ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

Tri-nucleotide Imperfect Repeats of Neottia nidus-avis plastid

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_016471	TTC	4	379	390	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
2	NC_016471	AAT	4	1460	1470	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
3	NC_016471	CAT	4	2798	2809	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
4	NC_016471	ATA	4	4226	4238	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
5	NC_016471	TTA	4	4435	4446	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
6	NC_016471	TAT	4	5652	5663	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
7	NC_016471	ATA	4	7373	7383	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
8	NC_016471	TCT	4	8130	8141	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
9	NC_016471	TGC	4	8603	8614	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	36453263
10	NC_016471	CAA	5	11418	11432	15	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	6 %	Non-Coding
11	NC_016471	TTA	4	12332	12342	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
12	NC_016471	ATT	6	12353	12373	21	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
13	NC_016471	ATA	4	12546	12558	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
14	NC_016471	TTG	4	13126	13136	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
15	NC_016471	TAT	4	14051	14063	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
16	NC_016471	TTA	5	14270	14284	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
17	NC_016471	TAT	4	15763	15774	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
18	NC_016471	AGT	4	18500	18511	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	36453263
19	NC_016471	TAA	4	18875	18885	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
20	NC_016471	ATT	4	19215	19226	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
21	NC_016471	ATT	4	20032	20044	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
22	NC_016471	TTA	4	21751	21762	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
23	NC_016471	ATA	4	23016	23026	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
24	NC_016471	TAT	4	23346	23356	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
25	NC_016471	TAT	4	25414	25425	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	36453263
26	NC_016471	TTA	4	29850	29861	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	0 %	36453263
27	NC_016471	TTC	4	30097	30108	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	36453263
28	NC_016471	TAT	4	30742	30754	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	36453263
29	NC_016471	ATT	4	32445	32457	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	36453263
30	NC_016471	ATT	4	32711	32722	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	36453263
31	NC_016471	CTT	4	38344	38355	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	36453263
32	NC_016471	GAT	4	40192	40202	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	36453263
33	NC_016471	ATC	4	40338	40350	13	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	7 %	36453263
34	NC_016471	GAT	4	43059	43070	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	36453263
35	NC_016471	TGA	4	44783	44794	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	36453263
36	NC_016471	TAA	4	48047	48058	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	36453263
37	NC_016471	TTA	4	50123	50134	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	36453263
38	NC_016471	TAC	4	51519	51530	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	36453263
39	NC_016471	AAT	4	59606	59616	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
40	NC_016471	TAT	4	60702	60713	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
41	NC_016471	TAT	4	61188	61199	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
42	NC_016471	ATA	4	63058	63069	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_016471	ATA	8	63073	63095	23	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
44	NC_016471	CTT	4	63336	63347	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	36453265
45	NC_016471	ATT	4	64025	64036	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	36453265
46	NC_016471	CTT	4	65398	65409	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	36453265
47	NC_016471	TAA	4	65861	65871	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	36453265
48	NC_016471	TAA	4	66350	66360	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	36453265
49	NC_016471	TCT	4	66933	66944	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	36453265
50	NC_016471	TCT	8	66961	66983	23	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	36453265
51	NC_016471	TAT	4	68867	68879	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
52	NC_016471	TAA	4	76453	76464	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
53	NC_016471	GTA	4	76952	76963	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
54	NC_016471	TAA	4	78348	78359	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
55	NC_016471	TTA	4	80424	80435	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
56	NC_016471	TCA	4	83691	83703	13	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	7 %	36453265
57	NC_016471	ATC	4	85412	85423	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	36453265
58	NC_016471	ATC	4	88280	88290	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

Tri-nucleotide Imperfect Repeats of Neottia nidus-avis plastid