ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

Tetra-nucleotide Imperfect Repeats of Lotus japonicus mitochondrion

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_016743	GGTG	3	2980	2991	12	0 %	25 %	75 %	0 %	8 %	Non-Coding
2	NC_016743	CTAG	4	5965	5981	17	25 %	25 %	25 %	25 %	5 %	37245028
3	NC_016743	GGCG	3	6345	6356	12	0 %	0 %	75 %	25 %	8 %	37245028
4	NC_016743	GTCA	3	8344	8355	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	37245028
5	NC_016743	TTTC	3	8745	8755	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	37245028
6	NC_016743	TTGT	3	9653	9663	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	37245028
7	NC_016743	ATGA	3	9888	9899	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	37245028
8	NC_016743	GTTC	3	10392	10404	13	0 %	50 %	25 %	25 %	7 %	37245028
9	NC_016743	CGAA	3	18589	18599	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	37245028
10	NC_016743	AGGT	3	20279	20289	11	25 %	25 %	50 %	0 %	9 %	37245028
11	NC_016743	AAAT	3	20478	20488	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	37245028
12	NC_016743	AAAG	3	20598	20609	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	37245028
13	NC_016743	GTTT	3	20805	20815	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	37245028
14	NC_016743	TCTA	4	21646	21662	17	25 %	50 %	0 %	25 %	5 %	37245028
15	NC_016743	AAAT	3	23681	23691	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	37245028
16	NC_016743	CAAG	3	24119	24130	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	37245028
17	NC_016743	GACC	3	25341	25352	12	25 %	0 %	25 %	50 %	0 %	37245028
18	NC_016743	TGGC	3	29531	29541	11	0 %	25 %	50 %	25 %	9 %	37245028
19	NC_016743	CAAG	3	29859	29870	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	37245028
20	NC_016743	CTAT	3	32299	32311	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	37245028
21	NC_016743	TTAG	3	32427	32438	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	37245028
22	NC_016743	TTTG	3	33789	33799	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	37245028
23	NC_016743	GTTC	3	35483	35493	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	37245028
24	NC_016743	CATA	3	35665	35676	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	37245028
25	NC_016743	TTAC	3	36119	36129	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	37245028
26	NC_016743	TTCT	3	38189	38200	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	37245028
27	NC_016743	AAAT	3	38505	38516	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	37245028
28	NC_016743	AACG	3	38533	38543	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	37245028
29	NC_016743	CTTT	3	38744	38755	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	37245028
30	NC_016743	ACCG	3	42099	42110	12	25 %	0 %	25 %	50 %	8 %	37245028
31	NC_016743	ACTA	3	49049	49059	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	37245028
32	NC_016743	AATG	3	54754	54765	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	37245028
33	NC_016743	GGGT	3	55436	55446	11	0 %	25 %	75 %	0 %	9 %	37245028
34	NC_016743	TAAA	3	55627	55637	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	37245028
35	NC_016743	TAAA	3	55652	55663	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	37245028
36	NC_016743	GAAG	3	57260	57271	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	37245028
37	NC_016743	AAGA	4	57908	57923	16	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	37245028
38	NC_016743	ACTA	3	58185	58195	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	37245028
39	NC_016743	GGAA	3	58754	58766	13	50 %	0 %	50 %	0 %	7 %	37245028
40	NC_016743	CTTT	3	59741	59752	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	37245028
41	NC_016743	TCCC	3	63632	63643	12	0 %	25 %	0 %	75 %	0 %	37245028
42	NC_016743	AGAA	4	65294	65308	15	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	37245028
43	NC_016743	AACT	3	65543	65554	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	37245028
44	NC_016743	ACCT	3	76741	76752	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	37245028
45	NC_016743	CCTT	3	78924	78934	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	37245028
46	NC_016743	GTCA	3	80734	80744	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	37245028
47	NC_016743	TGAA	3	81583	81594	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	37245028
48	NC_016743	TGAA	3	81926	81937	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	37245028
49	NC_016743	GTCC	3	82300	82311	12	0 %	25 %	25 %	50 %	0 %	37245028
50	NC_016743	CTAT	3	83308	83318	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	37245028
51	NC_016743	AATG	3	88090	88100	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	37245028
52	NC_016743	ATTC	3	89846	89856	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	37245028
53	NC_016743	ATGG	3	91444	91456	13	25 %	25 %	50 %	0 %	7 %	37245028
54	NC_016743	TCTT	3	91463	91474	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	37245028
55	NC_016743	ACCC	3	97564	97574	11	25 %	0 %	0 %	75 %	9 %	37245028
56	NC_016743	GGTT	3	99730	99741	12	0 %	50 %	50 %	0 %	8 %	37245028
57	NC_016743	GGAT	4	100363	100378	16	25 %	25 %	50 %	0 %	6 %	37245028
58	NC_016743	CTAT	3	100379	100390	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	37245028
59	NC_016743	TGAA	3	104325	104336	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	37245028
60	NC_016743	GATC	3	104752	104763	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	37245028
61	NC_016743	AAAT	3	105295	105305	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	37245028
62	NC_016743	GTGG	3	105760	105772	13	0 %	25 %	75 %	0 %	7 %	37245028
63	NC_016743	AAGT	3	108344	108355	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	37245028
64	NC_016743	ACTC	3	110722	110733	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	37245028
65	NC_016743	TATC	3	114919	114929	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	37245028
66	NC_016743	CTGC	3	117228	117239	12	0 %	25 %	25 %	50 %	0 %	37245028
67	NC_016743	GCTT	3	117306	117317	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	37245028
68	NC_016743	TATC	3	118284	118294	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	37245028
69	NC_016743	ATGG	3	118899	118910	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	37245028
70	NC_016743	TTAT	3	121253	121264	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	37245028
71	NC_016743	AGCG	3	121276	121286	11	25 %	0 %	50 %	25 %	9 %	37245028
72	NC_016743	CTTA	3	124868	124879	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	37245028
73	NC_016743	CTTT	3	127776	127786	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	37245028
74	NC_016743	GCAA	3	128381	128392	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	37245028
75	NC_016743	AATG	3	130451	130463	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	37245028
76	NC_016743	GTCC	3	131177	131187	11	0 %	25 %	25 %	50 %	9 %	37245028
77	NC_016743	GGAA	3	132041	132053	13	50 %	0 %	50 %	0 %	7 %	37245028
78	NC_016743	TTGC	3	133845	133855	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	37245028
79	NC_016743	AGAT	3	134193	134205	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	37245028
80	NC_016743	GCCC	3	134297	134307	11	0 %	0 %	25 %	75 %	9 %	37245028
81	NC_016743	GTGG	3	137985	137996	12	0 %	25 %	75 %	0 %	8 %	37245028
82	NC_016743	AATA	3	140771	140781	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	37245028
83	NC_016743	GATA	3	146038	146049	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	37245028
84	NC_016743	TCTT	3	146188	146199	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	37245028
85	NC_016743	TAAG	3	147433	147444	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	37245028
86	NC_016743	CTTT	3	149930	149941	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	37245028
87	NC_016743	AATC	3	152821	152831	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	37245028
88	NC_016743	GAAC	3	153113	153123	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	37245028
89	NC_016743	AGGG	3	154085	154095	11	25 %	0 %	75 %	0 %	9 %	37245028
90	NC_016743	TACG	3	154724	154734	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	37245028
91	NC_016743	AGGC	3	156361	156372	12	25 %	0 %	50 %	25 %	8 %	37245028
92	NC_016743	GCTT	3	161296	161307	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	37245028
93	NC_016743	TATG	3	161857	161867	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	37245028
94	NC_016743	ATTT	3	161967	161978	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	37245028
95	NC_016743	GTCA	3	162506	162517	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	37245028
96	NC_016743	GCTT	3	165306	165317	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	37245028
97	NC_016743	AATG	3	166933	166944	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	37245028
98	NC_016743	TGAG	3	167396	167408	13	25 %	25 %	50 %	0 %	7 %	37245028
99	NC_016743	TTAA	3	168530	168541	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	37245028
100	NC_016743	GAAT	3	171912	171924	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	37245028
101	NC_016743	TCAG	3	174037	174048	12	25 %	25 %	25 %	25 %	0 %	37245028
102	NC_016743	CTTC	3	176702	176713	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	37245028
103	NC_016743	CTTT	3	179466	179477	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	37245028
104	NC_016743	GCTC	3	180515	180527	13	0 %	25 %	25 %	50 %	7 %	37245028
105	NC_016743	AGTT	3	182271	182282	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	37245028
106	NC_016743	TTTC	3	184470	184481	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	37245028
107	NC_016743	TCAA	3	184542	184553	12	50 %	25 %	0 %	25 %	0 %	37245028
108	NC_016743	TCAC	3	186490	186500	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	37245028
109	NC_016743	ATGG	3	190695	190706	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	37245028
110	NC_016743	TGAG	3	192286	192297	12	25 %	25 %	50 %	0 %	0 %	37245028
111	NC_016743	TTCT	3	194113	194124	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	37245028
112	NC_016743	AGGA	3	196372	196383	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	37245028
113	NC_016743	GATT	3	198209	198219	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	37245028
114	NC_016743	AGAA	5	199664	199684	21	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	37245028
115	NC_016743	TTTC	3	201213	201224	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	37245028
116	NC_016743	AGGA	3	203411	203422	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	37245028
117	NC_016743	CAAA	3	204448	204459	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	37245028
118	NC_016743	AAGA	3	205170	205181	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	37245028
119	NC_016743	AAAG	3	205517	205527	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	37245028
120	NC_016743	CCTT	3	206816	206828	13	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	37245028
121	NC_016743	AAGA	3	208478	208490	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	37245028
122	NC_016743	TGGA	3	209366	209376	11	25 %	25 %	50 %	0 %	9 %	37245028
123	NC_016743	CAAG	3	212203	212214	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	37245028
124	NC_016743	CAAG	3	212770	212781	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	37245028
125	NC_016743	GCAT	3	212837	212849	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	37245028
126	NC_016743	GAAC	3	219010	219020	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	37245028
127	NC_016743	GTCC	3	225145	225156	12	0 %	25 %	25 %	50 %	0 %	37245028
128	NC_016743	CGAG	3	227088	227098	11	25 %	0 %	50 %	25 %	9 %	37245028
129	NC_016743	GGGT	3	229381	229391	11	0 %	25 %	75 %	0 %	9 %	37245028
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219	NC_016743	TTCA	3	378242	378252	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
220	NC_016743	GCCG	3	380184	380196	13	0 %	0 %	50 %	50 %	7 %	37245032

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

Tetra-nucleotide Imperfect Repeats of Lotus japonicus mitochondrion