ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Silene latifolia chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_016730	TTTTA	3	168	182	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
2	NC_016730	AATAA	3	199	213	15	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
3	NC_016730	TACC	3	535	545	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	37424993
4	NC_016730	AAGT	3	1019	1029	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	37424993
5	NC_016730	TCAAT	3	1774	1787	14	40 %	40 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
6	NC_016730	AGCAC	3	2073	2086	14	40 %	0 %	20 %	40 %	7 %	37424993
7	NC_016730	TCTT	3	2153	2163	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	37424993
8	NC_016730	AAAT	3	2744	2754	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	37424993
9	NC_016730	A	14	2820	2833	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	37424993
10	NC_016730	ATAA	3	2877	2888	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	37424993
11	NC_016730	T	12	3065	3076	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	37424993
12	NC_016730	TTTG	3	3565	3576	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
13	NC_016730	AAAAT	3	5217	5230	14	80 %	20 %	0 %	0 %	7 %	37424993
14	NC_016730	TA	6	6167	6179	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
15	NC_016730	AT	7	6175	6187	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
16	NC_016730	TGGA	3	6314	6324	11	25 %	25 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
17	NC_016730	TTG	4	6683	6695	13	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
18	NC_016730	AGAT	3	7403	7413	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
19	NC_016730	TA	6	7448	7458	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
20	NC_016730	TA	6	8015	8025	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
21	NC_016730	ATT	5	8214	8227	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
22	NC_016730	T	12	8302	8313	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_016730	AAAC	3	8785	8795	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
24	NC_016730	TCT	4	8857	8867	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
25	NC_016730	AT	8	9401	9415	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
26	NC_016730	TA	7	9420	9432	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
27	NC_016730	ATA	4	9436	9446	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
28	NC_016730	TGAA	3	11587	11599	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	37424993
29	NC_016730	ATT	4	12422	12434	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
30	NC_016730	GAAG	3	12543	12554	12	50 %	0 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_016730	TTC	4	12576	12587	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
32	NC_016730	A	14	13000	13013	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
33	NC_016730	ACTA	3	13432	13443	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
34	NC_016730	AAAT	3	15297	15307	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
35	NC_016730	TATTTT	3	15379	15396	18	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
36	NC_016730	TAA	4	15446	15457	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
37	NC_016730	TTG	4	15502	15512	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	37424994
38	NC_016730	A	14	16668	16681	14	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	37424994
39	NC_016730	T	14	17489	17502	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	37424994
40	NC_016730	AATTGA	3	17888	17905	18	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	5 %	37424994
41	NC_016730	TTA	4	19909	19920	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	37424994
42	NC_016730	TCT	4	21156	21167	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	37424994
43	NC_016730	A	17	21693	21709	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	37424994
44	NC_016730	CTAT	3	22470	22481	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	37424994
45	NC_016730	GTT	4	22542	22553	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	37424994
46	NC_016730	CCTA	3	23463	23473	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	37424994
47	NC_016730	TCA	4	24890	24900	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	37424994
48	NC_016730	CAAGA	3	25185	25198	14	60 %	0 %	20 %	20 %	7 %	37424994
49	NC_016730	AAT	4	26494	26505	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
50	NC_016730	AT	7	26736	26748	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
51	NC_016730	T	15	26936	26950	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
52	NC_016730	T	13	27576	27588	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_016730	GTA	4	27780	27790	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
54	NC_016730	ATT	4	29305	29315	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
55	NC_016730	TA	6	29752	29762	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
56	NC_016730	AT	6	29767	29778	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
57	NC_016730	TAAA	3	29779	29790	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
58	NC_016730	TAAA	3	29980	29990	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
59	NC_016730	ATTTT	3	30029	30043	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
60	NC_016730	CTTT	3	30184	30195	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
61	NC_016730	GAAA	3	32455	32466	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	37424994
62	NC_016730	GGGA	3	32575	32586	12	25 %	0 %	75 %	0 %	8 %	37424994
63	NC_016730	TTGC	3	32856	32866	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	37424994
64	NC_016730	TAAT	3	33418	33429	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	37424994
65	NC_016730	T	14	33534	33547	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
66	NC_016730	AG	6	33670	33680	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
67	NC_016730	CCAT	3	33872	33883	12	25 %	25 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
68	NC_016730	ATT	4	34298	34309	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
69	NC_016730	AAAT	3	34362	34373	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
70	NC_016730	TTGAA	3	34404	34417	14	40 %	40 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
71	NC_016730	GAA	4	34878	34888	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
72	NC_016730	ATTG	3	36673	36683	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	37424994
73	NC_016730	ATG	4	36826	36836	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	37424994
74	NC_016730	GCA	4	38724	38735	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	37424995
75	NC_016730	TTTA	3	40058	40069	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
76	NC_016730	AAAT	3	40807	40818	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
77	NC_016730	TAA	4	41341	41352	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	37424995
78	NC_016730	AAT	5	42270	42284	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	37424995
79	NC_016730	A	13	42325	42337	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	37424995
80	NC_016730	AGAAA	3	42890	42905	16	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	37424995
81	NC_016730	TAT	4	43198	43208	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
82	NC_016730	ATA	5	43785	43798	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
83	NC_016730	TTTA	4	44715	44730	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
84	NC_016730	TTA	4	44724	44736	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
85	NC_016730	TA	6	44846	44856	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
86	NC_016730	CCTTT	3	44959	44974	16	0 %	60 %	0 %	40 %	6 %	Non-Coding
87	NC_016730	A	13	45068	45080	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
88	NC_016730	ATTT	3	45287	45297	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
89	NC_016730	ATA	4	45553	45563	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
90	NC_016730	AGAA	3	46044	46055	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
91	NC_016730	TA	6	46263	46273	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
92	NC_016730	TA	7	46603	46616	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
93	NC_016730	AT	6	46642	46652	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
94	NC_016730	AACA	3	47484	47495	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
95	NC_016730	CAA	4	49296	49306	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
96	NC_016730	ATT	4	49488	49499	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
97	NC_016730	TTTTAT	3	50147	50164	18	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
98	NC_016730	TA	7	50283	50295	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
99	NC_016730	AAAC	3	50338	50350	13	75 %	0 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
100	NC_016730	T	16	51270	51285	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
101	NC_016730	A	15	51322	51336	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
102	NC_016730	CAATT	3	53476	53489	14	40 %	40 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
103	NC_016730	GCT	4	55478	55490	13	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	7 %	37424995
104	NC_016730	TAAT	5	57894	57914	21	50 %	50 %	0 %	0 %	4 %	Non-Coding
105	NC_016730	A	19	59195	59213	19	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
106	NC_016730	A	13	59702	59714	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
107	NC_016730	GAAA	3	59831	59842	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	37424996
108	NC_016730	TCTATA	3	59857	59875	19	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	10 %	37424996
109	NC_016730	ACTG	3	60505	60516	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	37424996
110	NC_016730	AAAG	3	60518	60528	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
111	NC_016730	TTCC	3	62135	62147	13	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	Non-Coding
112	NC_016730	A	15	62524	62538	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
113	NC_016730	A	12	64016	64027	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
114	NC_016730	TA	8	64103	64118	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
115	NC_016730	TTA	4	64580	64591	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_016730	AAATG	3	64959	64973	15	60 %	20 %	20 %	0 %	6 %	37424996
117	NC_016730	TACA	3	66509	66520	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	37424997
118	NC_016730	TAAA	3	66534	66545	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	37424997
119	NC_016730	TAT	4	66649	66661	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
120	NC_016730	TAAA	3	66675	66686	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
121	NC_016730	AAATAA	3	67087	67105	19	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	10 %	37424997
122	NC_016730	TTTA	3	67303	67314	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_016730	TGAA	3	67765	67776	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
124	NC_016730	T	12	68416	68427	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_016730	AG	6	68428	68439	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
126	NC_016730	ATATT	3	69099	69113	15	40 %	60 %	0 %	0 %	6 %	37424997
127	NC_016730	A	14	69346	69359	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	37424997
128	NC_016730	AATA	3	69441	69452	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	37424997
129	NC_016730	CCAG	3	69769	69779	11	25 %	0 %	25 %	50 %	9 %	37424997
130	NC_016730	AAAT	3	70068	70079	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	37424997
131	NC_016730	TCT	4	72651	72661	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	37424997
132	NC_016730	A	13	73354	73366	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	37424997
133	NC_016730	TTTC	3	73678	73689	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	37424997
134	NC_016730	TAA	4	73950	73960	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	37424997
135	NC_016730	TATT	3	75226	75237	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	37424997
136	NC_016730	TCTT	3	75537	75547	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	37424997
137	NC_016730	TA	7	75556	75568	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	37424997
138	NC_016730	ACTA	3	75569	75579	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	37424997
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232	NC_016730	AGAA	4	139562	139576	15	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
233	NC_016730	TATTT	4	143006	143026	21	20 %	80 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
234	NC_016730	TGAT	3	145851	145863	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	37425000
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236	NC_016730	AT	6	146409	146419	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	37425000
237	NC_016730	CGAT	3	147947	147959	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	37425000
238	NC_016730	ATC	4	150284	150294	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Silene latifolia chloroplast