ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Silene noctiflora chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_016728	TACC	3	613	623	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	37424976
2	NC_016728	AGCAC	3	2107	2120	14	40 %	0 %	20 %	40 %	7 %	37424976
3	NC_016728	AAAT	3	2778	2788	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	37424976
4	NC_016728	ATAA	3	2911	2922	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	37424976
5	NC_016728	T	17	3541	3557	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
6	NC_016728	TTTG	3	3609	3620	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
7	NC_016728	AAT	8	4561	4585	25	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	4 %	Non-Coding
8	NC_016728	AAAT	3	5229	5240	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	37424976
9	NC_016728	TTTGT	3	5286	5301	16	0 %	80 %	20 %	0 %	6 %	37424976
10	NC_016728	CT	6	5669	5679	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	37424976
11	NC_016728	T	14	6024	6037	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
12	NC_016728	AT	13	6161	6185	25	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
13	NC_016728	TA	10	6282	6300	19	50 %	50 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
14	NC_016728	TTA	4	6539	6550	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
15	NC_016728	TTG	4	6687	6699	13	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
16	NC_016728	ATCTT	3	7156	7170	15	20 %	60 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
17	NC_016728	AGAT	3	7449	7459	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
18	NC_016728	TA	7	7494	7506	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
19	NC_016728	A	12	7993	8004	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
20	NC_016728	TA	6	8194	8204	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
21	NC_016728	ATT	5	8205	8218	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
22	NC_016728	T	12	8293	8304	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_016728	AAAC	3	8777	8787	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
24	NC_016728	TCT	4	8849	8859	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
25	NC_016728	AT	8	9392	9406	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
26	NC_016728	TA	6	9417	9428	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
27	NC_016728	TGAA	3	11567	11579	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	37424977
28	NC_016728	ATT	4	12394	12406	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
29	NC_016728	AAGGA	3	12515	12529	15	60 %	0 %	40 %	0 %	6 %	Non-Coding
30	NC_016728	TTC	4	12553	12564	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
31	NC_016728	CAGC	3	12914	12926	13	25 %	0 %	25 %	50 %	7 %	37424977
32	NC_016728	TA	6	13253	13263	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
33	NC_016728	ACTA	3	13425	13436	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
34	NC_016728	AAAT	3	15292	15302	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
35	NC_016728	TTG	4	15494	15504	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	37424977
36	NC_016728	AATTGA	3	17823	17840	18	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	5 %	37424977
37	NC_016728	TTA	4	19844	19855	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	37424977
38	NC_016728	TCT	4	21082	21093	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	37424977
39	NC_016728	CTAT	3	21659	21670	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	37424977
40	NC_016728	GTT	4	21731	21742	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	37424977
41	NC_016728	CCTA	3	22652	22662	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	37424977
42	NC_016728	TCA	4	24079	24089	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	37424977
43	NC_016728	CAAGA	3	24374	24387	14	60 %	0 %	20 %	20 %	7 %	37424977
44	NC_016728	AAT	4	25678	25689	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
45	NC_016728	TGTAGT	3	26976	26993	18	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	5 %	Non-Coding
46	NC_016728	ATA	4	27043	27055	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
47	NC_016728	TTTC	3	27091	27102	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
48	NC_016728	T	13	28441	28453	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
49	NC_016728	TAT	5	28506	28519	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
50	NC_016728	TCT	4	28670	28681	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
51	NC_016728	TATTCT	4	28737	28760	24	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	8 %	Non-Coding
52	NC_016728	AGC	4	29210	29222	13	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	7 %	37424978
53	NC_016728	GTCC	3	30364	30375	12	0 %	25 %	25 %	50 %	8 %	37424978
54	NC_016728	ATTGA	3	31269	31282	14	40 %	40 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
55	NC_016728	A	16	33378	33393	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
56	NC_016728	AT	8	34411	34425	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
57	NC_016728	TAA	4	35317	35328	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
58	NC_016728	TTG	4	35352	35362	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
59	NC_016728	A	13	36604	36616	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
60	NC_016728	AT	7	37453	37465	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
61	NC_016728	TAA	4	37930	37941	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
62	NC_016728	AT	6	38022	38032	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
63	NC_016728	TTTC	3	38499	38510	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
64	NC_016728	TTTTC	3	38776	38790	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
65	NC_016728	AAAT	3	39268	39278	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
66	NC_016728	CTT	4	39498	39509	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
67	NC_016728	T	14	39508	39521	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
68	NC_016728	TAA	4	39867	39879	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
69	NC_016728	ATT	4	40856	40866	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
70	NC_016728	ATTG	3	41072	41083	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
71	NC_016728	GATTTA	3	41268	41285	18	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
72	NC_016728	ATTT	3	43789	43799	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
73	NC_016728	ATTT	3	43905	43916	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
74	NC_016728	AAAT	3	43930	43942	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
75	NC_016728	TAAA	3	44529	44540	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
76	NC_016728	ATC	4	49597	49609	13	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
77	NC_016728	TTAT	3	49644	49656	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
78	NC_016728	T	12	50181	50192	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_016728	AAT	4	50298	50309	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
80	NC_016728	ATGG	3	50725	50736	12	25 %	25 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_016728	CT	6	50928	50938	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
82	NC_016728	TGTA	3	51101	51111	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
83	NC_016728	CTG	4	51249	51260	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	37424979
84	NC_016728	AAGC	3	51743	51753	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	37424979
85	NC_016728	TCCC	3	52025	52036	12	0 %	25 %	0 %	75 %	8 %	37424979
86	NC_016728	CAA	4	53339	53350	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	37424979
87	NC_016728	AAATT	3	54042	54057	16	60 %	40 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
88	NC_016728	GGAT	3	54149	54160	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
89	NC_016728	T	12	54841	54852	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_016728	AAATG	3	54854	54868	15	60 %	20 %	20 %	0 %	6 %	37424979
91	NC_016728	TTA	4	55770	55781	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
92	NC_016728	TAT	5	56083	56097	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
93	NC_016728	TACA	3	56397	56408	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	37424979
94	NC_016728	TAAA	3	56422	56433	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	37424979
95	NC_016728	T	13	56522	56534	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
96	NC_016728	TA	6	56543	56553	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
97	NC_016728	AAT	4	56554	56566	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
98	NC_016728	TAAA	3	56572	56584	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
99	NC_016728	AAATAA	3	56990	57008	19	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	10 %	37424980
100	NC_016728	TTTA	3	57024	57035	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_016728	TGAA	3	57486	57497	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
102	NC_016728	TA	6	58396	58406	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	37424980
103	NC_016728	TCTGGT	4	59124	59147	24	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	4 %	37424980
104	NC_016728	ATT	4	59366	59376	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	37424980
105	NC_016728	ATT	4	59407	59418	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	0 %	37424980
106	NC_016728	TCT	4	60259	60270	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	37424980
107	NC_016728	TAT	4	60597	60608	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	37424980
108	NC_016728	ATA	5	60666	60681	16	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	37424980
109	NC_016728	TTTA	3	60733	60744	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	37424980
110	NC_016728	TAA	4	61841	61852	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	37424980
111	NC_016728	ATT	4	62785	62797	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	37424980
112	NC_016728	TAAA	3	62844	62854	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	37424980
113	NC_016728	T	12	63284	63295	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	37424980
114	NC_016728	AAT	4	63519	63531	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	37424980
115	NC_016728	ATT	4	63637	63647	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	37424980
116	NC_016728	AT	6	63840	63850	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	37424980
117	NC_016728	AT	6	64979	64989	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	37424980
118	NC_016728	A	14	65290	65303	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	37424980
119	NC_016728	TCTT	3	65351	65361	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	37424980
120	NC_016728	TCAG	3	65363	65374	12	25 %	25 %	25 %	25 %	0 %	37424980
121	NC_016728	TAA	4	65650	65661	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	37424980
122	NC_016728	TATAGA	3	66005	66023	19	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	10 %	37424980
123	NC_016728	TTTC	3	66038	66049	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	37424980
124	NC_016728	ATTT	3	66450	66460	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	37424980
125	NC_016728	TA	6	67547	67559	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	37424980
126	NC_016728	TCT	4	69364	69374	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	37424980
127	NC_016728	TTTC	3	70386	70397	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	37424980
128	NC_016728	ATTT	3	70613	70623	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	37424980
129	NC_016728	TAA	4	70658	70668	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	37424980
130	NC_016728	TATT	3	71948	71959	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	37424980
131	NC_016728	TA	7	72270	72282	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	37424980
132	NC_016728	ACTA	3	72283	72293	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	37424980
133	NC_016728	TA	6	72735	72745	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	37424980
134	NC_016728	TCTT	3	73343	73354	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	37424980
135	NC_016728	TTTTAT	3	73392	73410	19	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	10 %	37424980
136	NC_016728	T	12	73614	73625	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	37424980
137	NC_016728	AATC	3	73725	73736	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	37424980
138	NC_016728	TAT	5	77211	77225	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	37424980
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141	NC_016728	TTCT	3	81583	81593	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	37424980
142	NC_016728	GAAA	3	81707	81719	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	37424980
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153	NC_016728	ATTAGT	3	91802	91818	17	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
154	NC_016728	ATCC	3	95140	95151	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
155	NC_016728	TCTA	3	95503	95514	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
156	NC_016728	AAG	4	95642	95654	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
157	NC_016728	GAGG	3	98412	98423	12	25 %	0 %	75 %	0 %	8 %	Non-Coding
158	NC_016728	AGGT	3	98623	98634	12	25 %	25 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
159	NC_016728	CCGA	3	98862	98872	11	25 %	0 %	25 %	50 %	9 %	Non-Coding
160	NC_016728	TAAG	3	99741	99751	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
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168	NC_016728	A	13	102136	102148	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
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170	NC_016728	A	17	102420	102436	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
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195	NC_016728	TTTA	3	112630	112642	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
196	NC_016728	AAGA	3	112878	112888	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
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231	NC_016728	AT	6	129023	129035	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
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234	NC_016728	ATTC	3	129460	129470	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
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236	NC_016728	A	13	129915	129927	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
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242	NC_016728	TCGG	3	132243	132253	11	0 %	25 %	50 %	25 %	9 %	Non-Coding
243	NC_016728	CTAC	3	132479	132490	12	25 %	25 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
244	NC_016728	CCTT	3	135460	135470	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
245	NC_016728	GGAT	3	135964	135975	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
246	NC_016728	AGAA	3	136466	136478	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
247	NC_016728	ACTAAT	3	139297	139313	17	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
248	NC_016728	GAGC	3	139850	139860	11	25 %	0 %	50 %	25 %	9 %	Non-Coding
249	NC_016728	AGAA	4	141321	141335	15	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
250	NC_016728	CATCCT	3	146186	146203	18	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	0 %	37424984
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252	NC_016728	T	15	146880	146894	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	37424984
253	NC_016728	ATG	4	147064	147076	13	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	7 %	37424984
254	NC_016728	AAG	5	147174	147188	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	37424984
255	NC_016728	CGAT	3	148915	148927	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	37424984
256	NC_016728	TCTT	3	151261	151272	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Silene noctiflora chloroplast