ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Silene vulgaris chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_016727	TTTA	3	164	175	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
2	NC_016727	TAAA	3	203	214	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
3	NC_016727	A	12	329	340	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_016727	TACC	3	585	595	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	37424968
5	NC_016727	AAGT	3	1069	1079	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	37424968
6	NC_016727	AAATGA	3	1599	1616	18	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
7	NC_016727	AGCAC	3	2104	2117	14	40 %	0 %	20 %	40 %	7 %	37424968
8	NC_016727	AAAT	3	2775	2785	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	37424968
9	NC_016727	ATAA	3	2908	2919	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	37424968
10	NC_016727	TTCT	3	5970	5980	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
11	NC_016727	ATTT	3	6119	6130	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
12	NC_016727	AT	8	6136	6151	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
13	NC_016727	TATAT	3	6238	6252	15	40 %	60 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_016727	TA	10	6258	6276	19	50 %	50 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
15	NC_016727	TTG	4	6652	6664	13	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
16	NC_016727	TAAG	3	6845	6856	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
17	NC_016727	ATCTT	3	7116	7130	15	20 %	60 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
18	NC_016727	AGAT	3	7363	7373	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
19	NC_016727	ATA	8	7377	7401	25	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
20	NC_016727	TA	6	7420	7430	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
21	NC_016727	A	13	7717	7729	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
22	NC_016727	ATT	5	7924	7940	17	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
23	NC_016727	TA	6	7941	7951	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
24	NC_016727	TA	6	8114	8124	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
25	NC_016727	TA	6	8127	8137	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
26	NC_016727	AAAC	3	8686	8696	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
27	NC_016727	TCT	4	8758	8768	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
28	NC_016727	AAT	4	9150	9160	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
29	NC_016727	TA	6	9333	9343	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
30	NC_016727	TA	6	9346	9356	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
31	NC_016727	TGAA	3	11526	11538	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	37424969
32	NC_016727	A	15	11727	11741	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	37424969
33	NC_016727	GAAG	3	12476	12487	12	50 %	0 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_016727	TTC	4	12509	12520	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
35	NC_016727	ACTA	3	13371	13382	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
36	NC_016727	AAAT	3	15236	15246	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
37	NC_016727	ATTA	4	15370	15385	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
38	NC_016727	TTG	4	15442	15452	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	37424969
39	NC_016727	TTTTTA	3	15546	15563	18	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	5 %	37424969
40	NC_016727	A	14	16620	16633	14	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	37424969
41	NC_016727	AATTGA	3	17840	17857	18	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	5 %	37424969
42	NC_016727	TTA	4	19865	19876	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	37424969
43	NC_016727	TCT	4	21112	21123	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	37424969
44	NC_016727	T	16	21556	21571	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	37424969
45	NC_016727	A	14	21846	21859	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	37424969
46	NC_016727	CTAT	3	22408	22419	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	37424969
47	NC_016727	GTT	4	22480	22491	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	37424969
48	NC_016727	CCTA	3	23401	23411	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	37424969
49	NC_016727	TCA	4	24822	24832	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	37424969
50	NC_016727	AAT	4	26431	26442	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
51	NC_016727	A	15	26773	26787	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
52	NC_016727	T	12	27514	27525	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
53	NC_016727	ATA	4	27769	27781	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
54	NC_016727	ATA	4	27788	27800	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
55	NC_016727	ATT	5	29239	29252	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
56	NC_016727	TA	6	29711	29721	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
57	NC_016727	ATA	4	29937	29947	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
58	NC_016727	CTTT	3	30146	30157	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
59	NC_016727	TTTAT	3	30485	30499	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
60	NC_016727	AAAT	3	30846	30857	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
61	NC_016727	GAAA	3	32392	32403	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	37424970
62	NC_016727	GGGA	3	32512	32523	12	25 %	0 %	75 %	0 %	8 %	37424970
63	NC_016727	TTGC	3	32793	32803	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	37424970
64	NC_016727	T	14	33464	33477	14	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_016727	AG	6	33593	33603	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
66	NC_016727	ATT	4	34158	34169	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
67	NC_016727	A	17	34216	34232	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
68	NC_016727	A	12	34274	34285	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_016727	TTCT	3	34547	34558	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
70	NC_016727	GAA	4	34733	34743	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
71	NC_016727	ATG	4	34838	34850	13	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
72	NC_016727	ATTG	3	36545	36555	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	37424970
73	NC_016727	ATG	4	36698	36708	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	37424970
74	NC_016727	GCA	4	38596	38607	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	37424970
75	NC_016727	TTTA	3	39930	39941	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
76	NC_016727	AAAT	3	40557	40568	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
77	NC_016727	T	13	41054	41066	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	37424970
78	NC_016727	AGAAA	3	42604	42619	16	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	37424970
79	NC_016727	ATT	4	42908	42920	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
80	NC_016727	TATT	3	42922	42932	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
81	NC_016727	TAATTA	3	43219	43235	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
82	NC_016727	ATA	5	43521	43534	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
83	NC_016727	TA	6	44575	44585	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
84	NC_016727	CCTTT	3	44695	44710	16	0 %	60 %	0 %	40 %	6 %	Non-Coding
85	NC_016727	ATT	4	44784	44795	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_016727	ATT	4	44799	44810	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_016727	ATA	5	45221	45235	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
88	NC_016727	A	25	45424	45448	25	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
89	NC_016727	AGAA	3	45701	45712	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
90	NC_016727	TA	6	45916	45927	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
91	NC_016727	AT	6	46307	46317	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
92	NC_016727	TAT	5	46399	46414	16	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
93	NC_016727	T	12	48487	48498	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_016727	ATT	4	49148	49159	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
95	NC_016727	TA	7	49941	49953	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
96	NC_016727	AAAC	3	49996	50008	13	75 %	0 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
97	NC_016727	TAT	5	50932	50945	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
98	NC_016727	T	12	50975	50986	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_016727	A	12	53029	53040	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_016727	CAATT	3	53136	53149	14	40 %	40 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
101	NC_016727	T	12	55643	55654	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
102	NC_016727	ATC	4	55699	55710	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
103	NC_016727	TA	6	57453	57464	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
104	NC_016727	AT	6	57811	57821	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
105	NC_016727	A	13	57867	57879	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
106	NC_016727	A	22	58791	58812	22	100 %	0 %	0 %	0 %	4 %	Non-Coding
107	NC_016727	GAAAA	3	59432	59445	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	37424971
108	NC_016727	TCTATA	3	59459	59477	19	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	10 %	37424971
109	NC_016727	ACTG	3	60107	60118	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	37424971
110	NC_016727	AAAG	3	60120	60130	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
111	NC_016727	TAT	4	61864	61876	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
112	NC_016727	TA	7	63322	63335	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
113	NC_016727	AAAT	3	63577	63588	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
114	NC_016727	AAT	4	63660	63670	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
115	NC_016727	CTTTA	3	64089	64102	14	20 %	60 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
116	NC_016727	AAATG	3	64516	64530	15	60 %	20 %	20 %	0 %	6 %	37424972
117	NC_016727	CTT	4	64952	64964	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
118	NC_016727	TAAA	3	66089	66100	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	37424972
119	NC_016727	TTA	6	66170	66188	19	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
120	NC_016727	T	13	66196	66208	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
121	NC_016727	TAAA	3	66219	66229	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
122	NC_016727	AAATAA	3	66637	66655	19	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	10 %	37424972
123	NC_016727	A	12	66797	66808	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
124	NC_016727	TGAA	3	67313	67324	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
125	NC_016727	T	13	67845	67857	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
126	NC_016727	ATTT	3	68040	68050	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
127	NC_016727	CTG	4	68376	68387	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	37424972
128	NC_016727	TAT	8	68633	68656	24	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	37424972
129	NC_016727	AAAT	3	68906	68916	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	37424972
130	NC_016727	AATA	3	68999	69010	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	37424972
131	NC_016727	TCT	4	72211	72221	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	37424972
132	NC_016727	TTTC	3	73224	73235	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	37424972
133	NC_016727	TAAA	5	73505	73524	20	75 %	25 %	0 %	0 %	5 %	37424972
134	NC_016727	TCGG	3	74241	74251	11	0 %	25 %	50 %	25 %	9 %	37424972
135	NC_016727	TA	7	75099	75111	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	37424972
136	NC_016727	ATT	4	75125	75137	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	37424972
137	NC_016727	TTAA	3	75140	75150	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	37424972
138	NC_016727	TTAT	3	75151	75161	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	37424972
139	NC_016727	TA	6	75579	75589	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	37424972
140	NC_016727	TA	6	75594	75604	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	37424972
141	NC_016727	TCTT	3	76202	76213	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	37424972
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170	NC_016727	TAAG	3	104355	104365	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
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223	NC_016727	CTAC	3	130594	130605	12	25 %	25 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
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230	NC_016727	AGAA	4	139397	139411	15	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
231	NC_016727	TATTT	4	142830	142850	21	20 %	80 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
232	NC_016727	TGAT	3	145689	145701	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	37424976
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234	NC_016727	AT	6	146247	146257	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	37424976
235	NC_016727	CGAT	3	147785	147797	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	37424976
236	NC_016727	ATC	4	150131	150141	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Silene vulgaris chloroplast