ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Colocasia esculenta chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_016753	TA	15	209	239	31	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
2	NC_016753	TA	6	241	254	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
3	NC_016753	TATAT	3	270	283	14	40 %	60 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
4	NC_016753	TAT	4	292	302	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
5	NC_016753	TATT	3	337	348	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_016753	TATTT	4	354	374	21	20 %	80 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
7	NC_016753	T	15	377	391	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
8	NC_016753	CAG	5	1285	1299	15	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	6 %	37781935
9	NC_016753	TA	7	1919	1932	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
10	NC_016753	A	15	1969	1983	15	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_016753	GAAA	3	1986	1996	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
12	NC_016753	TA	6	2077	2087	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
13	NC_016753	CTT	4	2423	2434	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	37781935
14	NC_016753	TTTG	3	2561	2572	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	37781935
15	NC_016753	TTTCT	3	3479	3492	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	37781935
16	NC_016753	TAAT	3	4461	4473	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
17	NC_016753	AT	7	4661	4673	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
18	NC_016753	A	15	5077	5091	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
19	NC_016753	A	13	5144	5156	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
20	NC_016753	TCTCT	3	5535	5548	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	37781936
21	NC_016753	AAATA	4	5781	5799	19	80 %	20 %	0 %	0 %	10 %	37781936
22	NC_016753	TATT	3	6436	6447	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	37781936
23	NC_016753	TTTTA	3	7367	7382	16	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
24	NC_016753	T	12	7472	7483	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_016753	AGATA	4	8070	8090	21	60 %	20 %	20 %	0 %	9 %	Non-Coding
26	NC_016753	AAAG	3	8249	8259	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
27	NC_016753	TGTT	3	8338	8349	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
28	NC_016753	TAA	4	9432	9443	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
29	NC_016753	AATT	3	9520	9532	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
30	NC_016753	ACA	4	9667	9677	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
31	NC_016753	TTTCTA	3	10253	10271	19	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	10 %	Non-Coding
32	NC_016753	TTTA	3	10301	10312	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
33	NC_016753	AATT	3	10346	10358	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
34	NC_016753	AT	6	10362	10372	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
35	NC_016753	AATATA	3	10479	10497	19	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
36	NC_016753	ACTT	3	10529	10540	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
37	NC_016753	TAA	4	12045	12055	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
38	NC_016753	TTTATT	3	14337	14355	19	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	5 %	37781936
39	NC_016753	TTAT	4	14361	14376	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	37781936
40	NC_016753	ATAA	3	14544	14555	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	37781936
41	NC_016753	T	13	14562	14574	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	37781936
42	NC_016753	A	12	15460	15471	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_016753	A	14	15782	15795	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
44	NC_016753	TGTT	3	15996	16007	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
45	NC_016753	GAAATA	3	16075	16091	17	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
46	NC_016753	TA	6	16090	16100	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
47	NC_016753	A	18	16613	16630	18	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
48	NC_016753	AT	6	17339	17349	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	37781936
49	NC_016753	T	16	17533	17548	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
50	NC_016753	TTA	4	17615	17626	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_016753	TCAA	3	18798	18809	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	37781936
52	NC_016753	T	13	20571	20583	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	37781936
53	NC_016753	ATT	4	23205	23216	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	37781936
54	NC_016753	TAAA	3	24566	24578	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	37781936
55	NC_016753	T	14	24597	24610	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	37781936
56	NC_016753	GAAT	3	24783	24793	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	37781936
57	NC_016753	GTT	4	25646	25657	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	37781936
58	NC_016753	GAAA	3	28298	28310	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	37781937
59	NC_016753	TATG	6	29081	29104	24	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
60	NC_016753	TATC	3	29519	29530	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
61	NC_016753	A	12	29750	29761	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
62	NC_016753	AT	13	29808	29832	25	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
63	NC_016753	TTTC	3	30073	30083	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
64	NC_016753	GAAAA	3	30097	30111	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
65	NC_016753	A	12	30178	30189	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
66	NC_016753	TA	6	30306	30316	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
67	NC_016753	TTGG	4	30783	30798	16	0 %	50 %	50 %	0 %	6 %	Non-Coding
68	NC_016753	T	13	31916	31928	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_016753	A	18	32071	32088	18	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
70	NC_016753	ATT	4	32247	32259	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
71	NC_016753	TATTTA	3	32333	32349	17	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
72	NC_016753	AGT	4	33088	33099	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
73	NC_016753	TAAT	3	33695	33707	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
74	NC_016753	TA	25	33708	33754	47	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
75	NC_016753	AAAT	3	33948	33959	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
76	NC_016753	CATTA	3	34091	34104	14	40 %	40 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
77	NC_016753	ATA	5	34134	34149	16	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
78	NC_016753	TTCA	3	34244	34255	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
79	NC_016753	CATA	3	34554	34565	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
80	NC_016753	CATT	3	34835	34846	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
81	NC_016753	AATTT	3	35399	35413	15	40 %	60 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
82	NC_016753	GAA	4	35641	35651	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
83	NC_016753	GAAA	3	37260	37271	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	37781937
84	NC_016753	GA	7	38355	38367	13	50 %	0 %	50 %	0 %	7 %	Non-Coding
85	NC_016753	TC	6	38961	38971	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	37781937
86	NC_016753	A	13	39061	39073	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
87	NC_016753	AT	11	39208	39227	20	50 %	50 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
88	NC_016753	TAT	5	40037	40050	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
89	NC_016753	CCAAT	3	40244	40257	14	40 %	20 %	0 %	40 %	7 %	37781937
90	NC_016753	AAGA	3	42638	42649	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	37781937
91	NC_016753	AATG	3	43037	43048	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	37781937
92	NC_016753	CCAT	3	44764	44775	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
93	NC_016753	AAGA	3	45844	45854	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	37781937
94	NC_016753	A	17	47206	47222	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	37781937
95	NC_016753	A	19	47688	47706	19	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
96	NC_016753	ATAA	4	47981	47996	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
97	NC_016753	CTTAG	3	48551	48566	16	20 %	40 %	20 %	20 %	6 %	Non-Coding
98	NC_016753	AGT	4	48999	49010	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	37781938
99	NC_016753	TAT	5	49270	49286	17	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
100	NC_016753	TA	7	49481	49494	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
101	NC_016753	A	12	49686	49697	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
102	NC_016753	TAT	5	50045	50060	16	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
103	NC_016753	AT	6	50097	50107	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
104	NC_016753	T	13	50126	50138	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
105	NC_016753	TAT	4	50191	50201	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
106	NC_016753	TTGAT	3	50257	50272	16	20 %	60 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
107	NC_016753	ATTA	4	50448	50464	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
108	NC_016753	A	13	50505	50517	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
109	NC_016753	A	12	50762	50773	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
110	NC_016753	A	16	50861	50876	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
111	NC_016753	TTGA	3	50953	50965	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
112	NC_016753	ATTAAT	4	52234	52257	24	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
113	NC_016753	ATA	4	52324	52335	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
114	NC_016753	T	13	54559	54571	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
115	NC_016753	ATTT	3	54761	54773	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
116	NC_016753	A	13	55774	55786	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
117	NC_016753	A	12	58981	58992	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
118	NC_016753	T	13	61106	61118	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
119	NC_016753	ATA	5	61554	61569	16	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
120	NC_016753	GAA	4	63507	63518	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
121	NC_016753	T	13	63640	63652	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
122	NC_016753	AAAT	3	63712	63724	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
123	NC_016753	TAAT	3	63741	63751	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
124	NC_016753	TAAT	3	63761	63771	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
125	NC_016753	TACT	3	64090	64101	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
126	NC_016753	ATTAT	4	64126	64144	19	40 %	60 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
127	NC_016753	AT	6	64146	64156	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
128	NC_016753	TCAG	3	65079	65090	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	37781938
129	NC_016753	T	13	65319	65331	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_016753	A	17	66245	66261	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
131	NC_016753	CTTTT	3	66699	66713	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	37781939
132	NC_016753	AATG	3	66924	66935	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	37781939
133	NC_016753	TTTGT	3	68237	68250	14	0 %	80 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
134	NC_016753	TCTT	3	68410	68422	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
135	NC_016753	TATT	3	68847	68858	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
136	NC_016753	A	15	70567	70581	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
137	NC_016753	ATA	4	70694	70706	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
138	NC_016753	TA	7	70701	70714	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
139	NC_016753	AT	13	70720	70745	26	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
140	NC_016753	TATT	3	70939	70949	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
141	NC_016753	TTGA	3	71404	71415	12	25 %	50 %	25 %	0 %	0 %	37781939
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291	NC_016753	TA	6	151958	151971	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
292	NC_016753	TA	6	152022	152032	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
293	NC_016753	AT	8	152069	152084	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
294	NC_016753	TAGA	3	152595	152606	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
295	NC_016753	TGAA	3	154766	154777	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	37781944
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298	NC_016753	TGAT	3	155836	155848	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	37781944
299	NC_016753	ATC	4	157430	157441	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	37781944
300	NC_016753	AAAG	3	157586	157596	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	37781944
301	NC_016753	ATTT	3	158652	158663	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	37781944

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Colocasia esculenta chloroplast