ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

Back To Genome Repeat Summary

All Imperfect Repeats of Gossypium herbaceum subsp. africanum chloroplast

Click on Table Heading To Sort Results Accordingly
S.No.Genome IDMotifIterationsStartEndTract LengthA%T%G%C% Imperfection %Protein ID
1NC_016692AAGT3113111411150 %25 %25 %0 %9 %37229146
2NC_016692AT7171617281350 %50 %0 %0 %7 %Non-Coding
3NC_016692AAAT3205520661275 %25 %0 %0 %8 %Non-Coding
4NC_016692CAATA3460846231660 %20 %0 %20 %6 %Non-Coding
5NC_016692ATCT3470647171225 %50 %0 %25 %8 %Non-Coding
6NC_016692ATTTT3485148641420 %80 %0 %0 %7 %Non-Coding
7NC_016692ATT5487348881633.33 %66.67 %0 %0 %6 %Non-Coding
8NC_016692TTTTA3493149451520 %80 %0 %0 %6 %Non-Coding
9NC_016692TGT449464956110 %66.67 %33.33 %0 %9 %Non-Coding
10NC_016692TTCA3497749881225 %50 %0 %25 %8 %Non-Coding
11NC_016692GTT450435053110 %66.67 %33.33 %0 %9 %Non-Coding
12NC_016692GAATAA3510651241966.67 %16.67 %16.67 %0 %10 %Non-Coding
13NC_016692A135660567213100 %0 %0 %0 %7 %37229146
14NC_016692T1259555966120 %100 %0 %0 %8 %37229146
15NC_016692AAAT4649865131675 %25 %0 %0 %6 %Non-Coding
16NC_016692TTTA3658365941225 %75 %0 %0 %8 %Non-Coding
17NC_016692A166642665716100 %0 %0 %0 %6 %Non-Coding
18NC_016692TAA4667166821266.67 %33.33 %0 %0 %8 %Non-Coding
19NC_016692AAT4668967001266.67 %33.33 %0 %0 %8 %Non-Coding
20NC_016692ATAG3838783981250 %25 %25 %0 %8 %Non-Coding
21NC_016692TAT4841084211233.33 %66.67 %0 %0 %8 %Non-Coding
22NC_016692ATTT3865786681225 %75 %0 %0 %8 %Non-Coding
23NC_016692AATC3874587551150 %25 %0 %25 %9 %Non-Coding
24NC_016692ATTT4884888621525 %75 %0 %0 %6 %Non-Coding
25NC_016692CTTAT3978197961620 %60 %0 %20 %6 %Non-Coding
26NC_016692ATTCT3998699991420 %60 %0 %20 %7 %Non-Coding
27NC_016692T141233612349140 %100 %0 %0 %7 %37229154
28NC_016692TTTCT31269812711140 %80 %0 %20 %7 %37229154
29NC_016692TCTA313496135071225 %50 %0 %25 %8 %Non-Coding
30NC_016692AAT413549135601266.67 %33.33 %0 %0 %0 %Non-Coding
31NC_016692AAAT314118141291275 %25 %0 %0 %8 %Non-Coding
32NC_016692C141467414687140 %0 %0 %100 %0 %Non-Coding
33NC_016692T121470314714120 %100 %0 %0 %8 %Non-Coding
34NC_016692TTTA414748147621525 %75 %0 %0 %6 %Non-Coding
35NC_016692CT81707017085160 %50 %0 %50 %6 %Non-Coding
36NC_016692TTA417216172271233.33 %66.67 %0 %0 %8 %Non-Coding
37NC_016692ATG718263182832133.33 %33.33 %33.33 %0 %9 %37229147
38NC_016692T151930319317150 %100 %0 %0 %6 %37229147
39NC_016692TTTA323426234371225 %75 %0 %0 %8 %37229147
40NC_016692TAA423964239741166.67 %33.33 %0 %0 %9 %37229147
41NC_016692GTT42439624407120 %66.67 %33.33 %0 %8 %37229147
42NC_016692T122701727028120 %100 %0 %0 %0 %37229147
43NC_016692GATA327260272701150 %25 %25 %0 %9 %37229147
44NC_016692GAA427847278581266.67 %0 %33.33 %0 %8 %Non-Coding
45NC_016692AT628085280961250 %50 %0 %0 %8 %Non-Coding
46NC_016692TAT428527285371133.33 %66.67 %0 %0 %9 %Non-Coding
47NC_016692CTAA329100291111250 %25 %0 %25 %8 %Non-Coding
48NC_016692T143027930292140 %100 %0 %0 %7 %Non-Coding
49NC_016692GAAA331443314541275 %0 %25 %0 %8 %Non-Coding
50NC_016692ATCA331643316531150 %25 %0 %25 %9 %Non-Coding
51NC_016692TTCA432511325261625 %50 %0 %25 %6 %Non-Coding
52NC_016692TG63263732648120 %50 %50 %0 %8 %Non-Coding
53NC_016692T123264732658120 %100 %0 %0 %8 %Non-Coding
54NC_016692TA832941329561650 %50 %0 %0 %6 %Non-Coding
55NC_016692ATTTTG333315333311716.67 %66.67 %16.67 %0 %5 %Non-Coding
56NC_016692AATA333558335691275 %25 %0 %0 %8 %Non-Coding
57NC_016692TCTT33363133643130 %75 %0 %25 %7 %Non-Coding
58NC_016692GTTT33396933980120 %75 %25 %0 %8 %Non-Coding
59NC_016692GAAA335957359681275 %0 %25 %0 %8 %37229147
60NC_016692TTGC33635836368110 %50 %25 %25 %9 %37229147
61NC_016692TTA437105371161233.33 %66.67 %0 %0 %8 %Non-Coding
62NC_016692AG637178371881150 %0 %50 %0 %9 %Non-Coding
63NC_016692ATCT337377373881225 %50 %0 %25 %8 %Non-Coding
64NC_016692TA637390374011250 %50 %0 %0 %8 %Non-Coding
65NC_016692AAAT337441374521275 %25 %0 %0 %8 %Non-Coding
66NC_016692TGAA437992380061550 %25 %25 %0 %6 %Non-Coding
67NC_016692ATA438123381331166.67 %33.33 %0 %0 %9 %Non-Coding
68NC_016692AAATAA338175381921883.33 %16.67 %0 %0 %5 %Non-Coding
69NC_016692ATA538256382711666.67 %33.33 %0 %0 %6 %Non-Coding
70NC_016692ATA438302383141366.67 %33.33 %0 %0 %7 %Non-Coding
71NC_016692TAA438371383811166.67 %33.33 %0 %0 %9 %Non-Coding
72NC_016692TAAT338389384001250 %50 %0 %0 %8 %Non-Coding
73NC_016692AAAT338419384311375 %25 %0 %0 %7 %Non-Coding
74NC_016692GATC339016390261125 %25 %25 %25 %9 %Non-Coding
75NC_016692AATG342363423741250 %25 %25 %0 %8 %37229148
76NC_016692TG64280542815110 %50 %50 %0 %9 %37229148
77NC_016692ATCT444087441021625 %50 %0 %25 %6 %Non-Coding
78NC_016692AT1344474444982550 %50 %0 %0 %8 %Non-Coding
79NC_016692TAATT344755447681440 %60 %0 %0 %7 %Non-Coding
80NC_016692ATA444870448821366.67 %33.33 %0 %0 %7 %Non-Coding
81NC_016692TAG446556465661133.33 %33.33 %33.33 %0 %9 %37229148
82NC_016692AT646834468461350 %50 %0 %0 %7 %37229148
83NC_016692GTAA346870468801150 %25 %25 %0 %9 %37229148
84NC_016692TTTG34838448395120 %75 %25 %0 %8 %Non-Coding
85NC_016692AT948430484461750 %50 %0 %0 %5 %Non-Coding
86NC_016692AAT448450484611266.67 %33.33 %0 %0 %8 %Non-Coding
87NC_016692AT648509485191150 %50 %0 %0 %9 %Non-Coding
88NC_016692TA649140491531450 %50 %0 %0 %7 %Non-Coding
89NC_016692TAA449647496591366.67 %33.33 %0 %0 %7 %Non-Coding
90NC_016692ATTTTT349665496821816.67 %83.33 %0 %0 %5 %Non-Coding
91NC_016692TAA549711497251566.67 %33.33 %0 %0 %6 %Non-Coding
92NC_016692AAAG349736497471275 %0 %25 %0 %8 %Non-Coding
93NC_016692ATT550334503471433.33 %66.67 %0 %0 %7 %Non-Coding
94NC_016692T155057350587150 %100 %0 %0 %6 %Non-Coding
95NC_016692AGAAT350672506861560 %20 %20 %0 %6 %Non-Coding
96NC_016692AT851041510551550 %50 %0 %0 %6 %Non-Coding
97NC_016692CATA351098511081150 %25 %0 %25 %9 %Non-Coding
98NC_016692GTTTT35119451207140 %80 %20 %0 %7 %Non-Coding
99NC_016692ACAT351392514021150 %25 %0 %25 %9 %Non-Coding
100NC_016692TTATT351440514531420 %80 %0 %0 %7 %Non-Coding
101NC_016692CAAA352531525421275 %0 %0 %25 %8 %37229148
102NC_016692GTCT35314153152120 %50 %25 %25 %8 %37229148
103NC_016692TTA453368533791233.33 %66.67 %0 %0 %8 %Non-Coding
104NC_016692CAA453873538831166.67 %0 %0 %33.33 %9 %Non-Coding
105NC_016692GTTT35390653918130 %75 %25 %0 %7 %Non-Coding
106NC_016692GATT353944539551225 %50 %25 %0 %8 %Non-Coding
107NC_016692ATTTCG353988540041716.67 %50 %16.67 %16.67 %5 %Non-Coding
108NC_016692TA654075540871350 %50 %0 %0 %7 %Non-Coding
109NC_016692ATTCT354227542401420 %60 %0 %20 %7 %Non-Coding
110NC_016692TAGAA354266542791460 %20 %20 %0 %7 %Non-Coding
111NC_016692ATTT354280542901125 %75 %0 %0 %9 %Non-Coding
112NC_016692AATC554308543261950 %25 %0 %25 %10 %Non-Coding
113NC_016692TTAAT454629546471940 %60 %0 %0 %10 %Non-Coding
114NC_016692AGAA354861548721275 %0 %25 %0 %8 %Non-Coding
115NC_016692TTTCA358106581211620 %60 %0 %20 %6 %Non-Coding
116NC_016692AAAG360665606751175 %0 %25 %0 %9 %Non-Coding
117NC_016692ATTT362392624031225 %75 %0 %0 %8 %Non-Coding
118NC_016692TAGT362416624271225 %50 %25 %0 %0 %Non-Coding
119NC_016692ATT562514625281533.33 %66.67 %0 %0 %6 %Non-Coding
120NC_016692TTTA362917629291325 %75 %0 %0 %7 %Non-Coding
121NC_016692TCTA363456634671225 %50 %0 %25 %8 %Non-Coding
122NC_016692TTTTC46455864577200 %80 %0 %20 %10 %Non-Coding
123NC_016692CTT46558465595120 %66.67 %0 %33.33 %8 %37229149
124NC_016692TTTC36727867288110 %75 %0 %25 %9 %Non-Coding
125NC_016692G126730967320120 %0 %100 %0 %8 %Non-Coding
126NC_016692AAT467540675511266.67 %33.33 %0 %0 %8 %Non-Coding
127NC_016692ATA467657676671166.67 %33.33 %0 %0 %9 %Non-Coding
128NC_016692TCT46919469206130 %66.67 %0 %33.33 %7 %Non-Coding
129NC_016692T166943569450160 %100 %0 %0 %6 %Non-Coding
130NC_016692A12695096952012100 %0 %0 %0 %8 %Non-Coding
131NC_016692ATT671518715361933.33 %66.67 %0 %0 %10 %Non-Coding
132NC_016692TAAA371889719001275 %25 %0 %0 %8 %37229150
133NC_016692ATA572088721011466.67 %33.33 %0 %0 %7 %Non-Coding
134NC_016692TCAT373428734391225 %50 %0 %25 %8 %Non-Coding
135NC_016692GAAC373771737821250 %0 %25 %25 %8 %Non-Coding
136NC_016692TTTA374704747151225 %75 %0 %0 %8 %37229153
137NC_016692A14749617497414100 %0 %0 %0 %7 %37229153
138NC_016692TGAA376521765311150 %25 %25 %0 %9 %37229153
139NC_016692CTT47815078160110 %66.67 %0 %33.33 %9 %37229153
140NC_016692TTATA379441794541440 %60 %0 %0 %7 %37229153
141NC_016692ACA479857798681266.67 %0 %0 %33.33 %8 %37229153
142NC_016692A13807918080313100 %0 %0 %0 %7 %37229153
143NC_016692TTGA381570815821325 %50 %25 %0 %7 %37229153
144NC_016692A12821528216312100 %0 %0 %0 %8 %37229153
145NC_016692TTTC38250582515110 %75 %0 %25 %9 %37229153
146NC_016692CACTT384223842361420 %40 %0 %40 %7 %37229153
147NC_016692CTTT38444484454110 %75 %0 %25 %9 %37229153
148NC_016692A12854928550312100 %0 %0 %0 %0 %37229153
149NC_016692AT686190862011250 %50 %0 %0 %8 %37229153
150NC_016692TATCA386291863061640 %40 %0 %20 %6 %37229153
151NC_016692TTAA386571865821250 %50 %0 %0 %8 %37229153
152NC_016692TTTC38682486835120 %75 %0 %25 %8 %37229153
153NC_016692AT686960869701150 %50 %0 %0 %9 %37229153
154NC_016692AATT387670876801150 %50 %0 %0 %9 %37229153
155NC_016692TTAT387807878181225 %75 %0 %0 %8 %37229153
156NC_016692AATT388448884591250 %50 %0 %0 %8 %37229153
157NC_016692ATA488490885011266.67 %33.33 %0 %0 %8 %37229153
158NC_016692CTT48888888899120 %66.67 %0 %33.33 %8 %37229153
159NC_016692GAT489360893701133.33 %33.33 %33.33 %0 %9 %37229153
160NC_016692ATATG390713907271540 %40 %20 %0 %6 %37229153
161NC_016692GAT490756907661133.33 %33.33 %33.33 %0 %9 %37229153
162NC_016692AACGG392297923101440 %0 %40 %20 %7 %37229153
163NC_016692TTCT39245692466110 %75 %0 %25 %9 %37229153
164NC_016692ATCG393214932261325 %25 %25 %25 %7 %37229153
165NC_016692CTTT39364393653110 %75 %0 %25 %9 %37229153
166NC_016692AGA494481944911166.67 %0 %33.33 %0 %9 %37229153
167NC_016692TGAT395525955371325 %50 %25 %0 %7 %37229153
168NC_016692AATA396408964201375 %25 %0 %0 %7 %37229153
169NC_016692GAAGGA397194972111850 %0 %50 %0 %5 %37229153
170NC_016692CTAATT398367983831733.33 %50 %0 %16.67 %5 %37229153
171NC_016692GAAAG398477984921660 %0 %40 %0 %6 %37229153
172NC_016692TCCGG39934499358150 %20 %40 %40 %6 %37229153
173NC_016692TTTGTT3102374102392190 %83.33 %16.67 %0 %10 %37229153
174NC_016692TTC4103768103779120 %66.67 %0 %33.33 %8 %37229152
175NC_016692T24103833103856240 %100 %0 %0 %8 %37229152
176NC_016692TTCTA51043631043862420 %60 %0 %20 %8 %37229152
177NC_016692AGTATT31043971044131733.33 %50 %16.67 %0 %5 %37229152
178NC_016692TATTAG41044201044422333.33 %50 %16.67 %0 %4 %37229152
179NC_016692ATTAGT31044471044631733.33 %50 %16.67 %0 %5 %37229152
180NC_016692AAGAA31048511048651580 %0 %20 %0 %0 %37229152
181NC_016692TCTA31081321081431225 %50 %0 %25 %8 %37229152
182NC_016692AAGG31082811082911150 %0 %50 %0 %9 %37229152
183NC_016692TAAAG41095531095722060 %20 %20 %0 %5 %37229152
184NC_016692GAGG31110221110331225 %0 %75 %0 %8 %37229152
185NC_016692AGGT31112341112451225 %25 %50 %0 %8 %37229152
186NC_016692TAAG31123541123641150 %25 %25 %0 %9 %37229152
187NC_016692AT61134661134761150 %50 %0 %0 %9 %37229152
188NC_016692AGAAA31142901143051680 %0 %20 %0 %6 %37229152
189NC_016692GAA51144711144851566.67 %0 %33.33 %0 %6 %37229152
190NC_016692GAGG31151401151501125 %0 %75 %0 %9 %37229152
191NC_016692A1711526311527917100 %0 %0 %0 %5 %37229152
192NC_016692A1311538511539713100 %0 %0 %0 %7 %37229152
193NC_016692A1311590811592013100 %0 %0 %0 %7 %37229152
194NC_016692TCTT3116533116544120 %75 %0 %25 %8 %37229152
195NC_016692AT61167771167871150 %50 %0 %0 %9 %37229152
196NC_016692A1911715811717619100 %0 %0 %0 %5 %37229152
197NC_016692AGTT31179831179931125 %50 %25 %0 %9 %37229152
198NC_016692GAAT31181411181521250 %25 %25 %0 %0 %37229152
199NC_016692ATTA31183041183151250 %50 %0 %0 %8 %37229152
200NC_016692AAG41190831190941266.67 %0 %33.33 %0 %8 %37229152
201NC_016692AAT41193211193331366.67 %33.33 %0 %0 %7 %37229152
202NC_016692TAA41199331199441266.67 %33.33 %0 %0 %8 %37229152
203NC_016692AAATA31239081239211480 %20 %0 %0 %7 %37229152
204NC_016692AAAG31241211241321275 %0 %25 %0 %8 %37229152
205NC_016692CAAA31249411249511175 %0 %0 %25 %9 %37229152
206NC_016692ATCA31261821261931250 %25 %0 %25 %0 %37229152
207NC_016692TTCTT3126882126896150 %80 %0 %20 %6 %37229152
208NC_016692TCTT3128409128419110 %75 %0 %25 %9 %37229152
209NC_016692TTAAGT31284231284391733.33 %50 %16.67 %0 %5 %37229152
210NC_016692TA81285651285791550 %50 %0 %0 %6 %37229152
211NC_016692ATTT31299561299681325 %75 %0 %0 %7 %37229152
212NC_016692CAA41300901301001166.67 %0 %0 %33.33 %9 %37229152
213NC_016692TGAA41302061302211650 %25 %25 %0 %6 %37229152
214NC_016692CTATT31307181307321520 %60 %0 %20 %6 %37229152
215NC_016692TAT41307401307521333.33 %66.67 %0 %0 %7 %37229152
216NC_016692TA71312001312121350 %50 %0 %0 %7 %37229152
217NC_016692AACA31312761312871275 %0 %0 %25 %8 %37229152
218NC_016692A1313133313134513100 %0 %0 %0 %7 %37229152
219NC_016692A1313171813173013100 %0 %0 %0 %7 %37229152
220NC_016692TAT41317311317411133.33 %66.67 %0 %0 %9 %37229152
221NC_016692TAA51320211320361666.67 %33.33 %0 %0 %6 %37229152
222NC_016692ATTT31329891329991125 %75 %0 %0 %9 %37229152
223NC_016692GTT4133386133397120 %66.67 %33.33 %0 %8 %37229152
224NC_016692ATTT31339621339741325 %75 %0 %0 %7 %37229152
225NC_016692ATT41346101346211233.33 %66.67 %0 %0 %8 %37229152
226NC_016692AAT51346411346541466.67 %33.33 %0 %0 %7 %37229152
227NC_016692TA61356091356191150 %50 %0 %0 %9 %37229152
228NC_016692CTTA31367201367301125 %50 %0 %25 %9 %37229152
229NC_016692ACTTT41395161395352020 %60 %0 %20 %5 %37229152
230NC_016692CCTT3140793140803110 %50 %0 %50 %9 %37229152
231NC_016692GGAT31413371413481225 %25 %50 %0 %8 %37229152
232NC_016692TTTCT3144218144232150 %80 %0 %20 %0 %37229152
233NC_016692ACTAAT31446211446371750 %33.33 %0 %16.67 %5 %37229152
234NC_016692ACTAAT41446411446632350 %33.33 %0 %16.67 %4 %37229152
235NC_016692A1914523314525119100 %0 %0 %0 %5 %37229152
236NC_016692AATA41452841452991675 %25 %0 %0 %6 %37229152
237NC_016692GAA41453051453161266.67 %0 %33.33 %0 %8 %37229152
238NC_016692ACCGG31497251497391520 %0 %40 %40 %6 %Non-Coding
239NC_016692TTTC3149912149923120 %75 %0 %25 %8 %Non-Coding
240NC_016692CTTTC3150592150607160 %60 %0 %40 %6 %Non-Coding
241NC_016692CATAC31510021510151440 %20 %0 %40 %7 %Non-Coding
242NC_016692CTCCTT3151872151889180 %50 %0 %50 %5 %37229154
243NC_016692ATCA31535891536011350 %25 %0 %25 %7 %37229154
244NC_016692TGAT31536841536961325 %50 %25 %0 %7 %37229154
245NC_016692ACC41537931538031133.33 %0 %0 %66.67 %9 %37229154
246NC_016692TTC4154592154602110 %66.67 %0 %33.33 %9 %37229154
247NC_016692AAAG31554311554411175 %0 %25 %0 %9 %37229154
248NC_016692CGAT31558581558701325 %25 %25 %25 %7 %37229154
249NC_016692TATT31564901565011225 %75 %0 %0 %8 %37229154
250NC_016692ATC41583181583281133.33 %33.33 %0 %33.33 %9 %Non-Coding
251NC_016692ATC41597141597241133.33 %33.33 %0 %33.33 %9 %37229154
252NC_016692GAA51601841601981566.67 %0 %33.33 %0 %6 %37229154