ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

Tetra-nucleotide Imperfect Repeats of Ricinus communis chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_016736	TTTA	3	424	434	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
2	NC_016736	AAGT	3	1340	1350	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	37245011
3	NC_016736	ATCT	3	1867	1879	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
4	NC_016736	ATTC	3	1882	1892	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
5	NC_016736	TATT	3	1948	1959	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
6	NC_016736	ATTT	3	3906	3917	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	37245012
7	NC_016736	AGAT	3	4104	4115	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
8	NC_016736	AAAT	4	4750	4765	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
9	NC_016736	AAAG	3	5686	5697	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
10	NC_016736	ATTC	3	5851	5861	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
11	NC_016736	GTTT	4	7421	7436	16	0 %	75 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
12	NC_016736	TTTA	3	7953	7963	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
13	NC_016736	AATT	3	10902	10913	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
14	NC_016736	GAAA	4	11041	11055	15	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
15	NC_016736	CAAT	3	12358	12368	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	37245012
16	NC_016736	AATA	3	14755	14766	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
17	NC_016736	CAAT	4	15077	15092	16	50 %	25 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
18	NC_016736	GAAA	3	16789	16800	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
19	NC_016736	AAAG	3	17786	17796	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
20	NC_016736	ATTT	3	17905	17916	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
21	NC_016736	AATG	3	24161	24171	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	37245013
22	NC_016736	TTCC	3	24195	24205	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	37245013
23	NC_016736	AGAA	4	24517	24532	16	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	37245013
24	NC_016736	CCTA	3	26078	26088	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	37245013
25	NC_016736	TTTA	3	27488	27498	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	37245013
26	NC_016736	GATA	3	29191	29203	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
27	NC_016736	ATAG	3	29467	29477	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
28	NC_016736	AAAG	3	29546	29557	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
29	NC_016736	AATT	5	30225	30243	19	50 %	50 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
30	NC_016736	AATT	3	30257	30268	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
31	NC_016736	TACA	4	31971	31986	16	50 %	25 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
32	NC_016736	ATTA	3	33285	33296	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
33	NC_016736	AATT	3	33329	33339	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
34	NC_016736	AATA	5	33340	33360	21	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
35	NC_016736	TTCA	3	33610	33621	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
36	NC_016736	TATT	5	34181	34201	21	25 %	75 %	0 %	0 %	4 %	Non-Coding
37	NC_016736	TATT	3	34205	34216	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_016736	TAAA	3	34217	34229	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
39	NC_016736	TATT	3	34233	34244	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_016736	TATT	3	34253	34264	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_016736	TTTA	5	34977	34997	21	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
42	NC_016736	CTTT	3	35137	35148	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
43	NC_016736	CAAT	3	35666	35678	13	50 %	25 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
44	NC_016736	GAAA	3	38372	38383	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	37245013
45	NC_016736	TTGC	3	38773	38783	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	37245013
46	NC_016736	TCTA	3	39745	39756	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
47	NC_016736	AAAG	3	40979	40990	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
48	NC_016736	ATTG	3	42908	42918	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	37245013
49	NC_016736	AATG	3	44554	44565	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	37245013
50	NC_016736	TAAA	3	46883	46893	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
51	NC_016736	GTAA	3	48708	48718	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	37245014
52	NC_016736	CTAT	3	49477	49488	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
53	NC_016736	AGAA	3	50777	50787	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
54	NC_016736	AGAA	3	50795	50805	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
55	NC_016736	CATA	3	51421	51432	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
56	NC_016736	TTTG	3	54931	54942	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
57	NC_016736	TTTC	3	58596	58607	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
58	NC_016736	AATT	3	62788	62799	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
59	NC_016736	CTAA	3	63475	63486	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
60	NC_016736	AAAT	3	63644	63655	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
61	NC_016736	AAAT	3	65682	65692	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
62	NC_016736	TTAC	4	68422	68436	15	25 %	50 %	0 %	25 %	6 %	37245015
63	NC_016736	CTTT	3	69437	69447	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
64	NC_016736	TAAA	7	70216	70241	26	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
65	NC_016736	TATT	4	70391	70406	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
66	NC_016736	TAAT	5	71212	71231	20	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	37245015
67	NC_016736	TACA	3	72899	72910	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	37245016
68	NC_016736	ATTT	3	73791	73802	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	37245016
69	NC_016736	TTTC	3	74185	74197	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
70	NC_016736	ATAA	4	74398	74413	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
71	NC_016736	TAAA	3	75792	75802	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	37245016
72	NC_016736	TTTA	3	75904	75915	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	37245016
73	NC_016736	TTTC	4	76156	76170	15	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	37245016
74	NC_016736	TGAA	3	77715	77725	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	37245016
75	NC_016736	TTTC	3	80436	80447	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	37245016
76	NC_016736	TTTC	3	81076	81086	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	37245016
77	NC_016736	ATTT	3	85079	85090	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	37245016
78	NC_016736	ATTT	3	86403	86413	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	37245016
79	NC_016736	TTTC	4	88038	88053	16	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	37245016
80	NC_016736	ATTT	3	88386	88396	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	37245016
81	NC_016736	CAAT	3	88600	88610	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	37245016
82	NC_016736	TTCT	3	94102	94112	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	37245016
83	NC_016736	CTTT	3	95301	95311	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	37245016
84	NC_016736	TGAT	3	97126	97138	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	37245016
85	NC_016736	TGAT	3	97168	97180	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	37245016
86	NC_016736	AATA	3	98018	98030	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	37245016
87	NC_016736	AATA	3	99867	99878	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	37245016
88	NC_016736	TATT	4	105420	105435	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	37245016
89	NC_016736	ATCC	3	109312	109323	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	37245016
90	NC_016736	TCTA	3	109707	109718	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	37245016
91	NC_016736	AAGG	3	109851	109861	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	37245016
92	NC_016736	GAGG	3	112566	112577	12	25 %	0 %	75 %	0 %	8 %	37245016
93	NC_016736	AGGT	3	112778	112789	12	25 %	25 %	50 %	0 %	0 %	37245016
94	NC_016736	TAAG	3	113898	113908	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	37245016
95	NC_016736	TAAA	3	117022	117032	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	37245016
96	NC_016736	TAAA	3	117070	117080	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	37245016
97	NC_016736	TAAA	3	117132	117142	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	37245016
98	NC_016736	AAAT	3	118897	118907	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	37245016
99	NC_016736	TACT	3	119810	119820	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	37245016
100	NC_016736	ATAA	3	120746	120756	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	37245016
101	NC_016736	TTTA	3	121873	121884	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	37245016
102	NC_016736	TGAA	3	125299	125310	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	37245016
103	NC_016736	ATAA	3	126385	126395	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	37245016
104	NC_016736	CAAT	3	126679	126691	13	50 %	25 %	0 %	25 %	7 %	37245016
105	NC_016736	TTCT	3	128469	128479	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	37245016
106	NC_016736	AATC	3	128870	128881	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	37245016
107	NC_016736	TGGG	3	130789	130799	11	0 %	25 %	75 %	0 %	9 %	37245016
108	NC_016736	ATTT	5	131437	131455	19	25 %	75 %	0 %	0 %	10 %	37245016
109	NC_016736	CATT	3	131561	131572	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	37245016
110	NC_016736	TTTA	3	131871	131881	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	37245016
111	NC_016736	TTTA	3	132762	132772	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	37245016
112	NC_016736	TAAT	3	132919	132930	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	37245016
113	NC_016736	CATT	3	133093	133104	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	37245016
114	NC_016736	ATTT	3	133937	133948	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	37245016
115	NC_016736	TTTC	3	134026	134036	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	37245016
116	NC_016736	TCTT	5	134602	134620	19	0 %	75 %	0 %	25 %	10 %	37245016
117	NC_016736	AATT	3	135259	135270	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	37245016
118	NC_016736	CTTA	3	138905	138915	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	37245016
119	NC_016736	CTAC	3	140022	140033	12	25 %	25 %	0 %	50 %	0 %	37245016
120	NC_016736	CCTT	3	142952	142962	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	37245016
121	NC_016736	GGAT	3	143490	143501	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	37245016
122	NC_016736	TATT	3	146451	146463	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	37245016
123	NC_016736	AAAT	3	147381	147396	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	37245016
124	NC_016736	ATCA	3	155675	155687	13	50 %	25 %	0 %	25 %	7 %	37245020
125	NC_016736	TGAT	3	155770	155782	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	37245020
126	NC_016736	AAAG	3	157502	157512	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	37245020
127	NC_016736	TATT	3	158573	158584	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	37245020

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

Tetra-nucleotide Imperfect Repeats of Ricinus communis chloroplast