ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

Tri-nucleotide Imperfect Repeats of Dunaliella salina chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_016732	TTA	4	1937	1947	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
2	NC_016732	TAA	4	1948	1958	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
3	NC_016732	TAT	5	3391	3405	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	38393034
4	NC_016732	TAG	4	4996	5007	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	38393034
5	NC_016732	ATT	4	5228	5239	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	38393034
6	NC_016732	GTA	4	5346	5357	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	38393034
7	NC_016732	GTT	4	7473	7484	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	38393034
8	NC_016732	TAT	4	11375	11386	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
9	NC_016732	AAG	4	14665	14676	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	38393034
10	NC_016732	TGT	4	16951	16962	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	38393042
11	NC_016732	ATA	4	22774	22785	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	38393042
12	NC_016732	TTG	4	25129	25139	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	38393042
13	NC_016732	TTA	4	25710	25721	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	38393042
14	NC_016732	AGC	4	25883	25894	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	38393042
15	NC_016732	ATT	4	26216	26227	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	38393042
16	NC_016732	TCG	4	27264	27275	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	38393042
17	NC_016732	ATT	4	28572	28582	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	38393042
18	NC_016732	CTA	4	29066	29077	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	38393042
19	NC_016732	TTA	4	29840	29851	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	38393042
20	NC_016732	TTA	4	30213	30224	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	38393042
21	NC_016732	ATT	4	33273	33284	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	38393042
22	NC_016732	TAT	4	33880	33891	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	38393042
23	NC_016732	ATT	4	34373	34385	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	38393042
24	NC_016732	TAT	4	34613	34625	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	38393042
25	NC_016732	TAA	5	34714	34728	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	38393042
26	NC_016732	TAT	4	35058	35069	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	38393042
27	NC_016732	TAA	4	35406	35417	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	38393042
28	NC_016732	TAG	4	38293	38304	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	38393042
29	NC_016732	ATT	5	38630	38644	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	38393042
30	NC_016732	ATT	4	39973	39984	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	38393042
31	NC_016732	AAT	4	40023	40033	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	38393042
32	NC_016732	ATA	4	42159	42169	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	38393042
33	NC_016732	ATT	4	42912	42923	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	38393042
34	NC_016732	ATT	6	43281	43297	17	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	5 %	38393042
35	NC_016732	TGT	4	43653	43664	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	38393042
36	NC_016732	ATT	4	47654	47666	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	38393042
37	NC_016732	TAT	4	48980	48992	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	38393042
38	NC_016732	ATT	4	49854	49865	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	38393042
39	NC_016732	GAA	4	50283	50293	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	38393042
40	NC_016732	TAT	4	50379	50391	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	38393042
41	NC_016732	GTT	4	58561	58571	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	38393042
42	NC_016732	TAT	5	62414	62428	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	38393042
43	NC_016732	TAA	5	63661	63674	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	38393042
44	NC_016732	TAA	4	66735	66746	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	38393042
45	NC_016732	TAA	4	67429	67440	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	38393042
46	NC_016732	ATT	4	68146	68157	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	38393042
47	NC_016732	GTT	4	69505	69515	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	38393042
48	NC_016732	TGC	4	70025	70036	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	38393042
49	NC_016732	TAT	4	71633	71645	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	38393042
50	NC_016732	ATT	4	72135	72146	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	38393042
51	NC_016732	ACA	4	74470	74482	13	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	7 %	38393042
52	NC_016732	TAT	4	79407	79417	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	38393042
53	NC_016732	TTA	4	79731	79741	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	38393042
54	NC_016732	TAA	4	81293	81304	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	38393042
55	NC_016732	TAA	4	85104	85115	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	38393042
56	NC_016732	TTC	4	88031	88041	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	38393042
57	NC_016732	TCT	4	89272	89283	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	38393042
58	NC_016732	TCA	4	90676	90686	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	38393042
59	NC_016732	ACA	4	91346	91356	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	38393042
60	NC_016732	AAT	5	91728	91741	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	38393042
61	NC_016732	AAT	4	91921	91932	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	38393042
62	NC_016732	TGG	4	95320	95331	12	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	8 %	38393042
63	NC_016732	TGT	4	100503	100513	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	38393042
64	NC_016732	ACA	4	102340	102350	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	38393042
65	NC_016732	AAG	4	105384	105395	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	38393042
66	NC_016732	TAT	5	107501	107514	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	38393042
67	NC_016732	TTC	4	110191	110202	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	38393042
68	NC_016732	AAG	4	111121	111132	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	38393042
69	NC_016732	TAA	4	111241	111251	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	38393042
70	NC_016732	AGA	4	113674	113685	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	38393042
71	NC_016732	CAA	4	117176	117187	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	38393042
72	NC_016732	ATT	4	119078	119089	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	38393042
73	NC_016732	GGT	4	120953	120964	12	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	8 %	38393042
74	NC_016732	ATT	4	121870	121880	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	38393042
75	NC_016732	GAA	4	122332	122343	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	38393042
76	NC_016732	TCT	4	122818	122829	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	38393042
77	NC_016732	TGC	4	122861	122872	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	38393042
78	NC_016732	TTA	4	123054	123065	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	38393042
79	NC_016732	TAT	4	123734	123744	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	38393042
80	NC_016732	ATT	4	126667	126679	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	38393042
81	NC_016732	AAT	4	130012	130026	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	38393042
82	NC_016732	ACA	4	134407	134417	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	38393042
83	NC_016732	AAG	4	140461	140471	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	38393042
84	NC_016732	TGC	4	146740	146751	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	38393042
85	NC_016732	TTA	4	147776	147790	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	38393042
86	NC_016732	TTA	4	149930	149942	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	38393042
87	NC_016732	CAT	4	152735	152746	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	38393042
88	NC_016732	CTT	4	154778	154789	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	38393042
89	NC_016732	TAA	4	154842	154853	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	38393042
90	NC_016732	TAT	4	158675	158685	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	38393042
91	NC_016732	TAT	4	160708	160720	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	38393042
92	NC_016732	TAT	4	163915	163926	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	38393042
93	NC_016732	ATA	4	169715	169725	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	38393042
94	NC_016732	TAA	4	170116	170128	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	38393042
95	NC_016732	ATA	5	170166	170180	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	38393042
96	NC_016732	ATA	4	173139	173149	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	38393042
97	NC_016732	TAA	4	173720	173730	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	38393042
98	NC_016732	TAA	4	174192	174203	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	38393042
99	NC_016732	TAA	4	174329	174341	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	38393042
100	NC_016732	ATT	4	174354	174364	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	38393042
101	NC_016732	TAA	4	175474	175484	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	38393042
102	NC_016732	ACA	4	176541	176552	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	38393042
103	NC_016732	ATA	4	179600	179611	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	38393042
104	NC_016732	TAA	4	182562	182572	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	38393042
105	NC_016732	ATT	4	184547	184557	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	38393042
106	NC_016732	TAA	4	196810	196820	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	38393042
107	NC_016732	GAA	4	198177	198187	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	38393042
108	NC_016732	TAT	5	199182	199196	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	38393042
109	NC_016732	GTT	5	200695	200709	15	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	6 %	38393042
110	NC_016732	AAT	5	206715	206729	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	38393040
111	NC_016732	TCT	4	207747	207757	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	38393040
112	NC_016732	AAT	4	210164	210175	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	38393040
113	NC_016732	AAT	4	211987	211997	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	38393040
114	NC_016732	TAT	4	212600	212611	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
115	NC_016732	ATT	5	213719	213733	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
116	NC_016732	ACA	4	213948	213959	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	38393041
117	NC_016732	TAA	4	215595	215605	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
118	NC_016732	ATA	4	216474	216485	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	38393041
119	NC_016732	ATT	4	220367	220378	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
120	NC_016732	ATT	4	220382	220393	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
121	NC_016732	ATT	4	220398	220409	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
122	NC_016732	TAT	4	220491	220502	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
123	NC_016732	AAT	4	224874	224885	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
124	NC_016732	CTG	4	226089	226100	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	38393041
125	NC_016732	TTC	4	226111	226122	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	38393041
126	NC_016732	TTA	4	229392	229403	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
127	NC_016732	TTA	5	230211	230225	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
128	NC_016732	TAT	4	230608	230618	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
129	NC_016732	TAT	4	230799	230811	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
130	NC_016732	TAT	4	233359	233370	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
131	NC_016732	TCA	4	234065	234076	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
132	NC_016732	TAA	14	248028	248069	42	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	38393042
133	NC_016732	GTT	4	248265	248275	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	38393042
134	NC_016732	AAT	4	249673	249684	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	38393042
135	NC_016732	AGA	4	253381	253391	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
136	NC_016732	GTT	4	254151	254161	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
137	NC_016732	CTT	4	255913	255923	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
138	NC_016732	AAT	4	261760	261771	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
139	NC_016732	TCG	4	263152	263163	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
140	NC_016732	ATT	5	266358	266372	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
141	NC_016732	TCG	4	267432	267443	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
142	NC_016732	TTA	4	267965	267975	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
143	NC_016732	TCG	4	268118	268129	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

Tri-nucleotide Imperfect Repeats of Dunaliella salina chloroplast