ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Gossypium raimondii chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_016668	T	12	165	176	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
2	NC_016668	TAAAG	3	302	317	16	60 %	20 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
3	NC_016668	AAGT	3	1131	1141	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	37229099
4	NC_016668	T	13	1659	1671	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
5	NC_016668	AT	7	1704	1716	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
6	NC_016668	ATAGAA	3	4459	4476	18	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_016668	CAATA	3	4541	4556	16	60 %	20 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
8	NC_016668	ATCT	3	4648	4659	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
9	NC_016668	T	15	4793	4807	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
10	NC_016668	ATT	5	4809	4823	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
11	NC_016668	TTTTA	3	4861	4875	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
12	NC_016668	TTCA	3	4907	4918	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
13	NC_016668	GTT	4	4973	4983	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
14	NC_016668	T	12	5886	5897	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	37229091
15	NC_016668	AAAT	4	6429	6444	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
16	NC_016668	TATTTT	3	6508	6525	18	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
17	NC_016668	A	16	6574	6589	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
18	NC_016668	TAA	4	6599	6610	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
19	NC_016668	AAT	4	6617	6628	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
20	NC_016668	TAT	4	8313	8325	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
21	NC_016668	ATAG	3	8344	8355	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
22	NC_016668	TAT	5	8367	8380	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
23	NC_016668	AT	6	8390	8401	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
24	NC_016668	ATTT	3	8609	8619	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
25	NC_016668	AATC	3	8696	8706	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
26	NC_016668	AGA	4	8707	8718	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
27	NC_016668	CTTAT	3	9731	9746	16	20 %	60 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
28	NC_016668	T	14	9770	9783	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
29	NC_016668	ATTCT	3	9937	9950	14	20 %	60 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
30	NC_016668	TTTCT	3	12648	12661	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	37229098
31	NC_016668	TCTA	3	13447	13458	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
32	NC_016668	T	12	13475	13486	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_016668	AAT	4	13502	13513	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_016668	AAAT	3	14094	14105	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
35	NC_016668	C	12	14632	14643	12	0 %	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
36	NC_016668	T	13	14661	14673	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
37	NC_016668	TTTA	4	14707	14721	15	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
38	NC_016668	TAAA	3	16071	16081	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
39	NC_016668	CT	8	16988	17003	16	0 %	50 %	0 %	50 %	6 %	Non-Coding
40	NC_016668	TTA	4	17129	17140	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
41	NC_016668	ATG	7	18176	18196	21	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	37229092
42	NC_016668	T	15	19216	19230	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	37229092
43	NC_016668	TTTA	3	23338	23349	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	37229092
44	NC_016668	TAA	4	23892	23902	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	37229092
45	NC_016668	GTT	4	24324	24335	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	37229092
46	NC_016668	T	12	26945	26956	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	37229092
47	NC_016668	GATA	3	27188	27198	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	37229092
48	NC_016668	GAA	4	27775	27786	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
49	NC_016668	AT	6	28013	28024	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
50	NC_016668	TAT	4	28456	28466	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
51	NC_016668	T	13	28489	28501	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
52	NC_016668	CTAA	3	29036	29047	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
53	NC_016668	A	13	29786	29798	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
54	NC_016668	T	13	30213	30225	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
55	NC_016668	GAAA	3	31378	31389	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
56	NC_016668	ATCA	3	31578	31588	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
57	NC_016668	TTCA	4	32428	32443	16	25 %	50 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
58	NC_016668	TG	6	32554	32565	12	0 %	50 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
59	NC_016668	TA	7	32849	32862	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
60	NC_016668	AATA	3	33456	33467	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
61	NC_016668	TCTT	3	33534	33546	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
62	NC_016668	GTTT	3	33872	33883	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
63	NC_016668	CAATA	3	34252	34266	15	60 %	20 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
64	NC_016668	GAAA	3	35867	35878	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	37229092
65	NC_016668	TTGC	3	36268	36278	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	37229092
66	NC_016668	TTA	4	37031	37042	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
67	NC_016668	AG	6	37104	37114	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
68	NC_016668	ATCT	3	37303	37314	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
69	NC_016668	TA	6	37316	37327	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
70	NC_016668	AAAT	3	37367	37378	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
71	NC_016668	AAAAT	3	37840	37854	15	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
72	NC_016668	TGAA	4	37919	37933	15	50 %	25 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
73	NC_016668	ATA	4	38133	38145	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
74	NC_016668	ATA	5	38167	38182	16	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
75	NC_016668	GATC	3	38893	38903	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
76	NC_016668	AATG	3	42240	42251	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	37229093
77	NC_016668	TG	6	42682	42692	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	37229093
78	NC_016668	ATCT	4	43964	43979	16	25 %	50 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
79	NC_016668	TAATT	3	44626	44639	14	40 %	60 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
80	NC_016668	AGAAT	4	44686	44705	20	60 %	20 %	20 %	0 %	10 %	Non-Coding
81	NC_016668	ATA	4	44746	44758	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
82	NC_016668	AT	6	46680	46692	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	37229093
83	NC_016668	GTAA	3	46716	46726	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	37229093
84	NC_016668	AAAAAT	3	48263	48280	18	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
85	NC_016668	ATA	4	48285	48297	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
86	NC_016668	AAT	4	48950	48960	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
87	NC_016668	TA	7	48974	48989	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
88	NC_016668	TAA	4	49468	49480	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
89	NC_016668	AAAG	3	49578	49589	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
90	NC_016668	ATT	5	50190	50203	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
91	NC_016668	TATTT	3	50426	50439	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
92	NC_016668	AGAAT	3	50524	50538	15	60 %	20 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
93	NC_016668	AT	7	50898	50910	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
94	NC_016668	CATA	3	50958	50968	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
95	NC_016668	GTTTT	3	51054	51068	15	0 %	80 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
96	NC_016668	ACAT	3	51253	51263	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
97	NC_016668	CAAA	3	52378	52389	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	37229093
98	NC_016668	GTAC	3	52645	52655	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	37229093
99	NC_016668	GTCT	3	52986	52997	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	37229093
100	NC_016668	TAT	4	53214	53225	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
101	NC_016668	CAA	4	53718	53728	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
102	NC_016668	GATT	3	53789	53800	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
103	NC_016668	ATTTCG	3	53833	53849	17	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
104	NC_016668	GTATA	3	53865	53880	16	40 %	40 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
105	NC_016668	TA	6	53896	53908	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
106	NC_016668	ATTCT	3	54048	54061	14	20 %	60 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
107	NC_016668	ATTT	3	54101	54111	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
108	NC_016668	AGAA	3	54685	54696	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
109	NC_016668	ATTT	3	58111	58121	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
110	NC_016668	ATTT	9	58268	58304	37	25 %	75 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
111	NC_016668	ATATTA	3	58323	58339	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
112	NC_016668	AAAG	3	60589	60599	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
113	NC_016668	GAT	4	61230	61241	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	37229094
114	NC_016668	TAGT	3	62335	62346	12	25 %	50 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_016668	ATT	5	62433	62447	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
116	NC_016668	TCTA	3	63376	63387	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
117	NC_016668	TTTTC	4	64483	64502	20	0 %	80 %	0 %	20 %	10 %	Non-Coding
118	NC_016668	ACAATA	3	64875	64892	18	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
119	NC_016668	A	12	64997	65008	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
120	NC_016668	CTT	4	65517	65528	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	37229094
121	NC_016668	CTTT	3	65844	65855	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
122	NC_016668	TTTC	3	67202	67212	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
123	NC_016668	AAT	4	67454	67465	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
124	NC_016668	ATA	4	67571	67581	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
125	NC_016668	TCT	4	69106	69118	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
126	NC_016668	T	15	69347	69361	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
127	NC_016668	A	12	69421	69432	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
128	NC_016668	T	14	70278	70291	14	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_016668	ATT	6	71453	71471	19	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
130	NC_016668	TACA	3	71806	71817	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	37229095
131	NC_016668	TAAA	3	71831	71842	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	37229095
132	NC_016668	ATTTTT	3	71992	72009	18	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
133	NC_016668	TTAAAT	3	72016	72034	19	50 %	50 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
134	NC_016668	ATA	5	72040	72053	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
135	NC_016668	AAT	4	72057	72067	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
136	NC_016668	TCAT	3	73377	73388	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
137	NC_016668	GAAC	3	73720	73731	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
138	NC_016668	TTTTC	3	74606	74619	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	37229098
139	NC_016668	TTTA	3	74655	74666	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	37229098
140	NC_016668	T	12	74734	74745	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	37229098
141	NC_016668	A	14	74914	74927	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	37229098
142	NC_016668	CTT	4	78112	78122	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	37229098
143	NC_016668	TTATA	3	79402	79415	14	40 %	60 %	0 %	0 %	7 %	37229098
144	NC_016668	GTT	4	79934	79945	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	37229098
145	NC_016668	TTGA	3	81535	81547	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	37229098
146	NC_016668	TTTC	3	82469	82479	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	37229098
147	NC_016668	CACTT	3	84181	84194	14	20 %	40 %	0 %	40 %	7 %	37229098
148	NC_016668	T	12	84405	84416	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	37229098
149	NC_016668	T	13	84916	84928	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	37229098
150	NC_016668	TATCA	3	86245	86260	16	40 %	40 %	0 %	20 %	6 %	37229098
151	NC_016668	TTTC	3	86758	86769	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	37229098
152	NC_016668	AT	6	86894	86904	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	37229098
153	NC_016668	AATT	3	87603	87613	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	37229098
154	NC_016668	TTAT	3	87740	87751	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	37229098
155	NC_016668	AATT	3	88382	88393	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	37229098
156	NC_016668	ATA	4	88423	88434	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	37229098
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160	NC_016668	GAT	4	90693	90703	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	37229098
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162	NC_016668	TTCT	3	92393	92403	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	37229098
163	NC_016668	ATCG	3	93151	93163	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	37229098
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167	NC_016668	AATA	3	96345	96357	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	37229098
168	NC_016668	GAAGGA	3	97131	97148	18	50 %	0 %	50 %	0 %	5 %	37229098
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171	NC_016668	TCCGG	3	99276	99290	15	0 %	20 %	40 %	40 %	6 %	37229098
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182	NC_016668	AAGG	3	108205	108215	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	37229099
183	NC_016668	GAGG	3	110934	110945	12	25 %	0 %	75 %	0 %	8 %	37229099
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210	NC_016668	TTAAGT	3	128316	128332	17	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	5 %	37229099
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223	NC_016668	T	13	134433	134445	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	37229099
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226	NC_016668	CTTA	3	136540	136550	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	37229099
227	NC_016668	CCTT	3	140601	140611	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	37229099
228	NC_016668	GGAT	3	141144	141155	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	37229099
229	NC_016668	TTTCT	3	144025	144039	15	0 %	80 %	0 %	20 %	0 %	37229099
230	NC_016668	ACTAAT	3	144428	144444	17	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	5 %	37229099
231	NC_016668	ACTAAT	4	144448	144470	23	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	4 %	37229099
232	NC_016668	CTAATA	3	144482	144498	17	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	5 %	37229099
233	NC_016668	AATAG	4	144500	144518	19	60 %	20 %	20 %	0 %	10 %	37229099
234	NC_016668	A	14	145032	145045	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	37229099
235	NC_016668	GAA	4	145099	145110	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	37229099
236	NC_016668	ACCGG	3	149525	149539	15	20 %	0 %	40 %	40 %	6 %	Non-Coding
237	NC_016668	TTTC	3	149712	149723	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
238	NC_016668	CTTTC	3	150392	150407	16	0 %	60 %	0 %	40 %	6 %	Non-Coding
239	NC_016668	CATAC	3	150802	150815	14	40 %	20 %	0 %	40 %	7 %	Non-Coding
240	NC_016668	CTCCTT	3	151667	151684	18	0 %	50 %	0 %	50 %	5 %	37229098
241	NC_016668	ATCA	3	153384	153396	13	50 %	25 %	0 %	25 %	7 %	37229098
242	NC_016668	TGAT	3	153479	153491	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	37229098
243	NC_016668	ACC	4	153588	153598	11	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	9 %	37229098
244	NC_016668	TTC	4	154387	154397	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	37229098
245	NC_016668	AAAG	3	155226	155236	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	37229098
246	NC_016668	CGAT	3	155653	155665	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	37229098
247	NC_016668	TATT	3	156285	156296	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	37229098
248	NC_016668	ATC	4	158113	158123	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
249	NC_016668	ATC	4	159509	159519	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	37229098
250	NC_016668	GAA	5	159979	159993	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	37229098

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Gossypium raimondii chloroplast