ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Rhynchoryza subulata plastid

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_016718	CAG	4	675	686	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	37424960
2	NC_016718	AAGT	3	781	791	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	37424960
3	NC_016718	TCTTT	3	2563	2577	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	37424960
4	NC_016718	A	17	3522	3538	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
5	NC_016718	CATT	3	3686	3697	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
6	NC_016718	AGC	4	4092	4102	11	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
7	NC_016718	TCTCT	3	4645	4658	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	37424960
8	NC_016718	TTTAA	3	5922	5935	14	40 %	60 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
9	NC_016718	TAA	4	6339	6349	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
10	NC_016718	TGTT	3	6748	6759	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
11	NC_016718	TTCT	3	8068	8078	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
12	NC_016718	GAA	4	8477	8488	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
13	NC_016718	GAA	4	8500	8511	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
14	NC_016718	GAAA	3	10405	10416	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	37424960
15	NC_016718	TA	6	10504	10514	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	37424960
16	NC_016718	TTG	4	10810	10820	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	37424960
17	NC_016718	ACAAA	3	11482	11495	14	80 %	0 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
18	NC_016718	AGGG	3	11525	11535	11	25 %	0 %	75 %	0 %	9 %	Non-Coding
19	NC_016718	AG	6	11544	11554	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
20	NC_016718	AATCT	3	13311	13324	14	40 %	40 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
21	NC_016718	AT	11	15201	15222	22	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
22	NC_016718	GTAT	3	16374	16384	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
23	NC_016718	GGCA	3	16602	16612	11	25 %	0 %	50 %	25 %	9 %	Non-Coding
24	NC_016718	TA	6	17150	17161	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
25	NC_016718	TAT	4	17674	17684	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
26	NC_016718	TTTC	3	17736	17746	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
27	NC_016718	AAAAT	3	17775	17788	14	80 %	20 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
28	NC_016718	AAAG	3	17857	17868	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
29	NC_016718	TAAGAA	3	17938	17956	19	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
30	NC_016718	TACCT	3	18735	18748	14	20 %	40 %	0 %	40 %	7 %	Non-Coding
31	NC_016718	ATGA	3	18803	18814	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
32	NC_016718	A	15	19840	19854	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
33	NC_016718	CTA	4	19959	19970	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
34	NC_016718	ATT	4	20061	20071	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
35	NC_016718	TTTC	3	21026	21038	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	37424961
36	NC_016718	AGA	4	21052	21063	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	37424961
37	NC_016718	AAC	4	23705	23716	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	37424961
38	NC_016718	AT	6	26688	26698	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	37424961
39	NC_016718	GAA	7	28892	28912	21	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	37424961
40	NC_016718	GCGA	3	30088	30100	13	25 %	0 %	50 %	25 %	7 %	37424961
41	NC_016718	TTAA	3	30611	30622	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
42	NC_016718	A	17	30759	30775	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
43	NC_016718	AGA	4	31165	31175	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	37424961
44	NC_016718	AT	6	31624	31634	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
45	NC_016718	GTT	5	32363	32377	15	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	6 %	37424961
46	NC_016718	GAAA	4	32937	32952	16	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
47	NC_016718	TGC	4	33208	33219	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	37424961
48	NC_016718	CTTT	3	33475	33485	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
49	NC_016718	TTTG	3	33856	33866	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
50	NC_016718	AAAG	3	34764	34775	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	37424961
51	NC_016718	TTTC	3	37126	37136	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
52	NC_016718	TCC	4	37881	37892	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	Non-Coding
53	NC_016718	ATG	4	39318	39328	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	37424961
54	NC_016718	AAGA	3	40412	40423	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	37424962
55	NC_016718	TG	6	41253	41263	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	37424962
56	NC_016718	CTAG	3	41355	41367	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	37424962
57	NC_016718	ATCA	3	43403	43413	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	37424962
58	NC_016718	AAGA	3	43555	43565	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	37424962
59	NC_016718	A	12	44894	44905	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	37424962
60	NC_016718	TC	7	45258	45270	13	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	Non-Coding
61	NC_016718	AACA	3	45844	45854	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
62	NC_016718	GGGGAA	3	45904	45922	19	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
63	NC_016718	TA	8	46736	46750	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
64	NC_016718	ATCTTA	3	47007	47025	19	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	10 %	Non-Coding
65	NC_016718	TTGA	3	47533	47545	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
66	NC_016718	TAT	4	48325	48335	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
67	NC_016718	CTT	4	48671	48682	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
68	NC_016718	CAGA	3	49214	49224	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	37424962
69	NC_016718	T	16	50326	50341	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	37424962
70	NC_016718	TA	6	52236	52246	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
71	NC_016718	TAGG	4	52473	52488	16	25 %	25 %	50 %	0 %	6 %	Non-Coding
72	NC_016718	TTTC	3	54540	54550	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
73	NC_016718	AATT	3	54615	54626	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
74	NC_016718	AATA	4	56897	56913	17	75 %	25 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
75	NC_016718	AAAG	3	57584	57594	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
76	NC_016718	GAA	4	59554	59566	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
77	NC_016718	GAA	4	59570	59580	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
78	NC_016718	A	12	59825	59836	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
79	NC_016718	ATTC	3	60771	60781	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
80	NC_016718	TTC	4	61756	61767	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	37424963
81	NC_016718	TTA	4	64660	64671	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
82	NC_016718	TTGAA	3	64984	64998	15	40 %	40 %	20 %	0 %	6 %	37424963
83	NC_016718	TTCTT	3	65074	65087	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
84	NC_016718	TA	6	65751	65762	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
85	NC_016718	TATT	3	66522	66532	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
86	NC_016718	TCT	4	66576	66587	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
87	NC_016718	GAAA	3	66846	66857	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	37424964
88	NC_016718	AAAT	3	68375	68385	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
89	NC_016718	CTTT	3	68659	68669	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
90	NC_016718	AGAA	3	69858	69869	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	37424964
91	NC_016718	GTTT	3	69876	69886	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	37424964
92	NC_016718	AAAG	3	69998	70008	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	37424964
93	NC_016718	TTTA	3	73204	73215	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	37424964
94	NC_016718	GAAA	3	73313	73324	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	37424964
95	NC_016718	AT	6	74230	74240	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	37424964
96	NC_016718	TTTA	3	74755	74765	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	37424964
97	NC_016718	TTTC	3	75771	75781	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	37424964
98	NC_016718	AGA	4	75802	75813	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	37424964
99	NC_016718	TAT	4	76858	76868	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	37424964
100	NC_016718	AAAAG	3	77375	77389	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	37424964
101	NC_016718	AGAA	3	77713	77723	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	37424964
102	NC_016718	T	12	78017	78028	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	37424964
103	NC_016718	TTTC	3	78601	78611	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	37424964
104	NC_016718	TTTAT	3	79852	79866	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	37424964
105	NC_016718	TATT	3	81323	81334	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	37424964
106	NC_016718	TCT	4	81954	81967	14	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	37424964
107	NC_016718	AGAAT	3	82427	82440	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	37424964
108	NC_016718	AATG	3	82441	82451	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	37424964
109	NC_016718	TTC	4	83055	83065	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	37424964
110	NC_016718	TTA	4	85998	86008	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	37424964
111	NC_016718	ATA	4	88807	88817	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	37424964
112	NC_016718	TTTGTT	3	89726	89744	19	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	10 %	37424964
113	NC_016718	TTCT	3	89865	89875	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	37424964
114	NC_016718	TAC	4	90623	90634	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	37424964
115	NC_016718	AAAC	3	94753	94765	13	75 %	0 %	0 %	25 %	7 %	37424968
116	NC_016718	ATCC	3	94886	94897	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	37424968
117	NC_016718	CTAT	3	95274	95285	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	37424968
118	NC_016718	ACGG	3	98144	98155	12	25 %	0 %	50 %	25 %	8 %	37424968
119	NC_016718	AGGT	3	98427	98438	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	37424968
120	NC_016718	AACG	3	99752	99763	12	50 %	0 %	25 %	25 %	0 %	37424968
121	NC_016718	AAAG	4	101079	101094	16	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	37424968
122	NC_016718	GAAT	3	102663	102673	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	37424968
123	NC_016718	AAGG	3	102675	102686	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	37424968
124	NC_016718	GGAGA	3	102870	102883	14	40 %	0 %	60 %	0 %	7 %	37424968
125	NC_016718	AAG	4	104315	104326	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	37424968
126	NC_016718	AT	7	105870	105882	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	37424968
127	NC_016718	CAAA	3	106221	106232	12	75 %	0 %	0 %	25 %	0 %	37424968
128	NC_016718	ATA	4	110344	110355	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	37424968
129	NC_016718	TTTA	3	110906	110917	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	37424968
130	NC_016718	TATT	3	110958	110968	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	37424968
131	NC_016718	AGAA	3	113002	113013	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	37424968
132	NC_016718	TAAC	3	113822	113833	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	37424968
133	NC_016718	TC	6	115229	115240	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	37424968
134	NC_016718	ATTC	3	115660	115670	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	37424968
135	NC_016718	TAA	4	115749	115759	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	37424968
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145	NC_016718	GAAAA	3	129017	129032	16	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
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148	NC_016718	CATT	3	135882	135892	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
149	NC_016718	ATTCT	3	135893	135906	14	20 %	60 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Rhynchoryza subulata plastid