ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Oryza meridionalis chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_016927	CAG	4	675	686	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	37875839
2	NC_016927	AAGT	3	781	791	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	37875839
3	NC_016927	TCTTT	3	2574	2588	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	37875839
4	NC_016927	AG	6	3223	3234	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	37875839
5	NC_016927	A	18	3536	3553	18	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
6	NC_016927	CATT	3	3700	3711	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
7	NC_016927	TAAA	4	4153	4168	16	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_016927	TTTA	3	4467	4478	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
9	NC_016927	TCTCT	3	4651	4664	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	Non-Coding
10	NC_016927	ATAA	3	5330	5340	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
11	NC_016927	CTTA	3	5376	5388	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
12	NC_016927	TTTAA	3	5916	5929	14	40 %	60 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
13	NC_016927	TTGAC	3	6451	6465	15	20 %	40 %	20 %	20 %	6 %	Non-Coding
14	NC_016927	TTCT	3	8036	8046	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
15	NC_016927	TTTA	3	8212	8222	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
16	NC_016927	GAA	4	8461	8472	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
17	NC_016927	GAAA	3	10365	10376	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	37875840
18	NC_016927	TA	6	10464	10474	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	37875840
19	NC_016927	TTG	4	10770	10780	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	37875840
20	NC_016927	ACAAA	3	11442	11456	15	80 %	0 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
21	NC_016927	AG	6	11508	11518	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
22	NC_016927	CGTAG	3	12332	12345	14	20 %	20 %	40 %	20 %	7 %	Non-Coding
23	NC_016927	CCCA	3	12776	12787	12	25 %	0 %	0 %	75 %	8 %	Non-Coding
24	NC_016927	AATCT	3	13243	13256	14	40 %	40 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
25	NC_016927	TTTG	3	13538	13548	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
26	NC_016927	CTTT	3	15219	15230	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
27	NC_016927	GTAT	3	16132	16142	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
28	NC_016927	TAT	4	16936	16946	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
29	NC_016927	TTTC	3	16998	17008	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
30	NC_016927	GTAAAA	3	17089	17107	19	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	10 %	Non-Coding
31	NC_016927	TAAGAA	3	17178	17196	19	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
32	NC_016927	TTTCTA	3	17357	17373	17	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
33	NC_016927	TAGAAA	3	17379	17396	18	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_016927	CTA	4	18751	18762	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
35	NC_016927	TTTC	3	19819	19831	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	37875840
36	NC_016927	AGA	4	19845	19856	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	37875840
37	NC_016927	AAC	4	22498	22509	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	37875840
38	NC_016927	AAT	4	24186	24197	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	37875840
39	NC_016927	GAG	4	26762	26772	11	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	9 %	37875840
40	NC_016927	GAA	4	27643	27654	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	37875840
41	NC_016927	GCGA	3	28860	28872	13	25 %	0 %	50 %	25 %	7 %	37875840
42	NC_016927	TTAA	3	29378	29389	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
43	NC_016927	ATT	4	29428	29440	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
44	NC_016927	GAAA	3	29471	29483	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
45	NC_016927	GAAAA	3	29506	29519	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
46	NC_016927	AGA	4	29911	29921	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	37875840
47	NC_016927	AT	6	30370	30380	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
48	NC_016927	GTT	5	31104	31118	15	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	6 %	37875840
49	NC_016927	AT	6	31581	31591	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
50	NC_016927	TGC	4	32056	32067	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	37875841
51	NC_016927	CTTT	3	32323	32333	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
52	NC_016927	CATTTT	3	33367	33385	19	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	5 %	37875841
53	NC_016927	AAAG	3	33610	33620	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	37875841
54	NC_016927	TAG	5	35758	35772	15	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	6 %	Non-Coding
55	NC_016927	TTTC	3	35952	35962	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
56	NC_016927	CT	6	36591	36601	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	37875841
57	NC_016927	TCC	4	36709	36720	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	Non-Coding
58	NC_016927	ATG	4	38145	38155	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	37875841
59	NC_016927	AAGA	3	39239	39250	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	37875841
60	NC_016927	GCA	4	40043	40054	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	37875841
61	NC_016927	TG	6	40080	40090	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	37875841
62	NC_016927	CTAG	3	40182	40194	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	37875841
63	NC_016927	ATCA	3	42196	42206	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
64	NC_016927	AAGA	3	42349	42359	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
65	NC_016927	A	15	43895	43909	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
66	NC_016927	AACA	3	44661	44671	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
67	NC_016927	GGGGAA	3	44751	44769	19	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
68	NC_016927	TA	6	45577	45587	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
69	NC_016927	ATCTTA	3	45848	45866	19	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	10 %	Non-Coding
70	NC_016927	AT	6	46084	46094	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
71	NC_016927	TTTTG	3	46168	46181	14	0 %	80 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
72	NC_016927	TTGA	3	46579	46591	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
73	NC_016927	CAGA	3	48155	48165	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	37875841
74	NC_016927	T	14	49265	49278	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	37875841
75	NC_016927	TAGG	4	51284	51299	16	25 %	25 %	50 %	0 %	6 %	Non-Coding
76	NC_016927	AATT	3	53427	53438	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
77	NC_016927	AATA	4	55777	55793	17	75 %	25 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
78	NC_016927	AAAG	3	56387	56397	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
79	NC_016927	GAA	4	58300	58312	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
80	NC_016927	GAA	4	58316	58326	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
81	NC_016927	TTCT	3	59464	59475	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
82	NC_016927	ATTC	3	59495	59505	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
83	NC_016927	TTC	4	60480	60491	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	37875842
84	NC_016927	TCTT	3	60886	60896	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
85	NC_016927	ATA	4	62841	62851	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
86	NC_016927	TTA	4	63310	63321	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
87	NC_016927	TTGAA	3	63634	63648	15	40 %	40 %	20 %	0 %	6 %	37875843
88	NC_016927	TTCT	3	63714	63725	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
89	NC_016927	AAG	4	64220	64232	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
90	NC_016927	GAAA	3	64915	64925	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
91	NC_016927	TATT	3	65068	65078	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
92	NC_016927	TTC	5	65121	65135	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	Non-Coding
93	NC_016927	GAAA	3	65395	65406	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	37875843
94	NC_016927	AGAA	3	68367	68378	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_016927	AAAG	3	68506	68516	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
96	NC_016927	TAA	4	71458	71469	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
97	NC_016927	TTTA	4	71716	71731	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
98	NC_016927	AT	6	72737	72747	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
99	NC_016927	TTTC	3	74282	74292	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
100	NC_016927	AGA	4	74313	74324	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
101	NC_016927	TAT	4	75370	75380	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
102	NC_016927	ATTT	3	75949	75960	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
103	NC_016927	AGAAA	3	76234	76248	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
104	NC_016927	T	12	76541	76552	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	37875844
105	NC_016927	ATTT	3	77227	77237	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
106	NC_016927	T	16	78424	78439	16	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_016927	TCT	4	80530	80543	14	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	37875845
108	NC_016927	T	15	80612	80626	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
109	NC_016927	AGAAT	3	81006	81019	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
110	NC_016927	AATG	3	81020	81030	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
111	NC_016927	TTC	4	81634	81644	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
112	NC_016927	TTA	4	84537	84547	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
113	NC_016927	ATA	4	87334	87344	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	37875845
114	NC_016927	TTTGTT	3	88253	88271	19	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	10 %	37875845
115	NC_016927	TTCT	3	88392	88402	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	37875845
116	NC_016927	TAC	4	89150	89161	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
117	NC_016927	AAAC	3	93283	93295	13	75 %	0 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
118	NC_016927	ATCC	3	93415	93426	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
119	NC_016927	CTAT	3	93803	93814	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
120	NC_016927	ACGG	3	96671	96682	12	25 %	0 %	50 %	25 %	8 %	Non-Coding
121	NC_016927	AGGT	3	96955	96966	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
122	NC_016927	AACG	3	98280	98291	12	50 %	0 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
123	NC_016927	AAAG	4	99611	99626	16	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
124	NC_016927	GAAT	3	101220	101230	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
125	NC_016927	AAGG	3	101232	101243	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
126	NC_016927	AAG	4	102806	102817	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	37875845
127	NC_016927	TTG	4	103555	103566	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	37875845
128	NC_016927	AATA	3	103760	103771	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
129	NC_016927	CAAA	3	104535	104546	12	75 %	0 %	0 %	25 %	0 %	37875845
130	NC_016927	CAA	4	107884	107894	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	37875846
131	NC_016927	AAAT	3	108660	108670	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
132	NC_016927	TAT	5	108692	108705	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
133	NC_016927	TAAC	3	112096	112107	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	37875846
134	NC_016927	TC	6	113503	113514	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	37875846
135	NC_016927	ATTC	3	113934	113944	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
136	NC_016927	TAA	4	114023	114033	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
137	NC_016927	AAAT	3	114349	114359	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
138	NC_016927	CTTT	4	115538	115553	16	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
139	NC_016927	TCGT	3	116872	116883	12	0 %	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
140	NC_016927	CTTA	3	117079	117089	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
141	NC_016927	CCGT	3	118482	118493	12	0 %	25 %	25 %	50 %	8 %	Non-Coding
142	NC_016927	AGGA	3	121514	121525	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
143	NC_016927	GGAT	3	121738	121749	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
144	NC_016927	ATAAGC	3	122339	122356	18	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
145	NC_016927	A	13	125490	125502	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
146	NC_016927	GTA	4	126003	126014	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
147	NC_016927	AGAA	3	126762	126772	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	37875846
148	NC_016927	GAAAA	3	127321	127336	16	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
149	NC_016927	ATA	4	130616	130626	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
150	NC_016927	TGAA	3	131333	131344	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
151	NC_016927	CTTT	3	131351	131362	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
152	NC_016927	CATT	3	134134	134144	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
153	NC_016927	ATTCT	3	134145	134158	14	20 %	60 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
154	NC_016927	A	14	134543	134556	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Oryza meridionalis chloroplast