986	CTT	4	102833	102843	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	38044868
126	NC_016986	AGAT	3	103215	103225	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	38044868
127	NC_016986	CTT	4	103898	103908	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	38044868
128	NC_016986	TATC	6	104673	104696	24	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	38044868
129	NC_016986	TA	12	104689	104712	24	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	38044868
130	NC_016986	ATA	4	105143	105153	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	38044868
131	NC_016986	TAA	4	105687	105698	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	38044872
132	NC_016986	TCT	4	105914	105926	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	38044872
133	NC_016986	TTCT	3	109037	109049	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	38044872
134	NC_016986	ATCC	3	109560	109571	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	38044872
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ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Ginkgo biloba chloroplast