ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

Tri-nucleotide Imperfect Repeats of Silene noctiflora chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_016728	AAT	8	4561	4585	25	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	4 %	Non-Coding
2	NC_016728	TTA	4	6539	6550	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
3	NC_016728	TTG	4	6687	6699	13	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
4	NC_016728	ATT	5	8205	8218	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
5	NC_016728	TCT	4	8849	8859	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
6	NC_016728	ATT	4	12394	12406	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
7	NC_016728	TTC	4	12553	12564	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
8	NC_016728	TTG	4	15494	15504	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	37424977
9	NC_016728	TTA	4	19844	19855	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	37424977
10	NC_016728	TCT	4	21082	21093	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	37424977
11	NC_016728	GTT	4	21731	21742	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	37424977
12	NC_016728	TCA	4	24079	24089	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	37424977
13	NC_016728	AAT	4	25678	25689	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
14	NC_016728	ATA	4	27043	27055	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
15	NC_016728	TAT	5	28506	28519	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
16	NC_016728	TCT	4	28670	28681	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
17	NC_016728	AGC	4	29210	29222	13	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	7 %	37424978
18	NC_016728	TAA	4	35317	35328	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
19	NC_016728	TTG	4	35352	35362	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
20	NC_016728	TAA	4	37930	37941	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
21	NC_016728	CTT	4	39498	39509	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
22	NC_016728	TAA	4	39867	39879	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
23	NC_016728	ATT	4	40856	40866	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
24	NC_016728	ATC	4	49597	49609	13	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
25	NC_016728	AAT	4	50298	50309	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
26	NC_016728	CTG	4	51249	51260	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	37424979
27	NC_016728	CAA	4	53339	53350	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	37424979
28	NC_016728	TTA	4	55770	55781	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
29	NC_016728	TAT	5	56083	56097	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
30	NC_016728	AAT	4	56554	56566	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
31	NC_016728	ATT	4	59366	59376	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	37424980
32	NC_016728	ATT	4	59407	59418	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	0 %	37424980
33	NC_016728	TCT	4	60259	60270	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	37424980
34	NC_016728	TAT	4	60597	60608	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	37424980
35	NC_016728	ATA	5	60666	60681	16	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	37424980
36	NC_016728	TAA	4	61841	61852	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	37424980
37	NC_016728	ATT	4	62785	62797	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	37424980
38	NC_016728	AAT	4	63519	63531	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	37424980
39	NC_016728	ATT	4	63637	63647	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	37424980
40	NC_016728	TAA	4	65650	65661	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	37424980
41	NC_016728	TCT	4	69364	69374	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	37424980
42	NC_016728	TAA	4	70658	70668	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	37424980
43	NC_016728	TAT	5	77211	77225	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	37424980
44	NC_016728	GAG	4	80983	80994	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	37424980
45	NC_016728	CTT	5	83927	83941	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	37424980
46	NC_016728	CAT	4	84039	84051	13	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	7 %	37424980
47	NC_016728	AAG	4	95642	95654	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
48	NC_016728	AAT	4	100781	100792	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
49	NC_016728	ATA	6	102013	102029	17	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
50	NC_016728	AAT	5	102070	102083	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
51	NC_016728	ATT	4	102795	102806	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	37424983
52	NC_016728	AGA	4	104248	104259	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	37424983
53	NC_016728	GAC	4	104933	104944	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	37424983
54	NC_016728	TTG	4	111522	111533	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	37424983
55	NC_016728	TAA	4	112161	112172	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
56	NC_016728	TAT	4	112253	112263	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
57	NC_016728	ATA	5	116803	116816	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
58	NC_016728	TAA	4	117573	117585	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	37424983
59	NC_016728	TCG	4	126172	126183	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	37424984
60	NC_016728	TTC	4	126855	126866	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	37424984
61	NC_016728	TAA	4	126991	127002	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	37424984
62	NC_016728	TAT	4	129033	129044	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_016728	TAT	5	129091	129104	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
64	NC_016728	ATT	4	130323	130334	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
65	NC_016728	ATG	4	147064	147076	13	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	7 %	37424984
66	NC_016728	AAG	5	147174	147188	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	37424984

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

Tri-nucleotide Imperfect Repeats of Silene noctiflora chloroplast