ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Neottia nidus-avis plastid

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_016471	AT	7	230	244	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
2	NC_016471	TTC	4	379	390	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
3	NC_016471	AAGAG	3	798	811	14	60 %	0 %	40 %	0 %	7 %	Non-Coding
4	NC_016471	AAT	4	1460	1470	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
5	NC_016471	ATAC	3	1878	1888	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
6	NC_016471	CAT	4	2798	2809	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
7	NC_016471	TTTA	3	3020	3031	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_016471	TCTCT	3	3218	3231	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	36453263
9	NC_016471	TTTATA	3	3373	3390	18	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	5 %	36453263
10	NC_016471	TCTTT	3	3642	3656	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	36453263
11	NC_016471	GAAT	3	4198	4208	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
12	NC_016471	ATA	4	4226	4238	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
13	NC_016471	TTA	4	4435	4446	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
14	NC_016471	AAAG	3	5099	5110	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
15	NC_016471	CTCTT	3	5356	5369	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	Non-Coding
16	NC_016471	ATAAG	3	5419	5437	19	60 %	20 %	20 %	0 %	5 %	Non-Coding
17	NC_016471	GA	6	5488	5499	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
18	NC_016471	TAT	4	5652	5663	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
19	NC_016471	TCTA	3	7240	7251	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
20	NC_016471	ATA	4	7373	7383	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
21	NC_016471	TTTA	4	7527	7541	15	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
22	NC_016471	CAAAT	3	8033	8046	14	60 %	20 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
23	NC_016471	TCT	4	8130	8141	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
24	NC_016471	TGC	4	8603	8614	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	36453263
25	NC_016471	TTTA	3	8994	9004	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
26	NC_016471	AATT	3	9073	9084	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
27	NC_016471	AAAT	3	10666	10678	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
28	NC_016471	AAAT	4	10815	10829	15	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
29	NC_016471	AAAAT	3	11232	11247	16	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
30	NC_016471	CAA	5	11418	11432	15	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	6 %	Non-Coding
31	NC_016471	AAGT	3	11611	11621	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
32	NC_016471	TTA	4	12332	12342	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
33	NC_016471	ATT	6	12353	12373	21	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
34	NC_016471	ATA	4	12546	12558	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
35	NC_016471	AAAATA	3	12693	12711	19	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
36	NC_016471	TTG	4	13126	13136	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
37	NC_016471	TTTA	4	13228	13243	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
38	NC_016471	ATACAT	3	13300	13317	18	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
39	NC_016471	TCTATA	3	13795	13813	19	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	10 %	Non-Coding
40	NC_016471	TAT	4	14051	14063	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
41	NC_016471	TTA	5	14270	14284	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
42	NC_016471	ACTA	3	14366	14377	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
43	NC_016471	TAT	4	15763	15774	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
44	NC_016471	ATCATA	3	16096	16114	19	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	10 %	Non-Coding
45	NC_016471	T	13	16530	16542	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
46	NC_016471	GTAA	3	17653	17663	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
47	NC_016471	AATT	3	17731	17742	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
48	NC_016471	TAAA	3	17847	17857	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
49	NC_016471	T	14	17950	17963	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
50	NC_016471	AATA	3	18110	18120	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
51	NC_016471	AGT	4	18500	18511	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	36453263
52	NC_016471	TCAA	3	18841	18852	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
53	NC_016471	TAA	4	18875	18885	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
54	NC_016471	TA	6	18911	18922	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
55	NC_016471	ATT	4	19215	19226	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
56	NC_016471	TA	7	19616	19628	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
57	NC_016471	TTGA	3	19733	19745	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
58	NC_016471	TCTA	3	20018	20028	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
59	NC_016471	ATT	4	20032	20044	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
60	NC_016471	AT	6	20695	20706	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
61	NC_016471	AT	6	20714	20724	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
62	NC_016471	TTA	4	21751	21762	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
63	NC_016471	ATAA	3	21865	21877	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
64	NC_016471	ATA	4	23016	23026	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
65	NC_016471	TAT	4	23346	23356	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
66	NC_016471	TTCTAT	3	23383	23400	18	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
67	NC_016471	TTAA	4	23401	23415	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
68	NC_016471	TAT	4	25414	25425	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	36453263
69	NC_016471	CTAA	3	27082	27094	13	50 %	25 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
70	NC_016471	ATTT	3	27630	27640	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
71	NC_016471	GAAA	3	27879	27890	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	36453263
72	NC_016471	TATT	3	28426	28437	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
73	NC_016471	TATT	4	29085	29099	15	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
74	NC_016471	AAATAA	3	29146	29164	19	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
75	NC_016471	GGATT	3	29535	29548	14	20 %	40 %	40 %	0 %	7 %	Non-Coding
76	NC_016471	TTA	4	29850	29861	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	0 %	36453263
77	NC_016471	TTC	4	30097	30108	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	36453263
78	NC_016471	TAAAA	3	30256	30271	16	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	36453263
79	NC_016471	TAT	4	30742	30754	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	36453263
80	NC_016471	ATTTT	3	31273	31287	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	36453263
81	NC_016471	ATT	4	32445	32457	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	36453263
82	NC_016471	ATTAT	3	32552	32566	15	40 %	60 %	0 %	0 %	6 %	36453263
83	NC_016471	ATT	4	32711	32722	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	36453263
84	NC_016471	AAAT	3	34313	34324	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	36453263
85	NC_016471	AT	6	34340	34351	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	36453263
86	NC_016471	AT	8	34428	34443	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	36453263
87	NC_016471	TGTA	3	35457	35468	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	36453263
88	NC_016471	AGTTT	3	36240	36253	14	20 %	60 %	20 %	0 %	7 %	36453263
89	NC_016471	A	16	36428	36443	16	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	36453263
90	NC_016471	TTAT	3	36497	36508	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	36453263
91	NC_016471	AATG	3	37100	37110	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	36453263
92	NC_016471	AAAAT	3	37701	37715	15	80 %	20 %	0 %	0 %	0 %	36453263
93	NC_016471	CTT	4	38344	38355	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	36453263
94	NC_016471	GAT	4	40192	40202	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	36453263
95	NC_016471	ATC	4	40338	40350	13	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	7 %	36453263
96	NC_016471	AATTTA	3	40368	40385	18	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	36453263
97	NC_016471	GCAA	3	40614	40624	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	36453263
98	NC_016471	TTTA	3	41058	41069	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	36453263
99	NC_016471	TTCT	3	41777	41787	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	36453263
100	NC_016471	GAT	4	43059	43070	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	36453263
101	NC_016471	TGAT	3	44732	44744	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	36453263
102	NC_016471	TGA	4	44783	44794	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	36453263
103	NC_016471	TTGA	3	46498	46510	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	36453263
104	NC_016471	TAA	4	48047	48058	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	36453263
105	NC_016471	TTTC	3	48390	48401	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	36453263
106	NC_016471	CCCA	3	49425	49436	12	25 %	0 %	0 %	75 %	0 %	36453263
107	NC_016471	AAAT	3	49680	49690	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	36453263
108	NC_016471	TTGT	3	49709	49720	12	0 %	75 %	25 %	0 %	0 %	36453263
109	NC_016471	TTA	4	50123	50134	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	36453263
110	NC_016471	TTTGTT	3	50618	50636	19	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	10 %	36453263
111	NC_016471	TAC	4	51519	51530	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	36453263
112	NC_016471	ATTT	3	51980	51991	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
113	NC_016471	GAGG	3	56826	56837	12	25 %	0 %	75 %	0 %	8 %	Non-Coding
114	NC_016471	AGGT	3	57039	57050	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
115	NC_016471	ATCA	3	58415	58427	13	50 %	25 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
116	NC_016471	ATTT	4	58945	58960	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
117	NC_016471	TTAG	3	59026	59036	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
118	NC_016471	ATTTC	3	59503	59516	14	20 %	60 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
119	NC_016471	AAT	4	59606	59616	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
120	NC_016471	TAT	4	60702	60713	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
121	NC_016471	ATTTT	3	60819	60833	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
122	NC_016471	A	18	60929	60946	18	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
123	NC_016471	TAT	4	61188	61199	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
124	NC_016471	TACTT	3	62990	63003	14	20 %	60 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
125	NC_016471	AATTT	3	63020	63034	15	40 %	60 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
126	NC_016471	ATA	4	63058	63069	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_016471	ATA	8	63073	63095	23	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
128	NC_016471	CTT	4	63336	63347	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	36453265
129	NC_016471	AATT	3	63644	63656	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
130	NC_016471	TATT	3	64005	64015	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	36453265
131	NC_016471	ATT	4	64025	64036	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	36453265
132	NC_016471	AATA	3	64109	64119	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	36453265
133	NC_016471	TA	6	64531	64541	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	36453265
134	NC_016471	AATT	3	64705	64715	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	36453265
135	NC_016471	TA	6	64907	64918	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	36453265
136	NC_016471	CTT	4	65398	65409	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	36453265
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175	NC_016471	TATTT	3	90766	90780	15	20 %	80 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
176	NC_016471	TCAT	3	91371	91381	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	36453266
177	NC_016471	AATA	3	91973	91984	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	36453266
178	NC_016471	T	16	92039	92054	16	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Neottia nidus-avis plastid