ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

Tri-nucleotide Imperfect Repeats of Silene vulgaris chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_016727	TTG	4	6652	6664	13	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
2	NC_016727	ATA	8	7377	7401	25	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
3	NC_016727	ATT	5	7924	7940	17	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
4	NC_016727	TCT	4	8758	8768	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
5	NC_016727	AAT	4	9150	9160	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
6	NC_016727	TTC	4	12509	12520	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
7	NC_016727	TTG	4	15442	15452	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	37424969
8	NC_016727	TTA	4	19865	19876	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	37424969
9	NC_016727	TCT	4	21112	21123	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	37424969
10	NC_016727	GTT	4	22480	22491	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	37424969
11	NC_016727	TCA	4	24822	24832	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	37424969
12	NC_016727	AAT	4	26431	26442	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
13	NC_016727	ATA	4	27769	27781	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
14	NC_016727	ATA	4	27788	27800	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
15	NC_016727	ATT	5	29239	29252	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
16	NC_016727	ATA	4	29937	29947	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
17	NC_016727	ATT	4	34158	34169	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
18	NC_016727	GAA	4	34733	34743	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
19	NC_016727	ATG	4	34838	34850	13	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
20	NC_016727	ATG	4	36698	36708	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	37424970
21	NC_016727	GCA	4	38596	38607	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	37424970
22	NC_016727	ATT	4	42908	42920	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
23	NC_016727	ATA	5	43521	43534	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
24	NC_016727	ATT	4	44784	44795	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_016727	ATT	4	44799	44810	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_016727	ATA	5	45221	45235	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
27	NC_016727	TAT	5	46399	46414	16	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
28	NC_016727	ATT	4	49148	49159	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
29	NC_016727	TAT	5	50932	50945	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
30	NC_016727	ATC	4	55699	55710	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
31	NC_016727	TAT	4	61864	61876	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
32	NC_016727	AAT	4	63660	63670	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
33	NC_016727	CTT	4	64952	64964	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
34	NC_016727	TTA	6	66170	66188	19	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
35	NC_016727	CTG	4	68376	68387	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	37424972
36	NC_016727	TAT	8	68633	68656	24	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	37424972
37	NC_016727	TCT	4	72211	72221	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	37424972
38	NC_016727	ATT	4	75125	75137	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	37424972
39	NC_016727	TAT	4	80926	80937	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	37424972
40	NC_016727	AAT	4	82492	82502	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	37424972
41	NC_016727	GAT	4	83701	83711	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	37424972
42	NC_016727	GAG	4	84633	84644	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	37424972
43	NC_016727	CTT	5	87775	87789	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	37424972
44	NC_016727	AAG	4	100273	100285	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
45	NC_016727	AAT	4	105017	105028	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
46	NC_016727	GCC	4	105471	105482	12	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
47	NC_016727	GAA	5	106431	106445	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	Non-Coding
48	NC_016727	AGA	4	108068	108079	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
49	NC_016727	TTG	4	110360	110371	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	37424974
50	NC_016727	TAA	4	111014	111026	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
51	NC_016727	TAT	6	111100	111116	17	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
52	NC_016727	ATC	4	111718	111729	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
53	NC_016727	ATA	5	115847	115860	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
54	NC_016727	TAA	4	116636	116648	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	37424975
55	NC_016727	TAT	4	124450	124462	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	37424976
56	NC_016727	TTC	4	125762	125773	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	37424976
57	NC_016727	TTC	6	127393	127411	19	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	10 %	37424976
58	NC_016727	GGC	4	128360	128371	12	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
59	NC_016727	TAA	4	128406	128417	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
60	NC_016727	ATT	4	128814	128825	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
61	NC_016727	TAT	4	133366	133377	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
62	NC_016727	AAG	5	146053	146067	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	37424976
63	NC_016727	ATC	4	150131	150141	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

Tri-nucleotide Imperfect Repeats of Silene vulgaris chloroplast