ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Brassica napus chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_016734	TATTT	4	199	218	20	20 %	80 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
2	NC_016734	TA	6	220	230	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
3	NC_016734	TACC	3	576	586	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	38393048
4	NC_016734	TCT	4	690	700	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	38393048
5	NC_016734	CAG	4	954	965	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	38393048
6	NC_016734	GTTT	3	1838	1849	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
7	NC_016734	TTTA	3	3751	3762	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
8	NC_016734	AT	9	3789	3806	18	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
9	NC_016734	T	13	4010	4022	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
10	NC_016734	T	16	4092	4107	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
11	NC_016734	AAAAT	3	4129	4143	15	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
12	NC_016734	GAAAA	3	4491	4505	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
13	NC_016734	TAA	4	4793	4804	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
14	NC_016734	TTCA	3	4922	4933	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	38393050
15	NC_016734	TCTCT	3	5098	5111	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	38393050
16	NC_016734	ATTC	3	5461	5471	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	38393050
17	NC_016734	TA	14	6257	6284	28	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
18	NC_016734	TACCT	3	6326	6339	14	20 %	40 %	0 %	40 %	7 %	Non-Coding
19	NC_016734	CA	6	6341	6351	11	50 %	0 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
20	NC_016734	TTC	4	6403	6413	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
21	NC_016734	TTCT	3	6771	6782	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
22	NC_016734	TTTA	4	6846	6861	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
23	NC_016734	T	15	7375	7389	15	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_016734	TTCT	3	7458	7469	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	38393043
25	NC_016734	TCA	4	7607	7617	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
26	NC_016734	TA	6	7843	7854	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
27	NC_016734	TA	6	7874	7884	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
28	NC_016734	TA	6	7888	7898	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
29	NC_016734	ATATTT	3	7950	7967	18	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
30	NC_016734	AT	9	7973	7989	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
31	NC_016734	AT	6	9412	9423	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
32	NC_016734	TA	6	9450	9460	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
33	NC_016734	TA	9	9572	9588	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
34	NC_016734	GTTT	3	9732	9743	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	38393045
35	NC_016734	A	14	11168	11181	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
36	NC_016734	TATTCA	3	11795	11811	17	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	5 %	38393046
37	NC_016734	TTTC	3	11908	11919	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	38393046
38	NC_016734	T	15	12525	12539	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
39	NC_016734	TTTG	3	12541	12552	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
40	NC_016734	AAT	4	12671	12682	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_016734	AAAT	3	13224	13235	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
42	NC_016734	AT	6	13378	13391	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
43	NC_016734	A	13	13659	13671	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
44	NC_016734	TTTA	3	14483	14494	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
45	NC_016734	GAT	4	14866	14878	13	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	7 %	38393050
46	NC_016734	AAT	4	16547	16558	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	38393049
47	NC_016734	T	13	16821	16833	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	38393049
48	NC_016734	T	13	17570	17582	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	38393049
49	NC_016734	TTCA	3	21693	21704	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	38393049
50	NC_016734	GTT	4	22686	22697	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	38393049
51	NC_016734	TCA	4	25040	25050	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	38393049
52	NC_016734	T	12	25313	25324	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	38393049
53	NC_016734	TAAGA	3	25335	25348	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	38393049
54	NC_016734	TA	6	26545	26556	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
55	NC_016734	AAAT	3	26886	26896	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
56	NC_016734	TC	6	27780	27791	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	38393043
57	NC_016734	CAAA	3	28059	28070	12	75 %	0 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
58	NC_016734	TTTA	3	28465	28475	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
59	NC_016734	AAT	4	29297	29308	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
60	NC_016734	TCA	4	29588	29599	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
61	NC_016734	AGAA	3	29787	29798	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
62	NC_016734	ATTT	3	30203	30213	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
63	NC_016734	ATTT	3	30235	30246	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
64	NC_016734	A	15	30327	30341	15	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_016734	AT	7	30626	30641	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
66	NC_016734	TAA	6	30864	30882	19	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
67	NC_016734	AAT	4	30938	30949	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
68	NC_016734	TAT	4	31463	31473	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
69	NC_016734	TTCT	3	32339	32350	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	38393043
70	NC_016734	GAAA	3	33336	33347	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	38393043
71	NC_016734	CTGG	3	34383	34395	13	0 %	25 %	50 %	25 %	7 %	Non-Coding
72	NC_016734	AG	6	34481	34491	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
73	NC_016734	TTAT	3	34511	34521	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
74	NC_016734	TA	7	35368	35381	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
75	NC_016734	TAT	4	35391	35402	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
76	NC_016734	AT	13	35406	35431	26	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
77	NC_016734	TTTG	3	35456	35466	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
78	NC_016734	AAAC	3	35853	35864	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
79	NC_016734	ATAA	3	36449	36460	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
80	NC_016734	GAT	4	37834	37844	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	38393047
81	NC_016734	GCA	4	39733	39744	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	38393047
82	NC_016734	TG	6	39770	39780	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	38393047
83	NC_016734	ATG	4	40059	40069	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	38393047
84	NC_016734	T	15	41175	41189	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
85	NC_016734	GAAAA	4	41421	41440	20	80 %	0 %	20 %	0 %	10 %	Non-Coding
86	NC_016734	A	14	41658	41671	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
87	NC_016734	TTAA	5	42064	42083	20	50 %	50 %	0 %	0 %	10 %	38393051
88	NC_016734	T	13	42561	42573	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	38393051
89	NC_016734	AAAT	3	42952	42962	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	38393051
90	NC_016734	AGA	4	43252	43264	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	38393051
91	NC_016734	GTAA	3	43597	43607	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	38393051
92	NC_016734	AT	6	45081	45092	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
93	NC_016734	TAAA	3	45525	45536	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_016734	TTAA	3	45545	45556	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
95	NC_016734	ATT	4	45702	45713	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_016734	A	13	47205	47217	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
97	NC_016734	TATC	4	47222	47237	16	25 %	50 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
98	NC_016734	T	15	47409	47423	15	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_016734	GATT	3	49461	49472	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
100	NC_016734	TGAAA	3	49774	49788	15	60 %	20 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
101	NC_016734	AGAA	3	49889	49900	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
102	NC_016734	TTA	4	50022	50033	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
103	NC_016734	A	12	50135	50146	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
104	NC_016734	TTATC	3	50664	50678	15	20 %	60 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
105	NC_016734	TAT	4	53358	53369	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
106	NC_016734	TTG	4	53589	53599	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
107	NC_016734	AATT	3	55572	55583	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
108	NC_016734	TA	6	55880	55890	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	38393043
109	NC_016734	AGTGGA	3	56313	56330	18	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	5 %	38393043
110	NC_016734	AT	6	57785	57795	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
111	NC_016734	AT	6	60432	60442	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	38393044
112	NC_016734	TA	6	61854	61864	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
113	NC_016734	CAGC	3	62821	62832	12	25 %	0 %	25 %	50 %	8 %	38393048
114	NC_016734	TTTTA	4	63630	63649	20	20 %	80 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
115	NC_016734	ATA	4	63725	63736	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
116	NC_016734	A	13	64102	64114	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
117	NC_016734	AAAAT	4	64749	64769	21	80 %	20 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
118	NC_016734	T	14	65411	65424	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
119	NC_016734	TA	6	65648	65658	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
120	NC_016734	AAAG	3	65671	65681	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
121	NC_016734	A	23	67088	67110	23	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
122	NC_016734	TAA	6	69971	69987	17	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	5 %	38393050
123	NC_016734	TTGA	3	70016	70027	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	38393050
124	NC_016734	T	12	70202	70213	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	38393050
125	NC_016734	TGTC	3	70252	70262	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	38393050
126	NC_016734	TCATAT	3	70381	70397	17	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	5 %	38393050
127	NC_016734	AT	6	70416	70426	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	38393050
128	NC_016734	ATTTA	3	70541	70556	16	40 %	60 %	0 %	0 %	6 %	38393050
129	NC_016734	TTA	4	70857	70868	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	38393050
130	NC_016734	AGAA	3	72241	72252	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	38393050
131	NC_016734	CTTT	3	72740	72750	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	38393050
132	NC_016734	TAAACA	3	72874	72890	17	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	5 %	38393050
133	NC_016734	T	14	73989	74002	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	38393050
134	NC_016734	GGA	4	74439	74450	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	38393050
135	NC_016734	TAAA	3	75587	75598	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	38393050
136	NC_016734	T	16	76917	76932	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	38393050
137	NC_016734	TCT	4	77006	77016	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	38393050
138	NC_016734	TTCA	3	78753	78764	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	38393050
139	NC_016734	T	14	80560	80573	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	38393050
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ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Brassica napus chloroplast