ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Synedra acus chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_016731	CAA	4	171	182	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	37882446
2	NC_016731	AATT	3	712	723	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	37882446
3	NC_016731	CAT	4	927	937	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	37882446
4	NC_016731	ATT	4	1204	1215	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	37882446
5	NC_016731	AAT	5	1304	1318	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	37882446
6	NC_016731	GGT	4	1778	1789	12	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	8 %	37882446
7	NC_016731	TTA	4	2829	2840	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	0 %	37882446
8	NC_016731	TA	7	4804	4816	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
9	NC_016731	AAT	4	5342	5352	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	37882447
10	NC_016731	AAATT	4	5358	5376	19	60 %	40 %	0 %	0 %	10 %	37882447
11	NC_016731	TACTA	3	5444	5457	14	40 %	40 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
12	NC_016731	TAA	4	7778	7789	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	37882447
13	NC_016731	ATT	4	7942	7952	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
14	NC_016731	ATAA	3	8030	8041	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	37882447
15	NC_016731	TTAAAA	3	8183	8200	18	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	5 %	37882447
16	NC_016731	TAA	4	8477	8487	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
17	NC_016731	AT	7	8564	8576	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
18	NC_016731	AGA	4	9230	9241	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	37882447
19	NC_016731	ATTT	3	10195	10207	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	37882448
20	NC_016731	AGAAA	3	10496	10510	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	37882448
21	NC_016731	AAT	4	10520	10531	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	37882448
22	NC_016731	TAA	4	10688	10698	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	37882448
23	NC_016731	AAT	4	11213	11224	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	37882448
24	NC_016731	TAA	4	11538	11549	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
25	NC_016731	ATACT	3	11942	11955	14	40 %	40 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
26	NC_016731	ATT	4	12475	12486	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
27	NC_016731	TAAAA	3	12523	12538	16	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
28	NC_016731	ATA	4	12907	12919	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
29	NC_016731	TAA	4	13202	13212	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	37882448
30	NC_016731	TAT	4	13630	13640	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	37882448
31	NC_016731	TAT	5	13790	13803	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	37882448
32	NC_016731	TAT	4	13993	14004	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	37882448
33	NC_016731	GGT	4	15100	15111	12	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	8 %	37882448
34	NC_016731	TGC	5	15873	15887	15	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	6 %	37882448
35	NC_016731	TA	7	16159	16171	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
36	NC_016731	TAA	4	16479	16490	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	37882448
37	NC_016731	ATA	4	16559	16569	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	37882448
38	NC_016731	AATT	3	16652	16662	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
39	NC_016731	AATTT	3	16760	16774	15	40 %	60 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
40	NC_016731	AATATA	3	16930	16948	19	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
41	NC_016731	AATT	3	16950	16962	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
42	NC_016731	TAA	5	17435	17449	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
43	NC_016731	TAT	4	17452	17463	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
44	NC_016731	TTAT	3	17834	17844	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	37882449
45	NC_016731	TAT	4	18141	18152	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	37882449
46	NC_016731	TTTA	3	18281	18291	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	37882449
47	NC_016731	TAA	4	19977	19988	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
48	NC_016731	TATT	3	20132	20143	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
49	NC_016731	AATTAT	3	20594	20617	24	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
50	NC_016731	TTTA	3	20698	20709	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_016731	AAC	4	21624	21635	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	37882449
52	NC_016731	TA	8	21958	21974	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
53	NC_016731	TAT	5	22241	22255	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
54	NC_016731	AAAT	3	22365	22375	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
55	NC_016731	CTGG	3	22479	22489	11	0 %	25 %	50 %	25 %	9 %	37882450
56	NC_016731	GAA	4	22502	22513	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	37882450
57	NC_016731	ATTA	3	22664	22674	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	37882450
58	NC_016731	AATT	3	22847	22858	12	50 %	50 %	0 %	0 %	0 %	37882450
59	NC_016731	ATA	4	24190	24201	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
60	NC_016731	TTC	5	24441	24455	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	37882450
61	NC_016731	GCA	4	24496	24507	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	37882450
62	NC_016731	TGG	4	25735	25746	12	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	8 %	37882450
63	NC_016731	ATAAA	3	26897	26911	15	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	37882450
64	NC_016731	ATTT	3	27851	27861	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
65	NC_016731	AATT	3	27998	28009	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	37882450
66	NC_016731	A	15	28356	28370	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	37882450
67	NC_016731	TGG	4	28889	28899	11	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	9 %	37882451
68	NC_016731	TAA	4	29166	29177	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
69	NC_016731	GTTC	3	29900	29910	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	37882451
70	NC_016731	TTTA	3	29916	29926	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	37882451
71	NC_016731	AAATTT	3	29973	29990	18	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
72	NC_016731	CTA	4	30949	30960	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	37882451
73	NC_016731	TTTA	3	31001	31011	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	37882451
74	NC_016731	ATA	4	31489	31500	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	37882451
75	NC_016731	TCTAA	3	32198	32211	14	40 %	40 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
76	NC_016731	TTGAA	4	33190	33208	19	40 %	40 %	20 %	0 %	10 %	37882451
77	NC_016731	AT	6	34862	34872	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
78	NC_016731	TAT	4	35084	35095	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	37882451
79	NC_016731	GTT	4	35162	35173	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	37882451
80	NC_016731	ATA	4	35512	35523	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	37882451
81	NC_016731	ATT	4	37322	37333	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	37882452
82	NC_016731	ATTTT	3	37603	37616	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	37882452
83	NC_016731	AACC	3	40707	40717	11	50 %	0 %	0 %	50 %	9 %	37882452
84	NC_016731	TGT	4	41542	41553	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	37882452
85	NC_016731	ATGTTA	3	41920	41938	19	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	5 %	37882452
86	NC_016731	ACA	4	43148	43159	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	37882452
87	NC_016731	ATA	4	43708	43718	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	37882452
88	NC_016731	ATA	5	44170	44184	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	37882452
89	NC_016731	ATA	4	44203	44214	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	37882452
90	NC_016731	ATAA	3	46090	46101	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	37882452
91	NC_016731	AATA	3	46390	46401	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	37882452
92	NC_016731	ATG	4	47387	47398	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	37882452
93	NC_016731	AATT	3	47406	47418	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	37882452
94	NC_016731	TTA	4	47512	47522	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
95	NC_016731	TAG	4	47689	47700	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	37882452
96	NC_016731	ACC	4	48188	48199	12	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	8 %	37882452
97	NC_016731	CTCA	3	48971	48981	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	37882452
98	NC_016731	TAAA	3	49608	49618	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	37882452
99	NC_016731	TAA	5	51794	51807	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	37882453
100	NC_016731	ATTT	4	52011	52026	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
101	NC_016731	TGCA	3	52151	52163	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	37882453
102	NC_016731	TTAA	3	52749	52760	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	37882453
103	NC_016731	AAAT	3	52972	52982	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	37882453
104	NC_016731	AATT	3	54074	54085	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	37882453
105	NC_016731	ATT	5	54252	54267	16	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	37882453
106	NC_016731	GCT	4	54735	54748	14	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	7 %	37882453
107	NC_016731	TTTAAA	3	56580	56596	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
108	NC_016731	TAAA	4	56701	56716	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
109	NC_016731	TAGAG	3	64004	64018	15	40 %	20 %	40 %	0 %	6 %	Non-Coding
110	NC_016731	GAAA	3	64366	64376	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
111	NC_016731	AGGT	3	66744	66755	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
112	NC_016731	GTAA	3	67891	67902	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
113	NC_016731	TA	6	68260	68270	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
114	NC_016731	AT	6	69514	69525	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	37882454
115	NC_016731	TAA	4	69546	69557	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	37882454
116	NC_016731	CATTAA	3	71788	71805	18	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	5 %	37882454
117	NC_016731	ATA	4	73797	73808	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	37882454
118	NC_016731	ATTTCT	3	74466	74482	17	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	5 %	37882454
119	NC_016731	AATT	3	74784	74795	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
120	NC_016731	TA	7	77119	77132	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	37882455
121	NC_016731	ATA	4	78087	78098	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	37882455
122	NC_016731	TAA	4	81332	81343	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	37882455
123	NC_016731	ATT	4	81983	81994	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
124	NC_016731	TTG	4	82053	82065	13	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	7 %	37882456
125	NC_016731	CAA	4	82386	82397	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	37882456
126	NC_016731	CTT	4	83942	83952	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	37882456
127	NC_016731	AATG	3	84171	84181	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	37882456
128	NC_016731	CAT	4	84331	84342	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	37882456
129	NC_016731	TGAA	3	84851	84861	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	37882456
130	NC_016731	TTAA	3	85443	85454	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	37882456
131	NC_016731	AATT	4	85724	85739	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	37882456
132	NC_016731	TAT	4	86387	86398	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
133	NC_016731	TTTA	3	88640	88650	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
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141	NC_016731	TAATT	3	91647	91661	15	40 %	60 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
142	NC_016731	TAA	7	91771	91790	20	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
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161	NC_016731	ATA	4	99704	99715	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
162	NC_016731	AAT	4	99759	99769	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
163	NC_016731	TCT	4	100800	100810	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	37882458
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175	NC_016731	TTTA	3	107705	107716	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
176	NC_016731	TATT	3	112700	112711	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
177	NC_016731	TTTA	3	113040	113050	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
178	NC_016731	CTTT	3	113598	113608	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
179	NC_016731	CTCTA	3	113957	113971	15	20 %	40 %	0 %	40 %	6 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Synedra acus chloroplast