ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

Tri-nucleotide Imperfect Repeats of Brassica napus chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_016734	TCT	4	690	700	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	38393048
2	NC_016734	CAG	4	954	965	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	38393048
3	NC_016734	TAA	4	4793	4804	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
4	NC_016734	TTC	4	6403	6413	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
5	NC_016734	TCA	4	7607	7617	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
6	NC_016734	AAT	4	12671	12682	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_016734	GAT	4	14866	14878	13	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	7 %	38393050
8	NC_016734	AAT	4	16547	16558	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	38393049
9	NC_016734	GTT	4	22686	22697	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	38393049
10	NC_016734	TCA	4	25040	25050	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	38393049
11	NC_016734	AAT	4	29297	29308	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
12	NC_016734	TCA	4	29588	29599	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
13	NC_016734	TAA	6	30864	30882	19	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
14	NC_016734	AAT	4	30938	30949	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
15	NC_016734	TAT	4	31463	31473	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
16	NC_016734	TAT	4	35391	35402	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
17	NC_016734	GAT	4	37834	37844	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	38393047
18	NC_016734	GCA	4	39733	39744	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	38393047
19	NC_016734	ATG	4	40059	40069	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	38393047
20	NC_016734	AGA	4	43252	43264	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	38393051
21	NC_016734	ATT	4	45702	45713	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_016734	TTA	4	50022	50033	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
23	NC_016734	TAT	4	53358	53369	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
24	NC_016734	TTG	4	53589	53599	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
25	NC_016734	ATA	4	63725	63736	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
26	NC_016734	TAA	6	69971	69987	17	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	5 %	38393050
27	NC_016734	TTA	4	70857	70868	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	38393050
28	NC_016734	GGA	4	74439	74450	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	38393050
29	NC_016734	TCT	4	77006	77016	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	38393050
30	NC_016734	ATT	4	81107	81118	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	0 %	38393050
31	NC_016734	GAT	4	83718	83728	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	38393050
32	NC_016734	AGA	4	88863	88873	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	38393050
33	NC_016734	AAT	4	94206	94216	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	38393050
34	NC_016734	TTC	4	97997	98008	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	38393051
35	NC_016734	TCT	4	109820	109830	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	38393051
36	NC_016734	AAG	4	110422	110433	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	38393051
37	NC_016734	TAT	4	111758	111769	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	38393051
38	NC_016734	TAA	4	112628	112640	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	38393051
39	NC_016734	AAT	4	124561	124572	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	38393051
40	NC_016734	TCT	4	126147	126157	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	38393051
41	NC_016734	GAA	4	137883	137894	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	38393051
42	NC_016734	AGA	4	147478	147489	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	38393051
43	NC_016734	ATC	4	152163	152173	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	38393045

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

Tri-nucleotide Imperfect Repeats of Brassica napus chloroplast