ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Boea hygrometrica chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_016468	AAGT	3	977	987	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	36428396
2	NC_016468	AGAA	3	1513	1523	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
3	NC_016468	TTTGA	3	3095	3109	15	20 %	60 %	20 %	0 %	6 %	36428396
4	NC_016468	ATTTGA	3	3380	3397	18	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	5 %	36428396
5	NC_016468	CTT	4	3649	3659	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
6	NC_016468	ATA	4	3675	3686	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
7	NC_016468	CATT	3	3866	3877	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
8	NC_016468	ATAGA	3	4470	4484	15	60 %	20 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
9	NC_016468	AAT	7	4615	4634	20	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
10	NC_016468	ATTT	3	4775	4785	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
11	NC_016468	ATTG	3	5878	5889	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	36428396
12	NC_016468	AATAT	3	6256	6271	16	60 %	40 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
13	NC_016468	AAAT	3	6670	6681	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
14	NC_016468	TCAA	3	6925	6935	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
15	NC_016468	TA	7	7210	7222	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
16	NC_016468	AT	6	7866	7876	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
17	NC_016468	GATAA	3	7928	7942	15	60 %	20 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
18	NC_016468	GAAA	3	8445	8455	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
19	NC_016468	TA	6	8915	8927	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
20	NC_016468	TTAA	3	8993	9004	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
21	NC_016468	AAAG	3	9030	9040	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
22	NC_016468	CTTT	3	9446	9457	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
23	NC_016468	TAAA	3	9706	9717	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
24	NC_016468	GTTT	3	10608	10619	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	36428396
25	NC_016468	ATGA	3	12624	12636	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	36428397
26	NC_016468	TTTCT	3	12760	12773	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	36428397
27	NC_016468	CGAAA	3	14327	14341	15	60 %	0 %	20 %	20 %	6 %	Non-Coding
28	NC_016468	AAT	4	15850	15862	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
29	NC_016468	T	15	18816	18830	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	36428397
30	NC_016468	TTGA	3	19037	19047	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	36428397
31	NC_016468	AT	7	20195	20207	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	36428397
32	NC_016468	GAAT	3	23026	23036	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	36428397
33	NC_016468	GTT	4	23949	23960	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	36428397
34	NC_016468	CCTA	3	24870	24880	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	36428397
35	NC_016468	GAAA	3	28806	28816	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
36	NC_016468	ATT	4	29103	29114	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
37	NC_016468	TATG	3	30822	30832	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
38	NC_016468	TC	6	32888	32899	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
39	NC_016468	GAAA	3	34937	34948	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	36428398
40	NC_016468	GAG	4	35057	35067	11	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	9 %	36428398
41	NC_016468	TTC	4	35787	35798	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	36428398
42	NC_016468	TC	6	36727	36737	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	36428398
43	NC_016468	TA	6	36927	36937	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
44	NC_016468	ATAAA	3	37188	37202	15	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
45	NC_016468	ATG	4	39232	39242	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	36428398
46	NC_016468	GCA	4	41128	41138	11	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	9 %	36428398
47	NC_016468	TG	6	41167	41177	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	36428398
48	NC_016468	TGA	4	42628	42638	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
49	NC_016468	TA	6	42689	42700	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
50	NC_016468	TAA	5	42701	42714	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
51	NC_016468	AAAT	3	43053	43064	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_016468	AAAT	3	43067	43077	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
53	NC_016468	AATAA	4	43078	43096	19	80 %	20 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
54	NC_016468	AGA	4	43492	43502	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	36428398
55	NC_016468	T	12	43822	43833	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	36428398
56	NC_016468	AGAA	3	43838	43848	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	36428398
57	NC_016468	TTTA	3	45463	45474	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
58	NC_016468	AAAT	3	45604	45615	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
59	NC_016468	CTTATT	4	46948	46971	24	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	8 %	Non-Coding
60	NC_016468	TA	6	47121	47132	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
61	NC_016468	ATT	4	47258	47269	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
62	NC_016468	A	16	47287	47302	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
63	NC_016468	TACT	3	47431	47442	12	25 %	50 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
64	NC_016468	TA	6	47457	47468	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
65	NC_016468	AAGAA	3	47818	47831	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
66	NC_016468	GAT	4	49824	49835	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	36428398
67	NC_016468	CAAA	3	50177	50188	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	36428398
68	NC_016468	ATTTT	3	52330	52343	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
69	NC_016468	TTA	4	52407	52418	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
70	NC_016468	AATA	4	55359	55373	15	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
71	NC_016468	TTTG	3	55753	55764	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
72	NC_016468	TAA	4	55968	55978	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
73	NC_016468	TGCA	3	57009	57021	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	36428399
74	NC_016468	ATT	4	59763	59773	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
75	NC_016468	TAGA	3	60300	60311	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
76	NC_016468	TAA	4	61962	61973	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
77	NC_016468	AT	6	63393	63403	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	36428399
78	NC_016468	TGAA	3	65109	65120	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
79	NC_016468	ATT	4	65540	65552	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
80	NC_016468	CAGC	3	65777	65788	12	25 %	0 %	25 %	50 %	8 %	36428400
81	NC_016468	TTTC	3	66303	66314	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
82	NC_016468	AATT	3	66483	66494	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
83	NC_016468	CCCT	3	68290	68300	11	0 %	25 %	0 %	75 %	9 %	Non-Coding
84	NC_016468	GAAA	3	68631	68642	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	36428400
85	NC_016468	TTTC	3	69755	69767	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
86	NC_016468	GGTT	3	74277	74288	12	0 %	50 %	50 %	0 %	8 %	36428400
87	NC_016468	TCT	4	74648	74659	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	36428400
88	NC_016468	TTAATA	3	75866	75884	19	50 %	50 %	0 %	0 %	10 %	36428400
89	NC_016468	ATTT	3	76016	76026	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	36428400
90	NC_016468	TTTC	3	76268	76278	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	36428400
91	NC_016468	TTTC	3	78957	78967	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	36428400
92	NC_016468	TTCT	3	80759	80769	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	36428400
93	NC_016468	AAC	4	80825	80835	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	36428400
94	NC_016468	TTTC	3	82927	82938	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	36428400
95	NC_016468	TTAGAA	3	83217	83235	19	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	10 %	36428400
96	NC_016468	CAAT	3	83395	83405	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	36428400
97	NC_016468	CTT	4	84841	84852	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	36428400
98	NC_016468	GAT	4	85309	85319	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	36428400
99	NC_016468	GAT	4	86693	86703	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	36428400
100	NC_016468	CAA	4	89029	89039	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	36428400
101	NC_016468	GAT	4	89726	89737	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	36428400
102	NC_016468	TGA	4	91426	91437	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	36428400
103	NC_016468	AATA	3	92273	92285	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	36428400
104	NC_016468	TTTGTT	3	97842	97860	19	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	10 %	36428400
105	NC_016468	ATAAGA	3	99124	99141	18	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
106	NC_016468	TC	7	99269	99282	14	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	Non-Coding
107	NC_016468	ATTAGT	4	99780	99802	23	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	8 %	Non-Coding
108	NC_016468	ATCC	3	102837	102848	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
109	NC_016468	TCTA	3	103224	103235	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
110	NC_016468	AAGG	3	103363	103373	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
111	NC_016468	AGGT	3	106311	106322	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
112	NC_016468	TAAG	3	107433	107443	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
113	NC_016468	CCCT	4	107795	107810	16	0 %	25 %	0 %	75 %	6 %	Non-Coding
114	NC_016468	GGAA	3	109479	109489	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	36428403
115	NC_016468	AAAT	3	110115	110126	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	36428403
116	NC_016468	AGA	4	110144	110154	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	36428403
117	NC_016468	CAA	4	110735	110746	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	36428403
118	NC_016468	GAAAA	3	110812	110825	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	36428403
119	NC_016468	TAA	4	111258	111269	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	36428403
120	NC_016468	TTCTTT	3	112476	112494	19	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
121	NC_016468	TTCT	3	112922	112932	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
122	NC_016468	ATATT	3	113033	113046	14	40 %	60 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
123	NC_016468	AAGA	3	113507	113518	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
124	NC_016468	AACA	3	113541	113552	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
125	NC_016468	AGAA	3	114546	114556	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	36428403
126	NC_016468	TTTTC	3	115223	115236	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
127	NC_016468	AGAA	3	118356	118367	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
128	NC_016468	AAGA	3	118648	118659	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
129	NC_016468	TTC	5	119663	119677	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	36428404
130	NC_016468	TAA	4	120067	120078	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	36428404
131	NC_016468	TTCT	3	120214	120225	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	36428404
132	NC_016468	ATGC	3	122173	122183	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	36428404
133	NC_016468	TGAA	3	122976	122988	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	36428404
134	NC_016468	TCAA	3	123122	123134	13	50 %	25 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
135	NC_016468	TAT	4	124635	124646	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	36428404
136	NC_016468	CATT	3	125168	125179	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	36428404
137	NC_016468	TTCT	6	125466	125489	24	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	36428404
138	NC_016468	TTTTA	3	125977	125990	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	36428404
139	NC_016468	TTTC	3	126222	126232	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	36428404
140	NC_016468	AAAG	3	126716	126726	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	36428404
141	NC_016468	TTA	4	126911	126922	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	36428404
142	NC_016468	ATTTC	3	127967	127980	14	20 %	60 %	0 %	20 %	7 %	36428404
143	NC_016468	ATTT	3	128063	128074	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	36428404
144	NC_016468	TTCC	3	128700	128710	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	36428404
145	NC_016468	AGGG	3	130379	130394	16	25 %	0 %	75 %	0 %	6 %	Non-Coding
146	NC_016468	CTTA	3	130746	130756	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
147	NC_016468	CCTT	3	134816	134826	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
148	NC_016468	GGAT	3	135341	135352	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
149	NC_016468	ACTAAT	4	138387	138409	23	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	8 %	Non-Coding
150	NC_016468	AG	7	138908	138921	14	50 %	0 %	50 %	0 %	7 %	Non-Coding
151	NC_016468	GAA	4	138947	138958	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
152	NC_016468	TTCC	3	144131	144142	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	36428404
153	NC_016468	CATAC	3	144242	144255	14	40 %	20 %	0 %	40 %	7 %	36428404
154	NC_016468	TATT	3	145904	145916	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	36428404
155	NC_016468	TGAT	3	146897	146909	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	36428404
156	NC_016468	ATC	4	148452	148463	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	36428404
157	NC_016468	TTG	4	149150	149160	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	36428404
158	NC_016468	TTTG	3	150413	150423	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	36428404
159	NC_016468	ATC	4	151486	151496	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
160	NC_016468	ATC	4	152870	152880	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	36428404
161	NC_016468	GAA	5	153336	153350	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	36428404

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Boea hygrometrica chloroplast