ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Pentactina rupicola chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_016921	A	17	245	261	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
2	NC_016921	TA	6	296	306	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
3	NC_016921	CAG	4	988	999	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	37782985
4	NC_016921	AAGT	3	1094	1104	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	37782985
5	NC_016921	TTAA	3	1649	1660	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
6	NC_016921	TCTT	3	2241	2251	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	37782985
7	NC_016921	AGTGA	3	3104	3117	14	40 %	20 %	40 %	0 %	7 %	37782985
8	NC_016921	ATTT	3	4016	4026	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
9	NC_016921	ATTA	3	4521	4532	12	50 %	50 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_016921	TA	6	4548	4558	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
11	NC_016921	ATTTAT	3	5041	5059	19	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
12	NC_016921	TAA	4	5159	5170	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
13	NC_016921	TATT	3	5785	5797	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	37782985
14	NC_016921	ATTC	3	5847	5857	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	37782985
15	NC_016921	ATT	4	6594	6605	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
16	NC_016921	TTTA	3	6612	6622	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
17	NC_016921	AG	6	6852	6862	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
18	NC_016921	A	12	6915	6926	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
19	NC_016921	GATAA	3	7979	7993	15	60 %	20 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
20	NC_016921	A	18	8690	8707	18	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
21	NC_016921	ATTT	4	8805	8820	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
22	NC_016921	TAAA	3	8839	8849	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
23	NC_016921	GTTA	4	8951	8966	16	25 %	50 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
24	NC_016921	T	15	9721	9735	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
25	NC_016921	TAT	5	9939	9952	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
26	NC_016921	AT	6	10139	10150	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
27	NC_016921	TTTA	3	10328	10339	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
28	NC_016921	AAAT	3	10455	10466	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
29	NC_016921	TAA	4	10483	10494	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
30	NC_016921	TAA	4	10631	10642	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
31	NC_016921	T	14	12260	12273	14	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_016921	TATT	3	13180	13191	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	37782986
33	NC_016921	TAT	5	13647	13661	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
34	NC_016921	A	15	14329	14343	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
35	NC_016921	AAAGA	3	16909	16923	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
36	NC_016921	TTA	4	17041	17052	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
37	NC_016921	TATGAT	3	18131	18148	18	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	5 %	37782986
38	NC_016921	GAATA	3	18568	18581	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	37782986
39	NC_016921	T	15	19163	19177	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	37782986
40	NC_016921	CTT	4	23287	23298	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	37782986
41	NC_016921	TTAG	3	23301	23311	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	37782986
42	NC_016921	GAAT	3	23387	23397	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	37782986
43	NC_016921	T	13	23637	23649	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	37782986
44	NC_016921	GTT	4	24276	24287	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	37782986
45	NC_016921	T	12	26902	26913	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	37782986
46	NC_016921	TCAT	3	27585	27595	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
47	NC_016921	GGAA	3	29252	29263	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
48	NC_016921	ATTGG	4	29480	29498	19	20 %	40 %	40 %	0 %	10 %	Non-Coding
49	NC_016921	AAATTG	3	29819	29836	18	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
50	NC_016921	ATT	4	29918	29928	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
51	NC_016921	TA	6	30044	30055	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
52	NC_016921	TA	6	30956	30967	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
53	NC_016921	A	14	31327	31340	14	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_016921	TAA	7	31405	31424	20	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
55	NC_016921	A	13	31528	31540	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
56	NC_016921	ATAAA	4	31728	31752	25	80 %	20 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
57	NC_016921	AT	6	32786	32797	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
58	NC_016921	TA	6	32817	32827	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
59	NC_016921	TA	7	33053	33066	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
60	NC_016921	AATA	3	33130	33142	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
61	NC_016921	T	14	33340	33353	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
62	NC_016921	GAAA	3	35729	35740	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	37782987
63	NC_016921	TTGC	3	36130	36140	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	37782987
64	NC_016921	AG	6	36957	36967	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
65	NC_016921	TA	6	37183	37193	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
66	NC_016921	TC	6	37594	37604	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	37782987
67	NC_016921	AAAAT	4	37774	37792	19	80 %	20 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
68	NC_016921	TCT	4	38561	38571	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	37782987
69	NC_016921	ATG	4	40105	40115	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	37782987
70	NC_016921	AATG	3	41598	41609	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	37782987
71	NC_016921	GCA	4	42003	42014	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	37782987
72	NC_016921	TG	6	42040	42050	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	37782987
73	NC_016921	ATA	4	43872	43884	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
74	NC_016921	ATA	4	45110	45124	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	37782987
75	NC_016921	AT	6	46567	46578	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
76	NC_016921	ACTTAA	3	47023	47041	19	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
77	NC_016921	TA	8	47813	47828	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
78	NC_016921	AT	6	48186	48196	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
79	NC_016921	ATCA	3	48322	48332	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
80	NC_016921	AATT	3	48433	48444	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
81	NC_016921	T	14	48565	48578	14	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_016921	A	18	48701	48718	18	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
83	NC_016921	AT	6	48793	48803	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
84	NC_016921	GTCT	3	51682	51693	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	37782987
85	NC_016921	T	16	51921	51936	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
86	NC_016921	CAA	4	52415	52425	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
87	NC_016921	ATATA	3	52516	52529	14	60 %	40 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
88	NC_016921	TTATT	4	52708	52726	19	20 %	80 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
89	NC_016921	AT	6	52745	52755	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
90	NC_016921	TTA	4	52836	52847	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
91	NC_016921	TTGAT	3	53838	53852	15	20 %	60 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
92	NC_016921	ATA	4	55868	55878	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	37782988
93	NC_016921	TTTC	3	56185	56195	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
94	NC_016921	TGCA	3	57497	57509	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	37782988
95	NC_016921	TTG	4	58247	58257	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
96	NC_016921	TTTAG	3	58320	58334	15	20 %	60 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
97	NC_016921	TATAT	4	58335	58354	20	40 %	60 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
98	NC_016921	T	12	58517	58528	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_016921	TTAA	3	58542	58553	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
100	NC_016921	TATT	3	60271	60281	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
101	NC_016921	ATA	4	60586	60598	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
102	NC_016921	AAT	4	60604	60616	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
103	NC_016921	CAAA	3	60976	60987	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	37782988
104	NC_016921	TATGTA	4	61113	61136	24	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	8 %	Non-Coding
105	NC_016921	TTA	4	61264	61274	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
106	NC_016921	GAAA	3	61984	61994	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	37782988
107	NC_016921	TGAA	3	62002	62012	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
108	NC_016921	CTTTT	3	63019	63033	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	37782988
109	NC_016921	GATC	3	63262	63273	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
110	NC_016921	AT	6	63547	63557	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	37782988
111	NC_016921	A	12	65039	65050	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
112	NC_016921	TTC	4	66145	66155	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
113	NC_016921	TGTT	3	66447	66457	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
114	NC_016921	T	16	66464	66479	16	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_016921	ATA	5	66570	66585	16	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
116	NC_016921	TTTTC	3	66736	66750	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
117	NC_016921	TCTTA	3	67106	67119	14	20 %	60 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
118	NC_016921	TA	7	67890	67902	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
119	NC_016921	T	15	68682	68696	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
120	NC_016921	A	18	68704	68721	18	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
121	NC_016921	T	19	68978	68996	19	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
122	NC_016921	GAAA	3	69251	69262	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	37782989
123	NC_016921	AGA	4	69888	69899	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
124	NC_016921	TGAA	3	70383	70394	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
125	NC_016921	TTTC	3	70417	70429	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
126	NC_016921	T	12	70544	70555	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
127	NC_016921	A	18	72058	72075	18	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	37782993
128	NC_016921	TAT	4	72803	72813	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	37782993
129	NC_016921	TGAA	3	72894	72904	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	37782993
130	NC_016921	AT	6	72906	72917	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	37782993
131	NC_016921	TCT	4	74558	74569	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	37782993
132	NC_016921	ATTT	3	77210	77220	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	37782993
133	NC_016921	AAATA	3	78492	78505	14	80 %	20 %	0 %	0 %	7 %	37782993
134	NC_016921	ATAA	4	78658	78673	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	37782993
135	NC_016921	TCT	4	78974	78985	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	37782993
136	NC_016921	TCTT	3	80304	80314	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	37782993
137	NC_016921	T	12	81877	81888	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	37782993
138	NC_016921	A	15	81922	81936	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	37782993
139	NC_016921	T	16	83449	83464	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	37782993
140	NC_016921	CAAT	3	83614	83624	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	37782993
141	NC_016921	TA	6	84211	84221	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	37782993
142	NC_016921	T	12	84247	84258	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	37782993
143	NC_016921	CTTT	3	84759	84771	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	37782993
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147	NC_016921	TA	8	85759	85773	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	37782993
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208	NC_016921	CTTA	3	133227	133237	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	37782993
209	NC_016921	GGAT	3	137826	137837	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	37782993
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213	NC_016921	ACCGG	3	145931	145945	15	20 %	0 %	40 %	40 %	6 %	Non-Coding
214	NC_016921	ATA	4	146178	146188	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
215	NC_016921	ATA	8	146193	146216	24	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
216	NC_016921	TA	6	146212	146222	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
217	NC_016921	CATAC	3	147202	147215	14	40 %	20 %	0 %	40 %	7 %	Non-Coding
218	NC_016921	ATCA	3	149754	149766	13	50 %	25 %	0 %	25 %	7 %	37782993
219	NC_016921	ACC	4	149958	149968	11	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	9 %	37782993
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221	NC_016921	AAAG	3	151590	151600	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	37782993
222	NC_016921	GAA	4	152951	152961	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	37782993
223	NC_016921	ATC	4	154474	154484	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
224	NC_016921	AT	7	155811	155823	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	37782993
225	NC_016921	ATC	4	155860	155870	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	37782993
226	NC_016921	GAA	5	156326	156340	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	37782993

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Pentactina rupicola chloroplast