ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Gossypium darwinii chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_016670	AAGT	3	1138	1148	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	37229101
2	NC_016670	AT	7	1723	1735	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
3	NC_016670	AAAT	3	2068	2079	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
4	NC_016670	CAATA	3	4629	4644	16	60 %	20 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
5	NC_016670	ATCT	3	4727	4738	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
6	NC_016670	ATTTT	3	4872	4885	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
7	NC_016670	ATT	5	4894	4908	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
8	NC_016670	TTTTA	3	4946	4960	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
9	NC_016670	TGT	4	4961	4971	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
10	NC_016670	TTCA	3	4992	5003	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
11	NC_016670	GTT	4	5058	5068	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
12	NC_016670	GAATAA	3	5121	5139	19	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	10 %	Non-Coding
13	NC_016670	A	14	5676	5689	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	37229101
14	NC_016670	AAAT	4	6515	6530	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
15	NC_016670	TAA	4	6687	6698	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
16	NC_016670	AAT	4	6705	6716	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
17	NC_016670	ATAG	3	8403	8414	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
18	NC_016670	TAT	4	8426	8437	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
19	NC_016670	AATC	3	8761	8771	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
20	NC_016670	ATTT	4	8864	8878	15	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
21	NC_016670	T	12	9431	9442	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_016670	CTTAT	3	9814	9829	16	20 %	60 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
23	NC_016670	ATTCT	3	10014	10027	14	20 %	60 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
24	NC_016670	T	14	12385	12398	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	37229108
25	NC_016670	TTTCT	3	12747	12760	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	37229108
26	NC_016670	TCTA	3	13545	13556	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
27	NC_016670	AAT	4	13597	13608	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_016670	AAAT	3	14166	14177	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
29	NC_016670	C	12	14722	14733	12	0 %	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
30	NC_016670	TTTA	4	14788	14802	15	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
31	NC_016670	A	12	14928	14939	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_016670	CT	8	17112	17127	16	0 %	50 %	0 %	50 %	6 %	Non-Coding
33	NC_016670	TTA	4	17253	17264	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
34	NC_016670	ATG	4	18303	18314	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	37229102
35	NC_016670	T	15	19334	19348	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	37229102
36	NC_016670	TTTA	3	23457	23468	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	37229102
37	NC_016670	TAA	4	23995	24005	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	37229102
38	NC_016670	GTT	4	24427	24438	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	37229102
39	NC_016670	T	12	27048	27059	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	37229102
40	NC_016670	GATA	3	27291	27301	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	37229102
41	NC_016670	GAA	4	27873	27884	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
42	NC_016670	AT	6	28111	28122	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
43	NC_016670	TAT	4	28554	28564	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
44	NC_016670	CTAA	3	29127	29138	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
45	NC_016670	TTTTA	3	30035	30049	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
46	NC_016670	T	14	30301	30314	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
47	NC_016670	GAAA	3	31516	31527	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
48	NC_016670	ATCA	3	31716	31726	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
49	NC_016670	TTCA	4	32559	32574	16	25 %	50 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
50	NC_016670	TG	6	32685	32696	12	0 %	50 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
51	NC_016670	TA	8	32988	33003	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
52	NC_016670	ATTTTG	3	33371	33387	17	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
53	NC_016670	AATA	3	33614	33625	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
54	NC_016670	TCTT	3	33692	33704	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
55	NC_016670	GTTT	3	34030	34041	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
56	NC_016670	GAAA	3	36029	36040	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	37229102
57	NC_016670	TTGC	3	36430	36440	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	37229102
58	NC_016670	TTA	4	37177	37188	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
59	NC_016670	AG	6	37250	37260	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
60	NC_016670	ATCT	3	37449	37460	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
61	NC_016670	TA	6	37462	37473	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
62	NC_016670	AAAT	3	37513	37524	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
63	NC_016670	TGAA	4	38064	38078	15	50 %	25 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
64	NC_016670	AAATAA	5	38254	38284	31	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
65	NC_016670	AT	8	38323	38337	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
66	NC_016670	ATA	5	38348	38363	16	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
67	NC_016670	ATA	5	38407	38422	16	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
68	NC_016670	TAA	4	38491	38501	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
69	NC_016670	TAAT	3	38509	38520	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
70	NC_016670	AAAT	3	38539	38551	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
71	NC_016670	GATC	3	39137	39147	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
72	NC_016670	AATG	3	42484	42495	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	37229103
73	NC_016670	TG	6	42926	42936	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	37229103
74	NC_016670	ATCT	4	44208	44223	16	25 %	50 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
75	NC_016670	AT	13	44595	44619	25	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
76	NC_016670	TAATT	3	44871	44884	14	40 %	60 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
77	NC_016670	ATA	4	44986	44998	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
78	NC_016670	TAG	4	46654	46664	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	37229103
79	NC_016670	AT	6	46932	46944	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	37229103
80	NC_016670	GTAA	3	46968	46978	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	37229103
81	NC_016670	TTTG	3	48488	48499	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
82	NC_016670	AT	6	48534	48546	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
83	NC_016670	AAT	4	48544	48554	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
84	NC_016670	AT	6	48604	48614	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
85	NC_016670	ATAG	3	48618	48629	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
86	NC_016670	TAAA	4	48661	48676	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
87	NC_016670	TA	6	49237	49250	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
88	NC_016670	TAA	4	49769	49781	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
89	NC_016670	ATTTTT	3	49787	49804	18	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
90	NC_016670	AAAG	3	49863	49874	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
91	NC_016670	ATT	5	50461	50474	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
92	NC_016670	TATTT	3	50698	50712	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
93	NC_016670	AGAAT	3	50797	50811	15	60 %	20 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
94	NC_016670	AT	8	51166	51180	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
95	NC_016670	CATA	3	51223	51233	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
96	NC_016670	GTTTT	3	51319	51332	14	0 %	80 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
97	NC_016670	ACAT	3	51517	51527	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
98	NC_016670	TTATT	3	51565	51578	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
99	NC_016670	CAAA	3	52656	52667	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	37229103
100	NC_016670	A	12	52790	52801	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_016670	GTCT	3	53267	53278	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	37229103
102	NC_016670	TTA	4	53494	53505	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
103	NC_016670	CAA	4	53999	54009	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
104	NC_016670	GTTT	3	54032	54044	13	0 %	75 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
105	NC_016670	GATT	3	54070	54081	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
106	NC_016670	ATTTCG	3	54114	54130	17	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
107	NC_016670	TA	6	54177	54189	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
108	NC_016670	ATTCT	3	54330	54343	14	20 %	60 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
109	NC_016670	TAGAA	3	54369	54382	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
110	NC_016670	AATC	5	54411	54429	19	50 %	25 %	0 %	25 %	10 %	Non-Coding
111	NC_016670	TTAAT	4	54732	54750	19	40 %	60 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
112	NC_016670	AGAA	3	54964	54975	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
113	NC_016670	CTT	4	55789	55800	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
114	NC_016670	TTTCA	3	58213	58228	16	20 %	60 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
115	NC_016670	AAAG	3	60777	60787	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
116	NC_016670	ATTT	3	62504	62515	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
117	NC_016670	TAGT	3	62528	62539	12	25 %	50 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_016670	ATT	5	62626	62640	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
119	NC_016670	TTTA	3	63029	63041	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
120	NC_016670	TCTA	3	63568	63579	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
121	NC_016670	TTTTC	4	64670	64689	20	0 %	80 %	0 %	20 %	10 %	Non-Coding
122	NC_016670	CTT	4	65701	65712	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	37229104
123	NC_016670	T	12	66124	66135	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_016670	T	18	67383	67400	18	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
125	NC_016670	G	16	67422	67437	16	0 %	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_016670	AAT	4	67657	67668	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
127	NC_016670	ATA	4	67774	67784	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
128	NC_016670	TCT	4	69310	69322	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
129	NC_016670	T	17	69552	69568	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
130	NC_016670	A	12	69627	69638	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
131	NC_016670	T	16	71409	71424	16	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_016670	ATT	6	71641	71659	19	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
133	NC_016670	TAAA	3	72017	72028	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	37229105
134	NC_016670	AT	6	72180	72191	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
135	NC_016670	ATA	5	72216	72229	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
136	NC_016670	TCAT	3	73563	73574	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
137	NC_016670	GAAC	3	73906	73917	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
138	NC_016670	TTTA	3	74834	74845	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	37229107
139	NC_016670	A	14	75090	75103	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	37229107
140	NC_016670	TGAA	3	76643	76653	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	37229107
141	NC_016670	CTT	4	78272	78282	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	37229107
142	NC_016670	TTATA	3	79557	79570	14	40 %	60 %	0 %	0 %	7 %	37229107
143	NC_016670	G	12	80137	80148	12	0 %	0 %	100 %	0 %	0 %	37229107
144	NC_016670	A	13	80909	80921	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	37229107
145	NC_016670	TTGA	3	81693	81705	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	37229107
146	NC_016670	A	12	82275	82286	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	37229107
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155	NC_016670	AATT	3	87786	87796	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	37229107
156	NC_016670	TTAT	3	87923	87934	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	37229107
157	NC_016670	AATT	3	88565	88576	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	37229107
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170	NC_016670	GAAGGA	3	97300	97317	18	50 %	0 %	50 %	0 %	5 %	37229107
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181	NC_016670	TCTA	3	108236	108247	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	37229109
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225	NC_016670	ATT	4	134691	134702	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	37229109
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228	NC_016670	CTTA	3	136795	136805	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	37229109
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231	NC_016670	GGAT	3	141412	141423	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	37229109
232	NC_016670	ACTAAT	3	144691	144707	17	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	5 %	37229109
233	NC_016670	ACTAAT	4	144711	144733	23	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	4 %	37229109
234	NC_016670	A	16	145303	145318	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	37229109
235	NC_016670	AATA	4	145351	145366	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	37229109
236	NC_016670	GAA	4	145372	145383	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	37229109
237	NC_016670	ACCGG	3	149792	149806	15	20 %	0 %	40 %	40 %	6 %	Non-Coding
238	NC_016670	TTTC	3	149979	149990	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
239	NC_016670	CTTTC	3	150659	150674	16	0 %	60 %	0 %	40 %	6 %	Non-Coding
240	NC_016670	CATAC	3	151069	151082	14	40 %	20 %	0 %	40 %	7 %	Non-Coding
241	NC_016670	CTCCTT	3	151945	151962	18	0 %	50 %	0 %	50 %	5 %	37229108
242	NC_016670	ATCA	3	153662	153674	13	50 %	25 %	0 %	25 %	7 %	37229108
243	NC_016670	TGAT	3	153757	153769	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	37229108
244	NC_016670	ACC	4	153866	153876	11	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	9 %	37229108
245	NC_016670	TTC	4	154665	154675	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	37229108
246	NC_016670	AAAG	3	155498	155508	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	37229108
247	NC_016670	CGAT	3	155925	155937	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	37229108
248	NC_016670	TATT	3	156557	156568	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	37229108
249	NC_016670	ATC	4	158385	158395	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
250	NC_016670	ATC	4	159777	159787	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	37229109
251	NC_016670	GAA	5	160247	160261	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	37229109

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Gossypium darwinii chloroplast