ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Pedinomonas minor chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_016733	TATTTT	3	53	70	18	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
2	NC_016733	CTAATT	3	508	525	18	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	5 %	37640357
3	NC_016733	AGC	4	2544	2555	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	37640357
4	NC_016733	AAAT	3	2584	2594	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
5	NC_016733	AAGTA	3	3382	3397	16	60 %	20 %	20 %	0 %	6 %	37640358
6	NC_016733	TGT	4	5254	5264	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	37640362
7	NC_016733	AGA	4	6718	6730	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	37640362
8	NC_016733	TAA	4	7041	7052	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	37640362
9	NC_016733	AATA	3	8412	8422	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
10	NC_016733	ACCG	3	9229	9240	12	25 %	0 %	25 %	50 %	8 %	37640362
11	NC_016733	AATTA	3	10082	10095	14	60 %	40 %	0 %	0 %	7 %	37640362
12	NC_016733	AAAG	3	14285	14295	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
13	NC_016733	AGAA	3	14332	14342	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
14	NC_016733	TA	6	14919	14930	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	37640358
15	NC_016733	AATTT	4	15142	15160	19	40 %	60 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
16	NC_016733	T	12	15240	15251	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
17	NC_016733	CAAA	3	17579	17589	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	37640360
18	NC_016733	A	12	17888	17899	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
19	NC_016733	GTAT	3	18325	18337	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	37640359
20	NC_016733	TTA	4	18616	18626	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
21	NC_016733	CAG	5	19778	19792	15	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	6 %	37640361
22	NC_016733	CAC	4	19793	19804	12	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	8 %	37640361
23	NC_016733	GCCA	3	19806	19816	11	25 %	0 %	25 %	50 %	9 %	37640361
24	NC_016733	ATA	5	19966	19979	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
25	NC_016733	ATTT	4	20533	20549	17	25 %	75 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
26	NC_016733	TAAA	4	22548	22563	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
27	NC_016733	TAA	4	24120	24131	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	37640361
28	NC_016733	TAA	5	24507	24522	16	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
29	NC_016733	AGTT	3	24601	24612	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	37640361
30	NC_016733	AATTT	3	25592	25606	15	40 %	60 %	0 %	0 %	6 %	37640363
31	NC_016733	ATTT	3	26177	26187	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	37640363
32	NC_016733	AATT	3	26208	26218	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
33	NC_016733	CAC	4	26623	26634	12	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	8 %	37640362
34	NC_016733	CTTT	3	26819	26830	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	37640362
35	NC_016733	CAC	4	26872	26883	12	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	8 %	37640362
36	NC_016733	TTGA	3	28494	28506	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	37640358
37	NC_016733	AAAT	3	32382	32392	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
38	NC_016733	CAC	4	32628	32639	12	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	8 %	37640364
39	NC_016733	AAAT	3	32899	32910	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_016733	TAA	4	34660	34670	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	37640363
41	NC_016733	TTAA	3	34760	34770	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
42	NC_016733	TTAA	3	35202	35212	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
43	NC_016733	TTTA	3	36467	36478	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
44	NC_016733	CTTT	3	36682	36693	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
45	NC_016733	AGT	4	37476	37486	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	37640359
46	NC_016733	GTT	4	37557	37568	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	37640359
47	NC_016733	AAGCTA	3	38051	38068	18	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	5 %	37640359
48	NC_016733	GTT	4	39168	39180	13	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
49	NC_016733	ACC	4	39974	39985	12	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	8 %	37640359
50	NC_016733	AGT	4	41579	41590	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	37640359
51	NC_016733	A	12	42175	42186	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
52	NC_016733	TAA	4	42271	42282	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
53	NC_016733	ACAT	3	42416	42426	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
54	NC_016733	AATT	3	42556	42567	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
55	NC_016733	TTGT	3	44709	44719	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	37640358
56	NC_016733	TTA	4	44813	44824	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	37640358
57	NC_016733	ATTTG	3	46285	46298	14	20 %	60 %	20 %	0 %	7 %	37640358
58	NC_016733	TAAA	3	47899	47909	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	37640358
59	NC_016733	TCTT	3	48108	48119	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
60	NC_016733	AAG	4	48348	48358	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	37640361
61	NC_016733	ATTT	3	48601	48611	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
62	NC_016733	TTTG	3	48977	48988	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	37640361
63	NC_016733	ATTT	3	50782	50792	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
64	NC_016733	AT	6	50942	50953	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
65	NC_016733	CAA	4	52529	52539	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	37640358
66	NC_016733	TTAA	3	53982	53993	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
67	NC_016733	CTTG	3	54109	54119	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
68	NC_016733	TAA	5	54159	54173	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
69	NC_016733	ATT	4	54629	54641	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
70	NC_016733	AATT	3	55314	55325	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
71	NC_016733	ATTT	3	55563	55574	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
72	NC_016733	TTTA	3	55697	55708	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
73	NC_016733	TAAG	3	56295	56306	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
74	NC_016733	GA	6	57141	57152	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	37640364
75	NC_016733	TGTT	3	57360	57371	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	37640364
76	NC_016733	AC	6	58565	58576	12	50 %	0 %	0 %	50 %	8 %	37640364
77	NC_016733	TTTA	3	58860	58870	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
78	NC_016733	GAA	4	59506	59517	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	37640361
79	NC_016733	GCT	4	60204	60215	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	37640361
80	NC_016733	TTTAA	3	62771	62785	15	40 %	60 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
81	NC_016733	TAAT	3	62792	62803	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
82	NC_016733	ATTT	3	63698	63708	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
83	NC_016733	AACA	3	65831	65842	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	37640358
84	NC_016733	TTAAT	4	66502	66521	20	40 %	60 %	0 %	0 %	5 %	37640359
85	NC_016733	AAAAAT	3	66552	66569	18	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
86	NC_016733	TAAA	3	66776	66787	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
87	NC_016733	ACTT	3	67121	67131	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	37640360
88	NC_016733	TAT	4	67194	67205	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	37640360
89	NC_016733	GGT	4	68589	68600	12	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	8 %	37640360
90	NC_016733	TCT	4	69238	69249	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	37640360
91	NC_016733	AAAT	3	69817	69827	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
92	NC_016733	TAAAAA	3	69885	69902	18	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
93	NC_016733	GTTTT	3	70777	70791	15	0 %	80 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
94	NC_016733	CAG	4	71715	71726	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	37640364
95	NC_016733	CAG	4	72045	72056	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	37640364
96	NC_016733	ACCGA	3	72082	72095	14	40 %	0 %	20 %	40 %	7 %	37640364
97	NC_016733	TAT	4	72667	72678	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	37640361
98	NC_016733	CCGA	3	77511	77523	13	25 %	0 %	25 %	50 %	7 %	Non-Coding
99	NC_016733	AGA	5	78278	78292	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	Non-Coding
100	NC_016733	TAGG	3	79603	79613	11	25 %	25 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
101	NC_016733	AACA	3	79710	79720	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
102	NC_016733	A	12	80314	80325	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
103	NC_016733	TTTC	3	81164	81175	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	37640358
104	NC_016733	ATT	4	81882	81892	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	37640358
105	NC_016733	GCTTTA	3	82887	82903	17	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	5 %	37640365
106	NC_016733	ATTT	3	82998	83008	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	37640365
107	NC_016733	CAA	4	83600	83612	13	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	7 %	37640365
108	NC_016733	CAA	4	84999	85009	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	37640358
109	NC_016733	AGCA	3	85068	85079	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	37640358
110	NC_016733	TAA	4	86569	86579	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
111	NC_016733	TTTA	3	87006	87016	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	37640365
112	NC_016733	ATT	4	87091	87101	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	37640365
113	NC_016733	ATA	4	87603	87613	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
114	NC_016733	TAT	4	87633	87643	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
115	NC_016733	T	16	88416	88431	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
116	NC_016733	TCT	5	90447	90461	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	Non-Coding
117	NC_016733	TCGGT	3	96644	96657	14	0 %	40 %	40 %	20 %	7 %	37640360
118	NC_016733	CTG	4	96683	96694	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	37640360

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Pedinomonas minor chloroplast