ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

Tri-nucleotide Imperfect Repeats of Oryza meridionalis chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_016927	CAG	4	675	686	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	37875839
2	NC_016927	GAA	4	8461	8472	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
3	NC_016927	TTG	4	10770	10780	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	37875840
4	NC_016927	TAT	4	16936	16946	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
5	NC_016927	CTA	4	18751	18762	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
6	NC_016927	AGA	4	19845	19856	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	37875840
7	NC_016927	AAC	4	22498	22509	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	37875840
8	NC_016927	AAT	4	24186	24197	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	37875840
9	NC_016927	GAG	4	26762	26772	11	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	9 %	37875840
10	NC_016927	GAA	4	27643	27654	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	37875840
11	NC_016927	ATT	4	29428	29440	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
12	NC_016927	AGA	4	29911	29921	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	37875840
13	NC_016927	GTT	5	31104	31118	15	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	6 %	37875840
14	NC_016927	TGC	4	32056	32067	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	37875841
15	NC_016927	TAG	5	35758	35772	15	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	6 %	Non-Coding
16	NC_016927	TCC	4	36709	36720	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	Non-Coding
17	NC_016927	ATG	4	38145	38155	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	37875841
18	NC_016927	GCA	4	40043	40054	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	37875841
19	NC_016927	GAA	4	58300	58312	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
20	NC_016927	GAA	4	58316	58326	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
21	NC_016927	TTC	4	60480	60491	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	37875842
22	NC_016927	ATA	4	62841	62851	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
23	NC_016927	TTA	4	63310	63321	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
24	NC_016927	AAG	4	64220	64232	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
25	NC_016927	TTC	5	65121	65135	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	Non-Coding
26	NC_016927	TAA	4	71458	71469	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
27	NC_016927	AGA	4	74313	74324	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
28	NC_016927	TAT	4	75370	75380	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
29	NC_016927	TCT	4	80530	80543	14	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	37875845
30	NC_016927	TTC	4	81634	81644	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
31	NC_016927	TTA	4	84537	84547	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
32	NC_016927	ATA	4	87334	87344	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	37875845
33	NC_016927	TAC	4	89150	89161	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
34	NC_016927	AAG	4	102806	102817	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	37875845
35	NC_016927	TTG	4	103555	103566	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	37875845
36	NC_016927	CAA	4	107884	107894	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	37875846
37	NC_016927	TAT	5	108692	108705	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
38	NC_016927	TAA	4	114023	114033	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
39	NC_016927	GTA	4	126003	126014	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
40	NC_016927	ATA	4	130616	130626	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

Tri-nucleotide Imperfect Repeats of Oryza meridionalis chloroplast